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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00200



RNA: TMR_00200
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........((((....(((.....((((((....))))))..(((((((((.(((....))).........(((((((.......)))))))..))..((((((....(((((((.....((((((((.((((.............))))))))))))..))))))).(((.((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...))).....))))))..))))))).)))..))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((........................((((........)))).......................((...(.((((((((.......)))))))).)..))(((((((((..(((((((......((((....)))))))))))((((((((......))))))))))))((..((((((..(((....)))..))))))))..(((((....)))))...........)))))......................(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((........................................................((((((((.......))))))))..........((..(((((......)))))..))...............((((((((......))))))))........((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).................................))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.............(((.((........((((...((.((((((((.((......)).)))))))).)).(..(((((((.......)))))))..)...((((((((((..(((((((..................)))))))((((((((......))))))))))))....((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...........)))))).))))......))..)))...(((((.......))))).))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((................(((((...((((((....))))))......))))).(((....)))(((...(.((((((((.......)))))))).)..))(((((((((..(((((((......((((....)))))))))))((((((((......))))))))))))((..((((((..(((....)))..))))))))..(((((....)))))...........))))).....................)(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((((((((..((((........)))).....(((((......(((((((.......)))))))...((((...(((.((((((......)))))).))).))))......))))))))))))))))........((((.((((((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))(((....)))...)))).)))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((.((((..((((((..((((((....))))))..)))...)))..)))))))(((((...((((((((((.......)))))))).)).)))))(((.((((((......)))))).)))............(((.((((((......))))))))).((((..((((((..(((....)))..))))))))))(((((....)))))............((((.(((......)))..))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............................................................((......((((((((.......)))))))).....))((....(((((([[[[[.))))))...........]]]]]..((((((((......))))))))........((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).............)).......................(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((..(((.....((((((....))))))........)))..))))..............(((((((.......)))))))...(..(...(((.((((((......)))))).))).)..).......(.((((((((......))))))))).......((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))............................((....))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........................(((((.....[[[[[[[[[[[[[...(((....)))........((((((((.......)))))))).....[[[[[[[[[[..((((((......(((((....)))))))))))[[[[[[[[))))).]]]]]]]]]]]]....((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))...........]]]]]]..]]]]]]]......]]]]]](((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......))))).))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......(((.((((..((((....((((((....))))))....[[[))))..)))))))...........(((((((.......)))))))...((((...(((.((((((......)))))).))).)))).......((.(((((((.(...))))))))))..(((..((((((..(((....)))..))))))))).(((((....))))).....]]]..............................(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((..(((((((.((((((....))))))....)))))))..))))..((((((.....((((((((.......))))))))....))))))....(((((((......(((((((....)))))))....((((((((......))))))))..(((((((((........(((((..............(((((....))))).................))))).........)))))))))..)))))))......)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......))))).))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((.......))).(((((((.......((((((((((...((((........)))).....(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).))))))))))........((((.((((((((((..(((....)))..))))))....(((((....))))).............)))).)))).....))).))))..))).((((((........)))).))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.(((((...(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........)))))((((((......))))))))))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...((((((((...(((((..(.((.......(((..........)))......)))..).))))((((((((..)).))))))..(..))))))))).).)))(((((((((((((...))))))).)))))).((((((((.(...)))))))))..((((..((((((..((((..))))..)))))).(((((...))))).(....((.((((........))))))...).((....))))))......((..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((.....(((((..(((((.((.((((....(((((......((((((((....).)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......)))))..))))))...((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....)))))...)))))))))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((.......(((((.....(((((.(((((((((.((((....(((((......(((((((.......)))))))((....))..(((.((((((......)))))).)))...........))))).(((((......)))))..)))))))..((((((..(((....)))..))))))....(((((....)))))....))))))..)))))))))).....))).))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...........(((((((((((((.((((((....))))))....))))))).((((....(((.....))).((((((.......)))))).))))...))))))..(((((......)))))((((....)))).....((((....))))(((........))).((((.((((((..............))))))....(((((....)))))...(((...........)))......))))........(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((..(((((.....)).)))........(((.....)))..))))...(((((.......((((((.......)))))).((((....))))...(((((......)))))((((....))))....))))).(((((..{{{.)))))..}}}((((..[[[[[[))))..........]]]]]]....(((((....)))))............((((...............))))...(((((.......))))))))))))....