|
|
|
UAGCACAAUAUGUUACAUUAUUUAUGUGAGCAAGUUCGAUAAAAGUUCGUCUCCCUAAAGUGAUAUAAAACACUUGAAGCUAUCUAAAUAUUCAUAAGUUUAAAAAGCUAUUAUAACUUUUUCUUCUGAAAAAUAAUCAAAGGAAAUUUUUACGGCAUCGCCCAUGUGCUCGGGUAAGGGUCCUAUAAUAAGUGGGAUACGCUAAAUUUUUCCGUCUGUAAAGUUUAGAAGAGAUUAUCAGACUAGCGAUGCAUGAUGCCUGUUAGGCGGCUAAUGUUCAGCGAAACCUUAAUAGCAUGACUAUGAACGUAGAUGUCUAAGUGCCGAUAUGCUUGGACAGGGGUUCGACUCCCCUCGUCUCCAUAU |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..(..........(.((....(.....(.((..(..((.(.(.{..{{{{.).......}}}}..}..................................................((((...(..........)...))))...((((((.((((((..aaaaa)))).)).)..)))))..........AAAAA.....(((((((((...<<<<<.)))))))))..........>>>>>..((..........(((.[[[[.[[))).........))............]].]]]].......)....))..)..)).)....)....)).).(((((.......))))))..........
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((........(((....((((((..((.(((..((((.(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((((((........((..(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))...))......)))))))))).))))..))).))...))))))....)))((((((....(((((((.......................)))))))...)))))).))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((.......))..........(((.......)))........(((((........))))).............................................((((((((((...........(((((..(((...(......(..........)......(((((((.....)))))))...).)))..)))))..........))))))))))........................(((.....)))..............................................(((((((((......)))))))))(((((.......)))))........... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.((...........................................................................................................................................((((((.((((((.......)))).)).)..)))))....................(((((((((.........))))))))).................((...(((....(((........)))...)))...))........................................................(((((.......))))).)).)...... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))........((((.(((((...(((.(.................(((((........)))))...(.(((((......((((.((........(((((((......((((((...............))))))........(((((((((........)))....((((((((.....))))))).).(((((((((.........)))))))))..................)))))).....(((.....))).(((.......))).......)))))))....))))))....))))).).....).)))..))))).((((((((.......))))).)))..)))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....)))))........(((.......)))........(((((........))))).....(....((((........))))....)(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(.(((((((.....))))))).)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))...............((((((((((((......)))))))))(((((.......))))).)))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((.....)))))).............(((((..........(((((........)))))..((((...(((((........)))))...)))).....)))))((((((.(((.......))).))))))........((((.[[[[..))))..]]]]....(((((((.....)))))))...(((((((((...[[[[[.)))))))))..........]]]]].......(((...[[[[)))..]]]](((.[[[[[[))).........((((.....))))]]]]]]...(((((((((........)))))))))((((...[[[))))...]]]....... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.....(((((((.....)))))).).((..(((.......))).))..((.(((((........)))))..)).((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..(((((...)))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................(((((........))))).......(((((...[[[[[..[[)).....((((((........((((((((((...........(((((..(((..(((....(((((......(((.......))).......)))))....))))))..)))))..........))))))))))............((...((((...(((........)))..))))...))........))))))...]].]]]]]...)))....((((......{{{{))))((((((((.......))))).)))..}}}}. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...(.((.(((....(((((..(((......(((..........(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((....(.....(((.....))).......)....))...........)))..))).)))))..))).)).)...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........(((((((...(((((..)))))..(((((((..........(((((........)))))..((((........................)))).....))))))).........))))))).................[[[[[[[...))))))((((((...(((((((.....)))))))...(((((((((.........))))))))).................]]]]]]]....))))))..((((((...(((((((.......................)))))))...((((((((((......))))))))))((((.......))))))))))...... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....((((((((.....))))).)))....(((.......)))........(((((........)))))...((([[[[(((..<<<<<<.<)))....)))(((((......(((((((((((...........(((((..((((....aaa((((........))))....(((((((.....))))))).aaa))))..))))){{{{{.....)))))))))))....}}}}}..AAA......AAA......bbbb......................)))))......>>>>>>>...]]]].BBBB.))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......((((((.....))))))........((((...((((((.......(((((........)))))...(((((.......................((((.........(((((((((((...........(((((..((((.......((((........))))....(((((((.....)))))))....))))..)))))..........))))))))))).........))))...((((..(((((...)))))....))))..............)))))......)))))).....))))...))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((((((((..........(((((.............)))))..........))))))))...(((((..((.((((((....((((((.(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).)))))))......)).)).((((((((.......))))).)))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).))))))))..........((.((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..(((..(((...((((........))))..(..((((((.....))))))..)))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).))..))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........)))).)))).((((.(..((....(((((((.((.(((.(((((........)))))..((((.(((((((........))))))).))))...(((.((((((((..))))))).).))).)))((..))..(.((((((.(((((((((((((..))))))((..........)).((..)).(((..))).(((((((((..(.......)..))).))))).))).))).)))))))).)......(((....))).))))))..)))...))).))))....((((.((.(((((((((........)))))))))(((((...))))).))))))....)). |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((...........................................)))))))).............((((((....(((((..(((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((..((...((((........))))....(((((((.....)))))))..))))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..))).)))))..)))))).....))))...((((...(((((((((.......))))).)))).)))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..((((((((.(((......(((((.............)))))......))).)))))))).............((((((....(((((.((((......(((((((......(((((((((((...........(((((..((((((.....((((........))))....(((((((.....))))))).)).))))..)))))..........)))))))))))...........((...((((..((((.....))))....))))...)).......)))))))..)))))))))..)))))).....))))..(((((...(((((((((.......))))).)))).))))) |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....)))..(((.....))).((((.............))))....((((...(((........))).((((............))))..((((.....))))......(((.((((((..((.......))..)))))).......(((((.......)))))..))).)))).(((((.....))))).....(((((((((.........)))))))))..(((((..(((.............))).(((.....))).((((...................))))....((((....))))..((((((((........)))))))).((((.......))))..)))))..... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......((((.(((.....))).(((....)))......aaa(((.((......))))).....))))..((((AAA.........))))..((((.....))))........((((((....))))))...(((..(((((.......(((((.bbbb..))))).BBBB....((((.......{{{{)))).}}}}.....))))).((((...<<<<))))......((((.>>>>...))))..))).(((.....))).))).((((....[[[[.........))))..((((....)))).(((((((((........)))))))))((((]]]]...))))............ |