|
|
|
GGGGAUGACAGGCUAUCGACAGGAUAGGUGUGAGAUGUCGUUGCACUCCGAGUUUCAGCAUGGACGGACUCGUUAAACAAGUCUAUGUACCAAUAGAUGCAGACGAUUAUUCGUAUGCAAUGGCUGCCUGAUUAGCACAAGUUAAUUCAGAAGCCAUCGUCCUGCGGUGAAUGCGCUUACUCUGAAGCCGCCGGAUGGCAUAACCCGCGCUUGAGCCUACGGGUUCGCGCAAGUAAGCUCCGUACAUUCAUGCCCGAGGGGGUGUGCGGGUAACCAAUCGGGAUAAGGGGACGAACGCUGCUGGCGGUGUAAUCGGACCACGAAAAACCAACCACCAGAGAUGAGUGUGGUAACUGCAUCGAGCAGUGUCCUGGACGCGGGUUCAAGUCCCGCCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.((((((((((((((.....{{{{{{{..)))))........}}}}}}}................................((((((..(((((((((....))))).)))).))))))(((((.(((((......<<<<<<<.....))))).))))).........((((..(((((....))))))))).>>>>>>>(((((((((((...aaaaa..))))))))))).......AAAAA....(.((.(((..((..[[[[.[[[))..)))..)).).........]]].]]]]....)))))...)))).)))))..))).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((.(((...((.((((((((((.(((....)))))).....(((((((.((((((.............((((((......))))))((..((((....))))..))..(((((....(((((((....)))))))....))))))))))))))..)))).))))))))).))))))).(((..(((....((((((((.((((..((((((...............))))))..)))).((((....))))))))))))..)))..)))......(((((..((((((((..(((((((.....((((((.......................))))))...)))))))))))))))..(((((....))))).)))))..))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((...(((..(((((.(((((((((.........((((((((...............)))))))).........((((.((((....)))).))))((((((..(((((((((....))))).)))).))))))(((((.(((((..................))))).))))((....((((((((.........(((((...........................))))).......))))))))..)).................).((((((....))))))..(((.....)))...................))))))...))).)))))..)))..))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((.((((..................................................((((.((((....)))).))))((((((....(((((((....)))))))....)))))).((((..............................))))..........((((..((((......)))))))).........((((((((..............))))))))..........................................................................))))....))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((((((((.......((((..(.(((((............((((((......))))))(((.((((....)))).))).((((((..((((...............)))).))))))(((((.(((((....(........)....))))).))))).........((((..(((((....)))))))))........))))).).((....(((((...(((.........)))..)))))....))........))))((((.(((......................))).))))....)))))...)))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(..(((((((..(((..(((((.(((((((((.....(...((((((((...............)))))))).........((((.((((....)))).))))((((((..(((((((((....))))).)))).))))))(((((((((((..................)))))(((.(((....((((((((.((((..(((((((..((....))..)).)))))..)))).((((....))))))))))))..))).))).......)))))).(((((((())))))))..(((.....)))................)..))))))...))).)))))..))).))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(((((........[[[...)))))...]]]..((((((...[[[[[[[[.))))))........]]]]]]]].........((((.((((....)))).))))((((((..(((((((((....))))).)))).)))))).......(((((.[[[[((((......)))))))))....]]]]..(((((((..(((((....))))))))).........((((((((((...[[[[[..))))))))))........]]]]]....)))..(((((((((....))))))..))).((((((............[[[[.......)))))).(((((.....)))))...]]]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((((.((((((.(((((((.......))))))).((((((((......))..)))))).........(((((......))))).(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....))))).)))).)))))).))))))))))).....(((((((........(((....))).......((((..(((((....))))))))).))))))).((((((......((((....))))))))))....((....))......((..(((((((((....))))))..)))..)).......((((..(((((....)).))))))).(((((.....)))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((...(((..(((((.(((...............(((.(((((..............((((((......))))))(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....)))))).))).)))))))))))))).......((((((((((((..((((((((.((((.......((((..(((((....))))))))).........((((((((((..........))))))))))...........................)))))))))))).....((.....)).............))))).)))))))...))).)))))..)))..))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((((.((((((.(((((((.......))))))).((((((.(......)...)))))).........(((((......))))).(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....))))).)))).)))))).))))))))))).....((((((......(((.......))).......((((..(((((....)))))))))..)))))).((((((......((((....))))))))))....((....))......((..(((((((((....))))))..)))..)).......((((..(((((....)).))))))).(((((.....)))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.....))))).........(((((((((...(((((....((((((((...............))))))))....................)))))..)))))))))..(((((((...................((((((......(((((.....((((.[[[[[))))))))))))))).......((((..((((((..))))))))))........(((((((((((..........))))))))))).....)))))))............((((((((..(((((((.....((((((.............]]]]].....))))))