CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00131



RNA: TMR_00131
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGUUUUGGCUUCGACGGGGGUAAGAUGGGUUUGAUAAGCGAGUCGAGGGAAGCAUGGUGCCUCGAUAAUAAAGUAUGCAUUAAAGAUAAACGCAGAAGAUAAUUUUGCAUUAGCAGCUUAAUUUAGCGCUGCUCAUCCUUCCUCAAUUGCCCACGGUUGAGAGUAAGGGUGUCAUUUAAAAGUGGGGAACCGAGCCUAGCAAAGCUUUGAGCUAGGAACGGAAUUUAUGAAGCUUACCAAAGAGGAAGUUUGUCUGUGGACGUUCUCUGAGGGAAUUUUAAAACACAAGACUACACUCGUAGAAAGUCUUACUGGUCUGCUUUCGGACACGGGUUCGACACCCGUCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((((.(.(.(((..(((...((((((((((...[[[[[...))))).........]]]]].................................((((((..........))))))(((((((.(((((((.{{{{{)))))))...)))))))..........}}}}}...(((..((((((.aaaaaaaa.))))))..)))......AAAAAAAA.((..(..(((..(..<<<<<<<)....))).)..))...........>>>.>>>>...)))))......)))..))).)).))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((..((((((...(((..(((..((((.(((((((...........)))))))....((((.(((.(((....)))..(((((.......)))))....))))))).......))))..))).....)))...))))))...))))).)))..(((((((.......(((((((..(((..((((((..........))))))..)))..(((((((.((((.((.....))))))..(((((((...((((((...)))))).......)))).))).....)))))))...))))))).(((((....)))))........)))))))..)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...................(((.................(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...((((((..........))))))((((((((((((((((....)))))))).).)))))))..................(((..((((((((....))..))))))..)))...............((..((((((.((((......)))).))))))..))...................................))).....((........)).((((((.....)))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.((..(((..(((...(((((................................................((((((.....))))))...((((((..........))))))((((((..((((((........))))))....))))))...................(...((((((..........))))))...)......................((((.(((........))).))))............................)))))......)))..)))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.(((..(((...(((((......((((.((((.((((...........(((((..........................))))).((((((..........))))))(((((((.((((((........))))))...)))))))............)))).))))..((((((..........))))))...............)))).((..((((...(((........)))...))))..))......................)))))......)))..))).)))))))))))...((((((.....)))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................((((((((...........(((((((((((...........))))))).........(...............((((((.....)))))))..((((((..........))))))((((((((((((((((....)))))))).).))))))).(((......))).....(((..(((((((((())))..))))))..)))...............((..((((((.(((((....))))).))))))..))........................)))).....)))))))).(((((....)))))((((((.....)))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((....)))))....................(((((((...[[[[[...))))))).......]]]]]........((((.((((((.....))))))...[[[[[[....))))..]]]]]](((((((.........[[[[[..[[[[[...)))))))...]]]]]..]]]]]...(((..((((((.[[[[[[[..))))))..))).......]]]]]]]......(((.......(((((((...((((((...)))))).......))).))))....)))(((((..[[[[......)))))....]]]]((((((.....)))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(((.(((..(((..(((((((((((...........)))))...........................((((((.....))))))...((((((..........))))))(((((((.((((((((....))))))))...)))))))(((((....)))))....(((..((((((..........))))))..))).........(((((.((.....))))))).(((((((...((((((...)))))).......))).))))...)))))).....)))..))).)))))))))))...((((((.....)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((.......................(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...((((((..........))))))(((((((.((((((((....))))))))...)))))))..................(((..((((((..........))))))..)))...............((..((((((.(((........))).))))))..)).......................))))...............((((......))))((((((.....)))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...((((((..(((((((..((...((..(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...((((((..........))))))(((((((.((((((((....))))))))...))))))).((((....)))).....(((..((((((..........))))))..))).........(((((.((.....))))))).(((.(((...((((((...)))))).......)))..))).......))......))......(((((....)))))...........)))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......((((([[[[[[[[[[[[[[...........[[[[[[[[[[[)))))......]]]]]]...................(((((((((((((.....))))))...((((((..........))))))(((((((.((((((((....))))))))...)))))))..........(((((...(((..((((((..........))))))..)))...........)))))..........)))))))(((((..((((((...))))))..............)))))]]]]].....]]]]]]]].........((((((....))))))..]]]]]]))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((.................))))).........