|
|
|
GGGGACGCGUGGUUUCGACAGGGAAGGUAGGCUACUGGAUUGCAGGCUGAGGUGCCAUCCACCUCAUUAAACAGGUGGCAAAAAACAACUGGCGAACGUGAACUCGUUCUUGCUGGCUAAAUAAGACAGCACAUCCUGCUUGGCCCCACCUCAACGGGUCAGGUUUGGGUGCCGAUUAGUUGAGGUGCCGUUUCCCCAACGCCGAUGAGGGGGACGAAAGAAAUAUCGGCUGGUUUGGCUAAAUUAGGCCGGCAAAAGCUAGCCAGACAAGAUUAAAUAGACGGAUAAUCCUGUAGUAGAUCCUGGGUCACCUUUUCUGGACGGGGAGUUCGACCCUCCCCCGUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((..(((..(.(((((.((((.(((((.{{{{{{..))))).......}}}}}}...............................(((((.((.....)).)))))(((((.(((((((((aaaaaaaa.)))))))))..)))))........AAAAAAAA.((((((((....[[[[[[..))))))))........]]]]]]..(((((((((..((...<<<.<.<))..))))))))).........>.>.>>>.....)))).....))))).).))).)))))))))....(((((.......))))).)))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.((((...(((((((((((((.((((((..((((((........)))))).......(((..((.(((((......))))).(((((...........)))))...)).(((((((((.........))))))))))))))))))..((((((...((..((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......))))).....))))))))..))..)))))).....))).....)))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.((((.(.((((((((((.(((((((.....)))))))...........................(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...............(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).(((((((((.........).))))))))...................((((......................))))........................)))))....))))).)))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((...(((....((((.(((((........(((..................))).................((........))....((((.(.......).))))..........(((((...........)))))............................(((((((............)))))))..........................................................................))))).....))))...)))..))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.(......(((((.((((.....((((...((((((........))))))...............(((((......)))))...................))))..((.(((((((((.........)))))))))...)).((((((..((((.((........)).)))).((.....))..............))))))..(((((((((..((..........))..))))))))).....................)))).....)))))....).))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(..((..((((((((((.((((.(.((((((((((((((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...........)...(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((((......)))).....))))))))).).....(((............))))))))....))))).))))))))))))))))))((((((.......))))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((..((((((......[[[..(((((((.....))))))).......)))))).........]]]..(((((......))))).(((((...........)))))(((((.(((((((((.[[[[[[[[)))))))))..))))).......]]]]]]]].....((((((...[[[[[[[.)))))).........]]]]]]]..(((((((((..................)))))))))........((((..[[[[....)))).....]]]]......))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......)).((((((((((.((((...((((.(((((.(((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......)))).....)))))))))..(((.(((((..........))))).))).....))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.((((...((((((((((..((........[[[[[))........]]]]]..........((...(((((......)))))..((((...........)))).(((((.(((((((((.{{{{{{{.)))))))))..)))))......))}}}}}}}...(((((((............)))))))............((((((...(((........)))........)))))).........................)))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......)).((((((((((.((((...((((.(((((.(((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......))))).....))))))))...(........................)......))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((..............((((.(((((((.....)))))))....(((((.............((((((((((......)))))((((((((..............(((((.((((((((.[[[[[[[[[.))))))))..)))))(((((..]]]]]]]]].((((((((............))))))))........)))))((((((((..))))))))))))))))......))))).......................))))).......))))....))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((......(((((................))))).......(.......................(.((((.........)))).)((((((..(((((((.........)))))))...))))))..................((((((((..........)))))))).................((((((((((.(((.......)))..)))))))))).................)..)))))).....))).))).....)))))))))))((((.((...)..).)))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(....(((((................))))).......(.......................(.((((.........)))).)((((((..(((((((.........)))))))...))))))..................((((((((..........)))))))).................(((((((((..(((.......)))...))))))))).................).))))))).....))).))).....)))))))))))((((.((...)..).)))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((.........((((.....))))(((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).((((((((....[[[[[[[.)))))))).......]]]]]]]......))))).....)))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.((((...((((((((((.(((((((.....))))))).....(((..............)))..(((((......))))).(((((...........)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((((......))))).....)))))))).).....((((..........)))).........)))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((.((((...(((((...((((((((((((..((((((........)))))).......(((((((.(((((......))))).(((((...........)))))(((((.(((((((((.........)))))))))..)))))....))))))).))))))..((((((...........))))))...........)))))).(((((((((..................)))))))))............((((......))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......))))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((...(((...(((.((..((....((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).(((..(((((.......)).)))..)))...........))))))..)))))...))))))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.............((((((((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((...(((...(((.((..((....((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).(((..(((((.......)).)))..)))...........))))))..)))))...))))))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..))))))))))))))...(((........)))))))).((....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......)))))(((((((((.(((......(((.....)))((((((((((((((((..(((.(((......))))))..))))))))((((..(((((..((....))..)))))(....)......)))).))...))))))))).)))))))))......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......))))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....)))(((((((((((.((((.........((((((((((((.....)))))))....((((((((((..))))))))))..(((...)))....((((((((((((.(.(((.(((......)))))).)...((((((((((((((.((((...).))))))))))))))))).((..(((((.((.......)))))))))((..((..))..)).((((((.((..........)))))))).))))))).)))))..(((.....(((...)))..)))...).)))))))))))))))))))..(((((((...)..))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..(((((.((((...((((..................((((((........))))))...............(((((......)))))............................((((((((...........)))))))).......................................................................................................................................))))..)))))))))..)))...((((((.......))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((..(((((.((((...(((((((....(((((((.....)))))))....(((((.(((.........(..(((((((......)))))..))..).....((((.(((......)))))))))).(((((((((..(((.(((......))))))..)))))))))((((((((((..((....))..))))).............(((((((((((((......)))).....)))))))))...............))))).....))))).)))).)))..)))))))))..)))...((((((.......))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((......)))....((((...........)))).....)))).((((((........))))))..........((((((((((......))))).(((((...........)))))..(((.(((((((((.........)))))))))..))).(((..........)))..((((((((((.......)).))))))))...........((((...((((((......))))))....)))).)))))..............((((......))))...((((.(((((........)))))..((((((.......)))))).))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((....)))).....((((...........))))bbbbbb)))).BBBBBB.......(((((........(((((((.(((((......))))).(((((...........))))).<<<<.<<<<<<<<<)))))....>>>>>>>>>..>>>>[[[..))))))).]]](((....((((...{{{{{{{.))))...........}}}}}}}ddddd.((((......)))))))....(((DDDDD.....(((((.....cccc.)))))CCCC))).(((.aaaa))).......AAAA..((((((.......))))))))))))).... |