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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00103



RNA: TMR_00103
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((....((((((((((((((((.(((((((...........))))))).....((((((..........))))))..........))))..((((((........))))))(((((((((((((((((.......)))))))))))))))))..((((....((((((((((((((((((......)))))))))))))...(((((........(((((((((..(((((....)))))..))))))))).......)))))..)))))....))))....))))))))))))..))))))).((.....))))))..)))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((.(.((((((((((((((((((((.(((........))).))))))).....((((((..........))))))................((((((........))))))((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))).......((((.((.(((((((((((((......))))))))))))).))(((((........(((((((((..(((((....)))))..))))))))).......))))).))))..............)))))))))))))))))))))..........))))..)))..)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((((((((((((..(((((..................................................................((((((........)))))).((((((...........................))))))................((((((....................))))))................(((((((((..((((......))))..))))))))).....................))))).....))))))))))))).)))))))...((.(((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((.....((((((.((.(((((((((((((..(((((.......((((((................))))))..........................((((.((((((........)))))).((((((((((((((((.......))))))))))))))))...(((.......((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((........)))..)))))))))..))))...............))))).....)))))))))))))))))))))......(((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((.(.((((((((((((((((((((.((((......)))).))))))).....((((((..........)))))).((.......))....((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..((((.((((.((.(((((((((((((......))))))))))))).))(((((..(.....(((((((((..((((((()))))))..))))))))).....).))))).))))......))))....)))))))))))))))))))))..........))))..)))..)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((..(((((((((((((((((.(((((((..[[[[[[...)))))))......]]]]]].........................)))).................(((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))).[[[......))))(((((((((((((......))))))))))))).........]]]....(((((((((..(((((....)))))..)))))))))...(((.......[[[))).....]]]....))))))))))))).......((((.....))))..))))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((.(((((((.(((.(((((((((((.((((((.(((........))).))))))......((((((..........))))))...........(((((.(((((........)))))(((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))).(((.......((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).))))).......((((......))))....)))))))))))))))))))))..))).(((......)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...((((((((((((((((((((.(((........))).))))))).....((((((..........))))))................((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))............((.(((((((((((((......))))))))))))).)).............(((((((((..((((......))))..)))))))))...............................))))))))))))).)))))))......(((.......)))..)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((.(((((((.(.(((((((((((((.((((((.(((........))).))))))......((((((..........))))))...........(((((.(((((........))))).((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..(((.......((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).))))).......((((......))))....)))))))))))))))))))))..))).(((......)))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((..(((((((((((((..((((((((((...........))))).......((((((..........))))))................((((((........))))))(((((((((((((((((.[[[[[[)))))))))))))))))..((((.]]]]]]..(((((((((((((......)))))))))))))................(((((((((..((((((..))))))..))))))))).............))))....))))).....)))))))))))))......(((((.....))))).))))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((((........(((((................)))))........(...(..................((.((((........)))).))((((((..(((((((.........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))..................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((.((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(......(((((................)))))........(...(..................((.((((........)))).))((((((..(((((((.........)))))))..))))))..................((((((((............))))))))..................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((.((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((.((.((..(((((((((((((((..(((......)))..))))))).....((((((..........)))))).(((............((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..((((.(((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............))))......))).....))))))))..)))))))))))..........))))..)))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((.(((((((.(.((((((((((((((((((((.((((......)))).))))))).....((((((..........))))))...........(((((((((((((...)).))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..(((..........((((((((((((((...).))))))))))))).........)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).))))).......((((......))))....)))))))))))))))))))))..))).(((......)))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((((..((((.(((((((..(((((((...........))))))).....((((((..........)))))).................)))))))...........(((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))).(((((..((((..(((((((((((((......))))))))))))).........(((((..(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............((((......))))......)))))......))))))))).))))...)))).))))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((((.(.((((((((((((((((((((..(((......)))..))))))).....(((..(..........)..))).(((............((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..((((.(((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............))))......))).....)))))))))))))))))))))..........))))..)))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((........((((.......)))).((((((((((((((((((((..(((......)))..))))))).....((((((..........)))))).(((............((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))..((((.(((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............))))......))).....)))))))))))))...)))).((.((((((..........)))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(......)((((((((((((..(((((((((((((((..(((......)))..))))))).....(((..(..........)..))).(((......(((..(((((((........))))))).((((((((((((((((.....))))))))))))))))))).((((.(((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............))))......))).....))))))))..)...(((.((....)).))))))).))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(.(((((((.((((((.((.((((((((((((((.((...((((((((.(.(((((....((((....(........)...))))...))).))))))...((.((((((((........))))))))))(((((((((((((.......)))))))))))))((...))(..)((((.((.(((((((((((((......))))))))))))).(......)(((...((((((((((((.(((((..))))))).)))))))))).))).....).)))))....))))).)).))))))))))))))))))))))...........)))).))).))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((.(((((((.(..((..(((((((.(((((((..(((......)))..))))))).....(((..(..........)..)))................((((((........))))))((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))............((.(((((((((((((......))))))))))))).)).............(((((((((..(((((....)))))..)))))))))................................)))))))..)).))))))))..))..(((......)))...)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((.(((((((.(.(((..(((((((((((((((..(((......)))..))))))).....(((..(..........)..))).(((............((((((........))))))(((((((((((((((((.......)))))))))))))))))..((((.(((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))......)))....(((((((((..(((((....)))))..))))))))).............))))......))).....))))))))..)))))))))))..))).(((......)))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.....(((((..............))))).(((((.((((((..((((.....)))).))))))......((((((..........))))))...........))))).(((((........))))).(((((((((((((((((.......)))))))))))))))))..((((..((((((.(((((((((((((......)))))))))))))....(((....))).)))))).((((.(((((....)))))(((.....)))....)))).....)))).)))))..((((((........)))..(((.....))).(((((..........))))).)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......(((((((..(((({{{{{...{{{{.....{{{{{{{{.{{{..))))..}}}.}}}}}}}}....((((((..........)))))).)))......}}}}}..(((((........))))).((((((((((((((((..<<<<<<.)))))))))))))))).......>>>>>>..(((((((((((((......))))))))))))).........((((....)))).(((..(((((....)))))..)))...((((..........))))}}}})))).(((((....)))))......(((.....)))[[[[[[........)))))...]]]]]].