|
|
|
GGGGGCGACAUGGCUUCGACGCCGGUGACAAUCCCUGAGGUGCAUGCCGAGAGCGUAACGUAUCUCGUAAAUCCAACGUUACGAUUAAAUAGUCGCAAACGACGACAACUACGCUCAGGGCGCGCUGGCAGCGUAACAACUGCUAGCUUCUAGUCCGGCCCGGAGGUGAUGUGCCCAUUCAUCACCGAUGGGAUACGAGCUCAGACUGAUGGGAUCGCGGUUGGCCCUGUCCUCGUGUCAGCCGCUAAAACUUAGAGGAAUCGCGUCGCUGGAUCCUGCCCGUCGGAGCCAGGGACGUUAAAUCAGAAGACGGACCUAAGCAUGUAGAGCCGAUGGGUGAGUGCCGGCGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((.((((((((((.{{{{{{{..))))).........}}}}}}}.........................................(((((((........)))))))(((.((......((((...((((((..<<<<<<))))))...)))).)).)))........>>>>>>.(.(((((((((.(..aaaaa).))))))))).).......AAAAA...(((((.((.(.(((.[.[[[[[)))..).)))))))..........]]]]].]....)))))....)))...)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...((((....((((((((((...(((..(((..(((((....)))))...)))...........(((..((((..((((((((........)))))))).....)))))))..)))(((((((........))))))).)))))))))).))))...((((((((...(((((((((...........)))))))))..........((((.((.........)))))).))))))))....(((..((((.........))))..)))..)))))))...))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))....(..((((((((........)))))))).....)((((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))........................(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))............)))).....))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......((...((.(((((((((((..........)))))...................................................................................................................................................................................................((((.......(((........))).......)))).....................))))))....))...))......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((.(((((...(((((((((((..............))))))).........((((.......))))......)))).......((((((((........)))))))).....(((((.((((..(((((((........)))))))..)))).............((((((.....(((((((((...........))))))))).....)...((....))(((((.((((.(((........))).)))).)))))...)))))....)))))....)))))....)))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((..((((((((.(.(.(((...((((((((((..(((((((..(....((((((........)))))).......((((....)))).....))))))))..)((..((((((((........)))))))).....))(((.((((..(((((((.(....).)))))))..))))....(..(((........)))..)(((((((((.(.......).))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).)))))(.........).)))......))))))...)))...))))..))))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((......))))..............(((....)))..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......))))))).(((((.((((((((........))))))))...........[[[[..[[[[[[[)))))...]]]]]]]..]]]].......((((......))))...(((((((((....[[[[[..))))))))).........]]]]]......(((((((.....(((((((((....(((..((((.........))))..)))............))))))))).....)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((......(((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))..((((((((........)))))))).((((((.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).))).)))...........(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...((..(((..(((....)))...)))..))....(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((...(((((((((...(((((((..................................((((.......))))...))))))).......((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))........................(((((((((...........))))))))).................(((((.((((.(((........))).)))).))))).....................))))))...)))...)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))......(.((.((((..(((((((........)))))))..))))...)).)((((......))))...(((((((((..((....)).))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))..((.......(((....)))........))....(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((((((((((((((((...(((((((..............((((((((..............))))))))........((((.......)))).......))))))).((((((((((........)))))))(((((((..((((.....(((((((..[[[[[.))))))).....((((((((........((((((............)))))))))))))).)))).......)))))))...)))))))))))........)))))))))))....((((.........))))................((((]]]]].......))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((........(((((................))))).........(...(.............................((.((((........)))).)).....((((((...(((.((((...........)))).)))........))))))...............((((((((.............)))))))).................((((((((((.(((........))).)))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(......(((((................))))).........(...(.............................((.((((........)))).)).....((((((...(((.((((...........)))).)))........))))))...............((((((((.............)))))))).................(((((((((..(((........)))..))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((..((((((((.....((((..(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))........(((......)))....(((((((((...........))))))))).....))))).))).....))))))))........))))))))))(((..((((.........))))..)))...........(((....)))..............((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((...((((......(((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......))))))).((((..((((((((........))))))))...........((((..(((((((........)))))))..))))......))))...(((((......(((((((((...........))))))))).................(((((.((((................)))).)))))...))))).............)))))))........))))...))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((.....((((((((((((((((((.(((((...(((...((((..(((((((.((((...(((.......))).))))........((((....))))......)))))))..)))).((((((((........))))))))....((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..))...)))...))))).(((((((((..((....)).)))))))))...................))))))))........)))))))))).((..((((.........))))..))...)).......(((....))).....)).((((..(((((......)))))))))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.((((...(((.......))).))))........(((((....).))))...)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((.(.......).)))))))))..........((((.((((...)).)).)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((.((((.(((((..(((....)....((((((....(..).((..))((((((((.(...........)))))))))(.....(((((..........)..))))..))))))).((((.(((((.(.((((((((((((...))))).(.(((((((((((((((......))))))))))))))).)((((((((......)))))))).)))))))))))))...))))((......))).)..)))..(.((.((((((((((((((((........).)))).(..)..)))))).))))))).)..)))))).))))))..(((.((.(....(((((..((((........))))))))).)))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((......(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((.......))))...)))))))..(((..((((((((........))))))))..((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)).((((((((...(((((((((...........)))))))))..........((((..(........)..)))).)))))))).)))(((..((((.........))))..)))..))))))...)))...))).....)))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((...(((...(((((((((...(((((((.......((((((........)))))).......((((....))))......)))))))..(((..((((((((........)))))))).(((((..((.((((..(((((((........)))))))..))))...))..)).)))((((((((...(((((((((..((....)).)))))))))..........((((..(((...)).)..)))).)))))))).))).((..((((.........))))..))...))))))...)))...)))...)))))))))...(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((......))).((((....(((((((....((((.....))))...(((..((((((........)))))).......((((....))))......))).))))))).((((.....)))).......((((.....))))..((((....(((((((........)))))))..((((.......)))).((((.((....)))))).))))...(((((....................))))).)))).(((((((.((((((........)).)))).((((.........)))).(((((...............))))).....)))))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))..((((cccccc....ccccc))))...(((((((..<<<<<<<.))))...((((..>>>>>>>)))).....((((....)))).....bb.bbb)))CCBBB.((((((((........))))))))....BB(((CCC..)))((((((...aaaaa..)))))).AAAAA.......((((......))))...(((((((((....{{{{{..))))))))).........}}}}}.....CCCCCC(((.(((((((...)).)).)))..((((.........)))).(((((..........[[[[.)))))......]]]]...((((((........))))))..))).... |