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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00234



RNA: TMR_00234
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((......((((((...((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((((........((((..(((..(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))))).))))).....)))...)))).((((((((...........))))))))..)))).)))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.....((...(((((...)))))..))..)))))))..)))))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((...........(((.((((((...)))))).))).................((((.............)))).........(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).)))))))................((((((((...........)))))))).........................))))))))).((((((((........((((((.........................................))))))(((....)))..)))))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((.(((((((((..((((.............................................................(((((.......))))).(((((.(((.((((...........)))).)))..))))).................(((((((.............))))))).........................................................................)))).....)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.(.((((((((((..(((((...........(((.((...........(((((...)))))...................(((((.......)))))((((((((((.((((...........)))).))))).)))))................((((((((..((.....))))))))))....)).)))......((..((((((..((((....))))..))))))..))....................))))).....)))))))))).)..))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((((((((.......((.(((.((((((...)))))).))))).....(((((....((((((...........))))))........(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).)))))))..............(.((((((((...........)))))))))..................))))))))))))))).((((((((........(((((((...............(((....)))..............)))))))(((....)))..)))))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((((....................(((.((((((...)))))).)))(((.....[[[[[)))....]]]]].................(((..((((....)))).))).((((((((((.(((((..[[[[[[[))))).))).)))))))......]]]]]]]...(((((((....[[[[[[[[[))))))).....]]]]]]]]].............(((.[[[[[[))).((((...))))...........]]]]]]..........)))))))...............(((((.[[[[[)))))..]]]]]...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((((((.......((((((...((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((((......(((......))).(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).))).))))))).(((((...))).)).((((((((...........))))))))..)).)))))))))).))))))))).)))))))).((((((((((((....(((((((..(((((..(((((((((....))).)).)))).))))))))))))......))))..)))))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(([[[[[[[[[[[[[[[[[[[.(((((.....)))))............((((....(((((((........................(((((.......)))))((((((((((.(((((.........))))).)))).))))))................((((((((...........))))))))........)))))))....))))[[..[[[)).....]]]...]].....................................]]]]]]]]]].]]]]]]]]]......((((.......)))).)))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........((((((((.......((((((.(.((((((...)))))).)))))))..(((((((.((((((((((((((......(((......)))..((((.......)))).((((((((((.(((((.........))))).)))).)))))).(((((...))).)).((((((((...........))))))))..))).))))))))).))))))))).)))))))).((((((((.(((((((.......)))))))........(((....)))......(((.....)))..(((((....))))))))))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.........(((((((............................)))))))..(((((((........(((((...)))))...................(((((.......)))))(((((((...........[[[[[[[..........)))))))......]]]]]]]..(((((((.....(((((((((............)))))))))....(((((((...(((((..)))))....(((((((.......))))))).)))))))...........)))))))..........((((((....))))))))))))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......((................)).........(...(..................(.((((.......)))).)(((((.(((.((((...........)))).)))..)))))...................((((((...........))))))..................((((((((((.(((.......)))..))))))))))................))..))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(.....((................)).........(...(..................(.((((.......)))).)(((((.(((.((((...........)))).)))..)))))...................((((((...........))))))..................(((((((((..(((.......)))...)))))))))................)).)))))))....))).))))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((......(((((.((..((((.....))))..)))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).((.(((((.....((((((((((.(((((.........))))).))))).))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..)))))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((((((((((((((((.((((((((((......((((...(((((((....(((((...)))))..................((((((.......))))))..((((...........(((((((.......((((.....))))...)))))))...((((((((...........)))))))).........)))).)))))))...)))))))).((((....))))...........................))))))....)))))))))).)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).(((.((((.....((((((((((.((((..(.....)..)))).))).))))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..)))))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.((....)).))(((((((..((((((..((((((.(((((.....)))))..(((..((.(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....)).(((.((((.....((((((((((.(((((.........))))).))).))))))).)))))))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).))))))))).((((((....)))).)).(((((((.......)))))))........))..)))..))))))..)).))))....((((((....)))))).))))))).......)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((((((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..((....))(((.(((((.....((((((((((.((((..(.....)..)))).))))).))))).))))))))..)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).))))))))))))))))))(((((((((.(((((((.......)))))))..)))...))))))))))))).))......((((..((((((....))))))...)))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((((.(.((((((..((((((.(((((((((((...)))))))))))......((((((.((((((...))))))(..(((((..(..))))).)(((.......)))).(((((((((((((((...........))))))))).))))))..((((......((((.(...).))))..(((((((((........)))))))))..)))))))))))))))).((((((((((((((...)))).(...).)))))))))).))))))).)))))))).)))(((...))).....(((..((((...))))..)))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((......(((((.(..((((((...))))))..))))))..(((((((.((((((((((((.(....)...((((...............((..((...((((((((((.((((..(.....)..)))).)))).)))))))).))......)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.........................................................................)))))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..........(((((((((......(((((.(..(((((.....)))))..))))))..(((((((.((((((((((((((....))..((((..(((..(((((.......)))))((((((((((.((((...........)))).))).))))))).....)))...)))).((((((((...........)))))))).....)))))))))).)))))))))))))))))).((((((((.(((((((.......)))))))......(((((((.((((.(((((.....)))))))))....)))))))..)))))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((..(((.((....))))).((((....)))).((((...((((......)))).)))).....((((.....))))......(((......))).(((((.......)))))...))).(((........))).(((..(((...((....))..)))..)))...((((.......)))).((((.........)))).((((....)))).((((.((((.((((((....)))).)))))).((((...........))))...))))..((((....)))).(((.....))).((((((....)))))).......)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..(((((.((.((((..(((((....)))))...(((((.....)))))..))))))...(((((...((((.....)))).....((((......)))).<<<<.))))).>>>>...))))).....(((...[[[[[[[.)))........((((.......]]]]]]].))))((((((....{{{{...))))))}}}}.......((((......(((((....((((....)))).(((.....))).....(((....))))))))....((((....)))).(((.....))).((((((....)))))).))))..)))))))....