|
|
|
GGGGGCGAAACAGGAUCGACGAGGGUGUAAAGAGCGACUUUUUGUUCGGUAUUGUACCACCGUUAUCGGGCUAAACUUGUAGUUGCAAAUGACAACUAUGCGGAAGCUCGUCUCGCUGCUUAAUUGCGGUGUGACACUUCACAUUAAGCCCUAGAGGGUCGCACUUCUAGGCGGGGUUCGGAGGUACCUGGCAACAGAAACCUCCACUUGCUGCGCAAGCAGCUAUGACAAUAAACGAGCGUUGCAAUAAACCAUUCGGACCCGGGGGCGGUACCCGGCGCCUCCACCA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((.(((.((...((((..(.((((((((((.{.{{.{.)))).....}.}}.}............................(..((.(.(((.((((((......)))))).)))).))..).......(((((((.(...)..)))))))..((((..[[[[[[))))..........]]]]]]....(((((....)))))...)))))...).)..))))....)).)))..)))...(((((.......))))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........((((....(((.....((((((....))))))..(((((((((.(((....))).........(((((((.......)))))))..))..((((((....(((((((.....((((((((.((((.............))))))))))))..))))))).(((.((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...))).....))))))..))))))).)))..))))..(((((.......)))))))))))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((........................((((........)))).......................((...(.((((((((.......)))))))).)..))(((((((((..(((((((......((((....)))))))))))((((((((......))))))))))))((..((((((..(((....)))..))))))))..(((((....)))))...........)))))......................(((((.......)))))))))))).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((........................................................((((((((.......))))))))..........((..(((((......)))))..))...............((((((((......))))))))........((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).................................))...(((((.......)))))))))))).... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.............(((.((........((((...((.((((((((.((......)).)))))))).)).(..(((((((.......)))))))..)...((((((((((..(((((((..................)))))))((((((((......))))))))))))....((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...........)))))).))))......))..)))...(((((.......))))).)))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................(((((...((((((....))))))......))))).(((....)))(((...(.((((((((.......)))))))).)..))(((((((((..(((((((......((((....)))))))))))((((((((......))))))))))))((..((((((..(((....)))..))))))))..(((((....)))))...........))))).....................)(((((.......)))))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((((((((..((((........)))).....(((((......(((((((.......)))))))...((((...(((.((((((......)))))).))).))))......))))))))))))))))........((((.((((((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))(((....)))...)))).)))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((.((((..((((((..((((((....))))))..)))...)))..)))))))(((((...((((((((((.......)))))))).)).)))))(((.((((((......)))))).)))............(((.((((((......))))))))).((((..((((((..(((....)))..))))))))))(((((....)))))............((((.(((......)))..))))...(((((.......)))))))))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............................................................((......((((((((.......)))))))).....))((....(((((([[[[[.))))))...........]]]]]..((((((((......))))))))........((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).............)).......................(((((.......)))))))))))).... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((..(((.....((((((....))))))........)))..))))..............(((((((.......)))))))...(..(...(((.((((((......)))))).))).)..).......(.((((((((......))))))))).......((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))............................((....))..(((((.......)))))))))))).... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........................(((((.....[[[[[[[[[[[[[...(((....)))........((((((((.......)))))))).....[[[[[[[[[[..((((((......(((((....)))))))))))[[[[[[[[))))).]]]]]]]]]]]]....((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...........]]]]]]..]]]]]]]......]]]]]](((((.......)))))))))))).... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......))))).))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((.((((..((((....((((((....))))))....[[[))))..)))))))...........(((((((.......)))))))...((((...(((.((((((......)))))).))).)))).......((.(((((((.(...))))))))))..(((..((((((..(((....)))..))))))))).(((((....))))).....]]]..............................(((((.......)))))))))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((..(((((((.((((((....))))))....)))))))..))))..((((((.....((((((((.......))))))))....))))))....(((((((......(((((((....)))))))....((((((((......))))))))..(((((((((........(((((..............(((((....))))).................))))).........)))))))))..)))))))......))))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......))))).))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((.......))).(((((((.......((((((((((...((((........)))).....(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).))))))))))........((((.((((((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).............)))).)))).....))).))))..))).((((((........)))).)).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........)))))((((((......))))))))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...((((((((...(((((..(.((.......(((..........)))......)))..).))))((((((((..)).))))))..(..))))))))).).)))(((((((((((((...))))))).)))))).((((((((.(...)))))))))..((((..((((((..((((..))))..)))))).(((((...))))).(....((.((((........))))))...).((....))))))......((..)))))))))))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((.....(((((..(((((.((.((((....(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......)))))..))))))...((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....)))))...)))))))))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.((((....(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......)))))..)))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...........(((((((((((((.((((((....))))))....))))))).((((....(((.....))).((((((.......)))))).))))...))))))..(((((......)))))((((....)))).....((((....))))(((........))).((((.((((((..............))))))....(((((....)))))...(((...........)))......))))........(((((.......))))).)))))).... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((..(((((.....)).)))........(((.....)))..))))...(((((.......((((((.......)))))).((((....))))...(((((......)))))((((....))))....))))).(((((..{{{.)))))..}}}((((..[[[[[[))))..........]]]]]]....(((((....)))))............((((...............))))...(((((.......)))))))))))).... |