|
|
|
GGGGGCGAAACGGCUUCGACGGGGAUGUAUAAGCUCUACGUUGCAUGUCGAGCAACUGCCAGCUCGUAAAAAAGGCGGAAACUAAUAUAAUCGCAGACGAUUAUAACUACGCAGUAGCAGCUUAAUAACUGUCAUACUGCCGUCUCUCCAGUCCUCCGCUCAUGAGGGUUGGGUCCGAGGCGUCGACCAAAAUGAGCUAGCAAUCGGGUGGUGUUCUGGUCGCCCCGGCGCGAAAAUAUACAGAAUAGCGUUAUAGUAUCCCUGUUCCGACGGAAGCUAAAUCGCGAAAACUAAGUGGGAACUAAACAUGUAGAUACGAGAGGGGAGCAUUUGCGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((((.....((...(((..((((((((((..[[[[[.))))).......]]]]]................................((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.{{{{{{))))))))))...)))))).........}}}}}}..((..(.(((((((aaaaaa))))))).)..)).........AAAAAA.(((.(.((((.(((..<<<<<.<<))).)))).).))).........>>.>>>>>...))))).....)))...))...)))))).))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((((((((((..(((((.......))))).(((.((((((........(((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((((((((.......))))))))))...))))).)))......))))))........((((((........)))))).)))............)))...)).))))).))))))))).....)))).)))...((((((......(((....)))....((((...............))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((((((((((((((((((.....(((((.......))))).((.((((((...................((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...))))))..........)))))).))..............................................)).)))).)))))))))))......))))))...)).......................................................(((((.......))))).)))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((................((((((.((((........))))......................((((((....)))))).............((.(........).)).............................................................................................................................................................................)))))).................)))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.((((((.....((((.(((..(((((.......((((.(((((.........((((............))))................((((((.(((........)))...))))))((((((((((((((((.......))))))))))...))))))...........))))).((...((((...............))))..))................(((...((((.(((..........))).))))...))).........)))).......))))).....)))))))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...((((((((((((((((((((((((....(((((.......)))))(((.(((((((..................((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...)))))).........))))))).)))..((((((((......))))).)))...................))).)))).)))))))))))......))))))...)).......((..(((.........)))..)).............(......)(...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(((((.................))))).....(((((..[[[[[.))))).......]]]]].......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.[[[[[[))))))))))...)))))).........]]]]]].......((((...[[[[[[[.[[[[))))..]]]].......]]]]]]]...........(((....[[[[.[[[[.[[[...[[[......[[[.[[[)))......]]].]]]...]]]......]]].]]]]]]]].(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...))))))))).))...))))))).))).((((((((........))).)))))(((................))).)))).))))))))).(((.((((.(((...((.((....(((.(((.........))).)))...)).))....))).)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((((((((.....(((((.......))))).((.(((((((..................((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...)))))).........))))))).))...(((...(((.......))).)))....................)).))))).))))))))))......))))))............................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....))(((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.......))))))))))...)))))).)).))...))))))).)))..(((((((........)))))).).(((................))).)))).)))))))))((((.((((.(((...((.((....(((.(((.........))).)))...)).))....))).)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((.......(((((((((..(((((....(((((.............))))).......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((((((((.[[[[[[))))))))))...)))))))))))....]]]]]]..)))))...))))(((((((..((((..))))..........)))))))........)))))))))))......))))))...(((((((.........................................)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((......(((((...............))))).........(...(.....................((((((........))))..))....((((((.(((.((((.........)))).)))....))))))...................((((((((............))))))))..................((((((((((.(((..........))).))))))))))................))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((.((((((.(....(((((...............))))).........(...(.....................((((((........))))..))....((((((.(((.((((.........)))).)))....))))))...................((((((((............))))))))..................(((((((((..(((..........)))..)))))))))................)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((..((((.......))))..))))...)))))).)).))...))))))).)))......((.(((((((.((((......)))).......))))))).)).)))).))))))))))(((.((((.(((...((.((....(((.(((.........))).)))...)).))....))).)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((.((...))))))..))))))((((((((((((((((.(....)))))))))))...))))))))).))...))))))).)))..((((((((......)))))).))((((................)))))))).)))))))))((((.((((.(((............(((.(((.........))).)))............))).)))))))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((((((((((...(((((....(((((........)))))......(((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))))))))............((((((...((((((..........))))))...))))))..))))).))))..(((((((.((((......)))).......)))))))...))))).))))))))))......))))))...((((.........))))........................(((((.((((((....))))))....)))))..))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((((.((((...(((((.......))))).((.(((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...))))).))).))...))))))).))....))))(.(((((((.((((......)))).......))))))).)..)))).))))))))))......))))))...(((((((..(((.(((.........))).)))...(....).......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((...((((((((((((((((((((.((((.((((...)))).))))...(((.(((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...))))).))).))...))))))).)))......((.(((((((.((((......)))).......))))))).)).)))).))))))))))......))))))...)))......)).(((....)))..................((((((.....(((...(((((.......)))))))))))).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((((((((((((...(((((.......)))))(((.(((((((......((((....)...((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...)))))))).......))))))).)))...))))(.(((((((.((((......)))).......))))))).).))))).))))))))))......))))))...(((((((..(((.(((.........))).)))...(....).......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....(((((((.....((((((((.(.((((..))(((((........)))))..))).)).(..).....((((((((......))))))))((((...)))).))))))..)))))))...))).((((((((.((.(((((.(((..)))))..))).)))))((....))((((..(.((.(((.(......))))((((((((.((((......)).))))))))))((..(((.((((.((((..((((...))))(((...((...).)....))))))))))))))...)).(..((..))..)))).)))).)))))(((((...)..)))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((((.........................(((.(((((((......((((........((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))((((((((((..((((.......))))..))))...)))))).)).))...))))))).))).................................................)))).))))))))))......))))))...(((((((..(((.(((.........))).)))...(....).......)))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((((((((((....(((((.......))))).(((.((((((......(((((.......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..)))))).(((((((((..((((.......))))..))))...))))).))).))...))))))..((.((((((......)))))).))...))).................))).))))).))))))))))......))))))...((.((....(((..((.........))..)))...)).)).(((((.((..((....))..))....)))))..))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))...(((((.(((.......)))..(((.......))).(((((.............))))).......((((((((....)))))))).....((((((((((........))))..))))))...........))))).((((((...((((((((.....)).))))))...))))))..(((...((((((........)))))).(((((................))))).((((....((((....))))........((((.........))))..))))...((((...............)))).)))....(((((.......)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((aaa..)))...(((((.(((.......)))(((((....[[[))))).(((...]]].......))).........((((((((....)))))))).....((((((.(((........)))...))))))AAA.)))))...(((..bbbbbb.)))....((((.((....))))))...BBBBBB.(((....((((((.{{{{{{.))))))...(((.........}}}}}}.))).....<<<<<.((((....))))..)))...((((.........))))(((((....((((.>>>>>.....cccc)))).(((....))))))))...CCCC...)))))).... |