RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00168

RNA: TMR_00168
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........)))).........(((((...(((((((......)))))))(((((((((((((((.........)))))))))))))))......(((..((((.(((((......((((........)))).......)))))...((((((((((((..(((......)))..))))))))))))....))))....)))..)))))))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).....................(((....)))............(((((((......)))))))(((((((((((((((..(....).)))))))))))))))................((((((((...........)))))))............)...((((((((((((.((((......)))).))))))))))))......................))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((.........(((((((.((((((..............................................................(((((........)))))................................................................................................................................................................))))))....))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((((..(((((((((((((.(((((.....(((((((............)))))))........((((.............)))).((((((........))))))(((((((((((((((.........))))))))))))))).........((..(((((((((((...........)))))))......))))))....((((((((((((.((((......)))).))))))))))))......................)))))....))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(..((..(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))............(((((((......)))))))(((((((((((((((..((())).)))))))))))))))........)))..((..(((((((...........)))))))..))......((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))).....))))))...)))))))))))))))))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((...(((...(((....)))...)))..(((((...................(((((((((((((((.........)))))))))))))))..))))).)))(((...(((((((...........)))))))..........((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))))))..))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........))))..................((((((......)))))).(((((((((((((((.........)))))))))))))))..........((.((..(((((((...........)))))))..)).))(((((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))).))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........))))..........((((..((((((((......))))))))((((((((((((((.........)))))))))))))).................((((((((.....[[[...))))]]].........))))...((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).................)))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........)))).................(((((((......))))))).((((((((((((((.........))))))))))))))..............((..(((((((...........)))))))..))...(((((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))).))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........))))........((((((...(((((((......)))))))(((((((((((((((..{{{{{{.)))))))))))))))........}}}}}}...(((((((...........)))))))................((((((((((((.(((.[[[[[[[))).)))))))))))).....)))))).]]]]]]]...)))))))...)))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(....(((((..............))))).......(...(..................((.((((........)))).))((((((.(((((((.........))))))).))))))....................((((((.........))))))..................(((((((((....(((........)))....)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))...((((((...(((((((......)))))))(((((((((((((((.[[[[[[[.)))))))))))))))........]]]]]]]..(((((((...{{{{{{{.))))))).......}}}}}}}..((..((((((((.((((......)))).))))))))..)).....))))))......)))..))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....)))(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........((((.........)))).....((((........[[[[[[[..))))]]]]]]](((((((((((((((.........))))))))))))))).................(((((((...........))))))).......(((((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))).))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............((((..(((((((((((((((......(((((((....))))))).........((((.........))))...((((.((((((..((((((((((...........(((((((((((((((.........))))))))))))))).....))))).))))).(((((((...........)))))))..........((((..((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).............)))))))))).))))...)))))))))))))))..))))....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))........(((((((((((......)))))).(((((((((((((((..(....).)))))))))))))))..))))).)))..((..(((((((...........)))))))..))...((((((...((..((((((((.((((......)))).))))))))..))....(((....)))))).))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((.((((....)))).)).(((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))........(((((((((((......)))))).(((((((((((((((.........)))))))))))))))..))))).)))..((..(((((((...........)))))))..))...((((((...((..((((((((.((((......)))).))))))))..))....(((....)))))).))).))))))...)))))))))))))))))))).((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))........(((((((((((......)))))).(((((((((((((((..(....).)))))))))))))))..))))).)))(((...(((((((...........)))))))..........((((..((..((((((((.((((......)))).))))))))..)).....((....)))))))))..))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..)......((((((((..((((((((((((((((((((((((...(((((((((......)))))))))....))).(.(((.............)))(((((((((......)))))))))((((((((((((((.((..)))))))))))))))))(((...)))..(((((..((((((((.........))))))))..)))))(((((((..((((((((((((..(((.(...))))..)))))))))))).((((...)))).)))).)))).)))))..)).)))))))))))))))))))))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))........((((.((((((......)))))).(((((((((((((((..(....).)))))))))))))))...)))).)))..((..(((((((...........)))))))..))....(((((...((..((((((((.((((......)))).))))))))..)).....(......).))).))..))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........(((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))).........(((.........(((....)))........(((((((((((......)))))).(((((((((((((((.........)))))))))))))))..))))).)))..((..(((((((...........)))))))..))...((((((...((..((((((((.((((......)))).))))))))..))....(((....)))))).))).))))))...))))))))))))))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((.................))))))..((((.....(((((((....))))))).........((((.........))))..........))))...(((((((......))))))).((((((((((((((.........)))))))))))))).................(((((........((((.....))))........)))))...(((((((((((..((((......))))..)))))))))))...(((((.............))))).(((((((...........)).)))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((....))))..(((((........((((.....(((((((....))))))).........((((.........))))..........))))....((((((......)))))).(((((((((((((((..[[[[[[.)))))))))))))))........]]]]]]...(((((((.....<<<<<.))))))).......>>>>>....(((((((((((......{{{{{{{.....)))))))))))............}}}}}}}....))))).(((((...........)).))).....(((((.......))))))))))))....

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