|
|
|
GGGGGCGUAUUGGUUUCGACGGGAUUGUUGAAGCUUGAGUAGCGGGUAGAGGAUUCUCGUUGGCCUCUUUAAAAAACGAGAAACUAAAAUAAACGCUAACGAAGAUAAUUACGCUUUAGCUGCUGCCUAAUAUAGGCAGCCCGUCAGUCCAGGGUUCCUGCGCCUUGGGUAGCUGGCGUCAUUAAGUCAGGCCUUUUGAGUGGGAAGGUUAAACUCUAGAACUGUCACAGUGGUAGCCUUGAGCUGUGAUGGAUUUUAAAGGCUACUGAUAUCCAAAGCCUGCCCAUGGGCGUUGGGUUGAGGGAAUUUUUAAAACAUGGGCUGCACCCGGAGAAGCUCUUGUGGAUACGAUUUCGGACAGGGGUUCGACUCCCCUCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((....((..((((..((((((((((....a..aaa.)))))........AAA..A....................................(((((............)))))..(((.((((((((({{{{{{))))))))...((.(......).)).).))).......}}}}}}...(((.....)))..((((((((((.[[[[[[[[..))))))))))......]]]]]]]](...(.((.(..(..<<<<<<<)....).)))...).............>>>>>>>...))))).....))))..))....)))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((....))))))))))...(((((((..(((((..((((((((((...((((..................)))).)))))))).))...)....))))..))))))).........(((((((((......((((((((((((((((((((((((((..(((...((((.(((((((.......)))))))......(((((((((((((((((...))....)))))))))).)))))..))))..)))...))..))).)))))).))))))........)))))))))......)))))))))....((((..((((((((..............))))))))....))))...))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((...((((((((....((((((......((.((((((((.............)))))))).))........))))).)............)))))))).((((((((...))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...((........(((((((((((.((((...........))))...(.((((((((((...........))))))))))..)..))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))))........)))))))..))))..)))))......................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((..............................................................................................((....((.........)).)).........................................................................................................................................(((........)))............................................................)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.............(((((((((....((..((((..(((((((((..((((((((.............))))))))............(((((....(.......)...))))).((((((((...)))))))).(((((((((((((........))))))...))))))).............(((((.......))))).....))))....((((((((((...........))))))))))........((((............)))).(((((((...........................)))))))...))))).....))))..))....)))))))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((..((((((((......((.((((((((.............)))))))).))........))))).)........))..)))))))).((((((((...))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...((........(((((((((((.((((...........)))).((((((((((((((.(....)....)))))))))).))))))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))))........)))))))..))))..))))))...(................)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((....))))))))))....(((((....((((.[[[[[[[[..)))).......]]]]]]]]...........))))).......................((((((((...))))))))..(((((((((((((......)))))))...))))))(((.[[[[[...)))..]]]]]...(((.[[[[....)))..]]]]........(((((((((..........[[[[....)))))))))...]]]]...(((.[[[[[[[)))......((((((....))))))..]]]]]]].......((((.((((((((((((......)))..)))))))))...))))...))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.(((((((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..)))).))........))).)))))))).((((((((...)))))))).((((((((((((((......)))))))...)))))))......(((..((((((((.....))))))))..))).(((((((((((((((...........)))))))))).))))).(((((..((.....)).)))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))....))))..)))))).((((....))))........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((..((((.................((((......((.((((((((.............)))))))).))........))))........................((((((((...)))))))).((((((((((((((......)))))))...)))))))............((((((.[[[[..))))))...]]]].....((((((((((...........))))))))))..................((((((.((((......)))).))))))............................))))..)))))......................(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((....((((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..))))).)............)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((........((((((((((((..............((..((((((((.....))))))))..))..(((((((((((((((...........)))))))))).)))))..((((............)))))))))).))))))........................)))))))).))))..)))))).....(..........)....(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((..))))))))))).((((..(((((......((((((((.............))))))))............(((((................))))).((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((((((((((((((((........)))))(((((((.....)))))))............((((((((((.[[[[[[[[..))))))))))......]]]]]]]].............))))))).))))))........)))))))))........)))))).)))))....(((((((((.....(((..))).)))))))))..))))....))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((........(((((...............)))))..........(...(.......................((.((((........)))).))((((((.(((.