|
|
|
GGGGGCGUUACGGAUUCGACAGGCAUAGUUGAGCUUGAAUUGCGUUUCGUAGGUUACGGCUACGUUAAAACGUUACAGUUAAAUAUAACUGCUAAAAACGAAAACAAUUCUUUCGCUUUAGCUGCCUAAAAACCAGCUAGCGAAGAUCCUCCCGGCAUCGCCCAUGUGCUCGGGUCAGGGUCCUAAUCGAAGUGGGAUACGCUAAAUUUUUCCGUCUGUAAAAUUUAGAGGAGCUUACCAGACUAGCAAUACAGAAUGCCUGUCACUCGGCACGCUGUAAAGCGAACCUUUAAAUGAGUGUCUAUGAACGUAGAGAUUUAAGUGGCAAUAUGUUUGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCGUCUCCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((((((((.(((((((((({{.{{{.)))))......}}}.}}.......................................(.(((((((.........))))))).)..((((((((((((((..aaaaa)))).))))..)))))).........AAAAA.....(((((((((...<<<<<.)))))))))..........>>>>>..((..(...(..((((.[.[.[[[))))...)..)..))............]]].].]...)))))....))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((......(((((((((.((...(((.((((((..((((((..((((((....)))...))).(((((((((....)))))).)))..)))))).))))))..(((((..(((((.........)))))))))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))....((...(((((...(.(((((((((.........))))))))).)...)))))..))..)))...))...)))))))))....((..((((....))))..))......(((((.(((((....))))).))))).))))).........(((((((((.......)))).))))))).))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((.((((((..((((((.((((((...(((((...(((.....((((....))))..((((((....)))))).)))..)))))..)))))).(((((..((((((.........))))))))))).........))).)))....))))))...))).))))))........((((((...((((......(((.((((.......)))))))...........))))..(((((..((((........))))..)))))...(((((((........((((((..(((((((................))))))))))))))))))))..))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((....(((((((((..........((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))((..((...(((((...(.(((((((((.(.....).))))))))).)...)))))..))..)).........)))))))))..)))..))(((....)))................((((...((((((................)))))).))))(((((.......))))).)))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(((.((((((((((((((((((((.......)))))...........((((((....))))))....................((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...................(((((((((.........))))))))).................((..(((((...(((........)))...)))))..))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.(((..(((((((((.((((((((((.......)))))........((.((((........))))...))............(((.((((..((((((.........)))))))))))))((((((((((((.....)))...)))))....(((((...........)))).).(((((((((.........))))))))))))).......((((.............((((........))))((((....))))...............))))..)))))....))))))))))))...)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..(((....(((((((((......(...((((((((((((((((.......)))))...))))).((((((((....)))))).))..........)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((.((...(((((.(.(.(((((((((.(.....).))))))))).).).)))))..)).))))........)))))))))..)))..)((((....))))...............((((..(((((((................)))))))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.[[[[[[.)))))..(((((...)))))....]]]]]]........((((.((((((....)))))).....))))...........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((..[[[[[)))).))))..)))))).........]]]]].....(((((((((.........)))))))))....(((..[[[[[[.))).............(((((((.....((((....))))..........(((((.(((((....))))).))))))))))))....]]]]]]..(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((.((((((.......))))))...((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((.((...(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))..)).)))...(((((..((((........))))..))))).(((((((((........((((((..(((((((................)))))))))))))))))))).)).))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(([[[[[[[[.....[[[[[[[[[[[[((.{{{{{................)).....((((((....))))))....................((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))...........[[[[[...[[[..))....]]].((]]]]]...)).................}}}}}..]]]...]]]]]]]]].....]]]]]]]]...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((....)).((((((((.(((.(((((((((((((.((((((...(((....((......))...((((((....))))))........((.......))..(((((..(((((.........)))))))))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))........((((.....)))).............))).....(((((((..............((..(((((..((((........))))..)))))..))...)))))))........)))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((....(((((((((...(((((((((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).(((((..((((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...................(((((((((.........)))))))))..)))))))..................)))))))))...((((..)))).....(((((((........(((((((..((((((................))))))))))))))))))))....))).))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............)))))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))).)))....))))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((............)))))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))).)))....))))))..................((((((((...........)))))))).................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((.(((((..((((....))))((((((((....)))))).)).....(((.....))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.(....))))).))))..))))))........((((.....))))............)))))..(((((((((..................(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.....(((((.....((((..((((((..((((((...........((((....))))..((((((....))))))......)))))).))))))....))))....)))))..........(((((..(((((....(((((.......))))).)))))...((((((.......)))))).))))).........))))))))................((((((......(((((..((((........))))..)))))...............(((((.(((((....))))).)))))...........))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..((((...........(((((..(((((((..((((((..((((((..((((((....)))...))).(((((((((....)))))).)))..)))))).))))))....)).))))))))))........((((((((.((((((((((((((.......)))).))))..))))))....)))..(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))....)))))..(((((..((((........))))..))))).))))..))).((..(((((.(((((....))))).)))))..))...........(((((((((.......)))).)))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.((((.((((((((((((.((((((((((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((........))((((((((.(((((((.((((((.((((((((.(((.((((...))).)))))...(((((((..)))))))......))))))))))))).(((((..(((((((......).))))))))))).(..(((((.((.(.((((........))))((((..)))).....))))))).)..)(((((((..(((((((((((((.......)))))).)))))..))....((...)).(.((((...((((((((.(((((.....))))).).)))))))..)))).)...))))))))))).)))))))))))...((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(((.((((((((.((((.(((((((((((((..(((..((((...((((((((....)))))).))....(((...........(((((..(((((.........)))))))))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((..................(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))....))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((..(((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((..(((..((((.....((((((....)))))).......(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....(((((...(((((........)))))..((((...((((.....))))..((((....))))..((((((....)))))).......(((((.......)))))....(((((.........))))).)))).))))).((((((((.......)))).)))).....((((((.......)))))).)))).......(((.((((.......))))))).......((((...((.........(((........))).((((....))))..........))...))))...((((((................)))))).(((((((((.......)))).)))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((((.<<<<<.....)))>>>>>.........((((.....))))..((((....))))..((((((....)))))).......(((((.......)))))....(((((.........))))).((((.{{{{{.{{{{{{{)))).....}}}}.}}}...}}}}}...)))..((((.....)))).......(((((((((((....aaaaaa...))).)))))..............(((...[[[[[))).((((....))))..]]]]]A...AAAAA(((((....))))).........(((.....))).))).(((((.......)))))))))))).... |