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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00136



RNA: TMR_00136
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((....))))))))))...(((((((..(((((..((((((((((...((((..................)))).)))))))).))...)....))))..))))))).........(((((((((......((((((((((((((((((((((((((..(((...((((.(((((((.......)))))))......(((((((((((((((((...))....)))))))))).)))))..))))..)))...))..))).)))))).))))))........)))))))))......)))))))))....((((..((((((((..............))))))))....))))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((..((((...((((((((....((((((......((.((((((((.............)))))))).))........))))).)............)))))))).((((((((...))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...((........(((((((((((.((((...........))))...(.((((((((((...........))))))))))..)..))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))))........)))))))..))))..)))))......................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((..............................................................................................((....((.........)).)).........................................................................................................................................(((........)))............................................................)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............(((((((((....((..((((..(((((((((..((((((((.............))))))))............(((((....(.......)...))))).((((((((...)))))))).(((((((((((((........))))))...))))))).............(((((.......))))).....))))....((((((((((...........))))))))))........((((............)))).(((((((...........................)))))))...))))).....))))..))....)))))))))...(((((.......))))).))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((...((((((((..((((((((......((.((((((((.............)))))))).))........))))).)........))..)))))))).((((((((...))))))))....((((((((((((((((((((((((((((...((........(((((((((((.((((...........)))).((((((((((((((.(....)....)))))))))).))))))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))))........)))))))..))))..))))))...(................)(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((....))))))))))....(((((....((((.[[[[[[[[..)))).......]]]]]]]]...........))))).......................((((((((...))))))))..(((((((((((((......)))))))...))))))(((.[[[[[...)))..]]]]]...(((.[[[[....)))..]]]]........(((((((((..........[[[[....)))))))))...]]]]...(((.[[[[[[[)))......((((((....))))))..]]]]]]].......((((.((((((((((((......)))..)))))))))...))))...)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((...((((((((.(((((((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..)))).))........))).)))))))).((((((((...)))))))).((((((((((((((......)))))))...)))))))......(((..((((((((.....))))))))..))).(((((((((((((((...........)))))))))).))))).(((((..((.....)).)))))(((((((....(((((...........)))))..)))))))....))))..)))))).((((....))))........(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((...((((((((....((((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..))))).)............)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((........((((((((((((..............((..((((((((.....))))))))..))..(((((((((((((((...........)))))))))).)))))..((((............)))))))))).))))))........................)))))))).))))..)))))).....(..........)....(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((..))))))))))).((((..(((((......((((((((.............))))))))............(((((................))))).((((((((...))))))))....(((((((((((((((((((((((((((((((((........)))))(((((((.....)))))))............((((((((((.[[[[[[[[..))))))))))......]]]]]]]].............))))))).))))))........)))))))))........)))))).)))))....(((((((((.....(((..))).)))))))))..))))....)))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((..((((...((((((((.(((.(((((..((.((..((((((((.............)))))))).))....))..)))))..........))).)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((..(((((.((((((((((((((((((........)))))(((((..((((...........))))(((((((((((((((...........)))))))))).))))))))))................))))))).)))))).)).((((((....))))))))).)))))))).))))..))))))......)))))..........(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(..))))))(((((....((..))(((..)))...((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((..))........(.(((((((.((.((..))))))))))).)(((((((...))))))).((((((((((((((........)))))).....(((((......)))))(((((.(........))))))...((((((((...(((((((..........).))))))....))))).)))..)))))...(((((((((......)))))))))....))).))))))))))..).))))..))).).))))).).(..)((...((((..)))).))(((((...)))))))))))))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((...((((((((.....(((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..)))))..............)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((.....((.((((((((((((.(.................((((((.((((..(.....)..)))).....((((((((((...........)))))))))).....))))))..............)..)))))).)))))).)).....................)))))))).))))..))))))......................((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((..((((...(((((((((((..(((((..((..((.((((((((.............)))))))).))....))..))))).)))..........)))))))).((((((((...))))))))..(.(((((((..((((((((((((((((((...(((........(((((((((((.((((..(.....)..)))).....(..(((((((...........)))))))..).....))))))..))))).......))))))))).))))))........))))))..)........))))))).))))..))))))..........((....))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((....)))))).(((((.....))))).((((.((((((((.............))))))))............(((((................))))).(((((((.....))))))).......((((((((......))))))))...(((((........))))).))))..((((...........)))).....((((((((((...........))))))))))........((((............)))).(((....)))...((((.((((....))))......((((.....)))).....))))...((((......))))....((((.......)))).)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((((....)))))).(((((.....)))))..(((.bbbbbbbb..))).((((...BBBBBBBB..))))......(((((...........aaaaa))))).(((((((.....)))))))...(((.((((((((......))))))))...(((((.[[[[[..))))).(((((..]]]]])))))............(((.....))){{{(((.....))).)))(((((.....<<<<<)))...))}}}.>>>>>(((((..AAAAA))))).((((....)))).......(((.....))).(((.....)))..(((......))).))).((((.......)))).)))))))....