RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00180

RNA: TMR_00180
Rfam family: tmRNA

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((((((.....(((((((...(((((((((({{.{{{{))))).....}}}}.}}.......................................(.(((((((........))))))).)..((((((((((((((..aaaaa)))).))))..)))))).........AAAAA.....(((((((((...[[[[[.)))))))))..........]]]]]..((..(...(..((((.<<<<<<<))))...)..)..))............>>>.>>>>...)))))......))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(((..((((((..((((((.(((((....(((..((((....))))..((((((....))))))......)))....((((((.(((((..((((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).....((((..(((((...(((((((((.........))))))))).............(((.....(((((..((((........))))..))))).)))..))))))))).)))))).))))))))))).....))))))...))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.(((((((.((((((.(((((.......)))))...........((((((....))))))....................((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...................(((((((((.........))))))))).................((..(((((...(((........)))...)))))..))........................))))))....)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((((((..(((((((...((.(.((((((.....)))))).)......(((((((...((....((((((((..................((.(((((((........))))))).)).(((((.((((((((.....)))...)))))...))))).....)))))))).....))((((((((.........))))))))..............................(((........)))..))))))).............................))......))))))))))..))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((..((((((((.(((.(((((((((((((((((((((.....))))))...)..(((..((((((....))))))......)))....((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))((.((....))))((....(((((((((.(.....).))))))))).................((..(((((..((((........))))..)))))..))...)).......))))))......))))).))..)))))))..))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))(((....))).(((((...(((((((((.........))))))))).............(((.....(((((..((((........))))..))))).)))..))))).....)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((....)).((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..)))))).((((((((((((((............))))).))).)))))).....((.....)).((...((..(((((..((((........))))..)))))..))...)).......)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.(((((((.(((((.((((((.......................((((((....)))))).............((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))............(((....(((((((((.........))))))))).................((..(((((..((((........))))..)))))..))...)))......)))))).)))))))))))....)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((aaaaaaa(.ccccccccccc))gggggggggg(((((ee.eeeeeee(.....mmmmmmmmm(.<<<.<<<<((.iiii...)AA.pp({{{{{{{(hhhhh(bbb)))))....))>>>>)EEEEEEE..dd((.kkkkkkk(jj)}}kkkk(.)}}}}}PP..)BB.IIIIfffff.EE))(((((((((AAAAAnnnn)))))))))..))DD.g(qqqqqq.BHHgg(NNNN..))))))))..((HHH.)>>>MMMMlll)GG)Gooooo(GKKKKGGLLLooGGGGGGG)MMM)OOOOO.)KKKKKKKQQQQQQ.MMCCCCCCCCCCCFFFFF)))))))OOJJ
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((......(((((............)))))...........(...(..........................((.((((........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))...................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(....(((((............)))))...........(...(..........................((.((((........)))).))....((((((.(((((((.......)))).)))...)))))).....................((((((((.......))))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))...................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.((((((((((((.(((((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((...((((....(((((((.....((((((....((((((((((((((.......)))).))))..))))))))))))....)))).....(((((((((.........)))))))))..........)))...)))).(((((..((((........))))..)))))................)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.((((((((((((((.(((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((...((((....(((((((.....((((((....((((((((((((((.......)))).))))..))))))))))))....)))).....(((((((((.........)))))))))..........)))...)))).(((((..((((........))))..)))))................)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))...)).
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((........))((((((((.((((((((((((((((((.(((((((...)))))))....(..((..(((((((..)))))))..((......)).((((((((((((..((((((((...)).)))))))))))..(..((..((((.......))).)..))(((((((((((.(((..))))))).((.(((((((((.........))))))))))).((........))(((((((((((..((((........))))..)))))))))))).))))))))))))))))..).))))).)))))..))))).)))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((((.(((.(((((((((((((.((((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...........(((((...(((((((((.........))))))))).................((..(((((..((((........))))..)))))..))..))))).....)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((..((((.(((.((((((((((((.(((((((.(((((....)))))...((((.((((((....)))))).....))))....((((((.((((((..(((((........)))))))))))((((((((((((((.......)))).))))..))))))...........(((((...(((((((((.........))))))))).................((..(((((..((((........))))..)))))..))..))))).....)))))).))))))))))))...)))))))..)))))))..))...(((((.......))))))))))))....
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