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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00199



RNA: TMR_00199
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.(((..(((((((((((((((((..((((.(((((..........)))))..(((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))(((((((((((((..(.......)..))))))).))))))................((((((.................))))))..)))))))......((.(((((((((((((..........)))).))))))))).))............)))).))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))...).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((((((........)))).........((((...(((((((....((((....))))((((.((((((((......))))(((((.((((((((((((((...........)))))))).))))))........)))))...((((((.................))))))....)))).)))).....)))))))..))))..((((((((........................))))))))..))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((((((........))))...........................((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))........(((..((.((((((.................)))))).)).)))........((.((((((((((((((........))))).))))))))).)).................))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.(.(...........(((((((.(..............)...........................((((....)))).....(((((..............)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))................((((.....................))))............................................................................)))))))..............).))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((..((((((..((((.((((............)))).((((((((.......((((....)))).....(((((..((.......)).)))))(((((.((((((((((.......))))))))))..)))))................((((((.................))))))..))))))))........(((((((((..((...........))..)))))))))...............)))).)))))).....)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(.........((((((.((((..(((((((((((((((((.((.((((((((..........)).))))))............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))........(((..((.((((((.................)))))).)).)))........((.((((((((((((((........))))).))))))))).))..............)).))))))))...)))))))))..)))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.......)))...........................((((...[[[[[))))......]]]]]................((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.[[[[[[)))))))))).))))))........]]]]]]..((((((.......[[[[[.....))))))..........]]]]]...((((((((((((((.[[[[[[[))))).)))))))))...........]]]]]]]...............................((((((....)))))).......)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).(((((((.(((..(((((((((((((((((.((.((((((((..........)).))))))............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))........(((..((.((((((.................)))))).)).))).((((...((.(((((((((((((..........)))).))))))))).)).)))).........)).))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.(((..((((((((.((((((((((((.[[[[[[[))))......]]].]]]].............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))................((((((.................))))))...............((.((((((((((((((........))))).))))))))).)).................))))))))....))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).((((((.((((..(((((((((((((((((.((.((((((((..........))).)))))............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))........(((..((.((((((.................)))))).)).)))........((.(((((((((((((..........)))).))))))))).))..............)).))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((....((((((......................(((((........)))))....))))))(((((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......))))))))))).)))))................((((((.................))))))..))))))))).))))))))....................(((((((((((...........................)))))).....................)))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((......(((((...............))))).........(...(.................((.((((......)))).))...((((((.(((.((((.........)))).)))..))))))..................((((((.............))))))....................((((((((((.(((........)))..)))))))))).................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((((((........)))).....((((..(((((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......))))))))))).)))))................((((((...((((.....)))).))))))..)))))))))....((.(((((((((((((..........)))).))))))))).)).........))))....))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((....((((((((..........))).)))))............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.(....))))))))))).))))))..(((((.(((.....((((((...((((.....)))).))))))....))))))))......((((((((((((((.(.....)))))).)))))))))....................))))))))...)))))))))..))))))))))...((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((......(((((((((((((((((..((((.(((((..........)))))(((((((((.......((((....)))).....(((((..............)))))((((((((((((((((.......))))))))))).)))))................((((((.................))))))..)))))))))..)))).((((((((((((((........))))).)))))))))....................)))))))))...)))))))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........(((((((.(((..(((((((((((((((((((((........)))).....((((..(((((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))(((((((((((((..(.......)..))))))).))))))................((((((...((((.....)))).))))))..)))))))))....((.(((((((((((((..(....)..)))).))))))))).)).........))))....))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....)).((.....(((((..((((..(((((((((((((((((((((........)))).....((((..(((((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((((.......)))))))))).))))))................((((((...((((.....)))).))))))..)))))))))....((.((((((((((((((........))))).))))))))).)).........))))....))))))))...)))))))))..))))...((((((....))))))....))))).....))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((((..((((((...............))))))...)).......((((....)))).....(((((..(((.....))).))))).((((((((((((..(.......)..)))))))).))))(((((....(((((((.((((((...((((.....)))).)))))).))....)))))...((.(((((((((((((..(....)..)))).))))))))).))..........)))))..))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((.(....))))((((...((.(((((................((((((((((......).))))))))).))))).))..))))....(((((((((((((((((.....(...(.(((((((((((((((((((((.........))))))))).)))))).(...)).))))))..)(((((((.............)))))))..))))))))))))).))))((((((((((((((......)).))))))))))))....((.((..((........))..))(((((.(........))))))))((..))((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((....((((((...............))))))............((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))((((((((((((((.(.......).))))))))).))))).............((.((((((.................)))))).))............((.(((((((((((((..........)))).))))))))).)).................))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((.((((..(((((((((((((((((..((((.(((((..........)))))(((((((((.......((((....)))).....(((((..(((.....))).)))))(((((((((((((..(.......)..))))))).))))))................((((((.................))))))..)))))))))....((..((((((((((((..........)))).))))))))..))............)))).))))))))...)))))))))..))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....(((((.....((((......)))).....(((((........))))).......))))).....(((......((((....)))).....((((((((......))))..))))......((((.......)))).))).....((((...((((.....)))).(((..(((....)))..)))...)))).....(((((....))))).)))))).(((((((((((..........)))).)))))))..((((........((((.((((....))))..((((.....)))).)))).(((((....)))))..))))..)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..((((.[[[[[..((((.....(((......))).((((.((((.aaaaaa...))))........AAAAAA............((((....))))..))))..(((((......)))))..)))).....((((..bbbbb))))....(((.....))).((((.....))))BBBBB.((((((..........<<<<<..))))))...(((((.......>>>>>.)))))..(((...{{{{{{.)))....((((.....}}}}}}....)))).((((....))))..((((.....)))).....))))..(((((.]]]]].))))).))))))....