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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00106



RNA: TMR_00106
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((..............(((((...(((((...........)))))........................(((........)))....)))))................((((((((((..............(((...............((((((((((.....)))))))))).((((((((((((((((.....).))))))))))).))))...............(((...(((((((..........)))))))...)))...............(((((((((((.(((..........))).)))))).)))))..................))).............)))))))))).)))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((.(((....(((((((..(((((((((((.(((((((............)))))))............(((........)))..............((((.....)))).))))))............((((......)))).......((((((((((.....)))))))))).((((((((((((((((.....))).))))))))).))))...(((..((((((.((((..(((((((..........)))))))..)))).)...........(.(((((((((((.(((..........))).)))))).))))).).....))))))))....))))).....)))))))....)))..)))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((.........(....((((((..(((((.(.......).))))).....(..................(((........))))..))))))......).(.....)(((((((((((.............((((((.............((((((((((.....)))))))))).((((((((((((((((.....).))))))))))).))))...............((((..(((((((..........)))))))..))))...............(((((((((((.(((..........))).)))))).)))))................))))))............))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((.((((((.............((((..))))..((((((((((..[[[[......)))))))............)))...))))))........)))))))...........(((((((((((.............((((((.............((((((((((.....)))))))))).(((((((((((((((........))))))))))).))))..((((((......((((((.(((((((..........))))))).....(((............)))..)))))).))))))((((((((..]]]]..................))))))))))))))............)))))))))))........(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((....((((((.(((((((((..(((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((........)))...))))))..))).)).))))..(((((((((((.((........((((......)))).......((((((((((.....)))))))))).(((((((((..(((((.....))).))..))))).))))...(((((.((.((((..((((.....((((.(((((((...(((((.....))))).))))))).(((((((((((.(((.((....)).))).)))))).))))).))))....))))..)))).)).))))).))...))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(((((((.(((((((((((..(((((((............)))))))..((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((..(((...(((...)))...)))..)))))..))))).)))...))))))...(((((..(..(((((((...(((((((((..(((((.....)).)))..))))).)))).....)))))))..)..))))))))))......((((.((..((((((.((((.....))))....(((((((((((.(((.((....)).))).)))))).))))).)))))).)).))))....))))))....)))))))....)))).)))))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((......)))))....(((((((.(((((((((((..(((((((............)))))))..((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((..(((...(((...)))...)))..)))))..))))).)))...))))))...(((((..(..(((((((...(((((((((..(((((.....))).))..))))).)))).....)))))))..)..))))))))))......((((.((..(((((((((((.....)))))...(((((((((((.(((.((....)).))).)))))).))))).)))))).)).))))....))))))....)))))))(((((...(((..((((....)))).)))))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.((((((((.((.(((((((((.....(((((.(((((((..((.(((((.(((((((((.((......(.(((((...))))))(((...)))))....)))))..)))))))))))..))))))).)))))((((.(((.(((((((((((((((((((((((........))))))))))).)))).((..........)).(......).(((((.((..)).)))))))))))))))).))))((.(((........)))))...((..))))))..))))).).)))))))).............).)))))))).)...))))))).)))))).))))).(((..)))))))))))...)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............................................(((((((............)))))))............(((........)))...................................................................(((((((((.......))))))))).(((((((((..(((((.....)).)))..))))).))))..................................................................(((((((((((.(((.((....)).))).)))))).))))).................................................((((....)))).........)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((....(((((((.(((((((((((..(((((((............)))))))..((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((..(((...(((...)))...)))..)))))..))))).)))...))))))...(((((..((.(((((((...(((((((((..(((((.....)).)))..))))).)))).....)))))))..)).))))))))))......((((.((..(((((((((((.....)))))...(((((((((((..((.((....)).))..)))))).))))).)))))).)).))))....))))))....)))))))....)))).)))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((..(((((......)))))...(((.......)))..(((((...........))))).....((((..........................))))..)))).......((((.....)))).))).((((.......)))).((((.....))))......((((((((((.....)))))))))).(((((((((((((((........))))))))))).))))...((((......))))....(((((((..........)))))))...(((((.....)))))...((((((((......))).(((((.....)))))...))))).(((....)))..((((...........)))).....(((((((.....))).(((((.......)))))...))))....