|
|
|
GGGGACGUUACGGAUUCGACGGGGGUAGUUCGGUCUUCUGUGGCGUGUCGAGGGGUCGGCCUCGUUAAAACGCAUCAGCCAUAACUGGCAAAACUAACACACAACUCGCAGCAGCUUAAUAGCUACUACGGAUCCUAGCAGCCGUCGCCUGGUCGGCUGAUUUCUAGGGUCUCACUUUAAACAGGCUACGCUUGGACCCUUCCGUCUGGAGGGAAAGAGAAGAGAUGGAAUCAGACUGGUCGGACGGACGCCUGUCAAUUGGCAGCCUGACGACGAGAUCCCAAUAAAUUGACUACACACGUAGAAGCUUAAGUAUACGAUGCCUUCGGACGUGGGUUCGACUCCCACCGUCUCCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(..(..(((..((..(((((((((({{{...))))).........}}}..............................((.((.((((....)))).)).))(((((((.((((((..<<<<<.<)))))).)....))))))........>.>>>>>....(((...((((...aaaaaa))))...)))...........AAAAAA..((((....(..(((.[[[[[[[)))....)..))))............]]]]]]]...))))).....))..)))..)..).))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))))....(.(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))...((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....))))...(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).))).)))))))))......))).).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((.....(((((((((..(((((......))))).....))))....((((....)))).................)))))..(((((..((((.(((((((((((((((((((.........))))))....))))))))...(((....((((((..(((..((((.((((((((...............)))))))).......)))).(((((....)))))....))))))))).....)))....(((....)))........))))).)))))))))...)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((................((((..(((((......))))).....))))....((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((........((((((.............((((((((................................)))))))).....(((....))))))))).....)).......................))))).))))))))).......)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((..(((..((.(((((((((((......))))).............((........)).........................................((((((....((((.........))))........))))))...................(...........................)...................(..........(((........)))..........)......................))))))....))..)))....)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((....(((..(((..((..(((((....(((((.((...........))...((((.............................((.((((....)))).))..(((((((((((((((.........))))))....)))))))))...........)))).......)))))((((((((...............))))))))........((((...((....(((((....)))))))...))))......................))))).....))..)))....)))..))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((................((((..(((((..(())))))).....))))(((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((........((((((...........(.(((((((((..............................))))))))).)...((((())))))))))).....)).......................))))).)))))))))....))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))(((....(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((........(((((.(((..(((((((((((....(((((.((((...(((((...)))))...((((((....))))))..))))..))))))))))))).)))..))).(((..(((........)))...))).))))).)))).(((....)))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))))).)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((...(((.(((....))).))).))))))..(((....(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))..........(((((...)))))...((((((....))))))..........(((...))).((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).))...................))))).)))))))))....))))).....)))).))).)))))))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((................((((...(((({{{{{.))))<<<...))))(((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.........))))))....))))))))..........((((((.........((((.........)))).........................[[[[.....................)))))).]]]].........................))))).)))))))))....))))))))))>>>(((((..}}}}})))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))..........(((((...)))))...((((((....))))))....................((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)).((......))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))....)))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((..(((..((((((((((((..(((((......))))).....))))....((((....))))...............((((....((((....)))).....(((((((((((((((.........))))))....))))))))).........((((((.......((((.((((((((...............)))))))).......)))).(((((....))))).......))))))....))))......................))))))))..........)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((............))).........(...(....................((.((((........)))).)).((((((.(((((((.........))))))).....)))))).................((((((((...............))))))))...................((((((((((.(((........))).))))))))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((............))).........(...(....................((.((((........)))).)).((((((.(((((((.........))))))).....)))))).................((((((((...............))))))))...................(((((((((..(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))..)))).)))).)))).)))...)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))...(((....(((((...)))))...((((((....)))))).)))................((((.((((..(((..(((........)))..)).).)))).)).)).(((....)))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))....)))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((....((((...((((..(((((((((......))))).....))))....((((....))))..........)))).........((((....)))).....(((((.......((((...((((((((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).))))))))))))....(((((....)))))...........))))).........)))).....((((............)))).))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).....(.(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))...((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....))))...(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).))).)))))))))...)))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))))..(((((......))))).......(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))).((((((((.......)))).))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))(((....(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((.((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....)))).))(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).)))).)))))))))).)))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(..)((((.((((((((((..(((((.(((((((((((.((((.(...)))))((((((((((..(((.(...)))))).)))))))))))).)..).)).)))....(..((((..((..))..))))..)(((((.(....((((((((((((((.(((((((......(((((...)))))...(((((((..))))))))).))))).))).)))))))).)))(((......).))((((((..))))))....))))))))).))(((....))))))))))))).))))((.............))((..))..((((((...)..)))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((.(((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((........((((((.........))))))......................(((((...)))))..(((.(((....))))))....................................(((........)))....................................))))).)))))))))....))))).))..)))).)))..)))))))....)))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((...(((.((......)).))).)))))).........(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))..)))).))).))))))))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((.(((((.......)).)))...))))).((((..(((((......))))).....))))....((((....))))......)))..............((((....))))........)))...((((((((....)).)))))).(((((.(((.....)))....((((.....))))...((((((....))))))..)))))....((((..(((.........(((((....))))).(((((..................)))))....))).(((....)))(((((.............)).))).((((((((.......)))).)))).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.[[[[[..))))..((..]]]]].))...((((((((..(((((......))))).....))))....((((....))))..........)))).....((((((((....)))).....aaaaaaaaa..((((.....))))..))))....AAAAAAAAA..(((....((((.....))))...((((((....))))))...)))..<<<<<<<..........(((((((((....)))))...(((....))).))))....))))..........((((....))))............(((......{{{{{)))(((}}}}}..))).>>>>>>>..... |