RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00173

RNA: TMR_00173
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.((((((....((((((...(((((.......(.((((((.....)))))).)......))))).....))))))..))))))))...(((((((((.((.....((((.(((((((((((((((((.........)))))))))))..))))))..(((((..(((((.......)))..)).....)))))...)))).....)).)))))))))...))))).(((((....)))))....(((((.......))))))))))))....
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................(((((.................((((((.....))))))..................)))))......((((((((...(((....))).......))))))))(((((((((((.........)))))))))))...................(((.......)))..........................................(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((.............................................................................................................................................................................................................................................))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((((.(.((.(((....(((((.........(((((.......)))))........))))).....))).))).)))))......(((((((((.((................(((((((((((.........))))))))))).((...((((((....))))))...))...............................)).)))))))))....(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.......(((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))))))))(((((((((............((((...(((((((((((...[[[[[.))))))))))))))).....]]]]]....(((((.....)))))............................)))))))))(((.[[[[[[)))....]]]]]]....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........((.((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).))))))))...(((((((((.((.....((((..((...(((((((((((.((...)).))))))))))).((...((((((....))))))...))........(((...))).))..)))).....)).)))))))))....((((((((...))))))))....(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......................................((.....[[[[[[))...]]]]]].............................((((((((...(((....))).......))))))))(((((((((((.........)))))))))))..........................................................................(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............(.(..................(.((..(((((.(.....................................................................................(((.....((...)).)))................(.(...........))........................(......).............).).)))..)...)).....).))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........(((.....(....(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....)))))))......(((((....(((....)))........)))))..(((((((((((.((...)).))))))))))).........(((....)))((((.....)))).........).....)))........................((((((((...))))))))....(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((..........(((((((...(((((((((((((...))))))).........))))))...........)))))))....(((((((((..(((....)))......)))))))))(((((((((((.........))))))))))))))))))..............((((((.................................))))))...)))))((((((((...))))))))....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((..((((..............)))).........(...(........................((.((((..............)))).))....((((((.((((.........)))).)))))).................................................................))......))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.......(((.(((..((((..............)))).........(...(........................((.((((..............)))).))....((((((.((((.........)))).)))))).................................................................))......))).)).).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((...((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))).....(((((((((.((......((((((....(((((((((((.((...)).))))))))))).((...((((((....))))))...))....))))))....(((.....)))......)).)))))))))...)))))...................(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((....((((....(((((((((((((...(((((.((......((((((.....))))))......))))))).....))))))).....((((((([[[(((....))).......))))))).(((((((((((.........))))))))))).........(((....)))((((.....)))).....))))))....))))................]]]))).((((((((...))))))))....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((...((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))).....(((((((((...........(((((...(((((((((((.........)))))))))))......((((((....)))))).........................))))).........)))))))))...)))))...................(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((((.........................................................................................................................(((((.......................))))).......................................................................)))))))................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((...((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))).....(((((((((.((......((((((....(((((((((((.(....)..))))))))))).((...((((((....))))))...))....))))))....(((.....)))......)).)))))))))...)))))...................(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.....((.((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))))).....(((((((.((......((((((....(((((((((((.((...)).))))))))))).((...((((((....))))))...))....))))))....(((.....)))......)).))))))).)))))((((((((...))))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((((.((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).))))))))...(((((((((.((......((((((....(((((((((((.(....)..))))))))))).((...((((((....))))))...))....))))))....(((.....)))......)).)))))))))...)))))...................(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.(....((((((...))))))(((...)))..((((((.(((((.((..))))))).(((((........)).)))((((...))))....))))))(((((......(((..))).((((((((((((((...........))))))))))..)))).)))))..).((((((.......)))))).((..)).(((.((((.((((.(((((((((..))))))))..).))))...))))))).(((((((.((..)))))))..)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................................................................................................................................................................................................(.....((.....................(.(..........)...)..............))..).(..........)..)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))).....(((((((((.((................(((((((((((.........)))))))))))......((((((....))))))....................................)).)))))))))....(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((...((((((...(((((((...(((((.........((((((.....))))))........))))).....))))))).)))))).....((((((((..((......((((((....(((((((((((.........))))))))))).((...((((((....))))))...))....))))))....(((.....)))......))..))))))))...)))))...................(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.............)))))))))...((((...((((.....)))).(((..........))).))))......((((.((((((.....)))))).....(((.((((.....))))...(((((((((((.........))))))))))).))).....(((....)))((((.....)))).)))).((((.......))))......(((...((((.......)))).(((....))).)))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((.............))))).(((.....)))..((((.....)))).(((.....)))............))).(((..((((((.....)))))).....(((((...((((....)))).((((((((((.........))))))))))..........)))))....(((((.....))))).))).((((.......))))......(((...(((((....)).))).(((....))).)))..(((((.......))))).))))))....

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