|
|
|
GGGGGCGCACUGGUUUCGACGGGGAUAAAGAAGCCGGAGUGGCAGGUCGAGGCGCCGCUGGCCUCGUUAAAAGCGGCACAAAUGUAAUUGCCAACAACGAUUACGAAUACGCAAUGGCAGCCUAAUUAGGCUUGCCGCACUGAUUGGCUGACGUCAGAUACGCCGACCAGUGACAAACUUAUCCGACUGGCACCCAAAGCCGUCUGUCGCAGCGGGUGUAAGAUUUUUUAAGACAGACUUGCCGCCGGUAGCCCGAUCAGGGGCAUCACCGGAUGGCGAGCUUGAAUACCUGAUCUAAACCUGUAGAAGCUUCGAGUGGACUGUUCUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((..((((..((((((((((.aaaaaa..))))).....AAAAAA.....................................(((((((((....))))).))))(((((.(((((.....{{.{{{{.))))).))))).......}}}}.}}.(.((((((...((..[...[.))...)))))).)..........]...]...(((((.(.(..(((.<<<<<<<))).....).).)))))..........>>>>>>>...))))).....))))...))....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((((((((((..........((((((.((((((((((.((((((((((............))))))...........(((((.....................))))))))).....)))))))))).....))))))..)))).))......)))))))).........(((((...(((.(((....((...((....((((((...(((((.((((((.....((((((((((((.((((......))))...))))).))))))))))))).....)))))..))))))....))..))..)))..)))..))))).(((((.......))))).)))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((.......................(((((((.......)))))........(.........(((((((.......)))))))...........((((((((....))))).))))(((((.(((((.............))))).))))).................((((((...((...........))))))))................))((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))...................))))).))))))(((((.........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((........((((((.((((((......(((((..............)))))......((((((.........))))))..................................................................................................................................................(((........)))..................................))))))....))))))........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((.(((((..(((((....(.((((((............)))))).)....(((((((.......)))))))...........((((((((....))))).))).(((((.(((((.............))))).))))).................((((((...((........))...))))))..............(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).)))..............))))).....)))))..))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.(((((...........(((..........((((((.......)))))).......(((((....((((((((.......)))))))).............((((((())))))))))))(((((.((((((((()))).....))))).)))))..........)))..(.((((((...((.(.......).)))))))).)((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......))))....))))).))))))(((((.........)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).......(((.[[[[[)))....]]]]].........(((.....[[[[[[[)))......]]]]]]].........(((((((((....)))).)))))(((((.(((((........[[[[.))))).))))).......]]]].(((..[[[[[[..........))).....]]]]]].......((((((.[[[.((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))))))))...]]].(((.[[[[[[[)))...((((((.........)))))).]]]]]]]..........))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).((((((((.((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).)))))................(((.......))).)))))))).((((((...(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(({{{{................)).....((((((((.((((((((((............))))))......(((((([[[[.....))))))..........]]]].)))).....)))))))).(((((.(((((.............))))).)))))................((<<<<.....))...........((>>>>...(((.............((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))............)))......))..}}}}.((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).(((((((..((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).)))))................(((.......)))..))))))).((((((...(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).))))))).))).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............))))))))....((((((((((((.[[[[[[))))))......((((((....((((((((.......)))))))).............((((((..))))))))))))...((((((((((..)))).........(((((..............)))))......((((.(((((((.]]]]]]................)))))))(((((((((((.((((......))))...))))).))))))))))......))))))...))))))......((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(........................(.((((...........)))).)((((((.((((.............)))).)))))).................(((((((................))))))).....................(((((((((.(((........)))...))))).)))).................))..))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(........................(.((((...........)))).)((((((.((((.............)))).)))))).................(((((((................))))))).....................((((((((..(((........)))....)))).)))).................)).)))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((((((.((((((((((((.[[[[[[))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....))))).))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......)))))......]]]]]].....(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))....)))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).((((((((.((((((.......))))))......(((.......((((((((.......))))))))....)))..(((((((((....)))).)))))(((((.((((((..........).))))).)))))...............((((.......)))))))))))).((((((.(.(((((........(((.((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))).)).......)))))).))))))......((((((.((....)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............))))))))....((((((((((((.......))))))......((((((....((((((((.......))))))))........((((((((((....)))))((((((((((.(((((.............))))).)))))...............)))))......))))).))))))..((((((........((((((.....((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))))))))))))))......))))))......((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....((((((((..(.((((..((((...(((((.(((((((..(((.......((((((((.......))))))))....)))...((((((((....)))).)))).......))))).)).)))))...)))))))).((((((.........(((.(((.......)))))))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..)))))).)..)))))).))....))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....((((((.(((((..........(((..(((((((..((((((.......))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......))))))))))))..))).....(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))...))))).))))))((.....)).)))))).((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((........((.((((((((((((((.((((((((((............)))))).....((((((((.......)))))))).....((....)).)))).....))))))))))((((.(((((((.(....).)).))))).))))..........)))).))(((.......))).))))))...((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..)))))).))))))...))))....(((....)))(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((((((..........))))))))))((((.((((((((....((((((.(..((........)).((........))((((....(...............((((((((((..)))))).))..)))...)))).(((..))).((..))..)))))))((..))....(((.((((((..(......)..)))..))))))..((((((..)))))).((((.(((((.((.((.(....(((((((....(((((........)..))))...)))))))...))).))))))(((...)))..))))).))))...((((((...)..))))).)))))))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............................(((((((..((((((.......)))))).......((((.....((((((((.......))))))))..........(((.((((....))))..))).(((((.(((((.............))))).)))))..........................)))).))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))............................(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).(((((((..((((((.......))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....((...((((((((....)))).)))).(((((.(((((.............))))).))))).................)).......)))))))))))).((((((...(((((........((..((((((((((((.((((......))))...))))).)))))))..)).......)))))..))))))......((((((.........)))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((............)))))))).(((((..........))))).(((.((((.....))))......((((((((.......))))))))..........((((((((....)))).))))...(((((........)))))....)))..(((((..............)))))......((((.(((((((.......................))))))).((((((((((.((((......))))...))))).))))).))))..........((((......))))...((((((.........)))))).(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(((((....)))))......(((..{{{))).....(((((...}}}.))))).......((((((....((((((.bbbb......)))))).........BBBB.((((....)))).)))))).(((.[[[[[......)))....]]]]]...((((.....)))).((((..aaaaaa.......aaa))))....AAAAAA.........((((..AAA)))).((((....((((..<<<<))))(((....)))))))...>>>>........((((......))))...((((((.........)))))).(((((.......))))).)))))).... |