CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00104



RNA: TMR_00104
Rfam family: -

UAGCACAAUAUGUUACAUUAUUUAUGUGAGCAAGUUCGAUAAAAGUUCGUCUCCCUAAAGUGAUAUAAAACACUUGAAGCUAUCUAAAUAUUCAUAAGUUUAAAAAGCUAUUAUAACUUUUUCUUCUGAAAAAUAAUCAAAGGAAAUUUUUACGGCAUCGCCCAUGUGCUCGGGUAAGGGUCCUAUAAUAAGUGGGAUACGCUAAAUUUUUCCGUCUGUAAAGUUUAGAAGAGAUUAUCAGACUAGCGAUGCAUGAUGCCUGUUAGGCGGCUAAUGUUCAGCGAAACCUUAAUAGCAUGACUAUGAACGUAGAUGUCUAAGUGCCGAUAUGCUUGGACAGGGGUUCGACUCCCCUCGUCUCCAUAU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..(..........(.((....(.....(.((..(..((.(.(.{..{{{{.).......}}}}..}..................................................((((...(..........)...))))...((((((.((((((..aaaaa)))).)).)..)))))..........AAAAA.....(((((((((...<<<<<.)))))))))..........>>>>>..((..........(((.[[[[.[[))).........))............]].]]]].......)....))..)..)).)....)....)).).(((((.......))))))..........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((........(((....((((((..((.(((..((((.(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((((((........((..(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))...))......)))))))))).))))..))).))...))))))....)))((((((....(((((((.......................)))))))...)))))).))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((.......))..........(((.......)))........(((((........))))).............................................((((((((((...........(((((..(((...(......(..........)......(((((((.....)))))))...).)))..)))))..........))))))))))........................(((.....)))..............................................(((((((((......)))))))))(((((.......)))))...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.((...........................................................................................................................................((((((.((((((.......)))).)).)..)))))....................(((((((((.........))))))))).................((...(((....(((........)))...)))...))........................................................(((((.......))))).)).)......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....))))........((((.(((((...(((.(.................(((((........)))))...(.(((((......((((.((........(((((((......((((((...............))))))........(((((((((........)))....((((((((.....))))))).).(((((((((.........)))))))))..................)))))).....(((.....))).(((.......))).......)))))))....))))))....))))).).....).)))..))))).((((((((.......))))).)))..)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((.....)))))........(((.......)))........(((((........))))).....(....((((........))))....)(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(.(((((((.....))))))).)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))...............((((((((((((......)))))))))(((((.......))))).))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((((((.....)))))).............(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((.(((.......))).))))))........((((.[[[[..))))..]]]]....(((((((.....)))))))...(((((((((...[[[[[.)))))))))..........]]]]].......(((...[[[[)))..]]]](((.[[[[[[))).........((((.....))))]]]]]]...(((((((((........)))))))))((((...[[[))))...]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....(((((((.....)))))).).((..(((.......))).))..((.(((((........)))))..)).((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..(((((...)))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................(((((........))))).......(((((...[[[[[..[[)).....((((((........((((((((((...........(((((..(((..(((....(((((......(((.......))).......)))))....))))))..)))))..........))))))))))............((...((((...(((........)))..))))...))........))))))...]].]]]]]...)))....((((......{{{{))))((((((((.......))))).)))..}}}}.
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...(.((.(((....(((((..(((......(((..........(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((....(.....(((.....))).......)....))...........)))..))).)))))..))).)).)...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.........(((((((...(((((..)))))..(((((((..........(((((........)))))..((((........................)))).....))))))).........))))))).................[[[[[[[...))))))((((((...(((((((.....)))))))...(((((((((.........))))))))).................]]]]]]]....))))))..((((((...(((((((.......................)))))))...((((((((((......))))))))))((((.......))))))))))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...((([[[[(((..<<<<<<.<)))....)))(((((......(((((((((((...........(((((..((((....aaa((((........))))....(((((((.....))))))).aaa))))..))))){{{{{.....)))))))))))....}}}}}..AAA......AAA......bbbb......................)))))......>>>>>>>...]]]].BBBB.))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((......((((((.....))))))........((((...((((((.......(((((........)))))...(((((.......................((((.........(((((((((((...........(((((..((((.......((((........))))....(((((((.....)))))))....))))..)))))..........))))))))))).........))))...((((..(((((...)))))....))))..............)))))......)))))).....))))...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...((((((((..........(((((.............)))))..........))))))))...(((((..((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).)))))))......)).)).((((((((.......))))).))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(..((((((.....))))))..)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((........)))).)))).((((.(..((....(((((((.((.(((.(((((........)))))..((((.(((((((........))))))).))))...(((.((((((((..))))))).).))).)))((..))..(.((((((.(((((((((((((..))))))((..........)).((..)).(((..))).(((((((((..(.......)..))).))))).))).))).)))))))).)......(((....))).))))))..)))...))).))))....((((.((.(((((((((........)))))))))(((((...))))).))))))....)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((((...........................................)))))))).............((((((....(((((..(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((..((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..))).)))))..)))))).....))))...((((...(((((((((.......))))).)))).)))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).)))))))).............((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).)))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.....)))..(((.....))).((((.............))))....((((...(((........))).((((............))))..((((.....))))......(((.((((((..((.......))..)))))).......(((((.......)))))..))).)))).(((((.....))))).....(((((((((.........)))))))))..(((((..(((.............))).(((.....))).((((...................))))....((((....))))..((((((((........)))))))).((((.......))))..))))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......((((.(((.....))).(((....)))......aaa(((.((......))))).....))))..((((AAA.........))))..((((.....))))........((((((....))))))...(((..(((((.......(((((.bbbb..))))).BBBB....((((.......{{{{)))).}}}}.....))))).((((...<<<<))))......((((.>>>>...))))..))).(((.....))).))).((((....[[[[.........))))..((((....)))).(((((((((........)))))))))((((]]]]...))))............