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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00127



RNA: TMR_00127
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((...(((((...((..(((((...(((..(((....))).)))..............((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))))))..)))))).....((.......(((..((((((((....))..))))))..)))..............))...((((((.(((........))).))))))..............)))))...))..)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((.(.((((........(((((...(((((..........................(.((((((.......)))))).)((((((.........))))))((((((((((((..........))))))..))))))......)))))...(((..((((((..........))))))..)))..............((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))........))))....).)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((..(..((((((((..(.(((((((((.(.(((((.(.((..(((((((.((((.(((....))))))).))........((.((((((.......))))))))((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))))))..))))))....((((((....(((..(((((((((())))..))))))..)))...........))))))..((((((.(((........))).))))))..............)))))...)).))))))....).))))))))).).)))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..((((((((...)))))))).))))).......(((..[[[[...)))..(((....))).]]]].......(((...[[[[[[..)))..]]]]]]..((((((.........)))))).....(((......[[[[[[((((...)))).))).......]]]]]]..(((..((((((..[[[[[[..))))))..))).......]]]]]]......((((((.(((.[[[[[[[))).))))))................]]]]]]].(((.[[[[[[..(((....))))))...]]]]]]..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((((.((((.(((....))))))).))...........((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))......((((((.......))))))..((((((....................)))))).((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))).(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......(((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((((.((((.(((....))))))).))...........((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))..(((..(((....))).))).(((..((((((....................)))))).((...((((((.(((........))).))))))...))....)))..)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((...(((((.......((((........((((.............................))))....(((((((((((((((.........))))))((((((((((((..........))))))..))))))....((((((....(((..((((((..........))))))..)))...........))))))..((((((.(((........))).))))))......))))))))))))).......)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(.(((((....((((....(((((((((...((((((......(((((...((((.(((....)))))))...(((....))).((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))..(((..(((....))).))).((((.(((((((..(((.........))).)))))))......((((((.(((.(.....)))).))))))........))))..))))).....).)))))......)))))))))))))....))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....(((((((((...(((((.......(((((.....((((((.......(((((.((((........((((((.......))))))..((((((.........))))))........))))..))))).............((((((((..((((((.......))))))..(((((((..................)))))))......................))))))))..........))))))..))))).......)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((((....((((((.((.(((.(((....(((((..(((.........((((....((..(((((((((.(((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))..((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))....)))...)))))...))).)))....)))))))).))))))))....)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((((....((((((.((.(((.(((....(((((..(((.........((((....((..(((((((((((((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))).((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))....)))...)))))...))).)))....)))))))).))))))))....)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((.(((((((((...)))))))))))))).((((......)))).....((......))(((((((((.((......(((.((((((((...)))))))))))((((.(....((((..))))(((((((((((((........)))))))..))))))...)))))......(((((((((((..........))))))).(((........)))..(((.(..(((((((((........)))))))))..)))).(.(((((((....)))).)))))))))).).)))))))))))).))))))(((..(((((...)..)))).....)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((........((((.....(((................((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))....))).......(((..((((((..........))))))..)))...)))).......((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))...((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..((((....(((((((((...(((((...((..(((((.(((...((((((...((((................((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))....))))......(((..((((((..........))))))..)))..))))))......((...((((((.(((........))).))))))...))....)))..)))))...))..)))))......)))))))))...))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..((((((.......)))))).)))))..(((((.....((((((..............)).)))).............((((((.......))))))..((((((.........)))))).((((((((..(((((....))))).))).))))).)))))...(((((.(((((.(((....((((((....................))))))......((((((..((........))..)))))).))).....(((...........))).)))))..........(((......)))((((((....)))))).))))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))..(((((.....((((((..............)).)))).............((((((.......)))))).((((((.....))))))..(((({{{..{{{{{)))).....(((}}}}}))).}}}.)))))...(((((.(((((((((((..[[[[[[..))))))............]]]]]]......((((((..((........))..)))))).........(((...........))).)))))...........(((....))).((((((....)))))).))))).)))))))....