|
|
|
GGGGGCGAUCGGUUUCGACGAAAUAUGCAUCUUUCUAAAUGGCAUGCCGAGUCCCAGAAUCUCGUAAAUAAUCUGGAAAAACCAUAAAUGCCGAUAACGGCUACAUGGCCGCUGCUUAAGUAAGUGGUCCGUCCUUAGUUUAGUGCGUCUAUGGCUUAGCUAAAGGGCGUCAAAUACAUAGACUGGUUCUGGUUGUGUCUGUGAUAUCAGGAUGAGAAUUAAACAGACUGUGUUUAUAAUAGUUUUGUCAUCAGGACAGUUAUAAGCAAGAUUAAUCUGAUUGACUAAGCGUGUAGAUAUUUUUUUAGGUUCUAUCUCGGACGGGAGUUCGAUUCUCCCCGCCUCCACAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.(((.(...(((...(((((.(((((((((..aaaaa..)))).......AAAAA..............................(((((((..(...)..)))))))(((((((((((.(....[[[[[[[..).)))).))))))).......]]]]]]]..((((((((...{{{{{{...)))))))).........}}}}}}..(((((...(...((..<<<<<<<)).....)..))))).........>>>.>>>>...)))))....)))))....))).).))).)))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((..((((.....((((((..........((((((.....((.(((((.............)))))....)).....))))))....(((((....))))).)))....))).....(((((((...(((((((..(((((((..((.(((....)))....))..)))))))....((.(((((.(((((((((............)))..))))))..(((((((((..((((((....))))))..)))))))))....))))).))...)))))))..(((((.((((....)))))))))...)))))))...))))..))...))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((................................)))))......((((.......................(.....((((....))))....)(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................((((((....................))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))........................................))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.(((.(.(............((((((((((.........)))).........................((((....)))).....(((((((.........)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))................((((((((............))))))))..................(((((((((.((............)).))))))))).....................))))))...............).)))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........................(((((.(.(((((......(((((.............))))).............((((....)))).....(((((((.........)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).)))))).......(((((((.............)))))))....................((((.(.((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).).....)))).........)))))........).)))))((((......))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((......((((........))))..........)))))((((.((((((............(((((((...((....((((....))))...))((((((((((()))).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................((((((....((.......)).....))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))(((....)))......................))))))))))))).....))))(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((..[[[[.)))..(((((.............))))).]]]]..(((((.....[[[.....))))).............((((....))))]]]..(((((((.........))))))).((((((((((.(((..[[[[[[[))).)))).))))))........]]]]]]]..((((((((...[[[[[[...)))))))).........]]]]]]..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))......(((((..............)))))..........((((......))))(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......))).............(((((..((((((..((((.((((((((.((........(((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).)))).)))))))......((((((.((((((((.(((.((..........)).))).)))))....))).)))))).((((((.((((((....)))))).)))))).)).))))...))))...))))..)))))).........)))))((((......))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................((((.............)))).(((((....(((((((.........((.........((.....((((....))))....))((((((.........)))))).(((((((((((.(((.........))).))))).))))))...........................(((((......................)))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))...........................)).........)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......)))...((((.............)))).(((((....(((((((...........(((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).))))))........(..(.((((((((.(....(..........)....).)))))....))).)..)(((((((((.((((((....)))))).))))))))).......................................)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..)))).....(((((.............)))))(((((..((((((((............(((.....))).....((((....)))).....(((((((.........)))))))(((((((...............((((...)))))))))))...............))))))))....((((((....................))))))..((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).....(((((((........................)))))))....)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((.............))))).........(...(.................((.((((.......)))).)).((((((.(((.((((.........)))).)))..))))))..................(((((((..........)))))))...................((((((((((.(((..........))).))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(....(((((.............))))).........(...(.................((.((((.......)))).)).((((((.(((.((((.........)))).)))..))))))..................(((((((..........)))))))...................(((((((((..(((..........)))..)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......)))..(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((((............((((....)))).....(((((((((....))).))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........))))))).((((((.(((.((..........)).))).))))))...((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))....)))))))....))))))))....)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......))).........................(((((....(((((((...((((.((((((.....))).....((((....)))).....(((((((((....)).)))))))(((((((((((.(((.........))).))))).)))))).........(((.((((((((.(((................))).)))))....))).)))((((((((((.((((((....)))))).))))))))))...........................)))))))....)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((......((((....((((....))))...))))....((((((...........((((((.........((((((.((((...))))..))))))......(((((((.............))))))).....)))))).........((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))......))))))..)))))))))....)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........(((.(((.(.((((....(((((((((((..((((.((((.((((((.....(((((((..(((((.....((((....))))...(((((((((((....)).))))).))))..((((((((((((((((.((((...))))..)))))).....)).))))))))...)))))...)))).)))......))))))..........((.((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))).....))))...))))..))))))...)))))....)))).)))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((.......)))..................(((....))).))))).((((((...(((((.((((((............((((....)))).....(((((((((....)).)))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........))))))).((((((.(((.((..........)).))).))))))...((((...((((((((((.((((((....)))))).)))))))))).......))))....)))))))....))))))))....))))))......((..(((((.......)))))..))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((....)))(((.(((.(.((((....(((((((((((..((((((((((((..(((...(((..(((............((((....)))).....(((((((((....))).))))))..)))...)))...)))(((((((.....(((....)))........))))))).))))))))....((((((....((.....)).......))))))..((((((((((.((((((....)))))).))))))))))..............))))..))))))...)))))....)))).)))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((...)))).(((((((......)))).)))(((((((.(((((.((......).).)))))(((((..................((((((.((((((((((..))).)))))))((..((((.((((((..(((...)))...))))))((.(.............)))((.((((.(((..(((.(((..))))))((..))..)))))))))((((((((((..(.(...........))..)))))))))).((...........))))))))))))))..))))).(((...))))))))).)((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..................................((((((..((((....................................((((....)))).......(((((((....)).))))).......................................................................................................((((((((((.((((((....)))))).))))))))))..............))))..))))))............................(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((.......)))..(((((.............)))))(((((....(((((((...((((.(((((((............((((....)))).....(((((((((....)).)))))))..)))...(((((((..(((((((.....(((....)))........)))))))....((.(((((.((((((....((.....)).......))))))..(((((((((..((..((....))..))..)))))))))....))))).))...)))))))....))))))))....)))))))..)))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((.....))).((((.............)))).))))...(((((.............)))))...((((......((((....)))).....(((((((((....)).))))))).(((((((((.(((.((.......)))))))).)))))).(((...........)))....))))...((((......))))..((((.......(((((((.......))))))).(((.....))).(((........)))..(((((..((......))..))))).(((....))).....))))....(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |