CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00155



RNA: TMR_00155
Rfam family: tmRNA

GGGGACGCGUGGUUUCGACAGGGAAGGUAGGCUACUGGAUUGCAGGCUGAGGUGCCAUCCACCUCAUUAAACAGGUGGCAAAAAACAACUGGCGAACGUGAACUCGUUCUUGCUGGCUAAAUAAGACAGCACAUCCUGCUUGGCCCCACCUCAACGGGUCAGGUUUGGGUGCCGAUUAGUUGAGGUGCCGUUUCCCCAACGCCGAUGAGGGGGACGAAAGAAAUAUCGGCUGGUUUGGCUAAAUUAGGCCGGCAAAAGCUAGCCAGACAAGAUUAAAUAGACGGAUAAUCCUGUAGUAGAUCCUGGGUCACCUUUUCUGGACGGGGAGUUCGACCCUCCCCCGUCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((...........(((((((((..(((..(.(((((.((((.(((((.{{{{{{..))))).......}}}}}}...............................(((((.((.....)).)))))(((((.(((((((((aaaaaaaa.)))))))))..)))))........AAAAAAAA.((((((((....[[[[[[..))))))))........]]]]]]..(((((((((..((...<<<.<.<))..))))))))).........>.>.>>>.....)))).....))))).).))).)))))))))....(((((.......))))).)))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.((((...(((((((((((((.((((((..((((((........)))))).......(((..((.(((((......))))).(((((...........)))))...)).(((((((((.........))))))))))))))))))..((((((...((..((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......))))).....))))))))..))..)))))).....))).....)))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.((((.(.((((((((((.(((((((.....)))))))...........................(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...............(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).(((((((((.........).))))))))...................((((......................))))........................)))))....))))).)))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((...(((....((((.(((((........(((..................))).................((........))....((((.(.......).))))..........(((((...........)))))............................(((((((............)))))))..........................................................................))))).....))))...)))..))))))))...((((((.......)))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.(......(((((.((((.....((((...((((((........))))))...............(((((......)))))...................))))..((.(((((((((.........)))))))))...)).((((((..((((.((........)).)))).((.....))..............))))))..(((((((((..((..........))..))))))))).....................)))).....)))))....).))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(..((..((((((((((.((((.(.((((((((((((((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...........)...(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((((......)))).....))))))))).).....(((............))))))))....))))).))))))))))))))))))((((((.......)))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((..((((((......[[[..(((((((.....))))))).......)))))).........]]]..(((((......))))).(((((...........)))))(((((.(((((((((.[[[[[[[[)))))))))..))))).......]]]]]]]].....((((((...[[[[[[[.)))))).........]]]]]]]..(((((((((..................)))))))))........((((..[[[[....)))).....]]]]......))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......)).((((((((((.((((...((((.(((((.(((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......)))).....)))))))))..(((.(((((..........))))).))).....))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.((((...((((((((((..((........[[[[[))........]]]]]..........((...(((((......)))))..((((...........)))).(((((.(((((((((.{{{{{{{.)))))))))..)))))......))}}}}}}}...(((((((............)))))))............((((((...(((........)))........)))))).........................)))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......)).((((((((((.((((...((((.(((((.(((((((.....))))))).....(((.((........)).)))..(((((......))))).(((((.((.....)).)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))...........(((((((((((((......))))).....))))))))...(........................)......))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((..............((((.(((((((.....)))))))....(((((.............((((((((((......)))))((((((((..............(((((.((((((((.[[[[[[[[[.))))))))..)))))(((((..]]]]]]]]].((((((((............))))))))........)))))((((((((..))))))))))))))))......))))).......................))))).......))))....))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((......(((((................))))).......(.......................(.((((.........)))).)((((((..(((((((.........)))))))...))))))..................((((((((..........)))))))).................((((((((((.(((.......)))..)))))))))).................)..)))))).....))).))).....)))))))))))((((.((...)..).)))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(....(((((................))))).......(.......................(.((((.........)))).)((((((..(((((((.........)))))))...))))))..................((((((((..........)))))))).................(((((((((..(((.......)))...))))))))).................).))))))).....))).))).....)))))))))))((((.((...)..).)))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((.........((((.....))))(((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).((((((((....[[[[[[[.)))))))).......]]]]]]]......))))).....)))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......)))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.((((...((((((((((.(((((((.....))))))).....(((..............)))..(((((......))))).(((((...........)))))...))))).......(((((((((.((((.(((......))))))).))))))))).((((((((((.......)).))))))))..........((((((((((((((......))))).....)))))))).).....((((..........)))).........)))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((.((((...(((((...((((((((((((..((((((........)))))).......(((((((.(((((......))))).(((((...........)))))(((((.(((((((((.........)))))))))..)))))....))))))).))))))..((((((...........))))))...........)))))).(((((((((..................)))))))))............((((......))))....)))))..))))))))))))))...((((((.......)))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((...(((...(((.((..((....((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).(((..(((((.......)).)))..)))...........))))))..)))))...))))))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......)))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.............((((((((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......))))).((((((((...(((...(((.((..((....((((.(((((((((..(((.(((......))))))..))))))))).(((..(((((.......)).)))..)))...........))))))..)))))...))))))))))).......)))))................)).....))).)))).)))))..))))))))))))))...(((........)))))))).((....))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((..(((((.((((...(((((....(((((((..((..((((((........))))))..........((((((((((......)))))(((((((((.(((......(((.....)))((((((((((((((((..(((.(((......))))))..))))))))((((..(((((..((....))..)))))(....)......)))).))...))))))))).)))))))))......)))))................)).....))).)))).)))))..)))))))))..)))...((((((.......)))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....)))(((((((((((.((((.........((((((((((((.....)))))))....((((((((((..))))))))))..(((...)))....((((((((((((.(.(((.(((......)))))).)...((((((((((((((.((((...).))))))))))))))))).((..(((((.((.......)))))))))((..((..))..)).((((((.((..........)))))))).))))))).)))))..(((.....(((...)))..)))...).)))))))))))))))))))..(((((((...)..)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((..(((((.((((...((((..................((((((........))))))...............(((((......)))))............................((((((((...........)))))))).......................................................................................................................................))))..)))))))))..)))...((((((.......)))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((..(((((.((((...(((((((....(((((((.....)))))))....(((((.(((.........(..(((((((......)))))..))..).....((((.(((......)))))))))).(((((((((..(((.(((......))))))..)))))))))((((((((((..((....))..))))).............(((((((((((((......)))).....)))))))))...............))))).....))))).)))).)))..)))))))))..)))...((((((.......)))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((......)))....((((...........)))).....)))).((((((........))))))..........((((((((((......))))).(((((...........)))))..(((.(((((((((.........)))))))))..))).(((..........)))..((((((((((.......)).))))))))...........((((...((((((......))))))....)))).)))))..............((((......))))...((((.(((((........)))))..((((((.......)))))).))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((....)))).....((((...........))))bbbbbb)))).BBBBBB.......(((((........(((((((.(((((......))))).(((((...........))))).<<<<.<<<<<<<<<)))))....>>>>>>>>>..>>>>[[[..))))))).]]](((....((((...{{{{{{{.))))...........}}}}}}}ddddd.((((......)))))))....(((DDDDD.....(((((.....cccc.)))))CCCC))).(((.aaaa))).......AAAA..((((((.......)))))))))))))....