RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00124

RNA: TMR_00124
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..((((.((..((((....((((((((...((((((((...(((((((................))))))).......(((((.........))))).((((..((((..((((((....)).))))....))))))))..))))))))..((.(((((((..((((....)))).........))))))))).((((((((((.........))))))))))..)))...(((..(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))....(((((((..(((......)))..)))))))))).......)))))....))))))))))....))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(......((((((..(.....(((..................(((((((................))))))).....(.(((((.........))))).).............((.....))(((((...((........(((((((((((.............))))...))))))).......))...)))))((((((((((.........)))))))))).............(((.(((((..((((.(...(((.....))).).))))))))).)))....(((((((................)))))))))).....).))))))..)(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........(((((.....((((.......(((((((....(........)..)))))))..............................(......(((((.......)))))...........)..((((((.((((.............))))....)))))).................((((((((((.........))))))))))..............((.(((((..((((...................))))))))).))......................)))).......))))).......))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((.(((.....((((.....((((((......(((((((................))))))).......(((((.........)))))..((((((((.((((((.....)))))).)))..........(((((((((((.............))))...)))))))......))))).))))))(((((((((.........)))))))))..............(((.(((((..((((...................))))))))).))).....(((((...(((......)))...))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((....((((((.((.....((((......((((..((((.((((((((............)..)))))))....((.(((((.........))))).))))))....))))((.....))(((((.(.((.....((.(((((((((((.(.......)...))))...))))))))).....)).).)))))((((((((((.........)))))))))).............(((.(((((..((((.(...(((.....))).).))))))))).))).....((((((..(((......)))..)))))))))).....)))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.....[[[[)))..]]]]..(((((((.(((...(((((..[[[[.....)))))....))))))).)))........]]]]...............(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))(((((((........[[[[[[[.........))))))).......]]]]]]]...((((((((((....[[[[.)))))))))).........]]]](((.((((((((......)))....((((....)))).))))).))).....((((((..(((...[[[)))..))))))..............]]]....((((.......)))).)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))((((((.(((((..(((.((((.(((...(((((..((...))..)))))....)))))))...........(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))(((((((((((.............))))...)))))))((((......(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))...)))).(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))....(((((((..(((......)))..)))))))))).))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.((.....((((.....(((((.......((((((((............))..)))))).......(((((.........))))).(((((.(((..(((((.....)))))[[))).....)))))(((((((((((.............))))...)))))))..........((]]...((((((((((.........))))))))))...))........(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).))).....{{{{{...........)))))..}}}}})))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).((((((.(((((..(((((....(((((.(.((((.....(((.............................(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))(((((((((((.............))))...)))))))((........(((.((.((((((((((.((...)).))))))))))))))).....)).(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).))).....)))..)))).).....)))))......))))).))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.......(((((..................))))).......(............................((.((((.......)))).))............((((((..(((.............))).....))))))...................((((((((.........))))))))...................(((((..(((..(((..........)))...)))))))).....................)..))))))...))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((....(((((.((((((..(((((.....((((((((...(((((((......((....))..))))))).......(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))..))))))))....(((....(((((((.(((..((((((........(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))........(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))..))))))))).))))))).....))).....))))).))).))))))))))))((((.......)))).)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((([[[.)))((((((.(((((..(((((....(((((...(((((((((....................))))).......(((((.........))))).(((((((((.((((((.....)))))).)))...).)))))((((((((((((((.....)).).))))...))))))).(((......(((.((.((((((((((.........)))))))))))))))...)))..(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))......{{{{)))).......)))))..}}}}))))).))).))))))))]]](((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((........(((((....((((((..........(((((.(((((.....(((((((..........(((((.........))))).....((((((((((((.....))))))......))))))..(((((((((((.............))))...))))))).......)))))))...((((((((((.........)))))))))).........)))))...))))).............((((((.........(((((..........)))))))))))....))))))......))))).......))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..(((((.(((((.((..((..(((...(.((((((((.(.(((((((......((....))..))))))).......(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))).)))))))).)..)))..))..)).))))))))))..))......((((..((.((((((((((.((...)).)))))))))))).(((((((...(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))..(.(((((((..(((......)))..)))))))).((.((((....)))).))..))))))).))))..)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((......))).((((((.(((((..(((((.....((((((((...(((((((......((....))..))))))).......(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))..))))))))....(((....(((((((.(((..((((((........(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))........(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))..))))))))).))))))).....))).....))))).))).))))))))..)).(((........)))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((....(((((.((((((..((((......((((((((.(.(((((((......((....))..))))))).......(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))).))))))))((..((((((((((((((...((((((.((((......(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))...)))).))))).)...)))))).))).(((.((((....))))..))).)))))..))((((((..(((......)))..)))))))))).))).))))))))))))((((.......)))).)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((...)(((((.((((((.(((((((..(((((((((..(((((((((((...........)).)))))))))..)).(((((........).)))).(((((((((((((((......).))))))))..)..)))))(((((((((((((.........))))))...))))))).(((((((((.((.((.(((((((..))))((((((...(.(((...)..))).))))))((((((((.(.((..((..)))).(((((..)))))))))))))))))))))))))))))).....)))))))..)..))))))))).)))))))).))))((((...)..))).))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((.........((((......((((((((...(((((((................))))))).......(((((.........))))).(((((.(((.((((((.....)))))).))).....)))))..)))))))).............(((((......((((((........(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))........(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))..))))))....)))))................))))........)))))....................)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((....(((((.((((((..(((((.....((((((((...(((((((......((....))..))))))).......(((((.........))))).(((((.((..((((((.....))))))..)).....)))))..))))))))....(((....(((((((.(((..((((((........(((.((.((((((((((.((...)).)))))))))))))))........(((.(((((..((((.....(((.....)))...))))))))).)))..))))))))).))))))).....))).....))))).))).))))))))))))((((.......)))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((......((((((((.....)))).((((.....)))).))))...(((((((................)))))))........((((.........))))))))))...((((.((((.....)))).(((..........((((......))))...(((((((..((((....)))).........))))))).))).((((((((.........)))))))).)))).....((((..((((.....)))).))))..(((.((((....))))(((......(((((......)))))......)))......)))...(((.(((....)))...(((((.......)))))..)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.(((((.((((.....(((((((.....))).)))).(((((.{{{{{))))).......}}}}}..))))......(((((.....aaaa))))).(((((AAAA...((((((....)).)))).......))))).))))).((((....<<<<<<<..)))).....(((((.......>>>>>>>.))))).((((((..bbbbbbb))))))..(((.((((..BBBBBBB)))))))(((......)))....((((....))))[[[)))...(((((..cccc)))))......]]]....CCCC.......((((....))))...((((.......)))).)))))))....

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