|
|
|
GGGGGCGCCAAGGUUUCGACGGGGAUUGGAAGCUAAGGUUGCAUGUCGGAGUGGGCAGGCUCCGUUAAAAAGCCCAUCUUAUACAAACGCCGAUACUGACGUUUCGUACGCACUGGCAGCUUAAGUCUGCCACGUCUCUAGUCUCUUCGCCUGCGGGUUUCUAGCGACGUCAAUUUAGUAGGCUGGUUGUUGUUCAAGUCCGUGGUUCAACAGCGAGAUCUAAACGGAAUCGCCACAUGUAAGAGCCUGUCUGUGGGGGCUGCAUGCGGUUAAAUUUAAAACACAGACUACACAUGUAGACGCCUUAAGUGAAAGAUUUUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((.((((..((((((((((<<<<..<.)))))..........>..>>>>................................((((((.......))))))((((.((((........[[[[[.[[...)))).)))).....]].]]]]]((.(((((((....{.{{{{{....))))))).))......}}}}}.}.....(.(((..(..((.aaaaaaa))...)..))).).............AAAAAAA...))))).....))))..)))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((((((.((((..((((((((........(((((((.....((((((((..........))))).))).....)))..)))).))))))))....))))(((((.(((((((((((((((...(((((((((...........))).))))))..)))))))))).......)))))...((((...((((((...((((...(((((........)))))))))))))))...))))......)))))..))))))))...))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....((((((((.((((((.......(((((((((.......................((((..........))))...........(((((.......)))))(((((.((((...(..((....)).)...)))).)))))...............(((((((...............)))))))((...(......)..))...........)))))))))((((...((((....))))...........))))......))))))....))))).)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.....((.((((((((((((....................................................................(((((.......)))))..(((.............................)))...........................................................................................................................)))))))...)))))..)).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((......((((((..(((((..(.((((((...............)))))).)....................(((((..........((((((....).)))))(((((.((((..(((........)))...)))).)))))............((.(((((((...............))))))).))....))))).....(((.(((((.((..(((.......))).))))))).))).....................))))).....)))))).......))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...(..((((((((....(((((((((((((((....(.((((((((((.........((........((((((((.((....)).))))).)))......((((((....).)))))(((((.((((...((.((....))))...)))).)))))...........))..(((((((...............)))))))((..(((....))).))...........))))))))))(((..((((((()))))))..........)))...)...)))))))...))))).)))....))))))))).)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((((((((......((((......((((((.[[[..))))))......))))..............]]]......(((((............(((((.......))))))))))))))))))))..((((((.......[[[[[[[.........))))))..]]]]]]].....(((((.(((((.(((((((..(((....))).))))....)))..))))).(((((((....[[[[[[[...............)))))))....]]]]]]].(((.....))).........)))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((((((((((((......)))))).....(((((((.....((((((((.((....)).))))).))).....)))..)))).((((((..(((((.((((.......(((....)))..)))).)))))..((((..((((((.(((((((.(((......)))..))))))).)).))))....)))).(((.(((((...(((((........)))))))))).))).............))))))..)))))))...))))).)))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((((((......((((....((........................(((..........)))...........((((((.......))))))((((.((((...................)))).))))................(((((((...............)))))))..................[[.[[[[[..)){{{{))))....}}}}.]]]]].]]......................)))))))...)))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....(((((((((((((((((((((......)))))).....(((((((.....((((((((.((....)).))))).))).....)))..)))).((((((..(((((.((((......((....)).....)))).)))))....((..((((((.(((((((.(((......)))..))))))).)).))))....))...(((.(((((...(((((........)))))))))).))).............))))))..)))))))...)))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((..((((((((((.............((((((.((((((...............))))))............))))))..(((((............((((([[[[[[.))))))))))))))))))))....(((((((((((((((................))))).........))))))))))........))))))))....(((((((..((((((........(((((((..((((((..))))))..........)))))))...))))))...(((]]]]]](((((...)))))...)))....)))))))...))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....(((.(((.((((((......(((((.............))))).........(...(........................(.((((.......)))).)((((((.(((.((((.......)))).))).))))))................((((((((.............)))))))).................((((((((((...(((........)))..)))))))))).................))..))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....(((.(((.((((((.(....(((((.............))))).........(...(........................(.((((.......)))).)((((((.(((.((((.......)))).))).))))))................((((((((.............)))))))).................(((((((((....(((........)))...))))))))).................)).)))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((.(((.(((((((.((((((.((((((...............))))))............)))))).((.(((.....)))))...))))))).)))...((.(((((..(((((.(((((....((((.(((.((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).)))).((((((........(((((((..(((((....)))))..........)))))))...))))))))).))))...))))))))))...))))).)).))))))))))).))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........(((.((((((((....(((((((((((((((((((((......)))))).....(((((((.....((((((((..........))))).))).....)))..)))).((((((..(((((.((((.....(((....)))....)))).)))))..((((..((((((.(((((((.(((......)))..))))))).)).))))....)))).(((.(((((...(((((........)))))))))).))).............))))))..)))))))...)))))).))....))))))))...[[[[[..)))..]]]]]))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((..((((((((((......((((......((((((......))))))......)))).......................((((............((((((.......))))))))))))))))))))....((((((((((..(((((((..................))))))).))))))))))........))))))))....(((((((..((((((........(((((((..(((((....)))))..........)))))))...))))))....((((....(((((...))))).....)))).)))))))...))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(.(((((((((((.(((.(((((((.((((((.((((((...............))))))............)))))).((.(((.....)))))...))))))).)))...((.(((((..(((((.(((((.((.((((.(((.((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).)))).((((((........(((((((..(((((....)))))..........)))))))...))))))))).)))))).))))))))))...))))).)).))))))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....)).((((.....(((((((((((..((..((((((.((((((.((((((...............))))))............)))))).((.(((.....)))))...))))))..))....((.(((((..(((((.(((((....((((.(((.((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).)))).((((((........(((((((..(((((....)))))..........)))))))...))))))))).))))...))))))))))...))))).)).)))))))))))..))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((...(((.((((((((((.((...((((......((((((......))))))......)))).......((((((((.((....)).))))).))).))(((((((((....).)))))).)).))))))))))))))))(((((..((..((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).)))).........(((((((((((((..(((((....)))))..........))))))((((....)))).((((..((((.....))))..)).)))))))))))..)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(........).(((((((....((((..))))((..))((((((......))))))......(((((..(...((((((((.(.......)))))).)))..)..((((((((..)).))))))(((((((((...((........))....))))((((.(...(((((...((((((((((((.............)))))))))))).)))))...))))).(((..(((((.(((.(((((((.(((((((..))))))).........)))))))((((..)))).).))))))))))(((..)))..))))).)))))..))))))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............(((((((((....................................................................................((((((....).))))).....)))))))))..........((..(((.((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).))))..(((((........(((((((..(((((....)))))..........)))))))...))))).)))..))......................................))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..((((....((((((((.((((((.((((((((((((((..(((.....(((.......((((((((.((....)).))))).)))......))))))...)))))))).)).))))....((..(((..(((((((..((((((..((..(((((....((.(((((((.(((......)))..))))))).))..)))))..)).))))......))..)))))))..)))..))..))))))....................((((....))))..)))))).))....))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((..(((((....))))))))..((((.(((.....(((......))).((((.........)))).)))......(((((..........))))).........((((((.......))))))......))))....(((....)))....(((((.((.........))..)))))..((((...............)))).((((.............))))......((((.((....(((((..(((((....)))))..........))))).((((....))))..))))))..((((.....))))...(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |