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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00224



RNA: TMR_00224
Rfam family: tmRNA

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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))........((((..(((.(((((.....(.((((((...................)))))).).......(((((.............)))))...((((........))))...((((((..(((((((.......)))))))...))))))...............((((.(((((.........))))).)))).............((.(((....((((((((..(......)))))))))...))).))....................)))))....)))..))))................(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.......)))))).)))...(((..............(((.((((((((((.....))))........))))).........(((((.............)))))((.((((........)))).))((((((..(((((((.......)))))))...))))))...........................((((((....((((....))))...))))))(.(((....((((((((..........))))))))...))).)).)))...............)))........((((......))))..(((((((.(((((.......)))))....)))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))...(((((((.....((((((((.((((((((.((((((.....)))))).....(((............[[[[[.))).........]]]]]...((((........))))...((((((..(((((((.[[[[[.)))))))...))))))........]]]]]..((((........[[[[[[.......))))........]]]]]].((((....[[[[[[[[))))......]]]]]]]]......))))))))...............))))))))..((((......)))).)))))))..(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.(((((((..((...(((((...........((((((((.((((((.....))))))....((((((..........(((((.............)))))...((((........)))).((((((((..(((((((.......)))))))...)))))).))...(((((.((......)).))))).((.((((....)))).))......)))))).(((....((((((((..........))))))))...))))))))))).)))))...))..)).))))).))))).(((......))).........(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))...(((((((......(((((((.((((((...((((((.....))))))....................(((((.............)))))((.((((........)))).))...))))))..((((.......))))(......)............((..(........)..))..((....))....((((..........(((((.(((....((((((((..........))))))))...))).)).)))..........))))..)))))))...((((......)))).)))))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(((((((((.........................)))))))))...((((((.....)))))).....((((((((.......(((((.............)))))....(((.......((((...)))))))..(((((((.[[[[[[)))))))(((((((((((((...]]]]]].......)))))..((((((....(((((..)))))...)))))).........((((((((..........))))))))(((((.....)))))..((((...................))))..)))))))).))))))))(((((.......))))))))))))....
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))...(((((((.....((((((((.((((((((.((((((.....)))))).....((((...........(((..((((.........((((((.(((((((.....((....))((((((..(((((((.......)))))))...))))))........)))).))).).)))))...((((((..(.((((....)))))..))))))..)))).)))(((((((.(......).)))))))...)))))))))))).....(....)....))))))))..((((......)))).)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((((((.......))))))...................(((((((.(((..((((((.....)))))).....((((((((....(((((((..............((((((.(((((((.....((....))((((((..(((((((.......)))))))...))))))........)))).))).)).)))).(((((....))))).((((...(((((..(((((.(((....((((((((..........))))))))...))).)).)))))))).....)))).)))))))....((((......))))..)))))))).))).)))))))))).((.......)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))...((((((((((..((((((((.((((((((.((((((.....)))))).....((((............((..((((.........((((((.(((((((.....((....))((((((..(((((((.......)))))))...))))))........)))).))).)).))))((.((((((..(.((((....)))))..)))))))))))).))((((((((.(......).))))))))..)))))))))))).....(....)....)))))))).)))...(((....))))))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(....))))))...((((.((((((((.((((.((.(.(((((((((((..(.(((..))))..))))))))))).))).))))))))))))((((.(((((((((((.((((..)).((((...))))...((((((((((((((...)))).)))((..(..)))..)))))))).)))))))))).))..(((((((...))))).))))))..)))).(((((((((..(......)(((((.........(.((((((...))))))...).))))).(..).(......)(((.((..)).))).).))))))))(((((...)..)))).)))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.......)))))...(((((((.....((((((((.((((((((.((((((.....)))))).....((((............((..((((.........((((((.(((((((.....((....))((((((..(((((((.......)))))))...))))))........)))).))).)).))))...((((((..(.((((....)))))..))))))..)))).))((((((((.(......).))))))))..)))))))))))).....(....)....))))))))..((((......)))).)))))))..(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((((((.((...(((((...........((((((((.((((((.....)))))).....((((................((((.........((((((.(((((((.....((....))((((((..(((((((.......)))))))...))))))........)))).))).).)))))...((((((..(.((((....)))))..))))))..))))...((((((((..........))))))))..)))))))))))).)))))...)).))).))))).))))).....((..((......))..))((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.......))))).))))...................(((((((..((((((.....))))))....................(((((.............)))))...((((........)))).....))))))).....(((((((...((((....)))).(((((................))))).....))))))).(((....))).........((((.((((.((((((((..........)))))))).((((.....))))...((((.((......))))))...((((......))))...))))...(((((.......))))).....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................