CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00194



RNA: TMR_00194
Rfam family: tmRNA

GGGGGCGACUUGGCUUCGACAGCAGAUACAAACCCUCAAGUGCAUGUCGAGAAGGUAGUAAUUCUCGUAAAUAAAUUGCUGCAAACUUGUUAGUUGGCGAAAACGCAGACUACGCUUUAGCCGCUUAAUUGGCUAACUGUCCUUGGUAACGUGCUCGUGCGCCUCCAAAGACAGACGACUACACGAGAUGCUGGAAUUGUUCUUCUCAUUGACAAUUUCUUAAGAAUUAAAUUGAGAUCGUUUUUUGAUCCCUGUUUAUCGGGUGUAAAAGAUUAAAUUAAUAGAUAAAACUAAACAUGUAGAUCUUGUGGCAGAGUACUGAUGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((............((.(((.......((..((((..((((((((((.{{{{{{...))))).......}}}}}}....................................(((((((......)))))))(((((.((((....(((aaaaaa)))..)))).))))).......AAAAAA.....(((((((((.<<.<.<..)))))))))............>.>.>>...(((((..(.(((.[[[[[[[))))..)))))............]]].]]]]...))))).....)))).)).......))).))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((.(((((((((................))).))))))....(((((((((..........)))))))))...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((..(((....((((....))))..)))..))))).)))))).)))))..)))(((((((....(((((........(((....)))......))))).........(((((.((((((((((.(((..((((((.......(((......)))........))))))...))).....)))))))))).))))))))))))...)))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((((((..................)).))))))....(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))...................(((((((...........))))))).......................((((((..(((.(.....))))..))))))........................................................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................((.((((.((((((((((((........)))))).......................(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))....................(((((((...(((........)))...))))))).....................))))))....)))).))................(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................((.((((..(((((.(((...(((((((((..........)))))))))...))).((((((......................((((((......)))))).(((((.((((...(((......)))...)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))....................(((((((...(((........)))...)))))))...............))))))))))).....)))).))................(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......(.((((.....(((((((((.........)))))))))....................((((((((..(((.(.....))))..))))))))...............................)))).).................(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((..[[[[[[[[[[....))).........]]].]]]]]]]...(((((((((.[[[[.....)))))))))........(((((.(((....))).)))))....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))]]]]......((((....[[[[[[[[[..))))...]]]]]]]]]..............((((((..........(((..[[[[[[)))....................]]]]]]............))))))....................(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))......(((((((.(((....))).))))).)).(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((........)))..))))))))..........................))))))))))).(((....)))......(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................((..((<<(((((.((((((...[[[[[))))))........]]]]]{{.........((((.(((....))).)))).....(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................(((((((((.........)))))))))......................(((((...(((........)))...)))))........................))))).....))}}))......>>........(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((.(((....))).))))).....((((((......)))))).(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((........)))..))))))))........(((......)))......))))))))))).(((....)))......(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((((((((................))).)))))))...(((((((((..........)))))))))........(((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((...(((((..)))))...)))).))))).))))))((((((((...(((((((((.........)))))))))........................(((((((((((.....)))).......))))))).........................)))))))).(((....)))......(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.......(((((..................))))).........(...(....................((.((((......)))).))((((((.(((.((((........)))).))).))))))..................((((((((...........))))))))....................(((((((((.(((........))).))))))))).................))..))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((..(((.((((((.(.....(((((..................))))).........(...(....................((.((((......)))).))((((((.(((.((((........)))).))).))))))..................((((((((...........))))))))....................(((((((((.(((........))).))))))))).................)).)))))))....)))..)).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((...((((((((((................))).))))))))))(((((((((..........)))))))))......(.(((((.(((....))).))))))...(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).......((((((((.(((.((((((.(........)))))))((((((........))))))..((((((((..(((.(.....))))..))))))))........(((......)))......))))))))))).(((....)))......(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...............................(((((....((((((........))))))........(((((((((..(((((....))))).........(((((..(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).....(((((..((((..(((((((((.........)))))))))................(((((.....)))))......))))..)))))..............................)))))...))))))))).))))).......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......(((.....))).........))))).(((((.((.((((((........)))))))).......((((((...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).....(((((((.((........)))))))))..............((((((.(((((((...((((.....))))..))))))).........(((......)))........))))))))))))..)))))...((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.....))).........((.((.(((((....((((((........))))))........((((..(...((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).....(((((((.((........)))))))))..............((((((((((((((...((((.....))))..))))))))........(((......)))........)))))))..)))).))))))).))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((.(((..(.((((((((.(((((((((((........))))))..((....)).((((.(((..))).)).))..((((((.(.((..((.(((((((((...)).))))))((((((((((((.(((......))).)))))))))))))))))..(((...)))....(((((.((........)))))))((((((........)))))))))))))...((((...((((((...........))))))..(((..)))))))..).))))...).))))))).)..)))))))))).)).)))).))))))..))).)))......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((.....))).........((.((.(((((....((((((........)))))).........(((..((.......((((..(((....)))..)))).....((((((......)))))).(((((.((((....((((....))))..)))).)))))..................((((((((.(........)))))))))............((((....((((((((...((((.....))))..))))))))....)))).........................))..)))..))))))).))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((.(((.(((....((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.....)))).(((..((((((((((((((....)))..........(((((((......)))))))(((((.((((....((((....))))..)))).))))).)))))).))))).))).))))))).)))))))..........((((((........))))))..((((((((...((((.....))))..)))))))).....................)))))))...)))).))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......)))))....(((.(((................))).(((((........))))).(((.....))).))).((((....)))).(((.............)))..((((((......)))))).(((((..(((....((((....))))..)))..))))).....((((.((((.((.......))...)))).....((((((..........)))))).(((((.....))))).(((.....))).)))).((((((...........................))))))...............((((.(((((.......)))))....))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.[[[...[[[.................))))).]]](((.]]](((((........))))).(((.....))).)))..(((....))).((((..........(((((...((((((......)))))).(((((..(((....((((....))))..)))..))))).....((((.((((....{{{{{{{{{..))))...}}}}}}}}}.(((........))).(((((.....))))).(((.....))).))))....(((.....))).aaa...........)))))AAA..(((............<<<<)))(((>>>>...)))..)))).......