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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00223



RNA: TMR_00223
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))))....(.(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))...((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....))))...(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).))).)))))))))......))).).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.....(((((((((..(((((......))))).....))))....((((....)))).................)))))..(((((..((((.(((((((((((((((((((.........))))))....))))))))...(((....((((((..(((..((((.((((((((...............)))))))).......)))).(((((....)))))....))))))))).....)))....(((....)))........))))).)))))))))...)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((................((((..(((((......))))).....))))....((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((........((((((.............((((((((................................)))))))).....(((....))))))))).....)).......................))))).))))))))).......)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((..(((..((.(((((((((((......))))).............((........)).........................................((((((....((((.........))))........))))))...................(...........................)...................(..........(((........)))..........)......................))))))....))..)))....)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((....(((..(((..((..(((((....(((((.((...........))...((((.............................((.((((....)))).))..(((((((((((((((.........))))))....)))))))))...........)))).......)))))((((((((...............))))))))........((((...((....(((((....)))))))...))))......................))))).....))..)))....)))..))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((................((((..(((((..(())))))).....))))(((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((........((((((...........(.(((((((((..............................))))))))).)...((((())))))))))).....)).......................))))).)))))))))....))))))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))(((....(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((........(((((.(((..(((((((((((....(((((.((((...(((((...)))))...((((((....))))))..))))..))))))))))))).)))..))).(((..(((........)))...))).))))).)))).(((....)))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))))).))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((...(((.(((....))).))).))))))..(((....(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))..........(((((...)))))...((((((....))))))..........(((...))).((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).))...................))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((................((((...(((({{{{{.))))<<<...))))(((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.........))))))....))))))))..........((((((.........((((.........)))).........................[[[[.....................)))))).]]]].........................))))).)))))))))....))))))))))>>>(((((..}}}}}))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))..........(((((...)))))...((((((....))))))....................((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)).((......))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))....))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((..((((((((((((..(((((......))))).....))))....((((....))))...............((((....((((....)))).....(((((((((((((((.........))))))....))))))))).........((((((.......((((.((((((((...............)))))))).......)))).(((((....))))).......))))))....))))......................))))))))..........)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((............))).........(...(....................((.((((........)))).)).((((((.(((((((.........))))))).....)))))).................((((((((...............))))))))...................((((((((((.(((........))).))))))))))..................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((............))).........(...(....................((.((((........)))).)).((((((.(((((((.........))))))).....)))))).................((((((((...............))))))))...................(((((((((..(((........)))..)))))))))..................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))..)))).)))).)))).)))...))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((((((((((.....(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((((....)).))))))....))))))))...(((....(((((...)))))...((((((....)))))).)))................((((.((((..(((..(((........)))..)).).)))).)).)).(((....)))........))))).)))))))))....))))).....)))).))).))))))))....))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((....((((...((((..(((((((((......))))).....))))....((((....))))..........)))).........((((....)))).....(((((.......((((...((((((((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).))))))))))))....(((((....)))))...........))))).........)))).....((((............)))).))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).....(.(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))...((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....))))...(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).))).)))))))))...))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))))..(((((......))))).......(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))).((((((((.......)))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).))))))))(((....(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((((((((((((((((.(.....).))))))....))))))))((.((((...(((((...)))))...((((((....)))))).....)))).))(((.....((((.((((...((..(((........)))..))...)))).)).)))))................))))).)))))))))....))))).))..)))).)))).)))))))))).))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(..)((((.((((((((((..(((((.(((((((((((.((((.(...)))))((((((((((..(((.(...)))))).)))))))))))).)..).)).)))....(..((((..((..))..))))..)(((((.(....((((((((((((((.(((((((......(((((...)))))...(((((((..))))))))).))))).))).)))))))).)))(((......).))((((((..))))))....))))))))).))(((....))))))))))))).))))((.............))((..))..((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((.(((....))).))).)))))))).......(((((((.(((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((........((((((.........))))))......................(((((...)))))..(((.(((....))))))....................................(((........)))....................................))))).)))))))))....))))).))..)))).)))..)))))))....))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((...(((.((......)).))).)))))).........(((((((((((((((..((.(((((.((((....))))........................(((((..((((.(((((............(((((.(((..(((((((((((.....((((........(((((...)))))...((((((....))))))...))))......)))))))).)))..)))..((..(((........)))..))...)))))......(((....)))........))))).)))))))))....))))).))..)))).))).))))))))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((((((.(((((.......)).)))...))))).((((..(((((......))))).....))))....((((....))))......)))..............((((....))))........)))...((((((((....)).)))))).(((((.(((.....)))....((((.....))))...((((((....))))))..)))))....((((..(((.........(((((....))))).(((((..................)))))....))).(((....)))(((((.............)).))).((((((((.......)))).)))).))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.[[[[[..))))..((..]]]]].))...((((((((..(((((......))))).....))))....((((....))))..........)))).....((((((((....)))).....aaaaaaaaa..((((.....))))..))))....AAAAAAAAA..(((....((((.....))))...((((((....))))))...)))..<<<<<<<..........(((((((((....)))))...(((....))).))))....))))..........((((....))))............(((......{{{{{)))(((}}}}}..))).>>>>>>>.....