RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00227

RNA: TMR_00227
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((..(((...)))..((((((...((.(((......(((((((..(((........))))))))))........)))))..((....(((((((((((........((((..((((((((((........(((.........)))....((((((((((((((((((((...)))).)))....))))))..))..)))))...))))))))))..(((((.............))))).(((((.((((((((((....)))).))))))))))))))).......))))))))))).....))...))))))))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((.(.((.......((((......((..........(((((((.....(((....))).)))))))........)))))).......(((((((((((.(.((.(((...((.......))...))).))...........((((((((((((...........))))))..)))))).................(((((..((((((.(((((((((((((..........................))))))))))).)).)))))).)))))..........).)))))))))))...........)).).))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((.(.(.((.((((((...............(((((((................)))))))...........................................................................((((((.(((((...........)))))...))))))...............(((.((.(((((....).)))).)).)))...............((.(((((.((((((.............))))))))))).)).............................)))))).)).).)))))))...(((((.......))))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((..[[[......))))))...]]]..(((((...(((((.[[[[[[...(((....)))..)))))........]]]]]].........((((((((((..(((.((((..(((.....)))..)))).)))..........((((((((((((...[[[[[[..))))))..))))))......]]]]]]...(((.......[[[[[[[....[[[[[)))...]]]]]...]]]]]]](((((.((((((((((....)))).)))))))))))...........)))))))))))))))..(((((((((...)))))).[[[[[..[[[[[)))....]]]]]..]]]]]....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....)).((((((...((((.((((((....(((((......(((((((..(((........))))))))))......................((((((((((........(((((((((.(((((.(.(((........))))))))).....(((((..(((((((((((((...)))).)))....))))))......))))).((((((.(((((((((((((.........((((......).)))..))))))))))).)).)))))).))))).)))).......)))))))))))))))......)))))).))))..))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((............(((({{{...............(((((((...((........)).)))))))..........)))).......(((((((((((...((.((((..((.....[[))..)))).))...........((((((((((((...........))))))..))))))...............(((.((....((..]])).....)).)))..................(((((.((((((((((....)))).)))))))))))...........)))))))))))..........}}}...))))))))))).....(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((.......))))))))..(((((.((..((.....(((((((.....(((....))).)))))))........((..((.......(((((((((((.(((..(((..((..((.(((((...(((........))).))))).))..))..)))(((((((((((((...)))).)))....))))))...(((.((..((((....))))...)).)))..........)))..((.(((((.((((((((((....)))).))))))))))).))........))))))))))).(((.....((((((...))))))))).))..)).))..)).)))))..)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((...((((.((((((....((((.......(((((((..(((........)))))))))).....................(((((((((((..(((...[[[[[[[[[.[[[[[.[.[[[.)))....]]]]]]]]].....(((((..(((((((((((((...)))).)))....))))))......))))).((((((.(((((((((((((.........((((......)).))..))))))))))).)).)))))).]]]]].]]]].......)))))))))))))))......)))))).))))..))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........((((((...((((.((((((...((((........(((((((................))))))).........))))........(((((((((((..........((((((((((((((...................((((((((((((...........))))))..)))))).........((((....)))).....))))))))))(((((......)))))...))))...(((((.((((((((((....)))).)))))))))))...........)))))))))))..........)))))).))))..))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.((..)))))))))))))(((((.(((.(((...((((((((.............).)))))))......((((((.(........)))).))).)))).)).)))))...)(...((.((((.(((((...)))))....))))))....)(.(((((((((((((((.(((.(....)))).((((..)))))))....((((((((.((((((((...))).)))))))))))))(((((..(((((((........)).))))))))))(((((..)))))((((((((.(........))).))))))..)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((..(((..((((.......(((((.....((((..((..((((((.......))))))..))..))))............))))).......(((((((((((............((((.(((((((.........................((((((...........))))))..................................)))))))))))......................((.(((((.((((((((((....)))).))))))))))).))........))))))))))).))))............)))..))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((..(((((((((.......(((((..(((.(((..((..((((((.......))))))..))..))))))..........))))).......(((((((((((..(((.((((..(((.....)))..)))).)))............((((((((((((((((((((((((((...)))).)))....))))))..))..))))..((((((.(((((((((((((.........((((......).)))..))))))))))).)).))))))..))))))).........))))))))))).)))))..........))))..))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((.......)))))))).((((.(((((((......(((((((................)))))))..........(((.........))))))))))..)))).(((.((((...(((((.((.((........)))))))))...((((((...........))))))....))))....((((.((((....))))..((((....))))...(((((.............)))))...)))).(((((((((....)))).))))).((((..((..............))..)))).)))..(((((.....))))).(((((..(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((((.......)))))))).((((.((((((.((((..<<<<<<<....))))........>>>>>>>..........(((.........))).))))))..))))[[[.))))))))(((((.((.((........)))))))))...((((((]]].....{{{)))))).((((...}}}.)))).((((....))))..((((....))))...(((((.............))))).((((((((((((bbbbbbb......))))).BBB.BBBB.........)))))))......((((..(((((..aaa)))))........(((((...AAA.)))))...))))....

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