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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00182



RNA: TMR_00182
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((((...((((((((((..((((((...(((.(((((((.....................))).)))).......((((((....))))))(((((((.(((......)))..((((((((....)))))))).(((..((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))...)))...)))))))..)))..(((...(((((((((.((((....)).)).....)))))))))....))).............)))))).....)))))))))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.((.................)).)))))))...((((((((((............)))))............................((((((....))))))....(........((.....))((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).......)....(((....))).....................(((...((((((((((..((..(....).))..))))))))))....))).............))))).........................(((((((((........))))))..)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.................(...((((((...................................................(............)..............................................................................................................................................................................................))))))......)...............)))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.............((((.(((.(..((((((((((...((((((((((............)))))..(((....)))................((((((....)))))).(((((((((............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((........)))))))..)))))).(((....)))..(((((.........))).)).....((((((((((..((.........))..))))))))))....................)))))......)))))))))).)))).))))..((((((........)))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.((..(...........)..)).)))))))..(((((((((((.(.......)..)))))..(((....)))........(((.....((((((....)))))))))(((((((...(((...)))((((((((....))))))))((((((.(.......).))))))..((((((....)))))))))..))))...((((()))))....((...........))..(((...((((((((((..((.(((())))))..))))))))))....))).............))))))...(((((......)))))....((((((((((........))))))..))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((...............[[[[....)))))))..]]]]..(((((..[[[[[[[[..))))).........]]]]]]]]...........((((((....))))))...(((..(((......)))..[[[[[[[)))...]]]]]]]((((((......[[[..))))))...]]]............(((..((((...(((....)))..(((((((((.(((...((((((...((((((((((...(((...))).....))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))...))))..(((((.......))))).))))..))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....))))))...((((((.((((((...))))))))).)))..))))))...((((.((((((((((..((((...((((((....)))))))))).))).....)))))))..)))).((((((.(((.((.(((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......)))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............(((..((((...((((((((((..(((((((((((............)))))............................((((((....))))))...(((...(((((((...))))))).[[)))...]]((...((((((...........))))))...))..........((((((.............((((.............))))............((((((((((.................))))))))))........))))))......)))))).....))))))))))))))...)))...(((((.......))))).))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((.((....((......))...)).))))))).((((((.(((((............)))))....(....)..................(((((......)))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((...........))))))..((((((....))))))(((...)))...(((....))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).)))))).(((((..(((((......))))))))))....)).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.......................)))))))......(((((((..[[[[[[....(((((((............(((((.........(((((((..))))))))))))....(((((((...)))))))........((((((..((((((...........))))))((((....))))..((((((((.........((((.((((...(((...)))........))))...((((((((((.................))))))))))...))))))))))))....))))))...((((((......)))))).....)))))))..........))))))).]]]]]]
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.((....(((......))).)).))))))).((((.[[[[[[..((((.((....))))))((((((((.....(((((.........((((((....)))))))))))...(((......)))..((((((((....))))))))..))))))))..))))....]]]]]](((((....))))).(((..((((...(((....)))..((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....))))..(((((.......))))).))))..))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((.(..............))).))))))).((((((.((((((((....)).).)))))..(((....)))................((((((....))))))...(((((.(((((((...))))))))).)))..))))))..((((((.[[[[......))))))..((((((....))))))(((...)))...(((]]]]))).....((((((.(((.(.((((((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........))))))...))))))).))))))((((((..(((((......))))))))))).).)).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............((((((...((((((((((..(((((((((((..((((((((................))))))))...........((((((....)))))).((((((...............((((((((....))))))))((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))))).......)))))..((((....................((((((((((.................))))))))))....))))............)))))).....)))))))))))))))).......(((((......))))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((.((....(((......))).)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.((((.((((...((.....)).)))).....(((.(((.((.(((((.((....))))))).)).......................((((((....))))))...))))))...))))..(((.((..((.((((((..(((..((((((...........))))))..((((((....)))))).....)))....(((....)))....))))))))..)))))..(((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).))))).((((((..(((((......)))))))))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((....(((......))).)).)))))))......((((((((((((.((....)))))))......(((..(((..((........((((((....)))))).((((((((((...........((((((((....))))))))((((((...........))))))...(((((....)))))))))..)))))).)).....((((.((((.((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).))))....)))).)))))))))).....))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((((..(.((......)))..))))))))))).)(..)((....))(((((((((((((((((((((((......((((((((...))))((((((..))))))..))))..(((((((((..)).))))).))(((((......)))))))))))).((((((((((((...((((.(((...(.............)....)))..(..)((((((.(((.......))).))))))(...(..((.(((((((((((((((..)))..((...))....))))))))).)).).))..)....)..)))))))))))))))).)))))))..(..........))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.(...................).)))))))......(((((((.....(((....((((((.(((((((...................((((((....))))))...(((....(((((.....)))))....)))............)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((......(((...((((((((((.................))))))))))....)))..((((((........)))))).......))).)))))))))...))))))..))).....))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((.((..(.((......)))..)).)))))))......(((((((.....(((....((((((((((((((..(((.((...........((((((....))))))...(((.(((((((((...))))))).)))))....)).)))..)))))))....(((((...((((((((((....))))).((.....))...(((....))).))))).((((.(((...((((((...((((((((((..((.........))..))))))))))....)))..((((((........))))))...))).))).)))))))))..)))))))..))).....)))))))....)).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...........)))).........(((((......))))).(((((((.......)).))))).........(((((........))))).((((((....)))))).((((((.....(((.....))).((((((....))))))..((((((...........))))))..((((((....)))))).....))))))..((((.((((....................))))...((((((((((.................))))))))))...))))..((((((........)))))).((((((........))))))...((((((........)))))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...........)))).(((.....(((((......))))).(((((((...<<<<)).))))).........(((((...>>>>.))))).((((((....)))))).(((((.{{{{.(((.....))).((((((....))))))..(((((([[[[[[[....))))))..((((((....)))))){{{{..]]]]]..]])))))..}}}}..}}}}.((((.(((........))))))).((((((((((.........)))))).............((((((........)))))).aaaaaa.))))...AAAAAA...((((((........)))))).))).....