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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00152

RNA: TMR_00152
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........................((((....))))..((((((.........))))))......(((((((((..(((....(((((..........))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))).......((((((((...((((((((((((((((.........))))))))...))))))))......((...((.......))....))..))))))))..............................................................................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......................................................................................((((..........))))...............................................................................................................................................................................((............................)).........................................................(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((........((((((........((.((....((((((.(((((.........)))))..........((((...........(((((..........))))).((.(((((..((((((((...))))))))....))))).)...).(((((((...(....(((((((((.(((((((.((((((((.........))))))))....)))))))...............(.(((((((.........))))))).)........(((((....))))).)))))))))......).....)))))))......))))..........)))))).....)).))....))))))...)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.(......................(((((....)))))(((((((.........)))))).....((((((((((..((((...(((((.((....)).))))).....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))..))))))))))......((((((((.(.((((((((((((((((.........))))))))...)))))))).)..((((.(.(((.....))).)..))))))))))))............(((((....))))).((((((((.............................))))))))...)......(..(.............)..).).)...(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(((((.(((.....(((((....)))))((((((.........)))))).....((((((((((..((((...((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))..))))))))))........))).)))))((((((((((((((((..[[[[[[[))))))))...))))))))......]]]]]]]....(((((((.[[[[[[..)))))))..........]]]]]].(((((((..[[[[[[....)))))))......]]]]]]............(((((..........[[[[[[[[...))))).((((.....))))..]]]]]]]]...)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.((((..(((((..(((((.((((.(((....))).(((((.........)))))......((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))))......((((((((...((((((((((((((..((((...))))))))))...))))))))....((((...(((.....)))....)))))))))))).)))).)))))..))))).(((((((.(((((((.......((.((((..((((.((.........)).)))).)))).)).....))))))).))))))).((((.....)))).)))).)))...)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................................((((((.........))))))......((((((((...((.....(((((..........))))).....((((((((((((((...)))))))))..)))))..))...)))))))).......((((((((...((((((((((((((((.........))))))))...))))))))..............................)))))))).............((((....)))).............................................................(((((...................[[[[[..)))))]]]]])))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.........(((((....))))).((((((.........)))))).....((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..)))))))))).......(((((((((.((((((((((((((..((((...))))))))))...))))))))...........(((.....))).....(((((((...)))))))......(((((....))))).)))))))))....))))))((((((((....................))).))))).((((((((.......(......).........))))))))...)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((...(((((..)))))((((((((((((.........)))))).....((((((((((.........(((((..........)))))....(((((((((((((((...)))))))))..)))))).....))))))))))......((((((((...(((((((((((((((([[[[[[...))))))))...)))))))).]]]]]].......................)))))))).............(((((..)))))((((((((((..........(((..)))...........)))))))))).))))))...((((((((........(((((.....))))).))))))))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((....((.(((((((..((((((((........(((((.((((.((.(((.(((((((...((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))))..((..((((((((...((((((((((((((..(((.....)))))))))...))))))))....((((...(((.....)))....))))))))))))))...............)))))))....)))....)).)))))))))...((((.((.........)).))))..))))))))...)))))))..))...))).)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.........(((((....))))).((((((.........)))))).....((((((((((..(((....((((((((...))).)))))...(.((((((((((((((...)))))))))..)))))))))..)))))))))).......(((((((((.((((((((((((((..((((...))))))))))...))))))))...........(((.....))).....(((((((...)))))))......(((((....))))).)))))))))....))))))(((((((((((.........).))....))).))))).((((((((.........(((.......)))..))))))))...)))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((.........(((((((..((((((((........(((((.((((.((.....(((((((...((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))))..((..((((((((...((((((((((((((..(((.....)))))))))...))))))))....((((...(((.....)))....))))))))))))))...............)))))))...........)).)))))))))...((((.((.........)).))))..))))))))...))))))).....))).))).(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((....((.(((((((..((((((((........(((((.((((.((......((((.....((((((((((..((((...((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..)))))))))..))))))))))...(((((((((((.(.((((((((((((((..(((.....)))))))))...)))))))).)..((((..((((.....))).)..))))))))))))............(((((....))))).))))))).)).)))))))))...((((.((.........)).))))..))))))))...)))))))..))...))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((((((..(......)((.((((..)))(...(((((.(......))))))...)(((((..(((.(.((((...))))))))..))))))))((..))((((((((((((((((...)))))))).....(((.........)))..)))))..)))((((((((((((((((((((((((..)))))))(........)..)))))))).)..((((.((.............)))))).(((..)))((........))(((((..)))))..))))))))......))))))..(((((((((.((..((((((......))))))..))..))))).))))...))).))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((..........(((((((...(((((((........(((((.((((.((......((((((...((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))))......((((((((...((((((((((((((..(((.....)))))))))...))))))))....((((..((((.....))).)..)))))))))))).................))))))............)).)))))))))............................)))))))....)))))))...........)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........(((.((.((....)))).)))....((((((.((((....(((((..(((((((...((((((((((..(((....((((((((...))).))))).....((((((((((((((...)))))))))..))))).)))..))))))))))..((..((((((((...((((((((((((((..(((.....)))))))))...))))))))....((((...(((.....)))....))))))))))))))...............)))))))..(((((...((.((...)).))..)))))..........)))))))))..))))))...((((((((...((.((......)).)).....))))))))...)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((......))))).((((....))))..(((((....))))).(((((.........))))).............(((.(((.....(((((((.....)).))))).....(((((.........))))).)))..((((....))))..))).(((((.....)))))....((((...........)))).(((.....)))(((((...............))))).........((((.(((..((((((.....))))))......(((((....))))).....(((.......))).(((..(((.((............))))).))).))).((((.............))))..((((.((((.......)))))))).))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((......))))).((((....))))..(((((....))))).(((((.dddddd..)))))..........DDDDDD..(((....(((((..........)))))..<<<((((.((((((((.....))))))))...)))).)))......(((((..bbb)))))..((((((aaaaaaa....)))..(((.AAA.))){{{{{.....AAAA)))...}}}}}...(((.....ccccc.))).((((CCCCC))))........(((((....)))))....((((..BBB..))))(((..(((.((............))))).)))....(((((.[[(((....)))))))).((((.((((..]]>>>)))))))).........

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