|
|
|
GGGGGCGCACUGGUUUCGACGGGGACGUAGAAGCCGGAGUUGCAGGCCGAGGCGCCGCUGGCCUCGUAAAAAGCGGCACAAAAGUAAUUGCCAACAAUUACGACUACGCUCUGGCUGCUUAAUUGACGGCCACGUCGAACCGGUUCACGCCUGAUAGACCGGUGAGACGUAACUUCAUCAGGCUGGCAUCUGACGGCGCUCGCCGCGAAGGGUGCGAGAAAAACAGGUGAGCUGGUCGAAGGUUGCCUGGUCGGGGGCGAAACCUGAGAUGACGAUUGUACUCGACCUAAGCCUGUAGACGCUUCGUGUGGAACAUUCUCGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((.((....((..((((..((((((((((.<<<<<<..))))).....>>>>>>..................................((((((.........))))))((((..((((((.....[[[[[[.[))))))..)))).....].]]]]]].(.((((((..((..aaaaaaa.))..)))))).)........AAAAAAA..(((...((.((((.{{{{{{{)))...).))..)))..........}}}}}}}...))))).....))))...))...)).))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((.((((((((.(((((..((((...((((((((((.........)))))).))))....))))......(((((((....)))))))..)))))))).(((((.........))))).))))))))))))((..(((((((.....(((........)))..)))))))..((((((..((((....))))....))))))(((((..((((((.....(((((((((((((((......))))))..)))......((....))..))))))...))))))..((((...))))......))))).)).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((....))).)))))))).).........(((((.......)))))..................(((((((....)))))))...........(((((.........)))))(((((..(((((((...........)))))))..)))))....((..((((((((((.((..(((((((((((.....................)))))))..))))..)).)))).(((((((.((((...............)))).)))))))..))))))..)).........................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((..........(((((.((((((......(((((..............)))))......((((((......))))))...........(((((.........)))))..(((....(((...............)))....)))............................................................................(((........)))................................))))))....)))))..........))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).))))))))(((..(((((....(.((((((............)))))).)....((((((......))))))..........((((((.........))))))((((..(((((((...........)))))))..))))........(((((...((((((....(((.....)))...))))))........(((((..(((.......))).))))).............))))).......................))))).....)))(((.(.........).)))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((....))).)))))))).).....(.(((((((.......)))))......((((........(((((((....))))))).....))))..(((((.........)))))(((((..(((((((((....))...)))))))..)))))....((..((((((((((.((..(((((((((((.....................)))))))..))))..)).)))).(((((((.((((...............)))).)))))))..))))))..)).....................)).)(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((....))).))))))))...)))....((((((...[[[[))))))....(((((((......(((((((....)))))))............)))))))......]]]].(((((..(((((((...[[[[[[[.)))))))..)))))......]]]]]]]..((((((......[[[[[[[.....))))))..........]]]]]]].......(((((....(((((((..(((...........[[[[)))..)))))))..))))).........]]]]...........(((((.[[[[[)))))..]]]]].)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).)))))))).(((.((.((.((((((.((.((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))...))).))))))).(((.(((((((((.((((((.((..(((........)))))))))))((.((((((..((((....))))....)))))).))........)))))))))))).(((((....(((((((.((((...............)))).)))))))..))))).....)))))))).)).)))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).))))))))................((((((............))))))......(((((((....)))))))...........((((...........)))).((((..(((((((...[[[[[[..)))))))..))))........]]]]]].........................................................((..(((.{{{{{{{)))....))................}}}}}}}.....................................(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).))))))))...(((((((..(((((((.((((((..(....(((((((.(....(((((((....)))))))...........)))))))).......(....).(((.((((((((((.((((((.((..(((........)))))))))))((.((((((..((((....))))....)))))).))........)))))))))))))......)..)))))).))))......(((............)))..)))..)))))))...........................(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((.[[[[[[....[[[[[.....[[[[[[[[((((((.......))))))....(((((((......(((((((....)))))))............)))))))..((((((....))))))(((((((((((((((((.....................)))))))..((((((..(((((..)))))....))))))...........))))))))))...(((...)))[[[[[[[..)))))))................]]]]]]]...]]]]]]]]..]]]]]..........]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((......(((((..............)))))........(...(.....................(.((((.........)))).)((((((.((((((...........)))))).))))))...............((((((((................))))))))..................(((((((((((((........)))..))))))))))................))..))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(....(((((..............)))))........(...(.....................(.((((.........)))).)((((((.((((((...........)))))).))))))...............((((((((................))))))))..................(((((((((.(((........)))...)))))))))................)).)))))))....))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).))))))))..((((((((..(((((((..((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))...))).)))))..(((.(((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))))).))).))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))).......(((.((((.....((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).)))))))).(((((((((..(((((((.((((((..((((.(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))..............(((.((((((((((.((((((.((..(((........)))))))))))...(((((((.((((....)))))...))))))...........)))))))))))))...))))..)))))).))))......(((............)))..)))..)))))))).)..................(((((.[[[[[)))))..]]]]]))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((............)))))))).........((((((.((((((............))))))......(((((((....)))))))..((((((..((((((.........))))))((((..(((((((((((((((((.....................)))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))...(((((....(((((((.........................)))))))..)))))...))))....)))))).....))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).))))))))..((((((((..(((((((..((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))...))).)))))..((((.((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))))).)).)))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))).......(((.((((.....((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((((((((.(((....))).)))))))).))(((((((..(((((((..((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))...))).)))))..((((.((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))))).)).)))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))..(((.....)))......)))).((.(((((.......)))))....))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((((((((.(((....))).)))))))).(((((((((..((((((((.((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))((......)))))))))))...))).)))))).(((.(((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))))).))).))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))).)))...(((.((((.....((((((....))))))))))))).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..(((((((((.(......).)))))))))...((((((((..)).((((((...(......).)))))).(((((..)))))((..(((((..(((........))).....)))))..)).((((((((((((((.............))))))))))))))((((((.(((.((..((((((.(.((((((.((...)))))))(...)..))))))))))))).).)))))....(((((((((..(((...(......)....)))..)))))))..))))))))..)))))).(((((.........((.(((((((...)..)))).)))).))).)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((.(((....))).))))))))...(((((((..((((.((..((((((((....(((((((......(((((((....)))))))............)))))))...))).)))))..(((.(((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))(.((((((..((((....))))....)))))).).........))))))))))))).))..))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))........(((.((((.....(((((......)))))))))))).)))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((....))).)))))))).(((((((((..(((((((..((((((((....(((((((.((...(((((((....)))))))..........)))))))))...))).)))))..(((.(((((((((((((((((.((..(((........))))))))))))..((((((..((((....))))....))))))...........))))))))))))).))).))))(((((((..(((...............)))..)))))))...)))))))).).....(((.((((.....((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(((((....))))).....(((((((((....((((.((......)))))).(((.....)))........(((((((....)))))))......))))))))).(((..((((((....)))))).((((((...........)))))).))).((((.((((.(((((......))))).(((....)))..))))..))))......((((((..(((.......))).((((......))))......((((............))))......))))))......((((.............)))).(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((....))))).....(((((((((....((((.((......)))))).(((.....)))........(((((((....)))))))......)))))))))......((((((....)))))).((((((..[[[[[[...)))))).(((.......))).(((.{{{{.....)))}}}}.(((((.((.....))))))).....]]]]]](((.((((((aaaaa((((..<<<<)))).....>>>>..............))))))..AAAAA......)))..(((.....)))...)))..(((((.......))))).)))))).... |