CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00160



RNA: TMR_00160
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGCACUGGUUUCGACGGGGAUAAAGAAGCCGGAGUGGCAGGUCGAGGCGCCGCUGGCCUCGUUAAAAGCGGCACAAAUGUAAUUGCCAACAACGAUUACGAAUACGCAAUGGCAGCCUAAUUAGGCUUGCCGCACUGAUUGGCUGACGUCAGAUACGCCGACCAGUGACAAACUUAUCCGACUGGCACCCAAAGCCGUCUGUCGCAGCGGGUGUAAGAUUUUUUAAGACAGACUUGCCGCCGGUAGCCCGAUCAGGGGCAUCACCGGAUGGCGAGCUUGAAUACCUGAUCUAAACCUGUAGAAGCUUCGAGUGGACUGUUCUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((..((((..((((((((((.aaaaaa..))))).....AAAAAA.....................................(((((((((....))))).))))(((((.(((((.....{{.{{{{.))))).))))).......}}}}.}}.(.((((((...((..[...[.))...)))))).)..........]...]...(((((.(.(..(((.<<<<<<<))).....).).)))))..........>>>>>>>...))))).....))))...))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((((((((((..........((((((.((((((((((.((((((((((............))))))...........(((((.....................))))))))).....)))))))))).....))))))..)))).))......)))))))).........(((((...(((.(((....((...((....((((((...(((((.((((((.....((((((((((((.((((......))))...))))).))))))))))))).....)))))..))))))....))..))..)))..)))..))))).(((((.......))))).))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((.......................(((((((.......)))))........(.........(((((((.......)))))))...........((((((((....))))).))))(((((.(((((.............))))).))))).................((((((...((...........))))))))................))((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))...................))))).))))))(((((.........)))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((........((((((.((((((......(((((..............)))))......((((((.........))))))..................................................................................................................................................(((........)))..................................))))))....))))))........)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((.(((((..(((((....(.((((((............)))))).)....(((((((.......)))))))...........((((((((....))))).))).(((((.(((((.............))))).))))).................((((((...((........))...))))))..............(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).)))..............))))).....)))))..))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.(((((...........(((..........((((((.......)))))).......(((((....((((((((.......)))))))).............((((((())))))))))))(((((.((((((((()))).....))))).)))))..........)))..(.((((((...((.(.......).)))))))).)((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......))))....))))).))))))(((((.........)))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............)))))))).......(((.[[[[[)))....]]]]].........(((.....[[[[[[[)))......]]]]]]].........(((((((((....)))).)))))(((((.(((((........[[[[.))))).))))).......]]]].(((..[[[[[[..........))).....]]]]]].......((((((.[[[.((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))))))))...]]].(((.[[[[[[[)))...((((((.........)))))).]]]]]]]..........)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............)))))))).((((((((.((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).)))))................(((.......))).)))))))).((((((...(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(({{{{................)).....((((((((.((((((((((............))))))......(((((([[[[.....))))))..........]]]].)))).....)))))))).(((((.(((((.............))))).)))))................((<<<<.....))...........((>>>>...(((.............((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))............)))......))..}}}}.((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............)))))))).(((((((..((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).)))))................(((.......)))..))))))).((((((...(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............))))))))....((((((((((((.[[[[[[))))))......((((((....((((((((.......)))))))).............((((((..))))))))))))...((((((((((..)))).........(((((..............)))))......((((.(((((((.]]]]]]................)))))))(((((((((((.((((......))))...))))).))))))))))......))))))...))))))......((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(........................(.((((...........)))).)((((((.((((.............)))).)))))).................(((((((................))))))).....................(((((((((.(((........)))...))))).)))).................))..))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(........................(.((((...........)))).)((((((.((((.............)))).)))))).................(((((((................))))))).....................((((((((..(((........)))....)))).)))).................)).)))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((((((.((((((((((((.[[[[[[))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....))))).))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......)))))......]]]]]].....(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))....)))))).))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............)))))))).((((((((.((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))..(((((((((....)))).)))))(((((.((((((..........).))))).)))))...............((((.......)))))))))))).((((((.(.(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))).)).......)))))).))))))......((((((.((....)))))))).(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............))))))))....((((((((((((.......))))))......((((((....((((((((.......))))))))........((((((((((....)))))((((((((((.(((((.............))))).)))))...............)))))......))))).))))))..((((((........((((((.....((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))))))))))))))......))))))......((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....((((((((..(.((((..((((...(((((.(((((((..(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).......))))).)).)))))...)))))))).((((((.........(((.(((.......)))))))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..)))))).)..)))))).))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....((((((.(((((..........(((..(((((((..((((((.......))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......))))))))))))..))).....(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))...))))).))))))((.....)).)))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((........((.((((((((((((((.((((((((((............)))))).....((((((((.......)))))))).....((....)).)))).....))))))))))((((.(((((((.(....).)).))))).))))..........)))).))(((.......))).))))))...((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..)))))).))))))...))))....(((....)))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(.(((((((((..........))))))))))((((.((((((((....((((((.(..((........)).((........))((((....(...............((((((((((..)))))).))..)))...)))).(((..))).((..))..)))))))((..))....(((.((((((..(......)..)))..))))))..((((((..)))))).((((.(((((.((.((.(....(((((((....(((((........)..))))...)))))))...))).))))))(((...)))..))))).))))...((((((...)..))))).))))))))..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............................(((((((..((((((.......)))))).......((((.....((((((((.......))))))))..........(((.((((....))))..))).(((((.(((((.............))))).)))))..........................)))).))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))............................(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((............)))))))).(((((((..((((((.......))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......)))))))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((............)))))))).(((((..........))))).(((.((((.....))))......((((((((.......))))))))..........((((((((....)))).))))...(((((........)))))....)))..(((((..............)))))......((((.(((((((.......................))))))).((((((((((.((((......))))...))))).))))).))))..........((((......))))...((((((.........)))))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((((....)))))......(((..{{{))).....(((((...}}}.))))).......((((((....((((((.bbbb......)))))).........BBBB.((((....)))).)))))).(((.[[[[[......)))....]]]]]...((((.....)))).((((..aaaaaa.......aaa))))....AAAAAA.........((((..AAA)))).((((....((((..<<<<))))(((....)))))))...>>>>........((((......))))...((((((.........)))))).(((((.......))))).))))))....