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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00125



RNA: TMR_00125
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............................................................((................((((.......)))).....................((((((......))))))(((((((.((..(((((....)))))..)).))))))).....))((((((.((((((((((..........)))))).........................(((((.(((........))).)))))..................................................................)))).)))))).)))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((.(..(.((((((((.(.(((((................(((((((..............((((.......)))).....................((((((......))))))(((((((.(((((..........)))))...)))))))..)).)))))...(((..((((((..........))))))..)))..............((...((((((.(((........))).))))))...)).....................)))))....).)))))))).)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((............))).......(((.(((..((...))....))).)))((((............((((.......))))...............))))..((((((......))))))(((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))....((((((.(((((((((((((())))..))))))........................((((((.(((((....))))).)))))).........(........)..........((((((((............))))))))........)))).)))))).)))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((((....[[[[[..(((((......))))).))))))..]]]]](((..[[[[[[[.)))...........]]]]]]]((((.......))))...(((...........[[[[[[[[[[)))...]]]]]]]....]]](((((..[[[[[[..))))).(((.......))).]]]]]]..(((..((((((..[[[[[[..))))))..))).......]]]]]].((((.(((........(((((((((((((((...[[[))))))))....)))))))..))))))).....]]](((((....)))))(((((.[[[[[)))))..]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((((..(......)..)).)))))).((..(((((.....(((((((...............)))))))((((.......)))).....................((((((......)))))).((((((.((..(((((....)))))..)).))))))))))).))((((((.((((((((.((.((((((..(((((........)))))))))))..)).........((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..(((((((((.((......)).)))))))))...)))))))).)))))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((..(......)..))))...)))))..((((......(((((((...............)))))))((((.......)))).....................((((((......)))))).((((((.((..(((((....)))))..)).)))))).))))...((((((.((((((((....((((((..(((((........))))))))))).............((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..(((((((((.((......)).)))))))))...)))))))).)))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((......((((((((......(((((.....(((((((.[[[[[.........)))))))((((.......))))....................(((((((......)))))))((((((.....(((((....))))).....))))))))))).]]]]]...(((((((((((..........)))))).............(((((............)))))(((((((((((((((......))))))))....)))))))....))))).....))))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((..((((..(((.((((((((..(((.(((..((....))...))).)))................((((.......))))....(((........((((((((.((.(((.(((.....(((((((.((..(((((....)))))..)).))))))).))).))).))..(((..((((((..........))))))..)))......))))))))............((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..)))......)))))))).)))))))..))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((............)))).))..)))..(((((.....(((((((...............)))))))(((((....).))))....................((((((((...).)))))))((((((.....(((((....))))).....)))))))))))...((((((.((((((((....((((((..(((((........))))))))))).................(((((((((((((((......))))))))....))))))).....(((((((((............)))))))))...)))))))).)))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((....)))))..(((((((((........((((((.((((...((((....))))...........(((((........((((...............))))...(((((((......))))))).....)))))....)))).)))))).......))))).))))..((((((.((((((((....((((((..(((((........))))))))))).................(((((((((((((((......))))))))....))))))).....(((((((((............)))))))))...)))))))).)))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((.(((((......))))).(((..(((((((.((((..((..((.(..((((((....(((((...((((.......))))...............((((....)))).)))))....))))))..)))..))..)))).)))))).)..)))..))))))....((((((.((((((......((((((..(((((........))))))))))).(((.........((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..(((((((((.((......)).))))))))).))).)))))).)))))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((.(((((......))))).(((...((((((.((((.(((((((...............)))))))((((.......))))..................(((..(((((((((....)).))).))))..)))..)))).))))))....)))..)))))).)))((((((.((((((((....((((((..(((((........))))))))))).............((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..(((((((((.((......)).)))))))))...)))))))).)))))).)))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((((((((.(((((......))))).(((..(((((((.((((.(((((((...............)))))))((((.......))))..................(((..(((((((((....))).)).))))..)))..)))).)))))).)..)))..)))))).)))((((((.(((((((.....((((((..(((((........))))))))))).(((.........((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))..(((((((((.((......)).))))))))).)))))))))).)))))).)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((....((((((.....................))))))(((((((((((((((..))(.((.(.(((((((.............))))))))))....((((......))))..((((((((...).)))))))((..)).)....)))))))))))))..)))(((.(....))))(((((((.((((((((...(((((((.((.((..))(((........)))..))(......))))))))(((((((..........................)))))))((.((.((((((((((......).).)))))))))))))))))))).))))))..))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((...((........))...(((..(((((((.((((..............................((((.......))))......................................................)))).)))))).)..)))..))))))....((((((.(((((((.....((((((..(((((........))))))))))).............((..(((((((((((((((......))))))))....))))))).))...((((((((.((......)).)))))))).....))))))).)))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........((((((..((((......))))..(((...((((((.((((..((..((....((((((....(((((...((((.......))))...............((((....)))).)))))....))))))...))..))..)))).))))))....)))..))))))....((((((.((((((......((((((..(((((........))))))))))).(((.........((..(((((((.(((((((......))))))).....))))))).))..(((((((((.((......)).))))))))).))).)))))).)))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((.......)))).((((.....))))........))))).(((....))).........((((...((((.......))))...............((((....)))).)))).(((((......)).))).(((((....)))))....(((.((.......)))))...((((.((((((..........)))))).............((((..((..(((.....))).(((((((.(((((((......))))))).....))))))).........))..)))).((((....)))).))))...((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((((.......)))).((((.....)))).[[[[[.))))))((((....))))...............((((.......))))................(((....))).(((((.{{{)).))).....}}}.(((((....)))))....(((.((.]]]]].)))))...((((.((((((..<<<<<<..))))))............>>>>>>.(((((((.....))).(((((((.(((((((......))))))).....))))))).....)))).........((((....)))).))))...((((.......)))).)))))))....