|
|
|
GGGGGCGAUCGGUUUCGACGGGGGUCGCGAAAUCGCCUGGAGCAUGCCGAGGGCGUCAUCUUCCUCGUUAAUCCGGUGGCAAAAAACUCAGACGCCAACGACGACGUCUACGCUGUAGCCGCUUAAGGCUUAAGCCCCGAACCCACUUGUGCCUGUGCUCGUGGAUGUAGGGUCACUAUCACGGGAUCGCUGCUGGUUGCCGUCCGUCGGCCAGCGGUUAACCUAAAACGGGCUGGUCCUUCGGUGCGCUUUGCACGCCGUGUUGCCGCGGGACGAGACCAAAACGGCGCGCUAAGCAUGUAGCGCCGGGGAUGUAGCGCCUUCGGACGGGGGUUCAAUUCCCCCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((..(.(.(((.(((((.(((((((((((..{{{{{{..))))).......}}}}}}...............................(((..((((......))))..)))(((..((...((...(aaaaaa.)...))..)).))).......AAAAAA...(((((((((((..<<<<<<))))))))))).........>>>>>>..(((((.(((((.((...[[.[[[[[.))))))).)))))..........]]]]].]]...)))))...).)))))))).).).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((((....((((....))))))..)))))).((((....(((((((((((((((..((((((....((((((((((......(((((..........)))))..(((..((((......))))..))).(((((.(((.....((((((.(((((((..((......))..)))))))...(((((((((((........))))))))))).........)))))))))...))))).....))))).))))).((....))..)))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..)))))))))).((((((........)))))).)))).)). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....((((((....))))..)))))))))((((....(((((((((((((((((..........................(((((.(......).)))))..(((..((((......))))..))).......((((..............))))...................((...(((((((((((.(....).)))))))))))...))........................((((.((.((((((..((..............))..)))))).)).))))..........)))))))..)))))))))).((((((........)))))).)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((((((.............((.((((((((((((........)))))).......................((((..........)))).........((........))................................................................................................................((.......................))...........................))))))....))...........)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((.(((...(((.(.(((.((((((...(.(((((...((.((((((..(((((((((.............(((...............(((..((((......))))..)))...............((((((.(((((((..((......))..)))))))...((((((((((..........)))))))))).........)))))).)))....(((((.........))))).))))))).))))))))...))...))))).)...)))))...).)))).)))...)))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....((((((....))))..)))))))))((((....(((((((((((((((((...(......................(((((.(......).)))))..(((..((((......))))..)))..((((.((((....((....))..)))).....(((((........(((...(((((((((((.(....).)))))))))))...)))..........)))))))))((((((((.((.((((((.(((.(().......)..))).)))))).)).)))).....))))))))))))..)))))))))).((((((........)))))).)))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...(((((((....)))).))))))))))((((....((((((((((((((((((((((...((((.((((((.......(((((..........)))))(((....(((((((.((((....(((((....(((....((((((.(((........)))))).)))......)))...(((((((((((........)))))))))))...........)))))...)))).)))).)))........))).)))))))))))))))........(((((............))))))))))))..))))))))))..(((((........)))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.((.....))))))))))...........((((((((((.((..((((((...((((.((((..........(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))(((....((((..((......))..)))).....)))......)))).)))).((((.(((((..(((((..((((..(((((.....((((.((.(((((....))))).)).))))...)))))...))))..))))).)))))...))))((((((......)))))))))))).)).))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((..........))))))))...........((((((((((((((((.((((((....................(((((..........)))))........(([[[[.[[[))...(((((..............................................((...(((((((((((........)))))))))))...))......)))))....]]].]]]].{{{{.{{.................)))))).......((((((}}.}}}}.....))))))))))))..))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((....((.(((((((.......(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))...............((((((.((((((....(((.....))).))))))...(((((((((((........))))))))))).........))))))........(((((.((...)).)))))..))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.[[[[[....))))))))...........((((((((((.....((((((......(((((...........(((((..........))))).)))))..(((((((((...)))))]]]]]...........((((((.(((((((..............)))))))...(((((((((((........))))))))))).........))))))(((((..((((((((...))))).(((((....)))))..))))))))...))))((((((......))))))))))))....))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.......(((((................))))).........(...(....................((.(((......))).))...((((((.(((.(((........))).)))..))))))..................