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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00228



RNA: TMR_00228
Rfam family: tmRNA

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CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((...............(.((((((.(((.............)))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))....)..............)))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............(((((((......((((..((..((((((((((...........))))).................(((........((((.....(((((((((((((....((((.....(((((((.......)))))))...........(..((((((.........))))))..).((((....((((((............)))))).......)))).......))))......))))..)))))))))..)))).......)))....................((((((.(((.........))).))))))...(((((...........)))))....))))).....))..)))).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).)))))....(......)(((((...........))))).......(((......(((((........)))))((.((((((((((((((...(((((((.((((((((.......)))))))).)..))))))...((((((.(.....).))))))(((.((((((((((((((.((......)).)))))).))..))))))........)))....).)))..)))))))))))).............)))......(((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))..)(((((.((.....)).)))))....))...((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).)))))...(((((.....[[[[..)))))....]]]].................(((((........))))).......(((..........((((((..((((((((.......))))))))....))))))[[[[....))).......]]]](((((.((((((..((((((............)))))).....))))))........)))))...((((((((.((((((.....)))))).)))))))).....((((((((....((((((.(((.[[[[[[[[.))))))))).................]]]]]]]]........((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).))))).............((((...........)))).................(((((........)))))(((.((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))....((((((..((((((............)))))).....)))))).................)))..))))))))))))......................((((((((....((((((.((((((....))))))))))))...(((((.((.....)).))))).........((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
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RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).)))))..(((((((.(((((((...........)))).(((((..(((.((...(((((........)))))...(((((((((((((((((((((((..((((((((.......))))))))....))))))((((..((......))..)))).)))))((((((..((((((.((......)).)))))).....))))))..................)))..))))))))))))))...))))))))))))))).(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).)))))...((((((.(((...........................(((.(((..(((((........)))))....((((((((...((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))))))((((((..((((((............)))))).....)))))).......(((.......)))...))))))))))))))........)))))))))..(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.(.......).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((.((((....)))).)))))....(((((.(((((((...........)))).(((((..(((.((...(((((........)))))...(((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))(((.((((((..((((((.((......)).)))))).....))))))........)))......))))..))))))))))))))...)))))))))))))...(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((......)))((((....)))).........(((((...........)))))....)))).................(((((........)))))...............((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))....(((((.........))))).))))..((((......))))....((((........))))...(((((..............)))))....(((((...(((((.((((.........))))..)))))......((((((.((((((....))))))))))))...((((..((.....))..))))..)))))..((((((....))))))......(((((.(((((.......)))))....)))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((......)))((((....)))).........(((((....<<<<<..)))))....>>>>>................(((((........))))).......((((..(((.....)))......((((((.......)))))))))).((((((.......)))))).....(((..bbbbb...)))...((((((......aaaa..)))))).......(((((AAAA...BBBBB..)))))(((.((((.....(((...{{{..)))((((.....))))....((((}}}....ccc))))...(((CCC..)))....(((((...........)))))...))))..((((((....))))))..[[[[[.)))...(((..]]]]])))...))))))....