|
|
|
UAGCACAAUAUGUUACAUUAUUUAUGUGAGCAAGUUCGAUAAAAGUUCGUCUCCCUAAAGUGAUAUAAAACACUUGAAGCUAUCUAAAUAUUCAUAAGUUUAAAAAGCUAUUAUAACUUUUUCUUCUGAAAAAUAAUCAAAGGAAAUUUUUACGGCAUCGCCCAUGUGCUCGGGUAAGGGUCCUAUAAUAAGUGGGAUACGCUAAAUUUUUCCGUCUGUAAAGUUUAGAAGAGAUUAUCAGACUAGCGAUGCAUGAUGCCUGUUAGGCGGCUAAUGUUCAGCGAAACCUUAAUAGCAUGACUAUGAACGUAGAUGUCUAAGUGCCGAUAUGCUUGGACAGGGGUUCGACUCCCCUCGUCUCCAUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(..........(.((....(.....(.((..(..((.(.(.{..{{{{.).......}}}}..}..................................................((((...(..........)...))))...((((((.((((((..aaaaa)))).)).)..)))))..........AAAAA.....(((((((((...<<<<<.)))))))))..........>>>>>..((..........(((.[[[[.[[))).........))............]].]]]].......)....))..)..)).)....)....)).).(((((.......))))))..........
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((........(((....((((((..((.(((..((((.(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((((((........((..(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))...))......)))))))))).))))..))).))...))))))....)))((((((....(((((((.......................)))))))...)))))).))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((.......))..........(((.......)))........(((((........))))).............................................((((((((((...........(((((..(((...(......(..........)......(((((((.....)))))))...).)))..)))))..........))))))))))........................(((.....)))..............................................(((((((((......)))))))))(((((.......)))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.((...........................................................................................................................................((((((.((((((.......)))).)).)..)))))....................(((((((((.........))))))))).................((...(((....(((........)))...)))...))........................................................(((((.......))))).)).)...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))........((((.(((((...(((.(.................(((((........)))))...(.(((((......((((.((........(((((((......((((((...............))))))........(((((((((........)))....((((((((.....))))))).).(((((((((.........)))))))))..................)))))).....(((.....))).(((.......))).......)))))))....))))))....))))).).....).)))..))))).((((((((.......))))).)))..)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....)))))........(((.......)))........(((((........))))).....(....((((........))))....)(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(.(((((((.....))))))).)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))...............((((((((((((......)))))))))(((((.......))))).)))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((.....)))))).............(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((.(((.......))).))))))........((((.[[[[..))))..]]]]....(((((((.....)))))))...(((((((((...[[[[[.)))))))))..........]]]]].......(((...[[[[)))..]]]](((.[[[[[[))).........((((.....))))]]]]]]...(((((((((........)))))))))((((...[[[))))...]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....(((((((.....)))))).).((..(((.......))).))..((.(((((........)))))..)).((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..(((((...)))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................(((((........))))).......(((((...[[[[[..[[)).....((((((........((((((((((...........(((((..(((..(((....(((((......(((.......))).......)))))....))))))..)))))..........))))))))))............((...((((...(((........)))..))))...))........))))))...]].]]]]]...)))....((((......{{{{))))((((((((.......))))).)))..}}}}. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...(.((.(((....(((((..(((......(((..........(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((....(.....(((.....))).......)....))...........)))..))).)))))..))).)).)...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........(((((((...(((((..)))))..(((((((..........(((((........)))))..((((........................)))).....))))))).........))))))).................[[[[[[[...))))))((((((...(((((((.....)))))))...(((((((((.........))))))))).................]]]]]]]....))))))..((((((...(((((((.......................)))))))...((((((((((......))))))))))((((.......))))))))))...... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...((([[[[(((..<<<<<<.<)))....)))(((((......(((((((((((...........(((((..((((....aaa((((........))))....(((((((.....))))))).aaa))))..))))){{{{{.....)))))))))))....}}}}}..AAA......AAA......bbbb......................)))))......>>>>>>>...]]]].BBBB.))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......((((((.....))))))........((((...((((((.......(((((........)))))...(((((.......................((((.........(((((((((((...........(((((..((((.......((((........))))....(((((((.....)))))))....))))..)))))..........))))))))))).........))))...((((..(((((...)))))....))))..............)))))......)))))).....))))...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((((((((..........(((((.............)))))..........))))))))...(((((..((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).)))))))......)).)).((((((((.......))))).)))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(..((((((.....))))))..)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........)))).)))).((((.(..((....(((((((.((.(((.(((((........)))))..((((.(((((((........))))))).))))...(((.((((((((..))))))).).))).)))((..))..(.((((((.(((((((((((((..))))))((..........)).((..)).(((..))).(((((((((..(.......)..))).))))).))).))).)))))))).)......(((....))).))))))..)))...))).))))....((((.((.(((((((((........)))))))))(((((...))))).))))))....)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((...........................................)))))))).............((((((....(((((..(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((..((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..))).)))))..)))))).....))))...((((...(((((((((.......))))).)))).)))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).)))))))).............((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))..(((.....))).((((.............))))....((((...(((........))).((((............))))..((((.....))))......(((.((((((..((.......))..)))))).......(((((.......)))))..))).)))).(((((.....))))).....(((((((((.........)))))))))..(((((..(((.............))).(((.....))).((((...................))))....((((....))))..((((((((........)))))))).((((.......))))..)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......((((.(((.....))).(((....)))......aaa(((.((......))))).....))))..((((AAA.........))))..((((.....))))........((((((....))))))...(((..(((((.......(((((.bbbb..))))).BBBB....((((.......{{{{)))).}}}}.....))))).((((...<<<<))))......((((.>>>>...))))..))).(((.....))).))).((((....[[[[.........))))..((((....)))).(((((((((........)))))))))((((]]]]...))))............ |