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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00123



RNA: TMR_00123
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................((......)).....(((((......................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))((((((.((((..(((........)))..))))......))))))...................................))))).............................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.......((..(((((((((...(((.((((.(((((..(((......(((.........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))..((..(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))................))))))..(((((....)))))....))).......)))..))))).((((((((((((((....)).))))...))))))))..........)))))))..))))...)))))..))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............................................((((((...............))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(((...(((.(((((......(((((...............)))))....................................((((.........)))).......(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................)))))....)))...)))....))))))))....................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((........(..(((.(((((((((((.......)))))).....................((((....)))).........((((.(((((.........)))))..))))((((((((.......((((.((....))))))).....)))))))................................(((((((..((.(((((...(((.((((((....)))))))))))))).))..))).))))...........................)))))....)))..).......))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............................((..((......))..)).(((((...............))))).........((((....)))).........((((.(((((.........)))))..))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................(((((......................)))))..((((((((.(.(((........))).).)))))))).............................(((((...........)))))..(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.....(.((..(((((((((.....((((((...............)))))).............................(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................((((....((((......))))....)))).................((((((((.(.(((........))).).))))))))...................)))))...))))..)).)....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((.........((((((((().....((..(((((((((((((((.(....))))))).....................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))((((((((.......((((.(((())))))))).....))))))).................(((.(((.......(((((((((.((.(((((...(((.(((((((()))))))))))))))).)).)))).))))).))).)))..................))))))...)))..))......)))))))))).(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((........(...((.((((((......(((((...............))))).........((((....))))..............(((((.........)))))....(.((((((.((((..(((........)))..))))......)))))).).............................((((((....................))))))..((((((((((.(((........))).))))))))))...................))))))....))...).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((.......)))))))[[[....)))...]]]...(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((...[[[[[)))..)))).....)))))))..........]]]]].(((((((((((((((....)))).....(((((...((((.(((((....))))))))))))))...))))))).[[[[[...))))((((.............))))...]]]]].................(((.[[[[[)))....]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((....))))))).))).((...)).((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.((((.(((..(((...((.(((((...((((.((((......))))))))))))).))..))))))))))))).)))).............))..)))))).((.(((((.((......)))))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.......((..((((((((((((((({{{{{..)))))).......}}}}}.........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................(((((..((....[[......))....)))))..((((((((...((]]........))...))))))))...................))))))...)))..))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............................(((.((......)).)))..(((((..(...)......)))))....(((((.((((....)))).)))))....(((((((((.........)))))).))).(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))...............................((((((.((....))...........))))))..((((((((((.(((.(.....)))).))))))))))....................................................(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((....))))))).)).......(((....))).....(((((...............))))).........((((....))))....(((((((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.(((.((((...((...((.(((((...(((.(((((......))))))))))))).))...)))))))))))).)))).....................))))).(((((.((......)))))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((....((((((.........(((...))).(((((((...((((((...............))))))........((((....)))).......((((((((((.((((....[[[[[[...))))(((((((.......(((((.........))))).....))))))).....((((.........((((..))))......))))))))))))))........(((((((..)))))))..))))))))))))).]]]]]].)))))..............................((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((.((((....((.((((((((......((...(((((((((((((((.......)))))).....................((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))..................((((....(((((....)))))....))))......((.((((((..((((((((...(((........)))...))))))))....)).....)))).)).)))))))...))..))......))))))))..)))))).))).).))).............
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.............(((((((............((.((((((..((..(((((...............))))).........((((....)))).....((.(((...(((((.........))))).............((((..................))))..............................))).))........(((((.((....))...........)))))...(((((((((..(((........)))..)))))))))...............))..))))))....))...........))))))).....(((.......)))..)))))).....
