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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00238



RNA: TMR_00238
Rfam family: tmRNA

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......((((((...((.((((.((..((((((.((((((..((((..(((((..((((.((((((.....(((((..........(((((......)))))..((((...((((......)))).(((((...((((((.((((......))))))))))....(((....))).)))))..))))......(((..(((........)))..)))...)))))........(.((((........)))).)...(((((..((((.(((........))).))))..).))))..))))).).))))..)))))))))..))))))..)))))).....)))))).))..))))))..(((....)))....(((.((((((.......))))).)))))).)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((....))))))((((((((.....((((((((((((((((((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))......)))))))....)))))....))))))))))))......(((..((((((((..((((..(((..((..((((((((((..((((((.....(((((.....((((((..((.....((((((.................))))))...))...))))))))))).)))).))...)))).............(((((((..((((...))))..)))))))........))))))..))..((....))..))))))))))))))))))..(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.................(.(((((.......((((((((......))))))))......))))).)........(((((......)))))....((((....(((.(((.(((.((((((..(((((.(((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..))).)))..))))(........)...............((((...................))))(...(((((((((((.(((........))).)))))).)))))...).(((((((..((((...))))..))))))).......................))))))(((((....))))).......(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((....................((((((.......((((.((..............)).))))...........................................................................................................................................................................................................................................................................))))))......................)))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((.....(((.((((((.(((((.....((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))........(((((((.........)))))))....(.(((((.(((...(((((((.((.((.(((....))).)))).))..........(((..(((........)))..))))))))...))).((((((((...................(((((....((((.((.......)).))))....)))))........((((..((((...))))..))))))))))))....))))).))))))....)))))))))....)))))).))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((...((((((.......((.(((((.......((((((((......))))))))......))))).)).......(((((......)))))..((((((.(..(((.(((.(((.((((((..(((((.(((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..))).)))).)))))).....)))))).....(....).(((((.................)))))(.(.(((((((((((.(((........))).)))))).))))).).).(((((((..((((...))))..))))))).......(((.........))).))))))(((((....))))).......(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((..(((.....)))..)))).....(((((.......((((((((.[[[[[))))))))......))))).............]]]]].((((...[[[.....))))....]]].....(((((.....(((.[[[[[)))...]]]]].........(((....))).)))))(((((((.((((((...(((........)))......))))))[[[[[[)))))))..........]]]]]]...(((((((((((.(((.[[[[[[[))).)))))).))))).....(((((((..((((...))))..)))))))......]]]]]]].............((((((((....)))))..[[[[....))).....]]]]..)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))...(((.(((.(((((....((.((((((((......))))))))))....))))).)).......(((((......))))).))))(((.((((......)))).))).....((((((.((((......)))))))))).((.((((((((((.((((.((((((((((((((...(((........)))......)))))).....))))))))...........)))))))..))))))).))((((((((((((....((((.......))....(((((((..((((...))))..)))))))))....))))))((((....)))).....(((((....))))).))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.............................(((((.......(((((((........)))))))......)))))..........(((((......)))))........................(((((...((((((...............))))))....(((....))).)))))((((((((.........(((........))).............{{{.))))))))............}}}....(((((.(((((.(((..[[[[[.))).)))))..))))).....(((((((.(((((...)))).)))))))).......]]]]].................(((((....))))).......(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))..(.....((.(((((.......(((((((........)))))))......))))).)........(((((......))))).....(((.((((......)))).))).....((((((.((((......)))))))))).......)............((((((((....((...(((........)))...)).(....).....))))))))...........).((((((....))))))(((((((((((((....((((.......))....(((((((..((((...))))..)))))))))....))))))((((....)))).....(((((....))))).)))))))((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))((((((.((((((((((((((..((((((((......))))))))....((((((...........(((((......))))).........))))))..)))))).........((((((.....[[[[[[....)))))).))))))))...]]]]]]..((((((((..........(((.......)))...(((((..)))))..))))))))........))))))(((((....)))))..((((((((((((.....................(((((((..((((...))))..)))))))......))))))((((....)))).....(((((....))))).))))))(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((((.(((.(((...((((((.((((((..((((....(((((((((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).)))))...))))).))).(((((((((.(((.((...)).((....))..))).)))).))))).....))))..))))))..)))))).....((((....)))).....(((((....))))).))).))).))..))))).))...)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((....)))))))..((((.....(((((....((.((((((((......))))))))))....)))))..........(((((......))))).....(((.((((......)))).))).....((((((.((((......))))))))))........[[[.........((((((((.((((((..(((........)))..)))...)))......))))))))........)))).((((((.]]]))))))(((((((((((((.....................(((((((.(((((...)))).))))))))......))))))((((....)))).....(((((....))))).)))))))((((.......)))).)))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((.......((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).))))))...(((((..((((.(((........))).))))..).))))...(.(((((((..(((.....)))..))))))).)........)))))))))))).))))))(((((....))))).......(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((........((((((...((.((((.((..((((((.((((((..((((....(((((((((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).)))))...))))).))).(((((((((.(((.((...)).((....))..))).)))).))))).....))))..))))))..)))))).....)))))).))..))))))(((((....)))))......)).((((.((......)).))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.(((((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))(((((..(((((((...(.((((.((((((..((((((.((((......))))))))))..).(((....))).)))))((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).))))))))..........)))))...)))))))..))))).))(((((((......((.......))..(.(((((((..(((.....)))..))))))).)....))))))).)))))))).))))))(((((....)))))...))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.......((.((((((.(..)((((((((((.((.(..(((((((........)))))))..))).)))))...((..)).((((((..)..)))))(((((((((.(((........((.(((((((((((((......))))))))))))).))..(..).((..))(........)..).))))))).))))..))))))))))).))((((((((((((((((.((.............)).(((.(((((...((((((((........))))))))....))))).)))...))))).))))).)).))))...((.(.......))))))(((....)))(.....(((((..)..))))..)...(((((((...)..))))).))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((........(((((........(((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))..((((((((.........(((........))).................))))))))..........)))))....((((...((((.(((........))).))))....))))...(.(((((((..((((...))))..))))))).)........)))))))))))).))))))(((((....))))).......(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((....((.(((((.((((((.......((.(((((....((.(((((..(......)..)))))))....))))).)).......(((((......)))))..((((((....((..(((.(((.((((((..((((((.((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..)))..))..)))))).....))))))....(((((((.(((.((((((((............((((...(((((..((((.(((........))).))))..).)))).......)))).(((((.....))).))...)))))))).......((((....))))..)))(((((....)))))......)))))))))))).))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((....))))))).(((((....))))).(((....(((((((........)))))))......)))............(((((......)))))..(((((.(((((((.........)))))))..(((((.((((......))))))))).((((((.((.......)))).))))............)))))......((((..((((....))))..((((..((((........)))).((((....)))).((((((........)).)))).........)))).((((((.((.((.....))..))))))))............((((....)))).....(((((....))))).))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((((((....))))))).(((((....))))).(((....(((((((........)))))))......)))............(((((......)))))..((((...((((...aaa))))...(((..{{{))).(((((.<<<<<)))))>>>.....>>}......}}AAA....((((....bbbb.....bbbbb.....))))...(((BBBB)))...BBBBB.((((........)))).((((....)))).((((((..[[[[[[)).)))).(((..........((((((.(((((.....))).))))))))......]]]]]]((((....)))).))).(((((....)))))..)))).(((((.......))))).))))))....