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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00179



RNA: TMR_00179
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.((((((..((((((.((((((...(((((...(((.....((((....))))..((((((....)))))).)))..)))))..)))))).(((((..((((((.........))))))))))).........))).)))....))))))...))).))))))........((((((...((((......(((.((((.......)))))))...........))))..(((((..((((........))))..)))))...(((((((........((((((..(((((((................))))))))))))))))))))..)))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((....(((((((((..........((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))((..((...(((((...(.(((((((((.(.....).))))))))).)...)))))..))..)).........)))))))))..)))..))(((....)))................((((...((((((................)))))).))))(((((.......))))).))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(((.((((((((((((((((((((.......)))))...........((((((....))))))....................((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...................(((((((((.........))))))))).................((..(((((...(((........)))...)))))..))......................)))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.(((..(((((((((.((((((((((.......)))))........((.((((........))))...))............(((.((((..((((((.........)))))))))))))((((((((((((.....)))...)))))....(((((...........)))).).(((((((((.........))))))))))))).......((((.............((((........))))((((....))))...............))))..)))))....))))))))))))...)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..(((....(((((((((......(...((((((((((((((((.......)))))...))))).((((((((....)))))).))..........)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((.((...(((((.(.(.(((((((((.(.....).))))))))).).).)))))..)).))))........)))))))))..)))..)((((....))))...............((((..(((((((................)))))))))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((.[[[[[[.)))))..(((((...)))))....]]]]]]........((((.((((((....)))))).....))))...........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((..[[[[[)))).))))..)))))).........]]]]].....(((((((((.........)))))))))....(((..[[[[[[.))).............(((((((.....((((....))))..........(((((.(((((....))))).))))))))))))....]]]]]]..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((.((((((.......))))))...((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((.((...(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))..)).)))...(((((..((((........))))..))))).(((((((((........((((((..(((((((................)))))))))))))))))))).)).))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(([[[[[[[[.....[[[[[[[[[[[[((.{{{{{................)).....((((((....))))))....................((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).........(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))...........[[[[[...[[[..))....]]].((]]]]]...)).................}}}}}..]]]...]]]]]]]]].....]]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).((((((((.(((.(((((((((((((.((((((...(((....((......))...((((((....))))))........((.......))..(((((..(((((.........)))))))))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))........((((.....)))).............))).....(((((((..............((..(((((..((((........))))..)))))..))...)))))))........)))))))))))...))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((....(((((((((...(((((((((((((((((((((((.......)))))...)))))...((((((....)))))).............)))))).(((((..((((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...................(((((((((.........)))))))))..)))))))..................)))))))))...((((..)))).....(((((((........(((((((..((((((................))))))))))))))))))))....))).)))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............)))))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))).)))....))))))..................((((((((...........)))))))).................((((((((((..(((........)))..))))))))))..................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((............)))))...........(...(...........................((.((((.......)))).))....((((((..(((((((.......)))).)))....))))))..................((((((((...........)))))))).................(((((((((...(((........)))...)))))))))..................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((.(((((..((((....))))((((((((....)))))).)).....(((.....))).((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.(....))))).))))..))))))........((((.....))))............)))))..(((((((((..................(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.....(((((.....((((..((((((..((((((...........((((....))))..((((((....))))))......)))))).))))))....))))....)))))..........(((((..(((((....(((((.......))))).)))))...((((((.......)))))).))))).........))))))))................((((((......(((((..((((........))))..)))))...............(((((.(((((....))))).)))))...........))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((...........(((((..(((((((..((((((..((((((..((((((....)))...))).(((((((((....)))))).)))..)))))).))))))....)).))))))))))........((((((((.((((((((((((((.......)))).))))..))))))....)))..(((((.....(((((((((.........))))))))).....)))))....)))))..(((((..((((........))))..))))).))))..))).((..(((((.(((((....))))).)))))..))...........(((((((((.......)))).)))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.((((.((((((((((((.((((((((((((((..(((..((((..(((((((((....)))))).)))...(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))((((((((.(((((((.((((((.((((((((.(((.((((...))).)))))...(((((((..)))))))......))))))))))))).(((((..(((((((......).))))))))))).(..(((((.((.(.((((........))))((((..)))).....))))))).)..)(((((((..(((((((((((((.......)))))).)))))..))....((...)).(.((((...((((((((.(((((.....))))).).)))))))..)))).)...))))))))))).)))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(((.((((((((.((((.(((((((((((((..(((..((((...((((((((....)))))).))....(((...........(((((..(((((.........)))))))))).((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((..................(((((..((((........))))..))))).......))))))))).....)))))))))))....))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((..(((..((((.....((((((....)))))).......(((..........((((((..(((((.........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))....))).((((.....))))...))))..))))))))).(((((((((.(((.........)))..(((((..((((........))))..))))).......)))))))))......))))))))))...)))))))))..)))))))..))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....(((((...(((((........)))))..((((...((((.....))))..((((....))))..((((((....)))))).......(((((.......)))))....(((((.........))))).)))).))))).((((((((.......)))).)))).....((((((.......)))))).)))).......(((.((((.......))))))).......((((...((.........(((........))).((((....))))..........))...))))...((((((................)))))).(((((((((.......)))).)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((((.<<<<<.....)))>>>>>.........((((.....))))..((((....))))..((((((....)))))).......(((((.......)))))....(((((.........))))).((((.{{{{{.{{{{{{{)))).....}}}}.}}}...}}}}}...)))..((((.....)))).......(((((((((((....aaaaaa...))).)))))..............(((...[[[[[))).((((....))))..]]]]]A...AAAAA(((((....))))).........(((.....))).))).(((((.......))))))))))))....