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((bbbbbb.((ccccc((ii(f(..((...))<<<<<<<.<h((((((lg.((nnnnnnn)G((.)L))))......[[[[[[......[[[....((dddddddddd))[[(mmm.mmmmm(ee(((((aaaaa(()Naaaaaaa..)))))ee.NNNNNN).))..))AAAAAH)....(((...)EE.))>F)))).cccII(((((((.DDDDDDDDDDMM....)M...AAAAAAA..jjjj(.kkkkkkkkkkkkkk)MMMMM.)))))))..]]]...EE.]]]]]].>>>>>>>.)JJJJ.))))CCCKKK]]).KKKKKKKKBBBBBB..CCCCC.))))))).KKK
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((......(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((..............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))...............))..))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(.(((((((..(....((...((..((((((((((((...))..))))).....................((((....))))............(((((((.........)))).)))(..(((((((((((.((((........))).))))).....))))))))(................((((......................)))).................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).........).........))))).....))...))....).)))))))..)............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(...((..((((((((......(((((((..(((((.(....(((((...............)))))........(...(.....................((((((.........)))).))....((((((..(((.((((........)))).))).......))))))..................((((((((..............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))...............)).)))))).....))))))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(.(((((((..(....((...((..(((((..((..(((((...(...).......))))).........((((....))))............(((((((.........)))).)))(..(((((((((((.((((........))).))))).....))))))))(................((((.....(.........)......)))).................((((((((((.(((.(.....)))).)))))))))).........).....))..))))).....))...))....).)))))))..)............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((.........(...((..((((((((((((...))..))))).......((............((((....))))............(((((((.........)))).)))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)).............(((......................))).....(((((((((.(((........))).)))))))))..........(.....)...))))).....))...)........))))))..(...)........................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((.((((((...............))))))......(((((......(((.........((((((((((.........))))).))))).((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))..............((((.(((....(((((...(((..((.((((....(((.((((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).......))))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((....))))))).))............((((((((((<<<<<..)))))).......>>>>>.........((((....))))....[[[[[(((((((((({{{......))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))................((((.(((.(((.((((...((((....(((((...(((.((((((....))))))))))))))....)))))))))))))).)))).....}}}.........))))]]]]].(((((.((......)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((....(((((.(((((.....((((((.......)))))).....................((((....)))).....((((((...(((((.........)))))......(((((((((((..................))))).....))))))..................))))))......))))).)))))...((((((......((((((....))))))..))))))...(((((...(((((.......((((.............))))...)))))..)))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((((((.............(((((((......(((((...............))))).........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))......(((((((((((..................)))).....)))))))..................)))))).......((((((....................))))))..((((((((....................))))))))...................)))))))(((.......)))..))))))))...............................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(....)..(((((((.......((...))..(((((......(((((...............))))).......(((((((...................(((((((.........)))).)))...(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))..................)).............................................((((((((((.(((........))).)))))))))).............))))).)))))..................)))))))....................)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((...((((.(((((.((((......(((.........((((....)))).....((((((...(((((.........)))))....(.(((((((((((..(((........)))..))))).....)))))).)................))))))..(((((....)))))....))).......)))).))))).((((((((((((((....)).))))...))))))))..........)))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).((.((((.((.....)))))).))...((.((...(((((((........(((((.....................((((....))))....(((((((((.((((((((....((((.(((.((.((((.(((....(((....)))....))).)))).))...)))))))...............((((.(((....(((((...(((..((.((((....((((.(((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).....))).))).))))))..)))))..)))))........)))))))..(((((.......)))))..)).))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.((((...(((.((....)).)))..(((((((((..((.((((((...............))))))......(((((......(((.........((((((((((.........))))).))))).((((((((((..(((........)))..))))).....))))))))..............((((.(((....(((((...(((..((.((((....(((.((((((....))))))))).)))).))..))))))))..))).)))).......))))).))..))))))...)))..)))).))))).........(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((..((...))(((((((..)))))))..(((....)))(((((.((..)))))))((((.(((..((.(((...........)))))(((................)))))).))))(((..)))(...((((((((((.((((........))).))))))..).)))).((.((...(((((........))))).))))(.(((((((((((.(((((((.(((..))(((((..)))))..).))))))).)))))).)))))..(((.(..........)))))).((......))((((....).)))))))).((..))((((((.....)))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((.((((((((...............(((((...((((((((..((...))......))))).......(.((((....))))...).....(((((.((((.........))))..)))))(((((((((((..(((........)))..)))).....)))))))....))).....((..(.((((.....(.........)......))))...).....))((.((.((((((((.((.((........))).).))))))))........)).....))..))))).................))))))))....))))))))........)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((........(((..........))).................(((((...............))))).........((((....)))).........((.....((((((.................((((((.((((..................))))......))))))................((((.(((....(((((...(((..((.(((((...(((..(((((....))))).)))))))).))..))))))))..))).)))).....))).))).....))..........................)))..(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((....))))))).)).........(((((((..((.((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))(((((((((((..(((........)))..))))).....))))))......................((....)).((((((.((............))...))))))..((((((((...(((........)))...))))))))...............))..)))))))...(((((...........)))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((((((...(((.((....)).)))....(((((.((..((((((((...............))))).........((((....))))....(((((((((.((((((((....((((.(((.((.(((..(((....(((....)))....)))..))).))...)))))))...............((((.(((....(((((...(((..((..(((....((((.(((((....))))))))).)))..))..))))))))..))).)))).....))).))).))))))..))))))))..))))))).))).)))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.......)))).((((((..............)).)))).((((((...............))))))........((((....)))).........((((((((((.........))))).)))))..(((((.........(((.........))).((((.......)))).........)))))..((((....(((((....)))))....))))....((((.(((((....))))))))).((((...((((.((....))..)))).))))....(((.((.......))))).(((((...........)))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((.......)))))..(((((.......(((((((..<<<<))))(((....>>>>.......)))...........((((....)))).........)))..(((((.........)))))..((((..[[[[[.....))))(((.((....))))).((((..]]]]]))))..............)))))..(((((...{{{{{{{{{{...)))))..}}}}.((((((....)))))).((((((....))).))).....}}}}}}..........(((.((.......))))).(((((.......aaa.)))))..(((((AAA....))))))))))))....