|
|
|
GGGGGUGUAUAGGUUUCGACUUGAAAAUGAAGUGUUAAUUGCAUGCGGAGGGCGUUGGCUGGCCUCCUAAAAAGCCAACAAAACAAUAAAUGCCGAACCUAAGGCUGAAUGCGAAAUUAUUAGCUUGUUUGACUCAGUAGAGGAAAGACUAGCUGCUUAAUUAGCAAAAGUUGUUAGCUAGAUAAUCUCUAGGUAACCCGGUAUCUGCGAGCUCCACCAGAGGCUUGCAAAAUACCGUCAUUUAUCUGGUUGGAACUUACUUUCUCUAAUUCUCAAGGAAGUUCGUUCGAGAUUUUUGAGAGUCAUUGGCUGCUAUAGAGGCUUCUAGCUAAGGGAGUCCAAUGUAAACAAUUCUAGAAGAUAAGCAUGUAGAGGUUAGCAGGGAGUUUGUCAAGGACGAGAGUUCGAGUCUCUCCACCUCCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.(((....((((((((.((((((((((..{{{{{{{..))))).....}}}}}}}..................................................(.(((.((..(..(...(.(((((.((((.........)))).))))).)...)..)..)).))).)..((((((.((((((((..[[[[[[)))))))).).))))).......]]]]]](.((((..(((((((...aaaaaaa)))))))..)))).)......AAAAAAA((((((((.((.(((...<<<<<<<))).)).))).))))).........>>>>>>>....)))))....))))))))....)).).)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((((((((...((((..(((((((((((......(((((......(((.((((..(((((...(((((((...........))))))).(((((.....((((((((...(((((((...((((......))))..))))))).((((((((((((((..(((((..((((((((........))))))))...)))))....))))))))..)))..))).))))))))....))))).......)))))..)))))))........)))))......))))))...))))).....))))..(((...............))).)))))))...)))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((((((((.......(((((((............)))))))............(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))........((((((((....(((((((((...((((((.((((((((.(....).))))))))..)))))).....))))).....((((..(((((((..........)))))))..))))............................))))...)))))))).................................))))))...))))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((((((((.......(((((((............)))))))............(((........)))................((((...(.................)...))))..................((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((........))))))))..))))))...............((((..(((((((..........)))))))..))))........................(....................)..............................))))))...))))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((.(((((.......(((((((............)))))))............(((........)))....(((....((....(((.((((..(((....)))...)))).))).....))...))).......(((((((((....(((((.....((((((((.(((((((..........)))))))..))))))((....(((......((((..(((((((..........)))))))..))))..)))....))........))......)))))...)))))))))................................)))))....))))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(.(((((((((....((((((((((((((...(((((((((((............)))))))............(((........)))(...(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))..)....(((((((((...(((((((((((..((((((.((((((((.(....).))))))))..))))))....)))))).....((((..(((((((..........)))))))..))))............................)))))..)))))))))....))))........................))))))...))))))))....)))).)))))..)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....)))))........((((.....))))..(((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((.[[[....)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))...]]]((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((..[[[[[[))))))))..)))))).......]]]]]]..((((..(((((((......[[[.)))))))..))))...........]]].........(((.....[[[[[[[)))...]]]]]]]............((((....[[[[[[[.[[[))))....]]]....]]]]]]]..(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((.((((((((..(((.....))).((.....))(((((((............)))))))............(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))......((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((........))))))))..)))))))))))).)).)))))))))).(((((((((((((((((((((..(((....))).)))))))))).((((((((.((.....((((...))))..)).)).)))))).......(((((.............))))).)))).)))))))...........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((((((((.......(({{{{{{{{{{{......{{{{{))............(((........)))................((((.(((...(((....)))....))).))))...................((................[[[))..((((((.((((((((........))))))))..))))))......]]]......((((..((((((.....<<<<<<<))))))..)))).......>>>>>>>....}}}}}......}}}}}}...}}}}}.................................))))))...))))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((.((((((((.((((.....))))((.....))(((((((............)))))))............(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))......((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((........))))))))..)))))))))))).)).)))))))))))((((((((((.((((((((((...((....))..)))))))))).((((((((.((.(((..........))).)).)).))))))........((((.............))))...))).)))))))...((...)).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((((.......(((((((((((((((((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((((.....(((((((...........)))))))...........((((((((...(((((((...................))))))).......((((((((..((((((.((((((((........))))))))..))))))....))))))))...........))))))))(((((((((((..((((..)))).)))))))))))