RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00144

RNA: TMR_00144
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.(((((((((.....((......(((((((.....((((((((((((...............))))))........(((....((((......))))..)))......(((((((....)))))))...)))))).....))))))).(((((((((((((((...))).)))..)))))))))...((((((((((..((........))...((((((((((((....))))).......)))))))......((((((((......))))))))..)))).)).))))..))....)).)))))))))).((((((..(((....))).((((.((((....))))))))))))))))))))....
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..(...((.(.(..(.((((((((.((((((((((((...............)))))))..............................((.....)).((((((....)))))).....)))))((...))......(((((((........(((.....)))...))))))....).(((..((((((..............((((((....((.........))......))))))......((((((((......))))))))...)))))).))).............)))))..))).)..).).))....)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...))))))).((((((((((..((((........))))...)))(((..[[[[[[[.)))...........]]]]]]]................(((.......[[[[[[)))....(((((((....)))))))...(((((.....))))).]]]]]]......(((..[[[[[...)))...]]]]].....................(((((((((((.[[[[[[[)))))))))))..........]]]]]]]..(((.[[[[[[[[)))...]]]]]]]].....(((...[[[[)))..]]]].)))))))....((((((((......))))......(((.[[[[[)))....]]]]]..)))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...))))))).(((((((.((((........))))...(((((((.((((.((((((...............))))))..............(((((......))))).(((...)))(((((((....))))))).((.((((.....))))))......))))))))))).(((.....)))...((.(((....)))))...((((((.(((((((((((((...)).)))))))))))................)))))).((((((((......))))))))..((......))(((.....)))..)))))))(((((((((((((..........((((.((((....)))))))))))))..))).)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((({{{{..................(((((((.(((((((((((...............)))))))..........................((((((.......(((((((....)))))))...(((((.....))))).)))))))))))))))))(((((.........))))).......(((..((((......(((((((((..[[[[[[[.)))))))))...........]]]]]]]..(((.<<<<<<<<)))...>>>>>>>>..))))....)))..............))))).....................}}}}.......(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(.((((..(((((((.(((..........)))...(((((((.((((.((((((...............))))))..............(((((......))))).(((...)))(((((((....)))))))...(((((.....))))).......))))))))))).(((.....)))...((.(((....)))))...((((((.(((((((((((((...))).))))))))))......((.....)).)))))).((((((((......)))))))).(((......))).(.....)....)))))))....)))).)(.((......)).((((.((((....))))))))..)..)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..................(((((((.(((((((((((...............))))))).............(((((......)))))......(((((((((((....))))))....(((((.....))))))))))..)))))))))))(((((.........)))))......(((.....((((((.(((((((((((........)))))))))))................)))))).((((((((((((.........))))))(((((...)))))...................)))))).)))......))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.(((((((((((...(((....((.((.(((((((.(((((((((((...............)))))))..........................((((((.......(((((((....)))))))...(((((.....))))).))))))))))))))))).))))....)))...((.(((....)))))...((((((.(((((((((((((...))).))))))))))......((.....)).)))))).((((((((......))))))))...))))....((((.....)))).)))))))))).((((((..(((....))).((((.((((....))))))))))))))))))))....
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((..................((((((((....(((((((...............)))))))..........................((((((.......(((((((....)))))))...(((((.....))))).))))))...))))))))(((((.........)))))......((((...((((((..............((((((((((((....)))))).......))))))......((((((((......))))))))...)))))).))))......((((....((((......))))..)))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.(((.(((....((((((((.............(((((((.....((((((((((((...............))))))..............(((((......)))))..........(((((((....)))))))...)))))).....))))))).....(((((((....(((.....)))((((((((.............((((((.(((((((((((((...)).)))))))))))......((.....)).)))))).((((((((......))))))))..)).)))))))))))))..((((..(((.((......))))).)))).....))))))))...))).))))).))).((...)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....))(((.(((((((.......(((....((.((.(((((((.(((((((((((...............)))))))..........................((((((.......(((((((....))))))).(.(((((.....))))))))))))))))))))))).))))....)))((((((((.............((((((.(((((((((((((...))).))))))))))......((.....)).)))))).((((((((......))))))))..)).))))))((((.....)))).)))))))))).((((((((......)))).((((.((((....))))))))..))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(..(.......)((((((((.(((...(.((..((...))..)((..))((((((((((........).)..)))))))).((((.....((((((...(((...((..))....)))....))))))..)))(....)((((((((((..(...(((((.(((((((((.(((((((.......)))))))...((.(((((((((.(((........)....((((((.((...(((......)))...)))))))).....))))))).)))..).))(((((...)))))...))))))))...).)))).)..)..))))).)).)))))).))))))))))).((((.(((...))))))).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........((.(((((((.....................((((((......((((((...............))))))..............(((((......)))))..........(((((((....))))))).............................))))))..................................((((((.((((((((((.(.....)..))))))))))................))))))..(((((((......)))))))..........................)))))))))..((((((..((......))..(((.((((....))))))).))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........(((.(((((((((((...(((....((.((.(((((((.(((((((((((...............)))))))..........................((((((.......(((((((....)))))))...(((((.....))))).))))))))))))))))).))))....)))...((.(((....)))))...((((((.(((((((((((((...)).)))))))))))......((.....)).)))))).((((((((......))))))))...))))....((((.....)))).)))))))))).((((((..(((....))).((((.((((....))))))))))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.....))))...(((((((.((((........))))...((((((((.((((((((((...............))))))..............(((((......))))).)))).(((((((((((....)))))))...(((((.....))))).)))).....))))))))..(((.........))).((((((.........)).)))).......((((....)))).((((....))))..........((((...((((.......))))((((.....))))...))))..((((.....)))).)))))))....((((((((......)))).((((.((((....)))))))).......)))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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