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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00183



RNA: TMR_00183
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....((((((....))))..)))))))))((((....(((((((((((((((((..........................(((((.(......).)))))..(((..((((......))))..))).......((((..............))))...................((...(((((((((((.(....).)))))))))))...))........................((((.((.((((((..((..............))..)))))).)).))))..........)))))))..)))))))))).((((((........)))))).))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.(((...(((.(.(((.((((((...(.(((((...((.((((((..(((((((((.............(((...............(((..((((......))))..)))...............((((((.(((((((..((......))..)))))))...((((((((((..........)))))))))).........)))))).)))....(((((.........))))).))))))).))))))))...))...))))).)...)))))...).)))).)))...)))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((....((((((....))))..)))))))))((((....(((((((((((((((((...(......................(((((.(......).)))))..(((..((((......))))..)))..((((.((((....((....))..)))).....(((((........(((...(((((((((((.(....).)))))))))))...)))..........)))))))))((((((((.((.((((((.(((.(().......)..))).)))))).)).)))).....))))))))))))..)))))))))).((((((........)))))).))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((...(((((((....)))).))))))))))((((....((((((((((((((((((((((...((((.((((((.......(((((..........)))))(((....(((((((.((((....(((((....(((....((((((.(((........)))))).)))......)))...(((((((((((........)))))))))))...........)))))...)))).)))).)))........))).)))))))))))))))........(((((............))))))))))))..))))))))))..(((((........)))))..))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((.....))))))))))...........((((((((((.((..((((((...((((.((((..........(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))(((....((((..((......))..)))).....)))......)))).)))).((((.(((((..(((((..((((..(((((.....((((.((.(((((....))))).)).))))...)))))...))))..))))).)))))...))))((((((......)))))))))))).)).))))))))))..(((((......))))).)))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((....((.(((((((.......(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))...............((((((.((((((....(((.....))).))))))...(((((((((((........))))))))))).........))))))........(((((.((...)).)))))..))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.[[[[[....))))))))...........((((((((((.....((((((......(((((...........(((((..........))))).)))))..(((((((((...)))))]]]]]...........((((((.(((((((..............)))))))...(((((((((((........))))))))))).........))))))(((((..((((((((...))))).(((((....)))))..))))))))...))))((((((......))))))))))))....))))))))))..(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.......(((((................))))).........(...(....................((.(((......))).))...((((((.(((.(((........))).)))..))))))..................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((..........)))..)))))))))).................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.(((...)))))))))))..........(((((((((((((((((.(((((.......(((((((.......(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))...............((((((.((((((...((((.....))))))))))...((((((((((((.....).))))))))))).........))))))........(((((.........)))))..)))))))...))))).......((((((((.......)).))))))))))))..)))))))))).)((((((...).))))).)))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((..........))))))))...........(((((((((((((((((.(((((.....((((((.........(((((..........)))))........))))))..((((.((((...........)))).))))...(((((...((((((((((((.....(((((((((((((((((........)))))))))))................))))))..)))).))))))))..(((((....))))).))))).....))))).((((((......)))))).)))))))..))))))))))..(((((......))))).)))))))....
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RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((...(((((((.(((((...(((...(((((.(((......((((((........))))))....))))))))..........(((((..........))))).)))...((((......))))....)))))..(((......((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((........))))))))))).........)))))).(((....(((((.((...)).)))))....)))..))).)))))))....((((((((.......)).)))))).........)))).)).((((((((........))))))..)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...((.((((....)))).)).)))))))((((....((((((((((((((..(((((....(((.(((((((...((..(((((.(......).)))))..(((((((((......)))..((((((((((...(((...((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((.(....).))))))))))).........)))))).)))..))))).).)))))))).)).)).))))))).)))))))........(((((((.......)).))))))..))))..)))))))))).((((((........)))))).)))).)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.(((((...........)).)))...))))((((((..).(((((((((((((..(((.(((((..(((((((.............))))))).(((...((.((.(((((..((((((...))))))((((...((((..((......))..))))....))))...))).)))))).)))((((((((((........)))))))))))))))..((...((((..))))....))..((...)).((((((((((((........).).))))))))))((((..((..))))))..)))))))..)))))))))..((((((........)))))).)))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((....((.(((((((.......(((((.(......).)))))...((((.(((((..((((....((((....................................................(((((((((((.(....).)))))))))))............))))...))))..))).))...))).).....))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((.....(((.(((.........(((((..........))))).......((((......))))...))))))..(((......((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((...((((.....))))))))))).........)))))).(((....(((((.((...)).)))))....)))..)))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((((((((.((.....)))))))))).(((((......((((((........))))))....))))).((((........(((((..........))))).......((((......)))).....((((...((((..............))))..((((.....))))..)))).(((....))).)))).((((..(((((((................)))))))..(((((((.....)))).(((((....)))))..))).........(((((((.......)).))))).(((........))).)))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((((((....aaa.aa))))).AAAAA.{{{{.(((.....))).((((....<<<<<.....))))...........(((((.....>>>>>)))))...)))..((((((((.bbb.)))))((((...((((....BBB...}}}}))))..((((.....))))..))))...(((((((((((...[[[[[))))))))))).........]]]]].(((((.....((((.....)))).(((((....))))).....)))))....)))..((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))).))))))....