|
|
|
GGGGGCGAAUAUGGUUUCGACAUGAAUGUCAAAAUCUAAGGUGCAUGCCGAGGAAGUACCGUAACCUCGUUAAUAACAGUACAAAUGCCAAUAAUAACUGGCAACAAAAAAGCAAACCGCGUAGCGGCUAACGACAGCAACUUUGCUGCUGUUGCUAAAGCUGCCUAGUCUAGCUUAAUAAUCUAGAUGCGCACGGAUAUGAUAGUCUUUCUUAUGACACUAUCUAUACAUCCGUUCAUAUUCCGCAUAAGACGGUCUUUGCUUUUUGUCUGGGAGUUAAGGCUGUAUUUAACAGACUCGCUAACUAUUACCCUGGCUAAUUGGGGAAUAGUCAAGCUAAACUCAAAUAGAUUAGCCUAAGCAUGUAGAUCCAAAGAUCUAGAGUUUGUGGACGCGGGUUCAAAUCCCGCCGCCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((.(....((((..((..((((((((((..{{{{.{...))))).......}.}}}}................................................................(...(.(..(.((((((.......)))))).)..).)...)...(.((((..(((.((((.(.[[[[[[[).))))......))))))).)........]]]]]]](((((((.(((((..aaaaa))))).))))))).......AAAAA..((((((((((.((((.<<<<.<<)))))))))).))))...........>>..>>>>....))))).....))..))))...).)))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....((((..((((....))))..))))..(((((((.(((((((...........)))).(((((..(((......(((((........)))))...(((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))(((.((((((..((((((............)))))).....))))))........)))......))))..)))))))))..)))...))))))))))))))).(((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))...(((((...........)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))............(((((...........)))))................(((((........)))))((.(((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))....(((((((.((((((............))))))..)..)))))).................)))..)))))))))))).......................((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))..)))(((.(.......).)))...........((((((....))))))))))))).....(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((...............(.((((((.(((.............)))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))....)..............)))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............(((((((......((((..((..((((((((((...........))))).................(((........((((.....(((((((((((((....((((.....(((((((.......)))))))...........(..((((((.........))))))..).((((....((((((............)))))).......)))).......))))......))))..)))))))))..)))).......)))....................((((((.(((.........))).))))))...(((((...........)))))....))))).....))..)))).....)))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))....(......)(((((...........))))).......(((......(((((........)))))((.((((((((((((((...(((((((.((((((((.......)))))))).)..))))))...((((((.(.....).))))))(((.((((((((((((((.((......)).)))))).))..))))))........)))....).)))..)))))))))))).............)))......(((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))..)(((((.((.....)).)))))....))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))...(((((.....[[[[..)))))....]]]].................(((((........))))).......(((..........((((((..((((((((.......))))))))....))))))[[[[....))).......]]]](((((.((((((..((((((............)))))).....))))))........)))))...((((((((.((((((.....)))))).)))))))).....((((((((....((((((.(((.[[[[[[[[.))))))))).................]]]]]]]]........((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))..(((((((.(((((((...........))))..((((..(((.((((.(((((........)))))......((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))((((..((......))..))))(((((.((((((..((((((...((....)).)))))).....))))))........)))))....))))..)))))).)))))))...)))).)))))))))).(((((((((((.((((((.(((((......)))))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).))))).............((((...........)))).................(((((........)))))(((.((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))....((((((..((((((............)))))).....)))))).................)))..))))))))))))......................((((((((....((((((.((((((....))))))))))))...(((((.((.....)).))))).........((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))...((((((.(((((((...........)))).................(((((........)))))......((((((.(((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))....(((((.........))))).(((.((((((((((((((...((....)).)))))).))..))))))........)))......)))...))))))((.....)).......)))))))))..(((((((((((.((((((.(((((......)))))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((..)))))..........((((....(((((...........))))).........))))...(((((........)))))...((((((((((..(((((((((((..((((((((.......))))))))....))))))....(((((.........))))))))))((((((..((((((............)))))).....)))))).......(((.......)))..))))))))))............))))))))))..(((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))...(((((...........)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.......(((((.................))))).............(...