|
|
|
GGGGAUGCAAAGGUUUCGACGGGGUUGUGAGGUUAUAGGUAGCAAGUCAGGCUUGUCGCUGUGAGAGACUAAACACAUCUUUUAGAUGGAAACAAAGAUUACGCUUUAGCUGCUUAGUUCAGCUACACCUUGGAUAACUUAUUCUAUACGGGUUUUUCAAAGGUGUUGACUAGUAUAGAUCACCAUAAAUGAUUUCUCUAAGUUUAUGGGACAUUUUAGAGGAUAGUUUUAGUUAGCCCUGUUUACGGGAGUAAUUAUUACGAAAUUUAAUAGUAAACUAAACUUGUAGAAGCUUAUGGUCAUUAUGAUUUCGGACACGAGUUCGACUCUCGUCAUCUCCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(.((((((((((..(((((((.(..<.<.<.).)).....>.>.>.................................((((((.......))))))(((((((((.(((((..aaaaaaa))))).)))).))))).......AAAAAAA...((((((((...{{{{{{{{))))))))......}}}}}}}}(.((..((((((..(..[[[[[[.[)..))))))..)).).......].]]]]]]...))))).....)))))))))).)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......((((((...((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((((........((((..(((..(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))))).))))).....)))...)))).((((((((...........))))))))..)))).)))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.....((...(((((...)))))..))..)))))))..))))))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((...........(((.((((((...)))))).))).................((((.............)))).........(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).)))))))................((((((((...........)))))))).........................))))))))).((((((((........((((((.........................................))))))(((....)))..))))))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((.(((((((((..((((.............................................................(((((.......))))).(((((.(((.((((...........)))).)))..))))).................(((((((.............))))))).........................................................................)))).....)))))))))..)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.(.((((((((((..(((((...........(((.((...........(((((...)))))...................(((((.......)))))((((((((((.((((...........)))).))))).)))))................((((((((..((.....))))))))))....)).)))......((..((((((..((((....))))..))))))..))....................))))).....)))))))))).)..))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((((((.......((.(((.((((((...)))))).))))).....(((((....((((((...........))))))........(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).)))))))..............(.((((((((...........)))))))))..................))))))))))))))).((((((((........(((((((...............(((....)))..............)))))))(((....)))..))))))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((....................(((.((((((...)))))).)))(((.....[[[[[)))....]]]]].................(((..((((....)))).))).((((((((((.(((((..[[[[[[[))))).))).)))))))......]]]]]]]...(((((((....[[[[[[[[[))))))).....]]]]]]]]].............(((.[[[[[[))).((((...))))...........]]]]]]..........)))))))...............(((((.[[[[[)))))..]]]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((((.......((((((...((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((((......(((......))).(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).))))))).(((((...))).)).((((((((...........))))))))..)).)))))))))).))))))))).)))))))).((((((((((((....(((((((..(((((..(((((((((....))).)).)))).))))))))))))......))))..))))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(([[[[[[[[[[[[[[[[[[[.(((((.....)))))............((((....(((((((........................(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).)))).))))))................((((((((...........))))))))........)))))))....))))[[..[[[)).....]]]...]].....................................]]]]]]]]]].]]]]]]]]]......((((.......)))).))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........((((((((.......((((((.(.((((((...)))))).)))))))..(((((((.((((((((((((((......(((......)))..((((.......)))).((((((((((.(((((.........))))).)))).)))))).(((((...))).)).((((((((...........))))))))..))).))))))))).))))))))).)))))))).((((((((.(((((((.......)))))))........(((....)))......(((.....)))..(((((....)))))))))))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.........(((((((............................)))))))..(((((((........(((((...)))))...................(((((.......)))))(((((((...........[[[[[[[..........)))))))......]]]]]]]..(((((((.....(((((((((............)))))))))....(((((((...(((((..)))))....(((((((.......))))))).)))))))...........)))))))..........((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......((................)).........(...(..................(.((((.......)))).)(((((.(((.((((...........)))).)))..)))))...................((((((...........))))))..................((((((((((.(((.......)))..))))))))))................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(.....((................)).........(...(..................(.((((.......)))).)(((((.(((.((((...........)))).)))..)))))...................((((((...........))))))..................(((((((((..(((.......)))...)))))))))................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......(((((.((..((((.....))))..)))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).((.(((((.....((((((((((.(((((.........))))).))))).))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..))))))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......((((((.(.((((((...)))))).)))))))..(((((((.((((((((((((((.....((((......))))(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).)))).)))))).(((((...))).)).((((((((...........))))))))..))).))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))....(((.(((....))).))).(((((...))))).(((((....)))))))))))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((((((((((((((((((((.((((((((((......((((...(((((((....(((((...)))))..................((((((.......))))))..((((...........(((((((.......((((.....))))...)))))))...((((((((...........)))))))).........)))).)))))))...)))))))).((((....))))...........................))))))....)))))))))).)))))))))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).(((.((((.....((((((((((.((((..(.....)..)))).))).))))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.((....)).))(((((((..((((((..((((((.(((((.....)))))..(((..((.(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).(((.((((.....((((((((((.(((((.........))))).))).))))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).))))))))).((((((....)))).)).(((((((.......)))))))........))..)))..))))))..)).))))....((((((....)))))).))))))).......)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((((((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....))(((.(((((.....((((((((((.((((..(.....)..)))).))))).))))).))))))))..)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).))))))))))))))))))(((((((((.(((((((.......)))))))..)))...))))))))))))).))......((((..((((((....))))))...))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((((.(.((((((..((((((.(((((((((((...)))))))))))......((((((.((((((...))))))(..(((((..(..))))).)(((.......)))).(((((((((((((((...........))))))))).))))))..((((......((((.(...).))))..(((((((((........)))))))))..)))))))))))))))).((((((((((((((...)))).(...).)))))))))).))))))).)))))))).)))(((...))).....(((..((((...))))..))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......(((((.(..((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((.(....)...((((...............((..((...((((((((((.((((..(.....)..)))).)))).)))))))).))......)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.........................................................................))))))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..........(((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..(((..(((((.......)))))((((((((((.((((...........)))).))).))))))).....)))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..))))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...(((..(((.((....))))).((((....)))).((((...((((......)))).)))).....((((.....))))......(((......))).(((((.......)))))...))).(((........))).(((..(((...((....))..)))..)))...((((.......)))).((((.........)))).((((....)))).((((.((((.((((((....)))).)))))).((((...........))))...))))..((((....)))).(((.....))).((((((....)))))).......))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(((((.((.((((..(((((....)))))...(((((.....)))))..))))))...(((((...((((.....)))).....((((......)))).<<<<.))))).>>>>...))))).....(((...[[[[[[[.)))........((((.......]]]]]]].))))((((((....{{{{...))))))}}}}.......((((......(((((....((((....)))).(((.....))).....(((....))))))))....((((....)))).(((.....))).((((((....)))))).))))..))))))).... |