|
|
|
GGGGCUGACAGGAAUCGACAGUAGAGUGUAUCAUGUCAGUAAGCAUGCCGGGGAAUGGUGGUUUACCCCGUUAUCAAAUGAUUACCGACCAAUAAUUGGCGAAACUCGUUUCGCGUUGGCUGCCUAAUUCAAGGAAUUAGCGUGCCUUCAUGCUAAGGGUUUGAUAUCUGCUAAAACCCGGUGCAUUCAUCAAUGCAGGUUAAGCCAAAGGGAUGUCCCGACCGGAGGCCGACAAUCCAGGGAACCGGAUGUCAUCACGUUGUUGCAGUACCAGAUGGCAUCUUAAAUCCGAUCUGCAAAUAAGCAUGUAGAAAGCUGAUGUGGGCUUUAGCUGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGGCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........((((.(((.((.((((((((((...((((((((((..<<<<<<<...)))))..........>>>>>>>.........................(((((((.(.(((......))).))))))))(((....((...(((..[[[[[.)))..))......)))......]]]]]..(.((((..(.....{{{.{{{)..)))).)......}}}.}}}........((((((((((..((..aaaaaa.))..))))))))))..........AAAAAA....)))))......))))))))))))))).))))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((...((((((((((..((((((...(((.(((((((.....................))).)))).......((((((....))))))(((((((.(((......)))..((((((((....)))))))).(((..((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))...)))...)))))))..)))..(((...(((((((((.((((....)).)).....)))))))))....))).............)))))).....)))))))))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((.................)).)))))))...((((((((((............)))))............................((((((....))))))....(........((.....))((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).......)....(((....))).....................(((...((((((((((..((..(....).))..))))))))))....))).............))))).........................(((((((((........))))))..))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.................(...((((((...................................................(............)..............................................................................................................................................................................................))))))......)...............)))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.............((((.(((.(..((((((((((...((((((((((............)))))..(((....)))................((((((....)))))).(((((((((............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((........)))))))..)))))).(((....)))..(((((.........))).)).....((((((((((..((.........))..))))))))))....................)))))......)))))))))).)))).))))..((((((........))))))))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((..(...........)..)).)))))))..(((((((((((.(.......)..)))))..(((....)))........(((.....((((((....)))))))))(((((((...(((...)))((((((((....))))))))((((((.(.......).))))))..((((((....)))))))))..))))...((((()))))....((...........))..(((...((((((((((..((.(((())))))..))))))))))....))).............))))))...(((((......)))))....((((((((((........))))))..))))... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...............[[[[....)))))))..]]]]..(((((..[[[[[[[[..))))).........]]]]]]]]...........((((((....))))))...(((..(((......)))..[[[[[[[)))...]]]]]]]((((((......[[[..))))))...]]]............(((..((((...(((....)))..(((((((((.(((...((((((...((((((((((...(((...))).....))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))...))))..(((((.......))))).))))..))). |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....))))))...((((((.((((((...))))))))).)))..))))))...((((.((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))..)))).((((((.(((.((.(((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......))))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............(((..((((...((((((((((..(((((((((((............)))))............................((((((....))))))...(((...(((((((...))))))).[[)))...]]((...((((((...........))))))...))..........((((((.............((((.............))))............((((((((((.................))))))))))........))))))......)))))).....))))))))))))))...)))...(((((.......))))).)))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((............)))))....(....)..................(((((......)))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((...........))))))..((((((....))))))(((...)))...(((....))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).)))))).(((((..(((((......))))))))))....)). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......................)))))))......(((((((..[[[[[[....(((((((............(((((.........(((((((..))))))))))))....(((((((...)))))))........((((((..((((((...........))))))((((....))))..((((((((.........((((.((((...(((...)))........))))...((((((((((.................))))))))))...))))))))))))....))))))...((((((......)))))).....)))))))..........))))))).]]]]]] |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.........(((((..................)))))........(...(..................((.((((.........)))).))..........(((((..((((...............))))..))))).................((((((.............).))))).................((((((((((.(((.........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(.......(((((..................)))))........(...(..................((.((((.........)))).))..........(((((..((((...............))))..))))).................((((((.............).))))).................(((((((((..(((.........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((....(((......))).)).))))))).((((.[[[[[[..((((.((....))))))((((((((.....(((((.........((((((....)))))))))))...(((......)))..((((((((....))))))))..))))))))..))))....]]]]]](((((....))))).(((..((((...(((....)))..((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....))))..(((((.......))))).))))..))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(..............))).))))))).((((((.((((((((....)).).)))))..(((....)))................((((((....))))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((.[[[[......))))))..((((((....))))))(((...)))...(((]]]]))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......))))))))))).).)). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............((((((...((((((((((..(((((((((((..((((((((................))))))))...........((((((....)))))).((((((...............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))))).......)))))..((((....................((((((((((.................))))))))))....))))............)))))).....)))))))))))))))).......(((((......))))).))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....(((......))).)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.((((.((((...((.....)).)))).....(((.(((.((.(((((.((....))))))).)).......................((((((....))))))...))))))...))))..(((.((..((.((((((..(((..((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))....(((....)))....))))))))..)))))..(((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).))))).((((((..(((((......)))))))))))...... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((....(((......))).)).)))))))......((((((((((((.((....)))))))......(((..(((..((........((((((....)))))).((((((((((...........((((((((....))))))))((((((...........))))))...(((((....)))))))))..)))))).)).....((((.((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....)))).)))))))))).....)))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((..(.((......)))..))))))))))).)(..)((....))(((((((((((((((((((((((......((((((((...))))((((((..))))))..))))..(((((((((..)).))))).))(((((......)))))))))))).((((((((((((...((((.(((...(.............)....)))..(..)((((((.(((.......))).))))))(...(..((.(((((((((((((((..)))..((...))....))))))))).)).).))..)....)..)))))))))))))))).)))))))..(..........)))))))))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(...................).)))))))......(((((((.....(((....((((((.(((((((...................((((((....))))))...(((....(((((.....)))))....)))............)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((......(((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).)))))))))...))))))..))).....)))))))....... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((..(.((......)))..)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...........)))).........(((((......))))).(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....)))))).((((((.....(((.....))).((((((....))))))..((((((...........))))))..((((((....)))))).....))))))..((((.((((....................))))...((((((((((.................))))))))))...))))..((((((........)))))).((((((........))))))...((((((........))))))......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...........)))).(((.....(((((......))))).(((((((...<<<<)).))))).........(((((...>>>>.))))).((((((....)))))).(((((.{{{{.(((.....))).((((((....))))))..(((((([[[[[[[....))))))..((((((....)))))){{{{..]]]]]..]])))))..}}}}..}}}}.((((.(((........))))))).((((((((((.........)))))).............((((((........)))))).aaaaaa.))))...AAAAAA...((((((........)))))).)))..... |