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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00166



RNA: TMR_00166
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((((((..(((((((...((((.((((..((((((..(((((((...)))))))...(((.....((((((((((..(((((.............((...(((((........)))))...)).........)))))))))))))))...)))..))))))............((((((((((((....)).)))))))))).....((((((....))))))......))))))))......((((((.((((...............)))))))))).))))).))....)))..))))))).))).((((((....)))))).)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((..((((((((....................(((((.........)))))....................((((((..........))))))..............))))))))...((((((((.(((((((......)))))))..))))))))............................((((((.................))))))............................((((((.(((((((......)))))...))))))))..................))))))).))).(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((.(((((.....(((...(((((((((......((((((.((........)).)))))).............................(((((.(((((........))))).((((((((.((((((........))))))..))))))))...............(((((((((((.......)))))))))))......))))).....((((((((...(((........)))...))))))))......................)))))...))))...)))....))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((..(((((((((....(((..(((((.....(((((.........))))).....)))))..........((((((..........))))))......)))....)))))))))...((((((((.((((((((....))))))))..))))))))..(((((.(((.....)))))))).(((((((((..((((.......))))))))))..))).........(((........)))((((((.(((((((......)))))...))))))))..................))))))).))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..........(((.[[[[.....)))..]]]].(((((....(((((.[[[[[[..))))).......]]]]]].......((((((..........))))))......(((((........))))).((((((((.........[[[[[[........))))))))......]]]]]]...((((((((((...[[[[[[)))))))))).......]]]]]]..(((((.......[[[.)))))..]]].(((((.[[[[)))))..........]]]]..........))))).................(((.[[[[[)))....]]]]].))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))))).(((((..(((((........))))).((((((...))))))........(((..(((((.((((((..........))))))(((...(((((........))))).((((((((.(((((((......)))))))..))))))))..(((((.(((.....)))))))).)))((((((.................))))))...(((((((((..(((........)))..)))))))))............(((((.........))))).....)))))..))).)))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............((((((((....................(((((.........)))))....................((((((..........))))))..............))))))))...((((((((..(((((........)))))...))))))))....(((.(((.....)))))).......((((..{{{...{{{........))))...(((([[[[[...[[[..))))..]]]...]]]]]......}}}....}}}..........................................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.......)))))).((((((.(((((........))))).((((((...))))))...................((((((..........))))))......(((((........))))).((((((((.(((((((......)))))))..))))))))...............((((((((((((....)).))))))))))..........(....)(((((((((..(((........)))..)))))))))............(((((.........)))))...............))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((..(((((((((.....(((((........)))))(((((((...)))))))..................((((((..........))))))((((..))))...))))))))).(((((((((..........(((((((((..)))..............))))))...((((((((((.[[[[[[[.)))))))))).....))))))))).((((((.........))))))((((.((((((..((((((......))))))....)))))).......)))).......))))))]]]]]]]((((.......)))).)))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((..(((((((((....(((.((((((..(((((..((((((.....))))))............(((.....)))........)))))....)))))))))....))))))))).(((((((((..........((((((.......((....)).......))))))...((((((((((((....)).)))))))))).....)))))))))..(((..((((..(((........)))..))))..)))............(((((.........)))))............))))))).))))(((((.......))))).))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((..((((((((...(((((.((((((..(((((..(((((((...)))))))............((((...))))........)))))....))))))...)))))))))))))...((((((((.((((((((....))))))))..))))))))..(((((........(((((((((((.......))))))))))).....(((((((...((((((.........))))))....)))))))...))))).........(((((.........)))))............))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((..(((((((((.(..(((.((((((..(((((..((((((.....))))))............(((.....)))........)))))....)))))))))..).))))))))).(((((((((..........((((((.......((....)).......))))))...((((((((((((....)).)))))))))).....)))))))))..(((..((((..(((........)))..))))..)))............(((((.........)))))............))))))).))))(((((.......))))).))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((......(((((..(((((((((....(((.((((((..(((((..(((((((...)))))))............(((.....)))........)))))....)))))))))....)))))))))...((((((((.(((((((......)))))))..))))))))..........)))))...((((......((((((.((((....))))....))))))...(((..((((..(((........)))..))))..)))..))))........)))))).(((..............)))..(((...((((..((((((....)))))))))).)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((.(((((((((.(..(((.((((((..((((...((((((.....))))))....................((((....))))))))....)))))))))..).))))))))))..((((((((.((((....)))).((.....))))))))))..(((((((((...(((((((((((((....)).)))))))(((.....((((((....))))))......)))..))))....))))....................(((((.........))))).......)))))))))))).))))(((((........)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(..)......(((((((((..(((.((((((((((.(..((((.((......))))))...))))))))).(((....(((((((.......).))))))...)))...))))))))))))))..((((((((((((((((......)))))))).))))))))(.(((((.(((.....)))))))).).((((((.(((((((((((((((((((((((..((((.............))))..).)))))))..)))))).)).)))))))....((.(((.(..........).))).)).)..)..))))(((((.((..))))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((((.(..(((.........(((((..(((((((...)))))))............(((.....)))........)))))..........)))..).))))))))).........................................................((((((((((((....)).))))))))))...........................(((........))).......................(((((.........)))))........................(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((..(((((((((....(((.((((((..(((((..((((((.....))))))............(((.....)))........)))))....)))))))))....))))))))).(((((((((..........((((((.......((....)).......))))))...((((((((((((....)).)))))))))).....)))))))))..(((..((((..(((........)))..))))..)))............(((((.........)))))............))))))......(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.......))))))....(((.(((((........))))).(((((.....)))))........)))........((((((..........))))))......(((((........))))).(((((((...(((....))).(((.....))))))))))..........(((((((((((((((((....)).)))))))))).....((((((....)))))).....(((....))).(((..(((((.....))))).......(((((.........))))).))).........)))))......(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((((.......))))))..(((((.(((((........)))))..((((((....{{{{{.....)))))).......((((((.....}}}}})))))).......((((........)))).)))))......(((....))).(((.....)))..((((...[[[[[.......)))).]]]]].(((...((((.....)))).....((((((....)))))).....(((....))).(((..(((((.....))))).......(((((.........))))).)))..(((.....))))))....(((((.......))))).))))))....