|
|
|
GGGGGUGUAAAGGUUUCGACUUAGAAAUGAAGCGUUAAUUGCAUGCGGAGGGCGUUGGCUGGCCUCCUAAAAAGCCGACAAAACAAUAAAUGCCGAACCUAAGGCUGAAUGCGAAAUUAUCAGCUUCGCUGAUCUUAAUGAUCUAAGAGUUGCUGCUUAAUUAGCAAAGUUGUUACCUAAGUACUGGUAACCCGGUGUUCGCGAGCUCCACCAGAGGUUUUCGAAACGCCGUCAUUUAUCUGGUUAGAAUUAGGGCCUUUUAACUCUCAAGGGAACUAAUUUGAAUUUUAAUGAGAGUCGUUGGUCUCUAUAGAGGUUUCUAGCUGAGGAGAUAUAACGUAAAAUAUUCUAGAAACUAAGCAUGUAGAGGUUAGCGGGGAGUUUACUAAGGACGAGAGUUCGAAUCUCUCCACCUCCAUAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.(((....((((((((.((((((((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]].......................................................(((.((.(.(..(.((.((.((((........)))).)).)).)..).).)).)))..(((((((((.(((((..{{{{{{))))).)))).))))).......}}}}}}(.(((((((..((((...aaaaaaa))))..))))))).).......AAAAAAA(((((((((((.(((..<<<<<<<<))).)))))).))))).........>>>>>>>>...)))))....))))))))....)).).)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.........)))))).....)))))...((((((.(((((((............)))))))..............(((((((.(((((((...........))))))).((((.(((((......)))))(((((((((((..(((((....)))))..)))))...)))))).))))((((..(((((((...(((((((((......((((.........)))).......)))))))))..(((((((..((((..........))))..)))))))((((((((((((((..(((((((((.........................))))))))).....)))))))))))))).))))))).....)))).)).)))))...)))))).))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....(((((.............(((((...........))))).......................................................)))))...((((.....))))............................((((((........)))))).(((((((((.((((..........)))).))).))))))...............................(((((((......................)))))))((((((((((((((..(((((((((.........................))))))))).....)))))))))))))).........)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((............((((((.((((((.......(((((((............)))))))............(((........))).......................................................................................(((((..((.((((..........)))).))...)))))................................................................................................................................))))))....)))))).............))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((.(((((((((.(((((((((............))))))).........(((((((.......((((((...........)))))).......((((........)))).((((((......))))))....((((((........)))))).))))))).))...))))((((((.......................))))))..(((((((..((((..........))))..)))))))...........((((........))))......((((((((.........................))))))))...)))))....))))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((((((.((.((((((.(((((((((..(((((.(.......).))))).....((..................((........))))..))))..))))).).))))).((((((.....))))..))...(((((......))))).....((((((..((())))))))).(((((((((.((((((.....).))))).))).))))))...........(((.(((((((..(((((........)))))..))))))).)))...........((((((((((((((((.(((((((((.......(((((........))))))))))))))...).)))))))))))))))....))..))))).((....))))))))))...))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..................(((...[[[[..)))..]]]](((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((..[[[...)))....(((..(((((.(((((((...((((.....))))...)))..))))..))))).))).....((((((........))))))..]]].((((.(((((..[[[[[[))))).)))).............]]]]]]..(((((((..(((((..[[[[[[)))))..)))))))..........]]]]]](((((((((((.(((.[[[[[[[[[))).)))))).))))).........]]]]]]]]]...............(((.[[[[)))......((((....))))...]]]]..))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....(((((((((((((((((((.((.....)).)))))......((((((............(((........)))....(((..(((((.(((((((...((((.....))))...)))..))))..))))).))).....((((((........)))))).(((((((((.(((((........))))).)).))))))).......(((.(((((((((((..(((((........)))))..)))))))......)))).)))...))))))(((....)))((((((((.......(((((........)))))))))))))...)))))))...)))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((..(((...........((((...((..(((...(((((..{{{{{{{..))))).....}}}}}}}............(((........)))aa..)))....))..AA))))....((((.....))))............................((((((........)))))).((((((.((.((((..........)))).))..))))))...............(((((((..(((((...[[[[[)))))..)))))))..........]]]]].((((((((((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))))))))).................<<<<...))).))>>>>))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(........(((((((((....(((((((((((((((((((.((.....)).)))))......((((((............(((........))).........................((((.....)))).......(((((......))))).....((((((........)))))).(((((((((.((((((.....).))))).))).)))))).......(((.(((((((((((..(((((........)))))..))))))......))))).)))...)))))).........(((((((((.......(((((........))))))))))))))..)))))))...)))))))....)))).))))).......(.......))...))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((....................(((((.(((((((((([[[[........)))))))............))).......(((((((...........)))))))(((((.(((((......))))).((((((......))))))....((((((........)))))).))))))))))(((((((((((((.......................)))))).........]]]].....(((((((......................)))))))((((((((((((((..(((((((((.........................))))))))).....)))))))))))))).))))))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((....