RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00139

RNA: TMR_00139
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((((..(((((((((((..((((((..((((((((.((((((.............))))))..((((........)))).)))).....))))....(((((((......(((.((((((((..........(((((((....((((.......))))...))))))).(((((((((((((.......)))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))))))))...))))...)))))))))))).(((((.........)))))...)))...(((((((((...(((((((....)))))))..))))))))))).)).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((..(((((((((.((((((.........(((......)))......((((........))))..................(((((((.....)))))))(((((((((((((.(.......).)))))))).))))).))))))........(((((((((((((.......))))))))))))).............((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).))..................))))))))...)..)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((......((((..(..((((((....................................................................(((((.........))))).............................................................................................................................................................)))))).....)..))))......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((..((..(((((.((((..........))))......((.......((((........))))...)).............(((((((.....))))))).(((((((........(((((((..(.((((.......)))).).)))))))..((((((((((((.......))))))))))))...........(((((.((((((((((((..........)))))))))))).))....))).)))))))...))))).....))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((..(((((((((.(((((((((.....(((((....)))))))).(((((........))))................).((((((((...))))))))(((((((((((((.((....).).)))))))).))))).))))))........(((((((((((((.......))))))))))))).......((((..((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).)).)..)))...........))))))))...)..)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((.....))))..)))))(((((((.(((((......))))).((((((......(((.[[[[((((........))))..))).....]]]]....((((((((...)))))))).((((((((((((...[[[[[[[.))))))).)))))........]]]]]]].(((((((((((((.......)))))))))))))................(((((((((((((((...))).))))))))))))....(((.[[[[[)))......]]]]]........))))))))))))).......(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((..((.....(((((.((((((((.((.((((...)))))).))).((((........))))..................((((((((...))))))))(((((((((((((...........))))))).))))))...(((.((......(((((((((((((.......))))))))))))).......))))).((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).)).((((....))))))))).)))))....))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((...((((((((.(((((((..((....((........))..))..((((........))))..................((((((((...))))))))(((((((((((((...........)))))))).))))))))))))........(((((((((((((.......))))))))))))).......((((..((.(((((((((((((((...))).)))))))))))).))...))))...........))))))))......)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((..(((((((((.(((((((.(((.((.(((.....))))).))).((((........))))..................((((((((...))))))))(((((((((((((...........)))))))).))))))))))))........(((((((((((((.......))))))))))))).............((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).)).((((....)))).....)))))))...))..)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((...((((((((.((((((((((((.............))))))..((((........))))..................((((((((...))))))))(((((((((((((...........)))))))).))))).))))))...((((((((((((((((((.......)))))))))))))...........)))))((((((((((((..........))))))))))))....((((...))))......))))))))......)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......(((((...............)))))...........(...(.....................((((.........)))).((((((.(((((((.........)))))))..)))))).................((((((((.............))))))))..................((((((((((..............)))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(.....(((((...............)))))...........(...(.....................((((.........)))).((((((.(((((((.........)))))))..)))))).................((((((((.............))))))))..................(((((((((................))))))))).................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((...((((((((.((((((((.((.((.(((.....))))).))..((((........))))..................((((((((...)))))))).((((((((((((...........)))))))).))))))))))))....(((.((((((((((((((....)).)))))))))))).......((((..((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).))...))))......)))..))))))))......)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((....(((((((((((((((.(((.((.((((...)))))).))).((((........))))..................((((((((...))))))))(((((((((((((...........)))))))).)))))))))))).)......((((((((((((((....).)))))))))))))................((((((((((((..........))))))))))))....((((....)))).....))))))).......)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((...((((((((..((((.((((((.............))))))..((((........)))).)))).............((((((((...)))))))).(((((((........(((((((....((((.......))))...))))))).(((((((((((((.......))))))))))))).......((((.....((((((((((((..........))))))))))))......)))).)))))))...))))))))......)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((((..((((.....))))..)))))..((((((....((((((((.((.((.((((...)))))).))..((((........))))..................((((((((...)))))))).((((((((((((...........))))))).))))))))))))).)))))).((((((((((((((....)).)))))))))))).......((((..((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).))...))))......)))...)).((....))...(((((((((...(((((((....)))))))..)))))))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((....((((((((((..(((((..(((((((((.(((((((((((.((.(((.....))))).))).((((........))))..................((((((((...)))))))).((((((((((((...........)))))))).))))))))))))....(((.((((((((((((((....)).)))))))))))).......((((..((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).))...))))......)))..)))))))).)....)))))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((((((((......)).((..)).((((((((((((((((((((((..(....((.((((.....(((((((..))))))).((.(((...))).))..(((((........).))))(((((((((((((.(........))))))))).)))))...)))).)).(..((((((((((((((((..))).)))))))))))))..)..))))))((((..))))..)))).)))..))))).)))))))))))))))))(...)((((((...((((..........).)))...((((((((..)).))))))..)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((...((((((((.(((((((..((....(((.....)))...))..((((........))))..................((((((((...)))))))).((((.(((((((...........)))))))..)))).)))))))....(((.((((((((((((.(....)..)))))))))))).......((((..((.((((((((((((.((....)).)))))))))))).))...))))......)))..))))))))......)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((((..(((((...((((((((.((((((((.((.((.((((...)))))).))..((((........))))..................((((((((...)))))))).((((((((((((...........))))))).)))))))))))))....(((.((((((((((((((....)).)))))))))))).......((((..((.(((((((((((..((...))..).)))))))))).))...))))......)))..))))))))......)))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((......))).((((.....))))..((((........))))..((((.((((((.............))))))..((((........)))).)))).......(((((.(((((((.....))))))).(((.((((((((...........))))))))...((((......))))))).(((((((((((((.......))))))))))))).........)))))..((((((((((((((.....))).)))))))))))....((((....)))).....((((...........))))((((((..(((((((....)))))))....)))))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((..((((.....))))..)))))..(((((.(((((<<<...)))))..(((((....)))))(((..((((........))))..)))......((((...>>>......)))).((((((....aaaaaaaa..))))))...AAAAAAAA.((((((..{{{{.....)).))))....))))).((((((.((.((...}}}}))..))..))))))..(((((((((((...[[[[[[[[.))))))))))).........]]]].]]]]...((((...........)))).((((...(((((((....)))))))..)))))))))))....

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