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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00102



RNA: TMR_00102
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))....(((((((((((...((....((((((....))))))......))...............(((.......)))......((((((((((((((.......))))))))..))..))))((((((((((((((.......)..))))))))))))).....................................................))))))))))).................................((((((...(((((((.......))))))).))))))................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((((.(.(...(((...((((.................................................................((((((((.......))))))))....................................................................................................................................................................))))......)))...).).))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((..(((((..(((((.(((((((((...((((.....((................)).....)))).............((((((((.......))))))))........)))))))))...(((.((((((((.......................)))))))).))).(.(((((.(((.(((......)))..))).))))))(((((((((....((((....)))).....)))))))))..((((....))))......))))).....)))))..))))))))))))))....((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))(((((((((((((((..(((....((((((....))))))......))).........((...(((.......)))......((((((((((((((.......))))))))..))..))))(((((((((((((((.....))..)))))))))))))................))((....))((.(((.(((......)))..))).)))))))))))))((.....(........)......)).......(((((((..((((((((.......)))))))))))))))....)))).......(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......))))(((.[[[[[))).....(((....((((((....))))))......)))]]]]].........(((...[[[[)))............((((((((.......))))))))...]]]]....((((((((((((...........))))))))))))(((..(((((((.((((((((....))))..)))))))..)))).......((((((((((((((((....((((....)))).....))))))))).((((((..((((((((.......)))))))))))))))))))))......))).((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((....))))).(((((((((((.(((....))).(((((((............)))))))..........(((.......)))......((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((...........)))))))))))))(((.(((((((.((((((((....))))..)))))))..))))))).......)))))))))))...(((((((((.........))))))))).((((((((..((((((((.......))))))))))))))))..(((....)))...((((......)))).))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))).((((([[(((((((.........(((((((((....((((....((.................((.......)).......((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((...........)))))))))))))..........................))..))))..)))))))))........)))))))[[))...........................]]...(((((((....((((((.......))))))..)))))))]]..))).........((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((....))))).(((((((((((.............((((((............))))))...........(((.......)))......((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((((.....))..)))))))))))))(((.(((.(((.((((((((....))))..)))))))...)))))).......)))))))))))...(((((((((.........)))))))))..(((((((..((((((((.......)))))))))))))))...(((....)))...((((......)))).))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((...[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[.....(((((((..)))))))....)))))..............(((.......)))......((((..((((((((.......))))))))......))))(((((((((((((...........)))))))))))))]]]]]............((((((((...........))))))))..........]]]]]]]]]....(((((((((.........))))))))).((((((((..((((((((.......))))))))))))))))..]]]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((((((..(((....(((((((((....((((...(((.((...((((((((..(((.......)))......(((((.((((((((.......))))))))..((.(((..(((((((((((((...........)))))))))))))))).))..)).))).)))))))))).))).))))..)))))))))..)))...))))))))).....(((((((((.........)))))))))..(((((((..((((((((.......)))))))))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...........((((((((((((((..(((((.((((((...(((((((............))))))).....................((((((((((....((((((((.......))))))))....((((..(((((((((((((...........)))))))))))))....((((((..((((((((....))))..))))...))))))...............))))....)))))))))).......((((((....(((((.....)))))))))))..))))))....)))))..))))))))))))))....((((......)))).))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((..(..(((((.((((((...(((((((............)))))))...........((((....(((.......((((((((((((((.......)))))))..)))..))))(((((((((((((...........)))))))))))))((((((((.(......(((((..(((((.(((.(((......)))..))).)))))....))))).........).)))))))))))......(((((.....))))).))))...))))))....)))))..)..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((..((((..(((((..((((((((((((..(((....(((((((((....((((...(((.((...((((((((..(((.......)))......(((((.((((((((.......))))))))..((.(((..(((((((((((((...........)))))))))))))))).))..)).))).)))))))))).))).))))..)))))))))..)))...))))))))))))......)))))))))...((((((....(((((.....)))))))))))..........))))).)))).((.........(((((((((.......))))).))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((.((((((((((((((((((.((....(((....((((((....))))))......)))....))...))))))((.......))......)))))))((((((((.......))))))))...))))))))((((((((((((...........))))))))))))(((..(((((((.((((((((....))))..)))))))..))))..(((..((((((.(((((((((....((((........)))).)))))))))(((((((..((((((((.......)))))))))))))))))))))..))).))).((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..(...)))))(.((((...)))).)((((((...(((((((..)))))))..((((((((((((((((((((...((((((......))))))(((((((((((((.......)))))))..)))..))).((((((((..))).(..)..))))).)))).)))))((((.((((((..((((.((...........)))))))).)))))))).)))))((((..(((((((...))))))).(((((((((...............)))))))))....((..)).)))).).)))))(((((((.(..........))))))))))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((..((((.((((((........(((.........((((((....)))))).......))).............(((.......))).....)))))).((((((((.......))))))))...)))).)))((((((((((((((.....))..))))))))))))(((......(((.((((((((....))))..))))))).............((((((.(((((((((((..(((......)))..))).)))))))).((((((..((((((((.......)))))))))))))).))))))......))).((((......)))).))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((.((((.(((((((............(((....((((((....))))))......)))..............(((.......)))....))))))).((((((((.......))))))))...)))))))).(((((((((((...........))))))))))).(((..(((((((.((((((((....))))..)))))))..))))..(((..((((((.(((((((((((..((((....))))..)).))))))))).((((((..((((((((.......)))))))))))))).))))))..))).))).((((......)))).))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((.......))))....((((.....)))).(((......(((((((............)))))))...........(((((..........)))))...))).(((((.......))))).((((....)))).((((((((((((...........)))))))))))).(((....)))..((((((((....))))..)))).....(((......))).(((((.(((((.........)))))..(((.......))).(((((.....))))).((((.......)))).(((((.....))))).....))))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................