..)))))...........(((((((.........................)))))))....))))))))...)))))).....((((((...))))))..))))))))....))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((....((((.(((.((((((........(((((..............))))).........(......................................................................................((.((((.......)))).))...((((((.(((.((((........)))).)))..)))))).................((((((((................)))))))).................((((((((((..(((..........)))...)))))))))).................)..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((....((((.(((.((((((.(......(((((..............))))).........(......................................................................................((.((((.......)))).))...((((((.(((.((((........)))).)))..)))))).................((((((((................)))))))).................(((((((((...(((..........)))....))))))))).................).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((((.((((((((..((((((((((((..(((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((........)))...))))........(((((.((((..(((....)))...)))).)))))...))))))))......((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((........))))))))..)))))))))))).)).))))))))))))...(((((((((((((((((..(((....))).))))))))))).....(((.((.(((((((((((......)))))))...((....))..))))..))...)))...))))))......(((((........((((....))))....)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((((((.((((((((.((((.....))))..(((((..[[[[[[[..))))).....]]]]]]]............(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))......((((.(((((.....))))).)))).((((((.(((((((((.....).))))))))..)))))))))))).)).))))))))))))((((((((((((((((((((..(((....))).)))))))))).((((((((....(((..........)))....)).)))))).......(((((.............))))).)))).))))))...(((...)))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....((((((((.......((((((((((((((...((((.((((((((((((......((((((...((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))...)))))).(((.((.(((((((((((((..((((((.(((((((..(....)..)))))))..))))))....))))))))...((((..(((((((..........)))))))..)))).))))).))...)))..))))))......))))))...))))))....))))..((....))..............)))))))...))))))).....((((((...))))))..))))))))))).))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((((((.((((((((..((((((((((((((.....))(((((((............)))))))............(((........)))...))))........(((((.((((..(((....)))...)))).)))))...))))))))......((((.(((((.....))))).)))).((((((.(((((((..(....)..)))))))..)))))))))))).)).))))))))))))...(((((((((((((((((..(((....))).))))))))))).....(((.((.(((((((((((......)))))))...((....))..))))..))...)))...))))))...))..((((...(.(..((((....))))..).).)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(.(((((((...(......).)))))))((((((((.(..((((......))))..(.(....).)....).)))))))).((((..))))((((.((((((((((((......).)))))))))))...((((((.(..((...))((((((((((((((((......))))))))).))))))).((..........)).)))))))))))(((((((((((((((..(.......)..)))))))))))((((((((((((((((.......).))))))))).))))))(((..)))..))))).)))))))))...).)))))))).))))))).)))).(((..)))))))))))...))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........................((((((..((((((...(((...(((((.(((((......(((((..............(((........)))...............(((((.((((..(((....)))...)))).)))))...........................................((((((.(((((((..(....)..)))))))..)))))).................................((((((......((....)).....)))))).....)))))......)))))....)))))......)))........................)))))).....))))))................(....)............))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((((((((((((((...((((.((((((((((((......((((((...((((((....(((........)))....(((..(((((.(((((.((((..(((....)))...)))).)))))..))))).)))...)))))).....(((..((.((((((((..((((((.((((((((........))))))))..))))))....))))))))...((((..(((((((..........)))))))..)))).........))..))).))))))......))))))...))))))....))))............((.....))...)))))))...)))))))....)))).)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...(((((....))))).........((((.......(((.....))).(((((............)))))....))))...........)))).(((((((...........)))))))....((((.(((((........)).)))(((.....)))...)))).....(((((.....))))).......(((((.((((((((........))))))))..))))).(((......)))...((((..(((((((..........)))))))..))))..(((((....)))))....(((........))).(((.......))).....((((...................))))...(((((..((((.....))))...((((....))))..........)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...(((((....)))))..(((.....)))..((((((..(((((...[[[[[...))))).....((((...............]]]]]......))))..))))))........(((.((((..((.ccc...))..))))bbbb((((.....)))).........))).(((.....))).((((...<<<)))).((((((.aaaaaaaa.))))))......AAA.......AAAAA.>>>......((((((.....{{{{.))))))....(((}}}}.....)))(((.....)))BBB.....(((((((.BCCC.)))))))..((((...................))))...((((...((((.....))))...((((....)))).....)))).)))))).... |