...)))))))))))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((...........(((((.................)))))........(.........................((.((((......................)))).))......................((((((.(((...(((..........))).))).......)))))).................((((((((..........))))))))..................(((((((((.(((........)))...)))))))))..................)..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.........(((((.................)))))........(.........................((.((((......................)))).))......................((((((.(((...(((..........))).))).......)))))).................((((((((..........))))))))..................(((((((((.(((........)))...)))))))))..................).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((((.........(((((((.(((((..............((((((......))))))(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....)))))).))).))))))))))))))..)))).((((((((((((..((((((((.((((...((((((((.((((..((((((((.((....)).))).)))))..)))).((((....))))))))))))......(((...........)))..))))))))))))....(((.....)))............))))).))))))).))))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((.(((((.((((((.(((((((.......))))))).((((((............)))))).........(((((......)))))((((.((((....)))).))))((((((..(((((((((....))))).)))).)))))).))))))))))).....(((((((.....(((.......))).......((((..(((((....))))))))).))))))).((((((......((((....)))))))))).........................((((((....))))))..(((.....)))...((((..(((((....)).))))))).(((((.....)))))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((((.........(((((((.(((((..............((((((......))))))(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....))))).)))).))))))))))))))..)))).((((((((((((..((((((((.((((...((((((((.((((..((((((((..(....)..))).)))))..)))).((((....))))))))))))..((....)).....(....)....))))))))))))....(((.....)))............))))).))))))).))))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((.((((((.....))).))).)).(((((.(((((.......((((..(((.((((((.............((((((......))))))(((.((((....)))).)))..(((((..(((((((((....))))).)))).))))))))))))))...))))((((((((((((..((((((((.((((...((((((((.((((..((((((((.((....)).))).)))))..)))).((((....))))))))))))......(((...........)))..))))))))))))....(((.....)))............))))).))))))).))))).)))))......)))))).((.(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((((.(.(((.....).(((.((((((.............((((((......))))))(((.((((....)))).)))..(((((..(((((((((....)))))).))).)))))))))))))))).)...((((((((((((..((((((((.((((...((((((((.((((..((((((((..(....)..))).)))))..)))).((((....))))))))))))..((....)).....(....)....))))))))))))....(((.....)))............))))).))))))).))))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(...)..).((((((..)).))))(((.((((((.(((.((((((((((.(.............)))))....(((...(((........))).))(((.(((....))).)))..((((((.((((((((((....)))))).))))))))))..)(((((((((((((.(((((((.((.((((.((..)))))..((((((.(((..)).)..))))))...))))))))))......))))))..))))))))))))))))..((.((((((...)))))).))..(((((((((((.(((((..((........))..).)).)).)))..((((((........)).)))).).)))))))(.(((((........))))).).))))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..(((((.(((((.............(((.((((((.............((((((......))))))(((.((((....)))).)))..(((((..(((((((((....)))))).))).)))))))))))))).......((((((((((((..((((((((.((((...((((((((.((((..((((((((..(....)..))).)))))..)))).((((....))))))))))))...............(....)....))))))))))))....(((.....)))............))))).))))))).))))).)))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((..(((..((((..(((((.........(((((((.(((((..............((((((......))))))(((.((((....)))).))).((((((..(((((((((....))))).)))).))))))))))))))..)))).((((((((((((......(((..(((....((((((((.((((..((((((((..(....)..))).)))))..)))).((((....))))))))))))..)))..)))......((..(((((((((....))))))..)))..))................))))).))))))).)))))..))))..))).)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....(((((.....)))))...(((....))).(((..(((..((....))..))).(((((.........))))).((((........)))).((((....))))..)))..((((..(((((((((....))))).)))).)))).))))))...((((....))))...(((((.((((.....))))...((((((((.((((..((((((((.((....)).))).)))))..)))).((((....))))))))))))......)))))....(((((...((((((....))))))....(((.........((((((((.......)).)).)))).(((((.....))))).))).....(((((.......)))))..))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......))))..((((((({{{......))))..((((...((((((...[[[[[[[[.))))))........]]]]]]]]}}}......)))).((((....))))..(((..((((..(((((((((....))))).)))).)))).(((.....)))....)))aaaaaaa)))..((((.....)))).......((((..(((((....))))))))).AAAAAAA))).(((((((.<<<<<<...)))))))>>>>>>..............(((((...((((((....))))))....(((.........(((.((.((((....)).))))))).(((((.....))))).))).....(((((.......)))))..))))).... |