(...................................................................(.((((.........)))).)....((((((..(((.(((..........))).))).....))))))..................((((((((...............))))))))...............(((((((((..(((.........)))..))))))).))...................))..))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(...((..((((((((......(((.(((.((((((.(.....(((((.................))))).............(...(...................................................................(.((((.........)))).)....((((((..(((.(((..........))).))).....))))))..................((((((((...............))))))))...............((((((((...(((.........)))...)))))).))...................)).)))))))....))).))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))..(((((((.(((((((...........))))..((((..(((.((...(((((........)))))...((((((((((..((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........)))))))))).(((((..((((((.((......)).)))))).....)))))........(((.......)))..)))))))))))))))...)))).)))))))))).(((((((((((.((((((.((((........))))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.((((....)))).)))))..[[[[......(((((...........)))))........[[.[....(((((........)))))......[[[[[[........((((((..((((((((.......))))))))....))))))....(((((.........)))))[[[[.((((((((((((((............)))))).))..))))))..))))..]]]]....(((((((]]]]]]....]]]........)))))))]]]].(((((((((((.((((((.((((((....))))))))))))..((((((...........))))).).)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))..(((((((.(((((((...........))))..((((..(((.((...(((((........)))))...((((((((((((((...((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))..(.((((((..((((((.((......)).)))))).....)))))).).............).))))..))))))))))))))...)))).)))))))))).(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....((((((...((((....))))....(((..(((....)))..)))...)))))).....((((....(((.((((.(((((........))))).....((((((((..((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........)))))))))).(((((..((((((.((......)).)))))).....)))))........(((.......)))..))))))))))))))).((((.....((((.....))))))))..)))).....))).((((((((.(((..(((.....)))..))).....))))))))........((((((....))))))......(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))..(((((((.(((((((...........)))).(((((..(((.((...(((((........)))))...(((((((((((((((((((((((..((((((((.......))))))))....))))))((((..((......))..)))).)))))((((((..((((((.((......)).)))))).....))))))..................)))..))))))))))))))...))))))))))))))).(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(..)(((((((((..)))))))))))...(((....)))((((((.......))))))(((((((((((.(.............((((((((((((((((((((((.((..(((((((((.((((((((((...))))))))))...)))))).))).((((((......).))))).......(((((((...(((........)))..................)))))))(.......)))...))))))))))))))))))))))..))))))))))))..((......))((((.((((........))))))))(((.(((.((((((.....................(((((((..)))))))))))))))))))(((((.((..)))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))...((((((.(((...........................(((.(((..(((((........)))))....((((((((...((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))))))((((((..((((((............)))))).....)))))).......(((.......)))...))))))))))))))........)))))))))..(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.(.......).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((.((((....)))).)))))....(((((.(((((((...........)))).(((((..(((.((...(((((........)))))...(((((((((((((....((((((..((((((((.......))))))))....))))))...((((((.........))))))(((.((((((..((((((.((......)).)))))).....))))))........)))......))))..))))))))))))))...)))))))))))))...(((((((((((.((((((.(((..(....)..)))))))))...(((((.((.....)).)))))...)))...((((((....))))))))))))))....(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((......)))((((....)))).........(((((...........)))))....)))).................(((((........)))))...............((((.((((((..((((((((.......))))))))....))))))....(((((.........))))).))))..((((......))))....((((........))))...(((((..............)))))....(((((...(((((.((((.........))))..)))))......((((((.((((((....))))))))))))...((((..((.....))..))))..)))))..((((((....))))))......(((((.(((((.......)))))....))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((......)))((((....)))).........(((((....<<<<<..)))))....>>>>>................(((((........))))).......((((..(((.....)))......((((((.......)))))))))).((((((.......)))))).....(((..bbbbb...)))...((((((......aaaa..)))))).......(((((AAAA...BBBBB..)))))(((.((((.....(((...{{{..)))((((.....))))....((((}}}....ccc))))...(((CCC..)))....(((((...........)))))...))))..((((((....))))))..[[[[[.)))...(((..]]]]])))...)))))).... |