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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00164



RNA: TMR_00164
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((((((((((((((((((.....(((((.......))))).((.((((((...................((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...))))))..........)))))).))..............................................)).)))).)))))))))))......))))))...)).......................................................(((((.......))))).))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.((((((.....((((.(((..(((((.......((((.(((((.........((((............))))................((((((.(((........)))...))))))((((((((((((((((.......))))))))))...))))))...........))))).((...((((...............))))..))................(((...((((.(((..........))).))))...))).........)))).......))))).....)))))))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((((((((((((((((((((((((....(((((.......)))))(((.(((((((..................((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...)))))).........))))))).)))..((((((((......))))).)))...................))).)))).)))))))))))......))))))...)).......((..(((.........)))..)).............(......)(...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((.................))))).....(((((..[[[[[.))))).......]]]]].......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.[[[[[[))))))))))...)))))).........]]]]]].......((((...[[[[[[[.[[[[))))..]]]].......]]]]]]]...........(((....[[[[.[[[[.[[[...[[[......[[[.[[[)))......]]].]]]...]]]......]]].]]]]]]]].(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....))(((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...)))))).)).))...))))))).)))..(((((((........)))))).).(((................))).)))).)))))))))((((.((((.(((...((.((....(((.(((.........))).)))...)).))....))).)))))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((((((((.......(((((((((..(((((....(((((.............))))).......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.[[[[[[))))))))))...)))))))))))....]]]]]]..)))))...))))(((((((..((((..))))..........)))))))........)))))))))))......))))))...(((((((.........................................)))))))..(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((((((((((((((((...(((((....(((((........)))))......(((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))))))))............((((((...((((((..........))))))...))))))..))))).))))..(((((((.((((......)))).......)))))))...))))).))))))))))......))))))...((((.........))))........................(((((.((((((....))))))....)))))..)))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((...((((((((((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...))))).))).))...))))))).)))......((.(((((((.((((......)))).......))))))).)).)))).))))))))))......))))))...)))......)).(((....)))..................((((((.....(((...(((((.......)))))))))))).)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((((((((((((((((((...(((((.......)))))(((.(((((((......((((....)...((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...)))))))).......))))))).)))...))))(.(((((((.((((......)))).......))))))).).))))).))))))))))......))))))...(((((((..(((.(((.........))).)))...(....).......)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((....(((((((.....((((((((.(.((((..))(((((........)))))..))).)).(..).....((((((((......))))))))((((...)))).))))))..)))))))...))).((((((((.((.(((((.(((..)))))..))).)))))((....))((((..(.((.(((.(......))))((((((((.((((......)).))))))))))((..(((.((((.((((..((((...))))(((...((...).)....))))))))))))))...)).(..((..))..)))).)))).)))))(((((...)..)))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((((((.........................(((.(((((((......((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((..((((.......))))..))))...)))))).)).))...))))))).))).................................................)))).))))))))))......))))))...(((((((..(((.(((.........))).)))...(....).......)))))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((((((((((((((((((((....(((((.......))))).(((.((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...))))).))).))...))))))..((.((((((......)))))).))...))).................))).))))).))))))))))......))))))...((.((....(((..((.........))..)))...)).)).(((((.((..((....))..))....)))))..)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))...(((((.(((.......)))..(((.......))).(((((.............))))).......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))...........))))).((((((...((((((((.....)).))))))...))))))..(((...((((((........)))))).(((((................))))).((((....((((....))))........((((.........))))..))))...((((...............)))).)))....(((((.......)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((aaa..)))...(((((.(((.......)))(((((....[[[))))).(((...]]].......))).........((((((((....)))))))).....((((((.(((........)))...))))))AAA.)))))...(((..bbbbbb.)))....((((.((....))))))...BBBBBB.(((....((((((.{{{{{{.))))))...(((.........}}}}}}.))).....<<<<<.((((....))))..)))...((((.........))))(((((....((((.>>>>>.....cccc)))).(((....))))))))...CCCC...))))))....