((((((((..........))))))))...................((((((((((.(((..........)))..)))))))))).................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(.....(((((................))))).........(...(....................((.(((......))).))...((((((.(((.(((........))).)))..))))))..................((((((((..........))))))))...................(((((((((..(((..........)))...))))))))).................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....))).(((((..(((....)))...((((.(((((((((((((((((..((((....(((.(((((((...((..(((((..........)))))..(((((((((......)))....((.(((((...(((...((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((........))))))))))).........)))))).)))..))))).))....)))).)).)).))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..)))))))))).))...))))....)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.(((...)))))))))))..........(((((((((((((((((.(((((.......(((((((.......(((((..........)))))..(((..((((......))))..)))...............((((((.((((((...((((.....))))))))))...((((((((((((.....).))))))))))).........))))))........(((((.........)))))..)))))))...))))).......((((((((.......)).))))))))))))..)))))))))).)((((((...).))))).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((..........))))))))...........(((((((((((((((((.(((((.....((((((.........(((((..........)))))........))))))..((((.((((...........)))).))))...(((((...((((((((((((.....(((((((((((((((((........)))))))))))................))))))..)))).))))))))..(((((....))))).))))).....))))).((((((......)))))).)))))))..))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....))).(((((..(((....)))...((((.(((((((((((((((((..((((....(((.(((((((...((..(((((.(......).)))))..(((((((((......)))..((((((((((...(((...((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((.(....).))))))))))).........)))))).)))..))))).).)))))))).)).)).))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..)))))))))).))...))))....)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...(((((((.(((((...(((...(((((.(((......((((((........))))))....))))))))..........(((((..........))))).)))...((((......))))....)))))..(((......((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((........))))))))))).........)))))).(((....(((((.((...)).)))))....)))..))).)))))))....((((((((.......)).)))))).........)))).)).((((((((........))))))..))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...((.((((....)))).)).)))))))((((....((((((((((((((..(((((....(((.(((((((...((..(((((.(......).)))))..(((((((((......)))..((((((((((...(((...((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((((((.(....).))))))))))).........)))))).)))..))))).).)))))))).)).)).))))))).)))))))........(((((((.......)).))))))..))))..)))))))))).((((((........)))))).)))).)). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.(((((...........)).)))...))))((((((..).(((((((((((((..(((.(((((..(((((((.............))))))).(((...((.((.(((((..((((((...))))))((((...((((..((......))..))))....))))...))).)))))).)))((((((((((........)))))))))))))))..((...((((..))))....))..((...)).((((((((((((........).).))))))))))((((..((..))))))..)))))))..)))))))))..((((((........)))))).)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((....((.(((((((.......(((((.(......).)))))...((((.(((((..((((....((((....................................................(((((((((((.(....).)))))))))))............))))...))))..))).))...))).).....))))))).))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.((.....))))))))))...........(((((((((((((((..(((((.....(((.(((.........(((((..........))))).......((((......))))...))))))..(((......((((((.((((((...((((.....))))))))))...(((((((...((((.....))))))))))).........)))))).(((....(((((.((...)).)))))....)))..)))))))).......((((((((.......)).)))))).)))))..))))))))))..(((((......))))).))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((((((((.((.....)))))))))).(((((......((((((........))))))....))))).((((........(((((..........))))).......((((......)))).....((((...((((..............))))..((((.....))))..)))).(((....))).)))).((((..(((((((................)))))))..(((((((.....)))).(((((....)))))..))).........(((((((.......)).))))).(((........))).)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...((((((((....aaa.aa))))).AAAAA.{{{{.(((.....))).((((....<<<<<.....))))...........(((((.....>>>>>)))))...)))..((((((((.bbb.)))))((((...((((....BBB...}}}}))))..((((.....))))..))))...(((((((((((...[[[[[))))))))))).........]]]]].(((((.....((((.....)))).(((((....))))).....)))))....)))..((((......)))).((((((.........))))))..(((((.......))))).)))))).... |