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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00196



RNA: TMR_00196
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((................................)))))......((((.......................(.....((((....))))....)(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................((((((....................))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))........................................))))..........(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........................(((((.(.(((((......(((((.............))))).............((((....)))).....(((((((.........)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).)))))).......(((((((.............)))))))....................((((.(.((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).).....)))).........)))))........).)))))((((......))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((......((((........))))..........)))))((((.((((((............(((((((...((....((((....))))...))((((((((((()))).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................((((((....((.......)).....))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))(((....)))......................))))))))))))).....))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((..[[[[.)))..(((((.............))))).]]]]..(((((.....[[[.....))))).............((((....))))]]]..(((((((.........))))))).((((((((((.(((..[[[[[[[))).)))).))))))........]]]]]]]..((((((((...[[[[[[...)))))))).........]]]]]]..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))......(((((..............)))))..........((((......))))(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......))).............(((((..((((((..((((.((((((((.((........(((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).)))).)))))))......((((((.((((((((.(((.((..........)).))).)))))....))).)))))).((((((.((((((....)))))).)))))).)).))))...))))...))))..)))))).........)))))((((......))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.................((((.............)))).(((((....(((((((.........((.........((.....((((....))))....))((((((.........)))))).(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................(((((......................)))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))...........................)).........)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......)))...((((.............)))).(((((....(((((((...........(((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))........(..(.((((((((.(....(..........)....).)))))....))).)..)(((((((((.((((((....)))))).))))))))).......................................)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..)))).....(((((.............)))))(((((..((((((((............(((.....))).....((((....)))).....(((((((.........)))))))(((((((...............((((...)))))))))))...............))))))))....((((((....................))))))..((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).....(((((((........................)))))))....)))))..(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......)))..(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((((............((((....)))).....(((((((((....))).))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........))))))).((((((.(((.((..........)).))).))))))...((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))....)))))))....))))))))....)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......))).........................(((((....(((((((...((((.((((((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).)))))).........(((.((((((((.(((................))).)))))....))).)))((((((((((.((((((....)))))).))))))))))...........................)))))))....)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((......((((....((((....))))...))))....((((((...........((((((.........((((((.((((...))))..))))))......(((((((.............))))))).....)))))).........((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))......))))))..)))))))))....)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((.(((.(.((((....(((((((((((..((((.((((.((((((.....(((((((..(((((.....((((....))))...(((((((((((....)).))))).))))..((((((((((((((((.((((...))))..)))))).....)).))))))))...)))))...)))).)))......))))))..........((.((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))).....))))...))))..))))))...)))))....)))).)))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((.......)))..................(((....))).))))).((((((...(((((.((((((............((((....)))).....(((((((((....)).)))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........))))))).((((((.(((.((..........)).))).))))))...((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))....)))))))....))))))))....))))))......((..(((((.......)))))..)).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((....)))(((.(((.(.((((....(((((((((((..((((((((((((..(((...(((..(((............((((....)))).....(((((((((....))).))))))..)))...)))...)))(((((((.....(((....)))........))))))).))))))))....((((((....((.....)).......))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))..............))))..))))))...)))))....)))).)))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....((((...)))).(((((((......)))).)))(((((((.(((((.((......).).)))))(((((..................((((((.((((((((((..))).)))))))((..((((.((((((..(((...)))...))))))((.(.............)))((.((((.(((..(((.(((..))))))((..))..)))))))))((((((((((..(.(...........))..)))))))))).((...........))))))))))))))..))))).(((...))))))))).)((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..................................((((((..((((....................................((((....)))).......(((((((....)).))))).......................................................................................................((((((((((.((((((....)))))).))))))))))..............))))..))))))............................(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......)))..(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((((............((((....)))).....(((((((((....)).)))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........)))))))....((.(((((.((((((....((.....)).......))))))..(((((((((..((..((....))..))..)))))))))....))))).))...)))))))....))))))))....)))))))..)))))..(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((((((.....))).((((.............)))).))))...(((((.............)))))...((((......((((....)))).....(((((((((....)).))))))).(((((((((.(((.((.......)))))))).)))))).(((...........)))....))))...((((......))))..((((.......(((((((.......))))))).(((.....))).(((........)))..(((((..((......))..))))).(((....))).....))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................