RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00226

RNA: TMR_00226
Rfam family: tmRNA

			GGGGGUGACCGGCUUCGACUCCGGACGUCGAGGCAGGGGAAGCGGGCCGAGGAUGAGCGGUUAUCUCGUUAACGAUCCGUUCAGAACAACAGCUGCCAACAAGACGCAGCCCACUACCCCCACUUACGCGCUCGCCGCUUAAGAGGGACUAGGUAGUCGUCAGCCUGGGAGAGCCUCCGGCCCAGAAUCUGACGUCGCUAGGAGGAUCACCGGCUGACCUGGUCGCGGGGUCGGUCGGGACAUCAAACAGCGACUGAGCCUAUGUCGGCUUGCCUGCGUGUCCGACGAGGCUGAGAAACAAGUAGCAGGAUGCGCCCGGAGAAGCCCUGUGUCGGGGCCGGAGGACGCGGGUUCGAUUCCCGCCACCUCCACAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((...........((((((.(.(.((.((((((....((((((((((.aaaaaa....))))).........AAAAAA..............................(((..(((.((((.(((.....))).)))).)))..))).....((((((.(((((...{.{{.{..)))))...)))))).......}.}}.}..((((((((((<<<<<<<..))))))))))...........>>>>>>>(((((.((((((....[[[[[....)))))))))))............]]]]]....)))))......)))))).))).).))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((..(((((((((.(((((((..(((........))))))))))........(((((.........)))))...((..(((.......(((.....)))......))).((((((........)))))).))..)))).))))).(((((((.((((.((....))....(((((...(((((.((((((((...(((((.((((.....((.(((((((((.((((((...((....))..)))))))))))......)).)).))..))))..)))))....))))))))))))))))))..)))))))))))..)))))..)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((((.......)))))))).))................(((((((.....(((....))).)))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))................((((((((((..........((((((.....((...(((((((((((.......)))))))))))....))....))))))............((((...(.((((((((..(...(((........))).)..))))))))..)....))))........))))))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.(.((((..(((((.....(((........((((((................))))))..................................................(.(.......).)............((((((.(((((...........)))))...))))))...............((((((((((((....).)))))))))))..................(((((.((((((.............)))))))))))......................))).......)))))..)))).)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((.((.........))(((((....(((((......(((((((................)))))))........(((((.........)))))..(((((.(((.((((.(((.....))).)))).))).....))))).(((((.(((((...........)))))...)))))((((((..........(((((((((((.......)))))))))))..........))))))..((((..((((((.............)))))).)))).....................)))))......))))).))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((((((())).)))))))).))......((.....(..(((((((..(..((((()))))))))))))...)....(((((.........)))))))(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))................((((((((((.((.......((((((.(...((((.(((((((((((.......)))))))))))))..))...)))))))............(((((.((.((((((((..(...(((........))).)..))))))))..))..))))).....)).))))))))))..(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((.......)))))))).............((((..[[[[[[[....))))........]]]]]]]........(((((......[[[)))))...(((..(((.((((.(((.....))).)))).)))..)))...]]](((((.(((((....[[[[[..)))))...))))).......]]]]]....(((((((((((.......)))))))))))....(((......[[[)))......]]](((..[[[[.[[[)))..]]]]]]].............(((((....[[[[........)))))....]]]].(((((..(((((.......)))))..)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......)))))))).(((.((((.(((..(((.(((((((..(((........))))))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....)))))).(((((.(((((...........)))))...)))))((((((.....(((..(((((((((((.......)))))))))))...)))....))))))....)))..))).)))).)))((((((((......(((........)))....))))))))(((.....((((((...))))))))).....(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((..................................(((((((..(((........))))))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....)))))).(((((.(((((....[[[....)))))...)))))((((((.....(((..(((((((((((.......)))))))))))...)))....)))))).....................((((((((......(((........)))....))))))))...............)))))))))))]]]..(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((.((((((((.......)))))))).)).....(((((.((.(.(((((((..(((........))))))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))).)).)))))......((((((((((.((.......((((((.....(((..(((((((((((.......))))))))))).)..))....))))))..(((((.(((((((..........).)))))))))))............(((((..((..........))))))).)).))))))))))..(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((.............((((((...(((((((((...(((((((.....((((..)))).)))))))........(((((.........)))))..(((((((((......(((.....)))......)))....)))))).(((((.(((((.....[[[[[[)))))...)))))((((((..........(((((((((((.......)))))))))))..........))))))..........)))))))))..((((((((......((((.........)))).))))))))]]]]]]...))))))))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.......(((((..................)))))........(.......................................((.((((............)))).)).((((((.