|
|
|
GGGGCUGACAGGAAUCGACAGUAGAGUGUAUCAUGUCAGUAAGCAUGCCGGGGAAUGGUGGUUUACCCCGUUAUCAAAUGAUUACCGACCAAUAAUUGGCGAAACUCGUUUCGCGUUGGCUGCCUAAUUCAAGGAAUUAGCGUGCCUUCAUGCUAAGGGUUUGAUAUCUGCUAAAACCCGGUGCAUUCAUCAAUGCAGGUUAAGCCAAAGGGAUGUCCCGACCGGAGGCCGACAAUCCAGGGAACCGGAUGUCAUCACGUUGUUGCAGUACCAGAUGGCAUCUUAAAUCCGAUCUGCAAAUAAGCAUGUAGAAAGCUGAUGUGGGCUUUAGCUGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGGCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........((((.(((.((.((((((((((...((((((((((..<<<<<<<...)))))..........>>>>>>>.........................(((((((.(.(((......))).))))))))(((....((...(((..[[[[[.)))..))......)))......]]]]]..(.((((..(.....{{{.{{{)..)))).)......}}}.}}}........((((((((((..((..aaaaaa.))..))))))))))..........AAAAAA....)))))......))))))))))))))).))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((((...((((((((((..((((((...(((.(((((((.....................))).)))).......((((((....))))))(((((((.(((......)))..((((((((....)))))))).(((..((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))...)))...)))))))..)))..(((...(((((((((.((((....)).)).....)))))))))....))).............)))))).....)))))))))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((.................)).)))))))...((((((((((............)))))............................((((((....))))))....(........((.....))((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).......)....(((....))).....................(((...((((((((((..((..(....).))..))))))))))....))).............))))).........................(((((((((........))))))..))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.................(...((((((...................................................(............)..............................................................................................................................................................................................))))))......)...............)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.............((((.(((.(..((((((((((...((((((((((............)))))..(((....)))................((((((....)))))).(((((((((............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((........)))))))..)))))).(((....)))..(((((.........))).)).....((((((((((..((.........))..))))))))))....................)))))......)))))))))).)))).))))..((((((........))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((..(...........)..)).)))))))..(((((((((((.(.......)..)))))..(((....)))........(((.....((((((....)))))))))(((((((...(((...)))((((((((....))))))))((((((.(.......).))))))..((((((....)))))))))..))))...((((()))))....((...........))..(((...((((((((((..((.(((())))))..))))))))))....))).............))))))...(((((......)))))....((((((((((........))))))..))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...............[[[[....)))))))..]]]]..(((((..[[[[[[[[..))))).........]]]]]]]]...........((((((....))))))...(((..(((......)))..[[[[[[[)))...]]]]]]]((((((......[[[..))))))...]]]............(((..((((...(((....)))..(((((((((.(((...((((((...((((((((((...(((...))).....))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))...))))..(((((.......))))).))))..))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....))))))...((((((.((((((...))))))))).)))..))))))...((((.((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))..)))).((((((.(((.((.(((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............(((..((((...((((((((((..(((((((((((............)))))............................((((((....))))))...(((...(((((((...))))))).[[)))...]]((...((((((...........))))))...))..........((((((.............((((.............))))............((((((((((.................))))))))))........))))))......)))))).....))))))))))))))...)))...(((((.......))))).)))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((............)))))....(....)..................(((((......)))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((...........))))))..((((((....))))))(((...)))...(((....))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).)))))).(((((..(((((......))))))))))....)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......................)))))))......(((((((..[[[[[[....(((((((............(((((.........(((((((..))))))))))))....(((((((...)))))))........((((((..((((((...........))))))((((....))))..((((((((.........((((.((((...(((...)))........))))...((((((((((.................))))))))))...))))))))))))....))))))...((((((......)))))).....)))))))..........))))))).]]]]]] |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.........(((((..................)))))........(...(..................((.((((.........)))).))..........(((((..((((...............))))..))))).................((((((.............).))))).................((((((((((.(((.........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((.......((((.(((.((((((.(.......(((((..................)))))........(...(..................((.((((.........)))).))..........(((((..((((...............))))..))))).................((((((.............).))))).................(((((((((..(((.........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((....(((......))).)).))))))).((((.[[[[[[..((((.((....))))))((((((((.....(((((.........((((((....)))))))))))...(((......)))..((((((((....))))))))..))))))))..))))....]]]]]](((((....))))).(((..((((...(((....)))..((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....))))..(((((.......))))).))))..))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(..............))).))))))).((((((.((((((((....)).).)))))..(((....)))................((((((....))))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((.[[[[......))))))..((((((....))))))(((...)))...(((]]]]))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......))))))))))).).)). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............((((((...((((((((((..(((((((((((..((((((((................))))))))...........((((((....)))))).((((((...............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))))).......)))))..((((....................((((((((((.................))))))))))....))))............)))))).....)))))))))))))))).......(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((....(((......))).)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.((((.((((...((.....)).)))).....(((.(((.((.(((((.((....))))))).)).......................((((((....))))))...))))))...))))..(((.((..((.((((((..(((..((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))....(((....)))....))))))))..)))))..(((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).))))).((((((..(((((......)))))))))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((....(((......))).)).)))))))......((((((((((((.((....)))))))......(((..(((..((........((((((....)))))).((((((((((...........((((((((....))))))))((((((...........))))))...(((((....)))))))))..)))))).)).....((((.((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....)))).)))))))))).....)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((..(.((......)))..))))))))))).)(..)((....))(((((((((((((((((((((((......((((((((...))))((((((..))))))..))))..(((((((((..)).))))).))(((((......)))))))))))).((((((((((((...((((.(((...(.............)....)))..(..)((((((.(((.......))).))))))(...(..((.(((((((((((((((..)))..((...))....))))))))).)).).))..)....)..)))))))))))))))).)))))))..(..........)))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(...................).)))))))......(((((((.....(((....((((((.(((((((...................((((((....))))))...(((....(((((.....)))))....)))............)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((......(((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).)))))))))...))))))..))).....)))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((.((..(.((......)))..)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...........)))).........(((((......))))).(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....)))))).((((((.....(((.....))).((((((....))))))..((((((...........))))))..((((((....)))))).....))))))..((((.((((....................))))...((((((((((.................))))))))))...))))..((((((........)))))).((((((........))))))...((((((........))))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...........)))).(((.....(((((......))))).(((((((...<<<<)).))))).........(((((...>>>>.))))).((((((....)))))).(((((.{{{{.(((.....))).((((((....))))))..(((((([[[[[[[....))))))..((((((....)))))){{{{..]]]]]..]])))))..}}}}..}}}}.((((.(((........))))))).((((((((((.........)))))).............((((((........)))))).aaaaaa.))))...AAAAAA...((((((........)))))).)))..... |