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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00142



RNA: TMR_00142
Rfam family: tmRNA

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CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(..((((((.....((((..(((..........))).)))).(........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((.........)))))..)))))))..)....(((.((...(....).)))))...))))))....)........................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((....((((((((.....(((((((...((....((((((((((((..((((.((((..((((.((((((..((.....((((.(((....))).))))....((((..(((((((....))).))))..))))(((((((((.(((((...........)))))...))))))..)))....))...))))))......))))..))))))))...)))..))))))))).......(((((....(((((...............))))))))))..)).....((((((((((...))))))..))))..)))))))....))))))))))))((((.......)))).)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................(((((...........))))).........................(((((((((((((....)))))))))))))...........................(((((...............)))))...........................................................................................
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............((.((((....((((((....(((((........((.......................))..........((((.(((....))).))))......................................((((((..((((...........))))....))))))................((((((((((..........))))))))))..................(((((.............................))))).........................)))))......))))))....)))))).......................)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((.(((.(((((((....(((((.(((...(((((.................................((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))...))))).....((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((((....))..)))))))))).......)))........(((((....(((((...............))))))))))..(((((....))))).........)))))......))))))).))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((..(((..(((((((.........(.(((.((.....................................((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))((((((.(((((...........)))))...))))))................((((((((((..........))))))))))...............((.(((((....(((((.(..........)..)))))))))).))..................)).)))..)......)))))))..))).))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((((((....((((((((((............)))))........((((....((.....((((.(((....))).))))(((.((((..(((((.........)))))..)))))))((((((.(((((...........)))))...))))))........))..(((((((...........))))))).................(((....).))........(((((...............))))).(.....(((((....))))).)...)))))))))......)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....((((((((.(((.(((((((....((((((((((((((((((((((..........)))...............((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))).)))))))....((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((((....))..)))))))))).....)))))).......(((((....(((((.((........))..))))))))))..((((((()))))))((.....)))))))......))))))).))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((.((((....((((((....((((((((((............))))).......................((((.(((....))).))))(((((.(((.(((((.........))))).))))))))((((((.(((((..((....)).)))))...))))))................((((((((((..........))))))))))................(.(((((....((((((.............))))))))))).)(((.................))))))))......))))))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..[[[[)))..]]]]....(((((((.........(((((...[[[[..[[[))))).....]]].]]]]..........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((.........)))))..)))))))((((((.......[[[[[[[[..........)))))).......]]]]]]]].((((((((((..[[[[[[[[))))))))))........]]]]]]]]..(((((....(((((....[[[[[[.....))))))))))..(((((....)))))]]]]]]..............)))))))...............(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.(((((((....(((((((((((((((((..((((.((((..(((..(((((((.((..((.((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..))))))).(((((.(((((..((...))..)))))...)))))......))..))..))))))).....)))....))))))))...)))..))))))))).......(((((....(((((.((........))..))))))))))..(((((....)))))((.....)))))))......))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((((((..........((((((............((((..((..................((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))((((((.(((((..[[[[[[[..)))))...)))))).......]]]]]]]..{{{{{{{{{{))....))))}}}}}}}}}}....))))))........(((((....(((((...............)))))))))).............(((((.....)))))........)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((.(((((..(((((((....(...(((((((((.(((..(((...(....).))).))).(((........(((.(((....))).)))..((((.(((.(((((.........))))).)))))))..)))...(((((..((....)).))))).....(((....)))..........((((((((((.((....).)))))))))))..............(((.(((((....((((((.(.(....))...))))))))))).))).................)))))).))).)...))))))).).))))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((..(((((((....(((((((((((((((((..((((.((((..(((..(((((((.((.....((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))((((((.(((((..((...))..)))))...)))))).........))..))))))).....)))....))))))))...)))..))))))))).......(((((....(((((...............))))))))))..(((((....)))))((.....)))))))......)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((((((....((((((((((((((((((((((........(((..(((((..........((((.((((..)))).))))......[[[[[[))))).............)))..)))).)))))))....((((((((...((((...)))).........)))))))).((((((((((..........)))))))))).....))))))....(((((.......)))))....((((((........]]]]]]...((((((..))))))))))))...)))))......)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((..(((((((....(((((((((....((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....))).))))..))))))).(((((.(((((..((...))..)))))...)))))..((((((((((.....((((((((((.((....)).))))))))))..))))))..)))).((.(((((....(((((.((........))..)))))))))).)).................)))).)))))......)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((............((.((.((((....((((((....(((((((((((((((((..((((.......).))).))))..........((((.(((....))).)))).............))))........((........(((((((((.(((((..((....)).)))))...))))))................((((((((((..........)))))))))))))............((.(((((....(((((((..........).))))))))))).)).............))..)))).)))))......))))))....)))))).))...(((((.......))))))))))).....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((........(((((.................)))))........(...(..........................((.((((.......)))).))........((((((.(((((...........)))))...))))))..................((((((((..........))))))))....................((((((((((....(((........))).)))))))))).....................))..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((.((.(..(((((((....(((((((((((..(((...(((..........)))..)))..........))((.(((....))).))(((....))).(((((((.......)))))))........((((((..........((...))........))))))...(.(..........((((((((((((....).).))))))))))...........)).))))(((((.((.(....(((.(....)).)).).)).)))))