(((((...........)))))...)))))).................((((((((.........))))))))....................(((((.(((((((..........))).)))))))))..................)..))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(...((..((((((((......((((.(((.((((((.(.....(((((..................)))))........(.......................................((.((((............)))).)).((((((.(((((...........)))))...)))))).................((((((((.........))))))))....................(((((.(((.(((..........)))..))))))))..................).)))))))...))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((..(((((((((.(((((((.....(((....))).))))))).........((.(((....((((......(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))))))....))).))..)))).))))).(((((((.((((.((....))....(((((...(((((.((((((((...(((((.((((.....((..((.(((((.((((((..((....))...))))))))))).))......)).....))))..)))))....))))))))))))))))))..)))))))))))..)))))..)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))........(((((......(((((((..(((........))))))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....)))))).....)))))......((((((((((..........((((((.......((.((((((((((((....).)))))))))))))........))))))..(((((.(((((((..........).)))))))))))............(((((................)))))....))))))))))..(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((.((((((.....(((((((................)))))))........(((((.........)))))................((((..................((((((........)))))).....((((((((((..........((((((..........(((((((((((.......)))))))))))..........))))))..(((((.((((((.............)))))))))))............(((((................)))))....)))))))))).)))))))))).)))))..)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.(.((((.((((((.....(((((((((.(((((((.....(((....))).))))))).........((.(((....((((......(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))))))....))).))..))).))))))....((((..((((((.(...(((..(((((((((((.(...).)))))))))))...)))...))))))).(((((......)))))....((((((((..(...(((........))).)..)))))))).))))....)))))).)))).)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.....((((........))))...((((.((((((.....(((((((((.(((((((.....(((....))).))))))).........((.(((....((((......(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))))))....))).))..))).))))))....((((..((((((..((...((.(((((((((((.......)))))))))))))..))....)))))).(((((......)))))....((((((((......(((........)))....)))))))).))))....)))))).))))..)).((((..(((((.......)))))..)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((..((((.(.((((((..((((...(((..((((((((((.(((((((.....(((....))).))))))).........((.(((....((((......(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))))))....))).))..)))).))))).)..)))...((((((.(...(((..(((((((((((.(...).)))))))))))...)))...)))))))...)))))))))(((((.((.((((((((..(...(((........))).)..))))))))..))..)))))).).))))..))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(.......)((((((((.((((..(((((.(((((((.(((...((((((((.............).))))))).((.((((((((.(........)))))((.(...((((.(((..((((..)).))..)))))))(((((.(.(.((((((((((((((.(...))).))))).).)))))).))))))))))...((((((((((((.......))))))))))))((........)((....)).)..)))).)))))))..))))(((((((...(((......))).)))))))..(........).))))))..))))))))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((.((..((.....(((((((.....(((....))).)))))))........(((((.........)))))..(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))................((((((((((..........((((((.(...(((..(((((((((((.(...).)))))))))))...)))...)))))))..(((((.((((((.............)))))))))))..........................................)))))))))).....))..)).)))))..)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((..(((((((((.(((((((.....(((....))).))))))).........((.(((....((((......(((((((((.((((.(((.....))).)))).)))....))))))))))....))).))..))).)))))).(((((((.((((.....(.....).(((((...(((((.((((((((...(((((.((((.....((..((.(((((.((((((..((....))...))))))))))).))......)).....))))..)))))....))))))))))))))))))..)))))))))))..)))))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...((((((((.......)))))))).((((..((((..((..((((((.......))))))..))..))))...........(((((.........))))).......))))..........)))))..........((((....)))).((((.(((((...........)))))...)))).((((((..........(((((((((((.......)))))))))))..........)))))).(((((......)))))....((((((((......((((.........)))).))))))))........(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......<<<<<<<<)))....>>>>>>>>.((((..{{{{{{{{....(((((((................)))))))........(((((.........))))).......)))).....}}.}}}}}}.((((.((.....))))))...((((((.(((((....[[[[[..)))))...))))))......]]]]]....((((((((((.bbbbbb..))))))))))(((((......)))))B..(((.BBBBB)))......((((((((......((((.........)))).))))))))..((((..(((((..aaa)))))........(((((...AAA.)))))...))))....

---