RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00116

RNA: TMR_00116
Rfam family: tmRNA

			GGGGAUGCUCUGGUUUCGACAGGGAGUGAACGCCGUAGACUGCAGGUCGUGCCGCCCAGUCACGUAAAAGGGGCAAGGCAACAACUGCCAACACCAACACUCGGGCCCAGGCUCGCCUGGCCCUCGCCGCUUAAUAAUAGCGGCGCGCUCGCCGUAGCUCCCCCGAUGGUUACGGGUCGAGCGUCAGCAGUCGGGUGCUCCGGUAACGCCUGCCUGAGCGUUAUCGGCUAAGAGAUCAGGCUGGCCCAACGGUCGCUUUGCCACUCGUGCGACUGCGGGUGAGAUGAAACGAGGGGCUAAACCUGUAGAUGUCUGCGGUCUAGCUUUCUGGACGGGGGUUCGACUCCCCCCAUCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(.(((((((((..(((((((((..aaaa...))))......AAAA..................................................(((((((.......)))))))((((((((((((((..<<<<<<))))))))..))))))......>>>>>>....((((((((((..[[[[[[))))))))))........]]]]]]..((((..(((((((...{{{.{{{{.))))))).)))).........}}}}.}}}...))))).....))))))))).).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((..((((((((.............))))..))))......(((..((((...(((.(((((.(((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..)))))).....)))..))))..((((((((((........))))))))))...........))).(((((.....(((.(((..((((((((....))))))))....))).))).)))))..)))))))...)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((...(((.......................((((.....)))).............(((.(((((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))...(((((((......((((((((((........)))))))))).................(......)...(............))))))))..................)))...)))))))...)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((..............................................................................(((((.........))))).(((((.(((((((..........)))))))...))))).....................................................................................................................)))))))...)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....(((((((((..(((((..((((((((.............))))..)))).............((.......))..(((((....)))))(((((((((((.......)))))....((((((...((((.((((.......))))..))))....((((.((((((..((((((((((........))))))))))...........((((........)))).......)))))).....)))).))))))......)))))).....))))).....)))))))))....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(..((..((((((((....((((((((((((((((...(((((((.............))))..((((.....)))).............(((.((((((..))))))))).(((((((.......)))))))(((((((((((((((....)..))))))))..))))))...(((((((......((((((((((........)))))))))).............(.((((....)))))(............))))))))..................)))...)))))))...)))))))))...)))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.[[[[[...))).....]]]]]..........(((.[[[[))).((((((((.............))))..))))....]]]]..............(((((.(((....))))))))..((((((.......))))))(((((((((((((((..[[[[[[))))))))..))))))).....]]]]]]....((((((((((..[[[[[[))))))))))........]]]]]]..((((..(((((((.......[[[[[))))))).))))........]]]]]((((((.(((.((((....))))))).)))))).......(((((........)))))..........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((...(((.((..((..........((....((((.....))))....)).......(((((.(((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))..((((......))))((((((((((........))))))))))........(((..((.((((..(((((((............))))))).)))).)).))).))..)))))...)))))))...)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((...(((..................((((((((.......))).............((((.((((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))................((((((((((........))))))))))................[[[[..[[[[[[[.)))))......]]]]]]].]]]]..............)))...)))))))...)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((...(((((((.............))))..((((.....)))).............((((.((((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))..((((......))))((((((((((........))))))))))........(((..((.((((..(((((((............))))))).)))).)).))).......)))...)))))))...)))))))))...))))))))...(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............((((((.....(((((((((((((((..((((((((.............))))..))))......(((........(((((((..((((((..))))))....(((((((.......)))))))(((((((((((((([[[[[[..))))))))..)))))).......)))))))..((((((((((........))))))))))...........)))((((((..(((((((............)))))))..................)))))).)))))))...))))))))(((((....)))))]]]]]]....))))))..)))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((...........)))))........(...(.....................................(.((((.........)))).)((((((.(((((((........)))))))...)))))).................((((((((..........)))))))).................(((((.((((.(((..........))).)))))))))................))..))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((...........)))))........(...(.....................................(.((((.........)))).)((((((.(((((((........)))))))...)))))).................((((((((..........)))))))).................(((((.(((..(((..........)))..))))))))................)).)))))))....))).))))....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..(((....((((((((((((((((...(((.(((((((..(((..((.((((((((.((....(((..((((...(((.(((.(((((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..)))))).....)))..))))..((((((((((..[[[[[[))))))))))........]]]]]].)))......)).)))))))).))..)))))))).))((........))....)))...)))))))...)))))))))...)))..)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((...(((((((.............))))..((((.....)))).............((((.((((....)))))))).(((((((.(....))))))))((((((((((((((........))))))))..))))))..((((......))))((((((((((.(.....)))))))))))........(((.....((((..(((((((............))))))).))))....))).......)))...)))))))...)))))))))...))))))))...((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((....((((((((((((((((......((((.............))))..((((.....))))............(((((....)))))..((((((((((((((.......)))))))..((((((...((((.((((.......))))..))))....(((((((......((((((((((........))))))))))...........(((((......)))))...............))))))).)))))).........))))))).))))))))...))))))))...))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..(((....((((((((((((((((...(((.((..((..(((......((((.(....)...))))..((((.......(((((.(((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))...(((((((......(((((((((((.....).))))))))))....(((..(((((.((((....)))))).)))...)))...))))))).))))..)))..))..)))))...)))))))...)))))))))...)))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((...........)))))....((((((((((((((((...(((.(((((((..(((..((.((((((((.((.(((((..............(((((.(((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))...))))).(((((((((((((((((........))))))))))...........)))..))))....)).)))))))).))..)))))))).))((........))....)))...)))))))...)))))))))......)))).((.(((((........))))).)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..(((....((((((((((((((((...(((.(((((((........((((((.((((.....))))....((.((....(((.(((((....))))))))..((((((.......))))))(((((((((((((((........))))))))..))))))).....)).)).))))))(((((((((.....).))))))))))))......(((..((.((((..(((((((............))))))).)))).)).)))...).)))))...)))))))...)))))))))...)))..)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((((((....(((((((((.((((.(.(...(((((((((.((.......((((((((((..(((((..........(..(((.((((((..)))))))))..)(((((.......))))).(((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).))))..))).(((((((.((.((((((((((..(((...)))..))))).))))).)))).)).)))).))))))(((((((......))))))))).)))..))..))))..))))))...).))))))))...))))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..(((....((((((((((((((((...(((.((...................................((((.......((((.((((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..))))))...(((((((......(((((((((((.....).))))))))))....(((........((((....)))).........)))...))))))).))))...........)))))...)))))))...)))))))))...)))..)))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((..(((....((((((((((((((((...(((.(((((((..(((..((.((((((((.......(((..((((...(((.(((((.(((....)))))))).(((((((.......)))))))((((((((((((((........))))))))..)))))).....)))..))))..((((((((((........))))))))))...........))).((((....)))))))))))).))..)))))))).))((........))....)))...)))))))...)))))))))...)))..)))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.......)))))..(((..((........))...)))....((((.............))))..((((.....)))).............(((((.(((....))))))))..((((((.......)))))).(((((((((((((..........))))).)).))))))..((((......))))..((((((((........)))))))).(((.........))).((((....)))).......(((((((......)))))))...........((((......((((((....)))))).((((....))))..(((((........)))))..))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.(((((((.((.....))))).......(((.....))).((((.((.............)))))).((((.....))))...)))).[[[..(((((.(((....)))))))).(((((((.......))))))).((((((((((((..........))))).)).)))))...)))..((((]]]..))))..((((...{{{{{))))....((((.((...}}}}})))))).....(((((.......<<<<<)))))....((((((((...))))).......)))(((((....))))).(((((....))))).(((((........)))))>>>>>.....

---