|
|
|
GGGGGCGUAUUAGGCUUUGACGUCUACCACGGAACCCAAAGUGCAUACCGAGCACGAACAUAACUCGUAAAAUAUUGUUUAAAACAAAUAGUUGCAAAUAAUUACAACUAUAGUUUGGCAGCUUAAUGCCAACCUGUUAUCAUUUGUGACCUACAACAUUUGAUAACGGUCAUUUUAGUAGGAUAUACUCUACCAGAGCCCACUUGUAGAGCGAAUUUAAGGGCUUAGCUUAGUGUGUCUUGAUCAUCAGGCUACACCAAAGUGAAUUAAAUUGAUGAAUCUAAGUAUGUAGAGACUAGGGGAAAGUGAUGACGGACGUGGGUUCAAAUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............((((..(.......(((.(..(.(((((((((...aaaaa...))))........AAAAA................................(((.((((......)))))))(((((((..(..(....{{{{{{...).)))))))).....}}.}}}}....(..(.....((<<.<<.)).)..)............>>.>>.((((.(....(((.[.[[[[[)))......).))))..........]]]]].]....)))))....)..).)))......)..))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).....(((((((..((((.......))))(((((...............))))).......(((((((..........)))))))...((((((......)))))).((((((((((((.(((((................)))))(((((((((((((((((.......(((((...................)))))......))))))))))..(((((((.....................))))))).((((......)))).)))))))..))))))))))))...))))))).........))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((.....((((((.(((...........))).................((..(((((((.((....)).))))))).))((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))...........(((((((((....(.((((((...................)))))).)...)))))))))...(((((((....(((....))).......)))))))......))))))........)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((......((((...........)))).....................((((((..........))))))....((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))............................((((...................))))...((((.((((((((.(.....))))).)))).)).))...............................))..)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......(((.....((((...(((....(((...((((.......))))...................(((((...)))))(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..................((((((..((((((...................)))))).((((((...(((...........(.(.(((....))).).).....)))....))))))..))))))....)))....)))..)))).....(((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((..(((((((((((((...........))))................((..(((((((.((....)).))))))).))((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..........((((((((((....(.((((((...................)))))).)...))))))))))..(((((((....(((....))).......)))))))......))))))....))).)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((....(((.....))).........(((.....[[[[)))........]]]].......(((....[[[[..[[[[[[[))).......]]]]]]].]]]]...))))))))))....(((((((((..(((..[[[[[.)))..)))))))))........]]]]].....((((((..[[[[[[....)))))).........]]]]]].((((((...[[[[[..(((((((....(((....))).......)))))))..)))))).....]]]]].................(((.[[[[[)))....]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).(((....(((..(((((((((..((.((((.......)))).......((((...)))).(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..))))))))).........(((((((((((......((((((...................)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))..))..))))))....)))..)))...))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))................................(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))............(((((((.......((((((...................))))))......))))))).....((((((.....................)))))).....................)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).(((....(((..(((((((((..((.((((.......)))).......((((...)))).(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..))))))))).........(((((((((((......((((((...................)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))..))..))))))....)))..)))...))).........(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).....(((((((..((((.......))))..........(((......(((((...)))))(((((((..........)))))))...((((((......)))))).((((((((((((.(((((................)))))(((((((........((((((..((((((...................)))))).((((((..........(((((((....(((....))).......)))))))..))))))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))).........))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.......(((((...............))))).........(...(....................((.(((......))).)).((((((.((.((((........)))).)).))))))..................(((((((..........)))))))................(((((((((.(((........)))..))))))).)).................))..))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((.......((((((.((((((.(.....(((((...............))))).........(...(....................((.(((......))).)).((((((.((.((((........)))).)).))))))..................(((((((..........)))))))................((((((((..(((........)))...)))))).)).................)).)))))))....))))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))........(((.....................(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..))))))))).(((((((((((((((((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))..))))).)))..)))....)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).(((....(((..(((((((((.....((((.......))))(((((.(((((...)))))(((((((..........))))))).(.((((((......)))))))(((((((((..((((.....).)))..)))))))))..)))))..(((((((((((......((((((..(((([[[)))).]]]..)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))......))))))....)))..)))...))).........((((((....).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((((......))))).....(((((((..((((.......))))................................(((((((..........)))))))...((((((......)))))).((((((((((((....(((((......((((....)))).....))))).....((((((..((((((...................)))))).((((.(((((.(((((...))))).)))))..)))).........................)))))).........))))))))))))...))))))).........))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))........(((.....................(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..))))))))).(((((((((((((((((((....(.((((((.....((((.....)))).)))))).)...))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))..))))).)))..)))....)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))........(((.((((((..............(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..)))))).(((((((((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......))))))).............)))....)))....)))..))))....((((.......)))).)))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))........(((((((....((((.....))))....)))).......(((((((.(((.((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..))))))))).........(((((((((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......)))))))..)))))).)))))))....)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((..))))))))((((((((((.(.((((.......)))).((((...............))))(((((((.(((((((.(((...)))))))))).(.((((((......)))))))(((((((((((((((......))))))))))))))).)))))))(..).((...((((((..(........)))))))..(..)..((((((((((...(((((.(((((...)))))).))))((...(.......)....)))..))))))))).....)).))))))))))).)..(((...(........)..))).))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))................................(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..........((((((((((......((((((...((.....)).......)))))).....))))))))))..(((((((....(((....))).......)))))))....................)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............((((...(((....(((...((((.......))))..((((.(((..((((((..............(((((((..........)))))))...((((((......)))))).(((((((((..(((........)))..)))))))))..)))))).(((((((((((......((((((...................)))))).....))))))))))).(((((((....(((....))).......))))))).....)))))))........)))....)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((((......)))))..((((........((((.......)))).........)))).......(((.....))).(((((((..........)))))))....(((((......))))).(((.((((((.((((.....))))....((((....)))).....(((((......)))))..((((((...................)))))).((((.((((..((((.....))))..))))..)))).........)))))).((((......))))....))).................(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((((......)))))..((((........((((.......)))).........))))......((((.....)))).((((((..........))))))..((.{{{{.)).((((}}}}....)))).....(((.....))).((((.(((....))).(((..[[[)))....(((]]]..)))..((((..((((.....)))).(((.....))).(((((((.((.....))))).))))...)))).(((.....)))...((((.((........)))))).......))))......(((((.......))))).)))))).... |