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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00119



RNA: TMR_00119
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))....(..((((((((........)))))))).....)((((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))........................(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))............)))).....))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((...(((.(((((...(((((((((((..............))))))).........((((.......))))......)))).......((((((((........)))))))).....(((((.((((..(((((((........)))))))..)))).............((((((.....(((((((((...........))))))))).....)...((....))(((((.((((.(((........))).)))).)))))...)))))....)))))....)))))....)))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((..((((((((.(.(.(((...((((((((((..(((((((..(....((((((........)))))).......((((....)))).....))))))))..)((..((((((((........)))))))).....))(((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))....(..(((........)))..)(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))(.........).)))......))))))...)))...))))..))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((......))))..............(((....)))..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......))))))).(((((.((((((((........))))))))...........[[[[..[[[[[[[)))))...]]]]]]]..]]]].......((((......))))...(((((((((....[[[[[..))))))))).........]]]]]......(((((((.....(((((((((....(((..((((.........))))..)))............))))))))).....)))))))..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((((..((((((((......(((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))..((((((((........)))))))).((((((.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).))).)))...........(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...((..(((..(((....)))...)))..))....(((((......))))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))......(.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).)((((......))))...(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))..((.......(((....)))........))....(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((((((((((((((...(((((((..............((((((((..............))))))))........((((.......)))).......))))))).((((((((((........)))))))(((((((..((((.....(((((((..[[[[[.))))))).....((((((((........((((((............)))))))))))))).)))).......)))))))...)))))))))))........)))))))))))....((((.........))))................((((]]]]].......))))....(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(......(((((................))))).........(...(.............................((.((((........)))).)).....((((((...(((.((((...........)))).)))........))))))...............((((((((.............)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))........(((......)))....(((((((((...........))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))...........(((....)))..............((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...((((......(((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......))))))).((((..((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))......))))...(((((......(((((((((...........))))))))).................(((((.((((................)))).)))))...))))).............)))))))........))))...))))))))...(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((.....((((((((((((((((((.(((((...(((...((((..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))....((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..))...)))...))))).(((((((((..((....)).)))))))))...................))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...)).......(((....))).....)).((((..(((((......)))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........(((((....).))))...)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((.((((.(((((..(((....)....((((((....(..).((..))((((((((.(...........)))))))))(.....(((((..........)..))))..))))))).((((.(((((.(.((((((((((((...))))).(.(((((((((((((((......))))))))))))))).)((((((((......)))))))).)))))))))))))...))))((......))).)..)))..(.((.((((((((((((((((........).)))).(..)..)))))).))))))).)..)))))).))))))..(((.((.(....(((((..((((........))))))))).))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((.......))))...)))))))..(((..((((((((........))))))))..((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)).((((((((...(((((((((...........)))))))))..........((((..(........)..)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...))).....)))))))...(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((..(((...)).)..)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((......))).((((....(((((((....((((.....))))...(((..((((((........)))))).......((((....))))......))).))))))).((((.....)))).......((((.....))))..((((....(((((((........)))))))..((((.......)))).((((.((....)))))).))))...(((((....................))))).)))).(((((((.((((((........)).)))).((((.........)))).(((((...............))))).....)))))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))..((((cccccc....ccccc))))...(((((((..<<<<<<<.))))...((((..>>>>>>>)))).....((((....)))).....bb.bbb)))CCBBB.((((((((........))))))))....BB(((CCC..)))((((((...aaaaa..)))))).AAAAA.......((((......))))...(((((((((....{{{{{..))))))))).........}}}}}.....CCCCCC(((.(((((((...)).)).)))..((((.........)))).(((((..........[[[[.)))))......]]]]...((((((........))))))..)))....