|
|
|
GGGGGCGACAUGGCUUCGACGCCGGUGACAAUCCCUGAGGUGCAUGCCGAGAGCGUAACGUAUCUCGUAAAUCCAACGUUACGAUUAAAUAGUCGCAAACGACGACAACUACGCUCAGGGCGCGCUGGCAGCGUAACAACUGCUAGCUUCUAGUCCGGCCCGGAGGUGAUGUGCCCAUUCAUCACCGAUGGGAUACGAGCUCAGACUGAUGGGAUCGCGGUUGGCCCUGUCCUCGUGUCAGCCGCUAAAACUUAGAGGAAUCGCGUCGCUGGAUCCUGCCCGUCGGAGCCAGGGACGUUAAAUCAGAAGACGGACCUAAGCAUGUAGAGCCGAUGGGUGAGUGCCGGCGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGCCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((.((((((((((.{{{{{{{..))))).........}}}}}}}.........................................(((((((........)))))))(((.((......((((...((((((..<<<<<<))))))...)))).)).)))........>>>>>>.(.(((((((((.(..aaaaa).))))))))).).......AAAAA...(((((.((.(.(((.[.[[[[[)))..).)))))))..........]]]]].]....)))))....)))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...((((....((((((((((...(((..(((..(((((....)))))...)))...........(((..((((..((((((((........)))))))).....)))))))..)))(((((((........))))))).)))))))))).))))...((((((((...(((((((((...........)))))))))..........((((.((.........)))))).))))))))....(((..((((.........))))..)))..)))))))...))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))....(..((((((((........)))))))).....)((((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))........................(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))............)))).....))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......((...((.(((((((((((..........)))))...................................................................................................................................................................................................((((.......(((........))).......)))).....................))))))....))...))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((.(((((...(((((((((((..............))))))).........((((.......))))......)))).......((((((((........)))))))).....(((((.((((..(((((((........)))))))..)))).............((((((.....(((((((((...........))))))))).....)...((....))(((((.((((.(((........))).)))).)))))...)))))....)))))....)))))....)))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.(.(.(((...((((((((((..(((((((..(....((((((........)))))).......((((....)))).....))))))))..)((..((((((((........)))))))).....))(((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))....(..(((........)))..)(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))(.........).)))......))))))...)))...))))..))))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((......))))..............(((....)))..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......))))))).(((((.((((((((........))))))))...........[[[[..[[[[[[[)))))...]]]]]]]..]]]].......((((......))))...(((((((((....[[[[[..))))))))).........]]]]]......(((((((.....(((((((((....(((..((((.........))))..)))............))))))))).....)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((......(((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))..((((((((........)))))))).((((((.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).))).)))...........(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...((..(((..(((....)))...)))..))....(((((......))))).))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((((((((...(((((((..................................((((.......))))...))))))).......((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))........................(((((((((...........))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).))))).....................))))))...)))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))......(.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).)((((......))))...(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))..((.......(((....)))........))....(((((......))))).))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((...(((((((..............((((((((..............))))))))........((((.......)))).......))))))).((((((((((........)))))))(((((((..((((.....(((((((..[[[[[.))))))).....((((((((........((((((............)))))))))))))).)))).......)))))))...)))))))))))........)))))))))))....((((.........))))................((((]]]]].......))))....(((((.......)))))))))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((........(((((................))))).........(...(.............................((.((((........)))).)).....((((((...(((.((((...........)))).)))........))))))...............((((((((.............)))))))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(......(((((................))))).........(...(.............................((.((((........)))).)).....((((((...(((.((((...........)))).)))........))))))...............((((((((.............)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))........(((......)))....(((((((((...........))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))...........(((....)))..............((((((...).))))).))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((......(((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......))))))).((((..((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))......))))...(((((......(((((((((...........))))))))).................(((((.((((................)))).)))))...))))).............)))))))........))))...))))))))...(((((......))))).))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((.....((((((((((((((((((.(((((...(((...((((..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))....((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..))...)))...))))).(((((((((..((....)).)))))))))...................))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...)).......(((....))).....)).((((..(((((......)))))))))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........(((((....).))))...)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((.((((.(((((..(((....)....((((((....(..).((..))((((((((.(...........)))))))))(.....(((((..........)..))))..))))))).((((.(((((.(.((((((((((((...))))).(.(((((((((((((((......))))))))))))))).)((((((((......)))))))).)))))))))))))...))))((......))).)..)))..(.((.((((((((((((((((........).)))).(..)..)))))).))))))).)..)))))).))))))..(((.((.(....(((((..((((........))))))))).)))))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((.......))))...)))))))..(((..((((((((........))))))))..((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)).((((((((...(((((((((...........)))))))))..........((((..(........)..)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...))).....)))))))...(((((......))))).))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((..(((...)).)..)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((......))))).))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((......))).((((....(((((((....((((.....))))...(((..((((((........)))))).......((((....))))......))).))))))).((((.....)))).......((((.....))))..((((....(((((((........)))))))..((((.......)))).((((.((....)))))).))))...(((((....................))))).)))).(((((((.((((((........)).)))).((((.........)))).(((((...............))))).....)))))))..(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))..((((cccccc....ccccc))))...(((((((..<<<<<<<.))))...((((..>>>>>>>)))).....((((....)))).....bb.bbb)))CCBBB.((((((((........))))))))....BB(((CCC..)))((((((...aaaaa..)))))).AAAAA.......((((......))))...(((((((((....{{{{{..))))))))).........}}}}}.....CCCCCC(((.(((((((...)).)).)))..((((.........)))).(((((..........[[[[.)))))......]]]]...((((((........))))))..))).... |