|
|
|
GGGGGCGACUUGGCUUCGACAGCAGAUACAAACCCUCAAGUGCAUGUCGAGAAGGUAGUAAUUCUCGUAAAUAAAUUGCUGCAAACUUGUUAGUUGGCGAAAACGCAGACUACGCUUUAGCCGCUUAAUUGGCUAACUGUCCUUGGUAACGUGCUCGUGCGCCUCCAAAGACAGACGACUACACGAGAUGCUGGAAUUGUUCUUCUCAUUGACAAUUUCUUAAGAAUUAAAUUGAGAUCGUUUUUUGAUCCCUGUUUAUCGGGUGUAAAAGAUUAAAUUAAUAGAUAAAACUAAACAUGUAGAUCUUGUGGCAGAGUACUGAUGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((.......((..((((..((((((((((.{{{{{{...))))).......}}}}}}....................................(((((((......)))))))(((((.((((....(((aaaaaa)))..)))).))))).......AAAAAA.....(((((((((.<<.<.<..)))))))))............>.>.>>...(((((..(.(((.[[[[[[[))))..)))))............]]].]]]]...))))).....)))).)).......))).))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((.(((((((((................))).))))))....(((((((((..........)))))))))...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((..(((....((((....))))..)))..))))).)))))).)))))..)))(((((((....(((((........(((....)))......))))).........(((((.((((((((((.(((..((((((.......(((......)))........))))))...))).....)))))))))).))))))))))))...))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((((((..................)).))))))....(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))...................(((((((...........))))))).......................((((((..(((.(.....))))..))))))........................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................((.((((.((((((((((((........)))))).......................(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))....................(((((((...(((........)))...))))))).....................))))))....)))).))................(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................((.((((..(((((.(((...(((((((((..........)))))))))...))).((((((......................((((((......)))))).(((((.((((...(((......)))...)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))....................(((((((...(((........)))...)))))))...............))))))))))).....)))).))................(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......(.((((.....(((((((((.........)))))))))....................((((((((..(((.(.....))))..))))))))...............................)))).).................(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((..[[[[[[[[[[....))).........]]].]]]]]]]...(((((((((.[[[[.....)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))]]]]......((((....[[[[[[[[[..))))...]]]]]]]]]..............((((((..........(((..[[[[[[)))....................]]]]]]............))))))....................(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))......(((((((.(((....))).))))).)).(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((........)))..))))))))..........................))))))))))).(((....)))......(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................((..((<<(((((.((((((...[[[[[))))))........]]]]]{{.........((((.(((....))).)))).....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))......................(((((...(((........)))...)))))........................))))).....))}}))......>>........(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).))))).....((((((......)))))).(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((........)))..))))))))........(((......)))......))))))))))).(((....)))......(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((...(((((..)))))...)))).))))).))))))((((((((...(((((((((.........)))))))))........................(((((((((((.....)))).......))))))).........................)))))))).(((....)))......(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.......(((((..................))))).........(...(....................((.((((......)))).))((((((.(((.((((........)))).))).))))))..................((((((((...........))))))))....................(((((((((.(((........))).))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(.....(((((..................))))).........(...(....................((.((((......)))).))((((((.(((.((((........)))).))).))))))..................((((((((...........))))))))....................(((((((((.(((........))).))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((...((((((((((................))).))))))))))(((((((((..........)))))))))......(.(((((.(((....))).))))))...(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((.(.....))))..))))))))........(((......)))......))))))))))).(((....)))......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...............................(((((....((((((........))))))........(((((((((..(((((....))))).........(((((..(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).....(((((..((((..(((((((((.........)))))))))................(((((.....)))))......))))..)))))..............................)))))...))))))))).))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.......(((.....))).........))))).(((((.((.((((((........)))))))).......((((((...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).....(((((((.((........)))))))))..............((((((.(((((((...((((.....))))..))))))).........(((......)))........))))))))))))..)))))...((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.....))).........((.((.(((((....((((((........))))))........((((..(...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).....(((((((.((........)))))))))..............((((((((((((((...((((.....))))..))))))))........(((......)))........)))))))..)))).))))))).))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(((..(.((((((((.(((((((((((........))))))..((....)).((((.(((..))).)).))..((((((.(.((..((.(((((((((...)).))))))((((((((((((.(((......))).)))))))))))))))))..(((...)))....(((((.((........)))))))((((((........)))))))))))))...((((...((((((...........))))))..(((..)))))))..).))))...).))))))).)..)))))))))).)).)))).))))))..))).)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((.....))).........((.((.(((((....((((((........)))))).........(((..((.......((((..(((....)))..)))).....((((((......)))))).(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................((((((((.(........)))))))))............((((....((((((((...((((.....))))..))))))))....)))).........................))..)))..))))))).))..(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......)))))....(((.(((................))).(((((........))))).(((.....))).))).((((....)))).(((.............)))..((((((......)))))).(((((..(((....((((....))))..)))..))))).....((((.((((.((.......))...)))).....((((((..........)))))).(((((.....))))).(((.....))).)))).((((((...........................))))))...............((((.(((((.......)))))....))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.[[[...[[[.................))))).]]](((.]]](((((........))))).(((.....))).)))..(((....))).((((..........(((((...((((((......)))))).(((((..(((....((((....))))..)))..))))).....((((.((((....{{{{{{{{{..))))...}}}}}}}}}.(((........))).(((((.....))))).(((.....))).))))....(((.....))).aaa...........)))))AAA..(((............<<<<)))(((>>>>...)))..))))....... |