..((((....(.....)....)))))))))......))))))).)..))))))))...............................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(......(((((.................)))))........(...(..........................((.((((.......)))).))........((((((.(((((...........)))))...))))))..................((((((((..........))))))))....................(((((((((.....(((........)))..))))))))).....................)).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((.((((..(((((((....(((((((((((..(((...(((..........)))..)))..........)))))(((....)))...(((....))).(((((((.......)))))))((......((((((...........(...).........))))))...(.((..(....(.((((((((((((....).).))))))))))).....)...)))))..)(((((.((.......((.......).)....)).)))))..((((....(.....)....)))))))))......))))))).)).))))))))...............................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((.(...)..(((((((....((((((((.(...(((...(((..........)))..)))...........)((.(((....))).))((......)).(((((((.......)))))))........((((((.........................))))))................((((((((((((....).).))))))))))...............)))(((((..(.......((.......).)....)..)))))..((((...............)))))))))......))))))).......)))))...............................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.(((((((...((....((((((((((((..((((.((((..(((..(((((((.((.....((((.(((....))).))))....((((..(((((((....))).))))..))))(((((((((.(((((..((...))..)))))...))))))..)))...))...))))))).....)))....))))))))...)))..))))))))).......(((((....(((((.((........))..))))))))))..)).....(((.(((((.....))))).)))....))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((....(((((((.((((.(((((((....(((((((((((((((((..((((.((((..(((..(((((((........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))((((((.(((((...........)))))...)))))).............))))))).....)))....))))))))...)))..))))))))).......(((((....(((((....[[[[.......))))))))))..(((((....)))))..]]]]...)))))......))))))).))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((((((....((((((((((((((.....((((.((((..((((.(((((((........((((............))))...(((((..(((((.........)))))..)))))..((((((.(((((...........)))))...)))))).............)))))))......))))..))))))))........))))))))).......(((((....(((((...............))))))))))..(((((....))))).........)))))......)))))))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................((((((........((((((...((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((.........)))))..)))))))((((((.(((((...........)))))...))))))................((((((((((..........))))))))))...............((((((((....(((((...............))))))))))...)))..................))).))).....)))))).................................)))))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................((((((....((((((((((............))))).....((((...............(((.(((....))).)))..........((.((((.......)))).))........((((((..((((...........))))....))))))................((((((((((..........))))))))))............))))..(((((.((.......................)).)))))..((((...............)))))))))......))))))................(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.(((((((....(((((((((....((((..(((...(....).))).))))..........((((.((((..((((.((..(((.((((..(((((((....)).)))))..))))))).((((((...((.((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((.((....)).))))))))))........))))))))..(((((....(((((.((........))..))))))))))..)).)))))))).))))..)))).)))))......))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((((((...)))))...)))))((....(((((((((((............)))))...))).)))......)).....((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))))))))))).((.((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((.((....)).))))))))))..........((((.(((((......((((((..((.((((((((.(((..(((((..........(((.(((((.....))))).)))...))))))))..)).)))).)).))))))))......)))))))))....)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.(((((((.....(.((((((....((((..(((...(....).))).))))..))).....((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....))).))))..))))))).((((((...((.((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((.((....)).))))))))))........))))))))..))).).((.((((...((((((((....(((....)))...(((((....))))))))))).))...))))))..))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((..((((((((.(...((((((((.(.(((((((((((((........))))))).))))))((((((((((......).(((...).)).((((.(.((((.(.((((.(((((((((((..........))))))).))).).))))))))))))))((........))..(((((((((((.(..(((((((((.((((..))))...))))))))))))))))..))...((((((....(((((..)))))...)))).)).(((......))).)))....))))(...).)))))..(..)...)))))))))...)))))))))(((..)))...)))))))))))))))....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................(........((((((..((((((((((((...(((...(((...(....).)))..)))...........)))))..........))))).))...(((.(((.((..............(..((..((((((.((.((...........)).))...)))))).)).).....)..(..((((((((((.(....)...)))))))))).)......).).))...)))....((.((((.................)))))).((..((((...............))))....)).....))))))......)..........................)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((......(((((((.........((((((.........(((.(((.........((((..........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))....................................................))))..............))))))............)))))).......(((((....(((((..(........)...)))))))))).............(((((.....)))))........))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((..(((((((....(((((((((....((((..(((..........))).))))..........((((.(((....))).))))(((.((((..(((((((....)).)))))..)))))))((((((.(((((...........)))))...)))))).((((...........((((((((((.((....)).))))))))))..........))))....(((((....(((((...............))))))))))..(((........)))....)))).)))))......)))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((.(((((((....(((((((((....((((..(((..........))).))))..........((((..(((..((((.((..(((.((((..(((((((....)).)))))..))))))).((((((...((.((((((((......(((......))).....)))))))).((((((((((.((....)).))))))))))........))))))))..(((((....(((((.((........))..))))))))))..)).)))))))..))))..)))).)))))......))))))))))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.((((((((.....)))).(((.((.((.........)))))))..((((((..............)).)))).)))).....((((............))))...(((((..(((((((....)).)))))..)))))..)))))))).((((....))))........(((((...((((((...((((.....))))...(((....))).)))))).))))).............(((((.......)))))..((((..(((((......)))))...(((((....))))).......))))..((((....((((.((......))))))..(((((.......)))))...))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((((.[[[..((((((..aaaaaaa......)))))).(((((..AAAAAAA...)))))...[[[[(((.....))))....]]]]]]]..((((.......)))).(((..(((((((....)).)))))..))).((((.......(((((....)))))..(((.....)))..((((((...((((.....))))...(((....))).))))))...)))).....(((....(((((..{{{{.)))))..((((..(((((......)))))...(((((....)))))}}}....)))).)))......<<<<.<<.}))).>>>>>>..(((((.......))))))))))))....