RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00204

RNA: TMR_00204
Rfam family: tmRNA

			GGGGGCGAAUAGGGUUCGACGUUUCUACUGGACUCCGAAGCGCAUGCCAAGAUUGUAGUAAUUCUUGUAAAACAUACUACAAAAAAAAUAGUUGCAAAUAACGACAACUACGCUUUAGCAGCUUAAUGCUAACCGAUGCAAGAAUUGACUGUGGUUUGAAGCAUCGGCUAAACACACAGUCUAGCCAAGCUAUAUUGCUUGGAUAUAGUUUGGUAAAAACUUAAUCAAGCUAGCUUUUAUGCCCUGCUCUUCGGGUGAUAAAAGUUAAAAAUAAUAGAAUGAGCUAUGCAUGUAGAAGUUAGGCUGAAGGAUUGACGGACGCGGGUUCAAUUCCCGCCGCCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............((((..(.((...(..(.((...((((((((((.<<<<<<<..))))).......>>>>>>>.................................((((((......))))))((((((((((....[[[[[[..))))...))))))........]]]]]](.((((((((((((aa.aaaa)))))))))))).)....AAAA.AA.(((...(.((...(((.{{{{{{{))).)).)..)))...........}}}.}}}}...)))))......))..)..).)).)..))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((....((((..........((((((..........((((((((..............))))))))......((((((..........))))))))))))..(((((((((........(((((......(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....))))))))))))).....((((.......((((((((((((((........)))).))))))))))............))))...)))))......))))))))).))))....)))))(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((.(......................(((((.....((((((((..............))))))))......((((((..........))))))....((((((......))))))..............(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((........)))).))))))))))....................))))).....................).)))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((...........))))))..........((((((((..............))))))))......(((((((.......).))))))........(((((((((.........(((.......(((((((((((...((....)).)))).)))))))..(((((((((((((.....))))))))))))).................(((((((((((((........)))).))))))))).....................))).......)))))))))..............(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((.((((((...........))))))(((((.....((((((((..............)))))))).................................(((((......)))))......((.......(((((((((((............)))).)))))))..((((((((((((.......))))))))))))..............))..((((((((((((........)))).))))))))......................))))).......................)))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((.((.((((......(........((((((.....((((((((..............))))))))......((((((..........))))))....((((((......)))))).......(......(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....))))))))))))).....(........).((((((((((((((.(.....))))).))))))))))...................)))))))....).........)))).)).)))))(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((..........))))))).((((((..........((((((((.....(((...)))))))))))......((((((..........))))))))))))..(((((((((.....(((((((.......[[[[[[[.......))))))).......]]]]]]]..((((((((((((.[[[[[[))))))))))))..........]]]]]]((((((((((((((.[[[[...)))).)))))))))).............]]]].............)))))))))..............(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((........)))))(((...(((..(((((((((...(((((.(((.(((((((((...................((((((..........))))))((..((((((......)))))).)).))))))))).(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))....))))))))....((((((((((((((........)))).))))))))))......((((......)))))))))).........)))...)))....)))..(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.............................................(((((((({{{{{{........))))))))......((((((..........))))))....(((([[[[[[[[[.))))...((((}}}}}}.(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((........))))).)))))))))....................))))......]]]]]]]]]..............(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((............))))))...((((..........((((((((..............))))))))......((((((..........))))))))))....(((((((((.((......(((.......(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((........)))).)))))))))).........(......)...)))...))..)))))))))..............(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((.........(((((((....((((....[[[[[.((((((((..............))))))))......((((((..........))))))))))((((((......))))))(((((((.....................)))))))..........)))))))(((((((((((..]]]]]))))))))))).......((((((...((((((((((((....((((...............................))))......)))))))))))).......)))))))))))(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.......(((((................))))).........(...(....................((.(((......))).))((((((...((((........))))....))))))................((((((((...............)))))))).................(((((((((.(((........)))..))))))))).................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(.....(((((................))))).........(...(....................((.(((......))).))((((((...((((........))))....))))))................((((((((...............)))))))).................((((((((..(((........)))...)))))))).................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((..(((...(((((.((...)).....((((((((.(((((.(((((((((((((...................((((((..........))))))....((((((......))))))....))))))))))(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))....))))))))....((((((((((((((........)))).))))))))))............)).)).))))..))))).)))..)))...............(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((..........)))))))..(((((..........((((((((<<<<<(((...)))))))))))......((((((..........)))))))))))((((({{{{{{)))))....(((((>>>>>.(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((.[[[[[[[)))).)))))))))).........]]].]]]]..))))).......}}}}}}................(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((..........))))))).((((((..........((((((((..............))))))))......((((((..........))))))))))))..(((((((((........(((((......((((((((((((..........))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((........))))).)))))))))...................)))))......)))))))))..............(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((..(((...(((((.((...)).....((((((((.(((((.(((((((((((((...................(((((((.......).))))))....((((((......))))))....))))))))))(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))....))))))))....((((((((((((((........)))).))))))))))............)).)).))))..))))).)))..)))...............(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((....(((((((..........))))).))....)))...)).((((..((((((((((((((...................((((((..........))))))....((((((......))))))....)))))))))).))))..))))......((((((.(((...((.(((((((((((((((((.....)))))))))))))................((((((((((((((........)))).)))))))))).......)))).))..((((....))))..))).)))))).((...((.((..(((((.......)))))..))))..)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((..((((.....))))(((..(((.(((((..((((..((((((((((((((...................(((((((.......).))))))((..((((((......)))))).)).))))))))))).)))..))))...)))).)))).......((((((.(((((((((((((.....)))))))))))))...(((((...((.((((((((((((((((........)))).))))))))))......((((......)))))).))...)))))))))))..)))....)))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(........)))))))).......((((((..((..))(((((((......))))))).....(((.((((((.((((((((((((.......).))))))))..((((((......))))))...(.((((((((((((((((((((((........)))))).))))))).(((((((((((((.......)))))))))))))))))))).).)...)((((((((((((((........)))).))))))))))))).)))))).)))(((((.............))))).)))))).((((((.(((((((.....))))).))...))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((........))))............(((..((((..((((..(((.((((((((((...................(((((((.......).))))))((..((((((......)))))).)).))))))))))..)))..))))...))))..)))..............(((((((((((((.....)))))))))))))..........................................................................................................(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((..(((..((((((.((...)).....((((((((.(((((.(((((((((((((...................((((((..........))))))((..((((((......)))))).)).))))))))))(((((((((((..(((....))))))).)))))))..(((((((((((((.....)))))))))))))....))))))))....((((((((((((((........)))).))))))))))............)).)).))))..)))))))))..)))...............(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....)))..((((((...........))))))...)))......(((((.....(((((........)))))........((((.......)))).)))))...((((((......))))))..(((......)))((((((((((((..........))))).)))))))...((((((......))))))...(((((((((.........)))))))))...(((((((((........)))).))))).((((....))))........((((....))))..(((((.........)))))....(((((.......)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((.<<<<<<...))))))).>>>>>>...(((.(((.ccccccc..))).........CCCCCCC.......((((((..........)))))).bbb.(((((......))))).(((((((.......aaaaaaaaaaaa..))))))).AAAAA.AAAAAAA...((((((......))))))....bbbbb)))..BBBBB......BBB..........((((...{{{{{)))).......((((....))))....((((((((....))))..[[[[[...))))}.]]]]]......(((}}}}...)))..)))))))....

---