|
|
|
GGGGGCGCAAUGGUUUCGACGGGGGCAAAUUGCUCCUGGGAAGCGAGUCGAAGGGAUCCUGUACCUGCGUUAAAAAACUGGGAACUUAAAUAUAAUUGCAAACGAUAAUUUUGCAUUAGCUGCCUAAUAGUUGCAGCUCGUCAGCCUAAGAGUCCCACGACUUAGGGUCUGGCGUCGACAGUGGGGAACCGAGUCUUACAAAGCUUUGAGUAAGGAACGGAAUUAAUGAAGCUACUGAAUCUAGGAGCCUGUUUAUCGGCGCUUAGAGGAGGGAAUGUAAAAGGAUAAACUGCACUCGGAGAUGCCCAGGGGUUGCUGCUUUCGGACAGGGGUUCGAUUCCCCUCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((.(.(((((((.((...[[[[[...)).)).........]]]]]..................................((((((.........))))))((((((((((((..{{{{{{..))))))..))))))......}}}}}}..(((..((((((..aaaaaaa.))))))..)))......AAAAAAA..(...(.(.((..(..<<<<<<<)....)).))...)............>>>>>>>...)))))....).)))))))))...))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((...(((((...((..(((((.....((((((.......(((((.((((........((((((.......))))))..((((((.........))))))........))))..)))))...(((....(((((((((((....(((...((.((..(((...((((((...(((.........)))..))))))..)))..)).))..))).....)))))))).)))..))).))))))..)))))...))..)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((...(((((...((..(((((...(((..(((....))).)))..............((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))))))..)))))).....((.......(((..((((((((....))..))))))..)))..............))...((((((.(((........))).))))))..............)))))...))..)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(.(((((((((...(((((.................................................(((((.......)))))...((((((.........))))))((((((((((((..........))))))..))))))...................((((((..........))))))........................((((((.(((........))).))))))..........................)))))......))))))))).).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((.(.((((........(((((...(((((..........................(.((((((.......)))))).)((((((.........))))))((((((((((((..........))))))..))))))......)))))...(((..((((((..........))))))..)))..............((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))........))))....).)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((..(..((((((((..(.(((((((((.(.(((((.(.((..(((((((.((((.(((....))))))).))........((.((((((.......))))))))((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))))))..))))))....((((((....(((..(((((((((())))..))))))..)))...........))))))..((((((.(((........))).))))))..............)))))...)).))))))....).))))))))).).)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((((((...)))))))).))))).......(((..[[[[...)))..(((....))).]]]].......(((...[[[[[[..)))..]]]]]]..((((((.........)))))).....(((......[[[[[[((((...)))).))).......]]]]]]..(((..((((((..[[[[[[..))))))..))).......]]]]]]......((((((.(((.[[[[[[[))).))))))................]]]]]]].(((.[[[[[[..(((....))))))...]]]]]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((((.((((.(((....))))))).))...........((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))......((((((.......))))))..((((((....................)))))).((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((...(((((...((..(((((...((([[((......)).)))..............((((((.......))))))..((((((.........))))))((((((((((..((((....))))))))..))))))......]]......((....(((((..{{{{{{{.)))))....))......}}}}}}}.((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))...))..)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......(((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((((.((((.(((....))))))).))...........((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))..(((..(((....))).))).(((..((((((....................)))))).((...((((((.(((........))).))))))...))....)))..)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((...(((((.......((((........((((.............................))))....(((((((((((((((.........))))))((((((((((((..........))))))..))))))....((((((....(((..((((((..........))))))..)))...........))))))..((((((.(((........))).))))))......))))))))))))).......)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((................)))))...........(...(...................(.((((.........)))).)((((((.(((((..........)))))...)))))).................((((((((..........)))))))).................((((((((((..(((........)))..)))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((................)))))...........(...(...................(.((((.........)))).)((((((.(((((..........)))))...)))))).................((((((((..........)))))))).................(((((((((...(((........)))...))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((((....((((((.((.(((.(((....(((((..(((.........((((....((..(((((((((.(((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))..((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))....)))...)))))...))).)))....)))))))).))))))))....))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(.(((((....((((....(((((((((...((((((......(((((...((((.(((....)))))))...(((....))).((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))..(((..(((....))).))).((((.(((((((..(((.........))).)))))))......((((((.(((.(.....)))).))))))........))))..))))).....).)))))......)))))))))))))....))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((...(((((.......(((((.....((((((.......(((((.((((........((((((.......))))))..((((((.........))))))........))))..))))).............((((((((..((((((.......))))))..(((((((..................)))))))......................))))))))..........))))))..))))).......)))))......)))))))))...))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((((....((((((.((.(((.(((....(((((..(((.........((((....((..(((((((((.(((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))..((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))....)))...)))))...))).)))....)))))))).))))))))....))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.(((((..((((((((...)))))))).)))))........(((.(((.((.((((.(((....))))))).))...........((((....((..(((((((((.(((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))..((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))...)))....)))....))))).))))).((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))((((((((....((((((.((.(((.(((....(((((..(((.........((((....((..(((((((((((((.((((...((((.....(((((((((..(((((....))))).))).)))))).))))..))))...(((..((((((..........))))))..))).........)))).((...((((((.(((........))).))))))...)).)))))))))..))....))))....)))...)))))...))).)))....)))))))).))))))))....))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((.(((((((((...)))))))))))))).((((......)))).....((......))(((((((((.((......(((.((((((((...)))))))))))((((.(....((((..))))(((((((((((((........)))))))..))))))...)))))......(((((((((((..........))))))).(((........)))..(((.(..(((((((((........)))))))))..)))).(.(((((((....)))).)))))))))).).)))))))))))).))))))(((..(((((...)..)))).....))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((.((.((((....(((((((((...(((((...((..(((((........((((.....(((................((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))....))).......(((..((((((..........))))))..)))...)))).......((...((((((.(((........))).))))))...)).........)))))...))..)))))......))))))))))))).)).))))...((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..((((....(((((((((...(((((...((..(((((.(((...((((((...((((................((((((.......))))))..((((((.........))))))(((((((((..(((((....))))).))).))))))....))))......(((..((((((..........))))))..)))..))))))......((...((((((.(((........))).))))))...))....)))..)))))...))..)))))......)))))))))...))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((((.......)))))).)))))..(((((.....((((((..............)).)))).............((((((.......))))))..((((((.........)))))).((((((((..(((((....))))).))).))))).)))))...(((((.(((((.(((....((((((....................))))))......((((((..((........))..)))))).))).....(((...........))).)))))..........(((......)))((((((....)))))).))))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..(((((((.....))))))).)))))..(((((.....((((((..............)).)))).............((((((.......)))))).((((((.....))))))..(((({{{..{{{{{)))).....(((}}}}}))).}}}.)))))...(((((.(((((((((((..[[[[[[..))))))............]]]]]]......((((((..((........))..)))))).........(((...........))).)))))...........(((....))).((((((....)))))).))))).))))))).... |