|
|
|
GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUCGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGUGCGGUAGGCCUCGUUAAUAAACCGCAAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACGCUUUAGCAGCUUAAUAACCUGCUCAGAGCCCUCUCUCCCUAGCUUCCGCUCUUAAGACGGGGAUCAAAGAGAGGUCAAACCCAAAAGAGAUCGCGUGGAUGCCCUGCCUGGGGUUGAAGCGUUAAAACUAAUCAGGCUAGUCUGGUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGGUGCCAGGCGAAUGUAAAGACUGACUAAGCAUGUAGUACCGAGGAUGUAGGAAUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(.((..(((((((((((((({{{{{{...))))).......}}}}}}.............................(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((...<<<<<)))..)))).....)))))))..........>>>>>....(((....((((.aaaaa))))....)))...........AAAAA..((((((((.(.(((.[[[.[[[))).).)))))))).........]]].]]]...)))))...))))..)).)....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((......)).....(((((......................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))((((((.((((..(((........)))..))))......))))))...................................)))))............................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.......((..(((((((((...(((.((((.(((((..(((......(((.........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))..((..(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))................))))))..(((((....)))))....))).......)))..))))).((((((((((((((....)).))))...))))))))..........)))))))..))))...)))))..))......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............................................((((((...............))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(((...(((.(((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))....)))...)))....))))))))....................))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((........(..(((.(((((((((((.......)))))).....................((((....)))).........((((.(((((.........)))))..))))((((((((.......((((.((....))))))).....)))))))................................(((((((..((.(((((...(((.((((((....)))))))))))))).))..))).))))...........................)))))....)))..).......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............................((..((......))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((((.(((((.........)))))..))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................(((((......................)))))..((((((((.(.(((........))).).)))))))).............................(((((...........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.....(.((..(((((((((.....((((((...............)))))).............................(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((((......))))....)))).................((((((((.(.(((........))).).))))))))...................)))))...))))..)).)....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((.........((((((((().....((..(((((((((((((((.(....))))))).....................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))((((((((.......((((.(((())))))))).....))))))).................(((.(((.......(((((((((.((.(((((...(((.(((((((()))))))))))))))).)).)))).))))).))).)))..................))))))...)))..))......)))))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((........(...((.((((((......(((((...............))))).........((((....))))..............(((((.........)))))....(.((((((.((((..(((........)))..))))......)))))).).............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))...).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((.......)))))))[[[....)))...]]]...(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]].(((((((((((((((....)))).....(((((...((((.(((((....))))))))))))))...))))))).[[[[[...))))((((.............))))...]]]]].................(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((....))))))).))).((...)).((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.((((.(((..(((...((.(((((...((((.((((......))))))))))))).))..))))))))))))).)))).............))..)))))).((.(((((.((......)))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((.......((..((((((((((((((({{{{{..)))))).......}}}}}.........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................(((((..((....[[......))....)))))..((((((((...((]]........))...))))))))...................))))))...)))..))......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............................(((.((......)).)))..(((((..(...)......)))))....(((((.((((....)))).)))))....(((((((((.........)))))).))).(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................((((((.((....))...........))))))..((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))....................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((....))))))).)).......(((....))).....(((((...............))))).........((((....))))....(((((((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.(((.((((...((...((.(((((...(((.(((((......))))))))))))).))...)))))))))))).)))).....................))))).(((((.((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((....((((((.........(((...))).(((((((...((((((...............))))))........((((....)))).......((((((((((.((((....[[[[[[...))))(((((((.......(((((.........))))).....))))))).....((((.........((((..))))......))))))))))))))........(((((((..)))))))..))))))))))))).]]]]]].)))))..............................((((((.........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((.((((....((.((((((((......((...(((((((((((((((.......)))))).....................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))..................((((....(((((....)))))....))))......((.((((((..((((((((...(((........)))...))))))))....)).....)))).)).)))))))...))..))......))))))))..)))))).))).).)))............. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.............(((((((............((.((((((..((..(((((...............))))).........((((....)))).....((.(((...(((((.........))))).............((((..................))))..............................))).))........(((((.((....))...........)))))...(((((((((..(((........)))..)))))))))...............))..))))))....))...........))))))).....(((.......)))..))))))..... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((bbbbbb.((ccccc((ii(f(..((...))<<<<<<<.<h((((((lg.((nnnnnnn)G((.)L))))......[[[[[[......[[[....((dddddddddd))[[(mmm.mmmmm(ee(((((aaaaa(()Naaaaaaa..)))))ee.NNNNNN).))..))AAAAAH)....(((...)EE.))>F)))).cccII(((((((.DDDDDDDDDDMM....)M...AAAAAAA..jjjj(.kkkkkkkkkkkkkk)MMMMM.)))))))..]]]...EE.]]]]]].>>>>>>>.)JJJJ.))))CCCKKK]]).KKKKKKKKBBBBBB..CCCCC.))))))).KKK |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(.