((((......)))).))).................................))))))...............((((((((...........))))))))................((((((((((.(((........))).))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(......(((((...............)))))..........(...(.......................((.((((........)))).))((((((.(((.((((......)))).))).................................))))))...............((((((((...........))))))))................(((((((((..(((........)))..)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.(((.(((((..((.((..((((((((.............)))))))).))....))..)))))..........))).)))))))).((((((((...))))))))....((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((..((((((((.....))))))))..))).)))..((((((((((.[[[[[[[[..))))))))))......]]]]]]]].)))..)))..)).)))))).))))))........))))))))........)))))))..))))..))))))..........((....))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.(((((((((.........((((((((.............))))))))...........))))).)........))).)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((........((((((((((((..................((((((((.....))))))))......(((((((((((((((...........)))))))))).)))))......................)))))).)))))).....(((........))).....)))))))).))))..)))))).(((([[[.)))).]]]....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.....(((((.........((((((((.............))))))))...........)))))..............)))))))).((((((((...))))))))....(((((((...(((((((.....((((..(((((........))))))))).....))))))).......((((.............((((((((((..................))))))))))..((((((.(((((....))))).))))))..)))).............)))))))..))))..)))))).....................(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.(((.(((((..((.((..((((((((.............)))))))).))....))..)))))..........))).)))))))).((((((((...))))))))..(.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((((((.....))))))))......(((((((((((((((...........)))))))))).)))))..))))..))))..))..)).))))))).))))))........))))))))........)))))))).))))..))))))..........((....))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((..((((...........(((.(((((((.(((((.((..(((((((((((..........)))..............))))))))..)).......))))).))))))).))).....(((((((((......((((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((((((.....))))))))......(((((((((((((((...........)))))))))).)))))..))))..))))..))..)).))))))).))))))........)))))))))......))))))))).))))..))))))......)))))).)))).((..((((.......)))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..((((...((((((((.(((.(((((..((.((..((((((((.............)))))))).))....))..)))))..........))).)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((..(((((.((((((((((((((((((........)))))(((((..((((...........))))(((((((((((((((...........)))))))))).))))))))))................))))))).)))))).)).((((((....))))))))).)))))))).))))..))))))......)))))..........(((((.......))))).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(..))))))(((((....((..))(((..)))...((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((..))........(.(((((((.((.((..))))))))))).)(((((((...))))))).((((((((((((((........)))))).....(((((......)))))(((((.(........))))))...((((((((...(((((((..........).))))))....))))).)))..)))))...(((((((((......)))))))))....))).))))))))))..).))))..))).).))))).).(..)((...((((..)))).))(((((...)))))))))))))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...((((((((.....(((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..)))))..............)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((.....((.((((((((((((.(.................((((((.((((..(.....)..)))).....((((((((((...........)))))))))).....))))))..............)..)))))).)))))).)).....................)))))))).))))..))))))......................((((.......)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((..((((...(((((((((((..(((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..))))).)))..........)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((..((((((((((((((((((...(((........(((((((((((.((((..(.....)..)))).....(..(((((((...........)))))))..).....))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))..)........))))))).))))..))))))..........((....))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((....)))))).(((((.....))))).((((.((((((((.............))))))))............(((((................))))).(((((((.....))))))).......((((((((......))))))))...(((((........))))).))))..((((...........)))).....((((((((((...........))))))))))........((((............)))).(((....)))...((((.((((....))))......((((.....)))).....))))...((((......))))....((((.......)))).))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((((....)))))).(((((.....)))))..(((.bbbbbbbb..))).((((...BBBBBBBB..))))......(((((...........aaaaa))))).(((((((.....)))))))...(((.((((((((......))))))))...(((((.[[[[[..))))).(((((..]]]]])))))............(((.....))){{{(((.....))).)))(((((.....<<<<<)))...))}}}.>>>>>(((((..AAAAA))))).((((....)))).......(((.....))).(((.....)))..(((......))).))).((((.......)))).))))))).... |