((((.(((.((((((........(((((..............))))).........(...(.........................................................((((((......)))).))........................(((((((((.((((..........)))).))).))))))..................((((((((..............))))))))...................(((((.((((..(((..........)))....)))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((....((((.(((.((((((.(......(((((..............))))).........(...(.........................................................((((((......)))).))........................(((((((((.((((..........)))).))).))))))..................((((((((..............))))))))...................(((((.(((...(((..........))).....))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..((((((......(((((..(((((((((..(((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((........)))...))))))..)))...)))))...((((.....))))...))))))..)))(((((((.......((((((........)))))).(((((((..((((..((......))..)))).)))))))........)))))))(((((((..(((((........)))))..)))))))..........(((((.(((((..(((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))..))))).............((((....))))....)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((((((((((((....(((((((((((((((((((...........))))).......(((((............(((........))).....(((((aaaa.....))))).(((({{{..))))}}}...((((((..AAAA))))))....((((((........)))))).(((((((((.((((((.....)).)))).))).)))))).......(((.(((((((((((..(((((........)))))..)))))))......)))).)))...))))).<<<......(((((((((.......(((((........))))))))))))))..)))))))>>>)))))))....)))).)))))...[[[...))))))))]]]))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((..((..(((....)))..))......((.((((.(((..(((((((............)))))))..((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((((...((((.....))))...)))..))))..))))).)))..)))))).)))...((((((....))))))..)))).))...))).((((..((((((...(((((.....(((.(((((((((((..(((((........)))))..)))))))......)))).))).((((((..((((((((.(((((((((.......(((((........))))))))))))))...).)))))))..)))))).............)))).)..))))))..))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......((..((((((......(((((..(((((((((..(((((.((.....)).))))).....((((..........................))))..))))..)))))...)))))...((((.....))))...))))))..)).(((((((.......((((((........)))))).(((((((..((((..((......))..)))).)))))))........)))))))(((((((..(((((........)))))..)))))))..))))).(((.(((.(((((..(((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))..))))).((((........((((....))))......))))..)))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((((((.......(((.....)))..((((((((.(((((((............)))))))..((((((....(((........)))....(((..(((((.((((.((...((((.....))))...))...))))..))))).)))..)))))).)))...((((((....)))))))))))(((((((((((((......((......)).......))))))..(((((((..(((((........)))))..)))))))...............((((((..(((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))..))))))))))))).))))).((....))))))))))...))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((((.(((((((...(..)(((((((.((..)).).))))).)((((((((.(((........))).))((((..))))..(.(....).).((((((...))))))((((((..(((((..((((((((...)).))))))(..((((((........)))))))((((((((((((((((......))))))))))).))))).(........).)))))))))))).)))))((((((((((((((..((..))..))))))))))))).).....(((((....(((((((((...................((..)))))))))))((..)).))))).))))))).)))))).))))).(((..)))))))))))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................................((((.........((((((..............))))))............(((........)))...))))..................((((.....)))).................................................(((((((((..(((..(....)..)))..))).))))))................((((((..(((((........)))))..)))))).................(((((..(((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))..)))))...............((....))...........))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((..((((((......(((((..(((((((((..(((((.((.....)).)))))........................(((........)))...))))))..)))...)))))...((((.....))))...))))))..))))...((((......((((((........)))))).(((((((..((((..((......))..)))).)))))))...........))))(((((((..(((((........)))))..)))))))..........(((((.(((((..(((((((..(((((((((.......(((((........)))))))))))))).....)))))))..))))).............((((....))))....)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((......(((((......)))))...(((((......((((.....)))).((((............))))............)))))...))))..((((....(((((.........))))).((((.....))))....))))..((((.....)))).....((((((........))))))..((((((..((((..((......))..)))).)))))).(((......))).((((.((((..(((((........)))))..)))).........(((((.....))))).((((....))))..)))).....((((.(((........))).((((.............)))).......((((((........((((....))))....))))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(((((......)))))...(((((......((((ccccc)))).((((..CCCCC.....))))............)))))....((((..(((((..<<<<.....))))).>>>>.((((.....))))..{{{{((((((......))))))....((((((........))))))..(((([[[[..[[[[[)))).]].]]]..]]]]..((((.........))))......)))).((((....}}}}.))))..((((((.............bbbb..))))))BBBB.(((......))).....((((((((........))).((((.aaaaa.......))))...(((.....AAAAA.))).((((....)))).....))))))))))).... |
