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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00158



RNA: TMR_00158
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..........)))...((((((((..((((((((((......((((((.............))))))...((((......))))..............(((((((.....)))))))((((..(((((..(((........)))..)))))..))))...................(((((....(((((((................))))))).....)))))..........(((((((.(((...............)))..)))))))..............))))))..)))).))))))))..(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..........)))...(((((((.......((((((((((((.......)))))).........(((..((((.........................(((((((.....)))))))((((..((((...(((........)))...))))..))))...........)))).)))(((((....(((((((................))))))).....)))))..........(((((((........................)))))))..............))))))........)))))))..(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((....)).)))...((((((((..((((((((((...(((((((((.............)))))))..((((......))))..))....(((((.(((((((.....)))))))((((..(((((..(((........)))..)))))..))))...........(((())))(((((....((((((((((...))).......))))))).....)))))..........(((((((.(((..((())).......)))..))))))).......)))))..))))))..)))).))))))))..(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((((......)))))))..((((..((((..(((((...(((((((.............)))))))..((((......))))..(((((.......(((((((.....)))))))......((((.((((..........(((((.....((((............))))....(((((....((((((((..............)))))))).....)))))..........(((((((........................)))))))...........)))))..)))).))))...))))).)))))...))))..)))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((....)).)))...(..(((((..(((((((((((..(((((((((.............))))))...((((......)))).))).))..)))))(((((((.....))))))).)))).((((.((((..(((((((...((.((....)).)).......))))))).......(((...((((((((((...))).......)))))))((((((((.(((...(((........)))...))).)))).............(((.....)))..)))).)))..)))).)))))))))..)..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))(((((((((((..((((((((((((((((((((((.(((((((((....(((..)))...)))))))))))))(((..(((..(((((((((...)))))).(((((((((((((.(((........))))).))))))))))).((..)).).)).))).((((((((((((((((.(((.......)).)...))))))))))).))))(...)).))).((((((((((..(.(......))..)))).)))))).).)..))))))))..))))).)))..)))))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((....)).)))...(..(((((..(((((((((.((................................(((........)))..............(((((((.....)))))))((((..(((((..(((........)))..)))))..))))..............................................................................(((((((..((...............))...))))))).............)))))))..)))).)))))..)..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.((....)).)))...(..(((((..((((((((((.((((((((((((((.............(((..((((......((((...))))........(((((((.....))))))).(((..(((((..(((........)))..)))))..)))............)))).)))..((.......))...)))))))))...)))))......((((((((.(((...(((........)))...))).)))).............(((.....)))..))))..))))))..)))).)))))..)..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((......)))))))....((((.......))))...((((((((..........)).))))))..((((......))))........(((((.(((((((.....)))))))......(((((...((........))...))))).((((............))))......((((.(((((((..((((......................)))).)).)))))...(((....)))...))))..(((.((.........))))).......))))).......(((((......)))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((......))))))).(((..................<<<<<<<<.)))......>>.>>>>>>..((((......))))..((((..(((((.(((((((.....))))))).(((..(((((aaa...aaaaaaa.....)))))..))).........AAAAAAA......((((...[[((((.bbbb.(((((.......))))))...BBBB)))........))))..(((((....)))))(((.((.........))))).......))))).....]]AAA..{{{{...))))..(((((}}}}...))))).))))))....