(...(....................((((............)))).((((((.(((((((........)))))))...))))))....................((((((((............)))))))).................((((((((((.(((........))).))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(......(((((.................))))).........(...(....................((((............)))).((((((.(((((((........)))))))...))))))....................((((((((............)))))))).................(((((((((..(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((..((((((...(((...(((.(((..(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...(((.(((......))))))))).)))...)))...))))))...))))).)))..(((((((.......(((((((..(((..((((((..........))))))..)))..(((((((.((((.((.....))))))..(((((((...(((((.....))))).......)))).))).....)))))))...))))))).(((((....)))))........)))))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...((((((..((((((((.(((..(((((((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...(((((((((...))).))))))(((((((.((((((((....))))))))...)))))))(((((....)))))....(((..((((((..........))))))..)))........((((((.((.....))))))))(((((((...((((((...)))))).......)))).))).....)))).....))).............................).)))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((..((((((..((((............(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...((((((..........))))))........)))).))))))...)))))).....(((((((.............(((((...((((((..........))))))............(((((..((((...((((........((((...((((((...)))))).......))))...((((....))))....))))..))))..)))))........))))))))))))..)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((.(((((((...(((...(((.(((..(((((((.(.......).))))))).........................((((((.....))))))...(((.(((......))))))))).)))...)))...)))))).).))))).)))..(((((((.......(((((((..(((..((((((..........))))))..)))..(((((((.((((.((.....))))))..(((((((...(((((.....))))).......))).)))).....)))))))...))))))).(((((....)))))........)))))))..)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((......))).(((((((.(((.(((.(((..(((.((((.(((((((...........)))))))....((((.(((.(((....)))..((((((.....))))))....))))))).......))))...(((((((.((((((((....))))))))...)))))))...((((..((((.....(((..((((((..........))))))..)))........((((((.((.....))))))))(((((((...(((((.....))))).......))).))))..))))..))))..)))..))).))))))..((((((....))))))..)))))))......)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((.(((((((...(((...(((.(((..(((((((.(.......).))))))).........................((((((.....))))))...(((.(((......))))))))).)))...)))...)))))).).))))).)))..(((((((.......(((((((..(((..((((((..........))))))..)))..((((((((((((.((.....))))))))(((((((...(((((.....))))).......)))).)))......))))))...))))))).(((((....)))))........)))))))..)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((.((((((((.(((((((..(.((((((..((((((.((((..))))))))))....((....(......)...))((.(((((((...))))))).))...))))))....).....)))))))....((((((........))))))((((.(..((.(.((((((((((((...(..)((((((((((..))))..)))))).(((........)))...)))))(((((((((((......))))))))))).......))))))))))).)))))))))))).))).))))...(......)....(((((((.......)))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((.(((((((....((...(((.(((..(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))......................))).)))...))....)))))).).))))).)))..(((((((.......(((((((..(((..((((((..........))))))..)))..(((((((.((((.((.....))))))..(((.(((...(((((.....))))).......)))..))).....)))))))...))))))).(((((....)))))........)))))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((((..((((((...(((...(((.(((..(((((((...........))))))).........................((((((.....))))))...(((.(((......))))))))).)))...)))...))))))...))))).)))..(((((((.((((..((((.....(((..((((((..........))))))..)))........((((((.((.....))))))))(((((((...(((((.....))))).......))).))))..))))..))))........((((((((....))))).)))....)))))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((....)))))..((((...(((.....))).((((((...........))))))............))))..........((((((.....))))))...((((((..........))))))..((((..((((((((....))))))))..((((.......))))......))))......((((((..........))))))..((((.........((((.((.....)))))).((((....))))...)))).((((..(((.......))).((((....))))....))))....(((((....))))).(((((.....))))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((....))))).......(((.....)))...((((((...[[[[[...)))))).(((....]]]]]))).(((((....((((((.....))))))...((((((..........))))))..(((((.((((((((....))))))))......(((.(((((....))))).........((((((..{{{{{{..))))))............}}}}}}.)))...))))).(((((((....))).((((.....)))).....))))......((((....))))...)))))....(((((....))))).(((((.....))))).)))))))....