(((((((..(....((...((..((((((((((((...))..))))).....................((((....))))............(((((((.........)))).)))(..(((((((((((.((((........))).))))).....))))))))(................((((......................)))).................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).........).........))))).....))...))....).)))))))..)............................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(.(((((((..(....((...((..(((((..((..(((((...(...).......))))).........((((....))))............(((((((.........)))).)))(..(((((((((((.((((........))).))))).....))))))))(................((((.....(.........)......)))).................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).........).....))..))))).....))...))....).)))))))..)............................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((.........(...((..((((((((((((...))..))))).......((............((((....))))............(((((((.........)))).)))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)).............(((......................))).....(((((((((.(((........))).)))))))))..........(.....)...))))).....))...)........))))))..(...)........................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((.((((((...............))))))......(((((......(((.........((((((((((.........))))).))))).((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))..............((((.(((....(((((...(((..((.((((....(((.((((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).......))))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((....))))))).))............((((((((((<<<<<..)))))).......>>>>>.........((((....))))....[[[[[(((((((((({{{......))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.(((.((((...((((....(((((...(((.((((((....))))))))))))))....)))))))))))))).)))).....}}}.........))))]]]]].(((((.((......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((....(((((.(((((.....((((((.......)))))).....................((((....)))).....((((((...(((((.........)))))......(((((((((((..................))))).....))))))..................))))))......))))).)))))...((((((......((((((....))))))..))))))...(((((...(((((.......((((.............))))...)))))..)))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.............(((((((......(((((...............))))).........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))......(((((((((((..................)))).....)))))))..................)))))).......((((((....................))))))..((((((((....................))))))))...................)))))))(((.......)))..))))))))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(....)..(((((((.......((...))..(((((......(((((...............))))).......(((((((...................(((((((.........)))).)))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)).............................................((((((((((.(((........))).)))))))))).............))))).)))))..................)))))))....................))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((...((((.(((((.((((......(((.........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((........)))..))))).....)))))).)................))))))..(((((....)))))....))).......)))).))))).((((((((((((((....)).))))...))))))))..........)))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).((.((((.((.....)))))).))...((.((...(((((((........(((((.....................((((....))))....(((((((((.((((((((....((((.(((.((.((((.(((....(((....)))....))).)))).))...)))))))...............((((.(((....(((((...(((..((.((((....((((.(((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).....))).))).))))))..)))))..)))))........)))))))..(((((.......)))))..)).)).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((.((((((...............))))))......(((((......(((.........((((((((((.........))))).))))).((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))..............((((.(((....(((((...(((..((.((((....(((.((((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).......))))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((..((...))(((((((..)))))))..(((....)))(((((.((..)))))))((((.(((..((.(((...........)))))(((................)))))).))))(((..)))(...((((((((((.((((........))).))))))..).)))).((.((...(((((........))))).))))(.(((((((((((.(((((((.(((..))(((((..)))))..).))))))).)))))).)))))..(((.(..........)))))).((......))((((....).)))))))).((..))((((((.....))))))))))))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((.((((((((...............(((((...((((((((..((...))......))))).......(.((((....))))...).....(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....))).....((..(.((((.....(.........)......))))...).....))((.((.((((((((.((.((........))).).))))))))........)).....))..))))).................))))))))....))))))))........))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((........(((..........))).................(((((...............))))).........((((....)))).........((.....((((((.................((((((.((((..................))))......))))))................((((.(((....(((((...(((..((.(((((...(((..(((((....))))).)))))))).))..))))))))..))).)))).....))).))).....))..........................)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((....))))))).)).........(((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))......................((....)).((((((.((............))...))))))..((((((((...(((........)))...))))))))...............))..)))))))...(((((...........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((((((...(((.((....)).)))....(((((.((..((((((((...............))))).........((((....))))....(((((((((.((((((((....((((.(((.((.(((..(((....(((....)))....)))..))).))...)))))))...............((((.(((....(((((...(((..((..(((....((((.(((((....))))))))).)))..))..))))))))..))).)))).....))).))).))))))..))))))))..))))))).))).)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((.......)))).((((((..............)).)))).((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))..(((((.........(((.........))).((((.......)))).........)))))..((((....(((((....)))))....))))....((((.(((((....))))))))).((((...((((.((....))..)))).))))....(((.((.......))))).(((((...........)))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((.......)))))..(((((.......(((((((..<<<<))))(((....>>>>.......)))...........((((....)))).........)))..(((((.........)))))..((((..[[[[[.....))))(((.((....))))).((((..]]]]]))))..............)))))..(((((...{{{{{{{{{{...)))))..}}}}.((((((....)))))).((((((....))).))).....}}}}}}..........(((.((.......))))).(((((.......aaa.)))))..(((((AAA....)))))))))))).... |