|
|
|
GGGGGCGAUCUGGUAUCGACCGGGUGUCGGAAGUGUUCGGUGGCGUGUCGUGGUUGAUCAGCUGGCCACGUAAAAAGCCGAUCAAAAUUUAACUGCUGAACCGCAGUACUCCCUCGCGGCUUAAGUGCCGAGAGCCGUUCUGGCAGCUUCGCCUGAGAGGUGCUAGUCCGGACGCAAGUCAGGCUCGCGGGAACUCGAGGAGAGGGGACAACCACCCGAUCCGCCUCGGCGGCCGUUCCUGCUAAAAAAAUCUGGCCGAUAGUUGUGUCGGGGUCCCGCUCGUAGGAACCCGGUAACAACGAACGUGCGGCGGCCCGUUAAACGGUGCGCCGCAGGAAUAUACGAGCUACACACGUAGAUGCCGGCGCGGAAGCGCCUCGGGACCGGGGUUCGAUUCCCCGCGCCUCCACUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((((.((.....(((.((((((.((((((((((...{{{.{{{..))))).....}}}.}}}.................................(((((((.........))))))).((((((.((((aaaaaa))))))))))............AAAAAA...((((...(.(...........).)...))))....(((((((((...<<<<<<<<.......................))))))))).......>>>>>>>>..............(.(((((((....[[[........))))))).)........]]]...)))))....)))))))))....))..)))))...(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......((((((...((.((((.((..((((((.((((((..((((..(((((..((((.((((((.....(((((..........(((((......)))))..((((...((((......)))).(((((...((((((.((((......))))))))))....(((....))).)))))..))))......(((..(((........)))..)))...)))))........(.((((........)))).)...(((((..((((.(((........))).))))..).))))..))))).).))))..)))))))))..))))))..)))))).....)))))).))..))))))..(((....)))....(((.((((((.......))))).)))))).))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((....))))))((((((((.....((((((((((((((((((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))......)))))))....)))))....))))))))))))......(((..((((((((..((((..(((..((..((((((((((..((((((.....(((((.....((((((..((.....((((((.................))))))...))...))))))))))).)))).))...)))).............(((((((..((((...))))..)))))))........))))))..))..((....))..))))))))))))))))))..(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.................(.(((((.......((((((((......))))))))......))))).)........(((((......)))))....((((....(((.(((.(((.((((((..(((((.(((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..))).)))..))))(........)...............((((...................))))(...(((((((((((.(((........))).)))))).)))))...).(((((((..((((...))))..))))))).......................))))))(((((....))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((....................((((((.......((((.((..............)).))))...........................................................................................................................................................................................................................................................................))))))......................)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............((((((((.....(((.((((((.(((((.....((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))........(((((((.........)))))))....(.(((((.(((...(((((((.((.((.(((....))).)))).))..........(((..(((........)))..))))))))...))).((((((((...................(((((....((((.((.......)).))))....)))))........((((..((((...))))..))))))))))))....))))).))))))....)))))))))....)))))).))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((...((((((.......((.(((((.......((((((((......))))))))......))))).)).......(((((......)))))..((((((.(..(((.(((.(((.((((((..(((((.(((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..))).)))).)))))).....)))))).....(....).(((((.................)))))(.(.(((((((((((.(((........))).)))))).))))).).).(((((((..((((...))))..))))))).......(((.........))).))))))(((((....))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((..(((.....)))..)))).....(((((.......((((((((.[[[[[))))))))......))))).............]]]]].((((...[[[.....))))....]]].....(((((.....(((.[[[[[)))...]]]]].........(((....))).)))))(((((((.((((((...(((........)))......))))))[[[[[[)))))))..........]]]]]]...(((((((((((.(((.[[[[[[[))).)))))).))))).....(((((((..((((...))))..)))))))......]]]]]]].............((((((((....)))))..[[[[....))).....]]]]..))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))...(((.(((.(((((....((.((((((((......))))))))))....))))).)).......(((((......))))).))))(((.((((......)))).))).....((((((.((((......)))))))))).((.((((((((((.((((.((((((((((((((...(((........)))......)))))).....))))))))...........)))))))..))))))).))((((((((((((....((((.......))....(((((((..((((...))))..)))))))))....))))))((((....)))).....(((((....))))).))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.............................(((((.......(((((((........)))))))......)))))..........(((((......)))))........................(((((...((((((...............))))))....(((....))).)))))((((((((.........(((........))).............{{{.))))))))............}}}....(((((.(((((.(((..[[[[[.))).)))))..))))).....(((((((.(((((...)))).)))))))).......]]]]].................(((((....))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))..(.....((.(((((.......(((((((........)))))))......))))).)........(((((......))))).....(((.((((......)))).))).....((((((.((((......)))))))))).......)............((((((((....((...(((........)))...)).(....).....))))))))...........).((((((....))))))(((((((((((((....((((.......))....(((((((..((((...))))..)))))))))....))))))((((....)))).....(((((....))))).)))))))((((.......)))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))((((((.((((((((((((((..((((((((......))))))))....((((((...........(((((......))))).........))))))..)))))).........((((((.....[[[[[[....)))))).))))))))...]]]]]]..((((((((..........(((.......)))...(((((..)))))..))))))))........))))))(((((....)))))..((((((((((((.....................(((((((..((((...))))..)))))))......))))))((((....)))).....(((((....))))).))))))(((((.......)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.........(((((..............))))).........(...(.................((.((((........)))).)).(((((.(((.((((........))))))).....)))))............((((((((........................................))))))))...................((((((((((..(((........)))...))))))))))..............................................))..))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..((((((((......((.(.(((.((((((.(.......(((((..............))))).........(...(.................((.((((........)))).)).(((((.(((.((((........))))))).....)))))............((((((((........................................))))))))...................(((((((((...(((........)))....)))))))))..............................................)).)))))))....))).)))......)))))))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((.(((((((.(((.(((...((((((.((((((..((((....(((((((((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).)))))...))))).))).(((((((((.(((.((...)).((....))..))).)))).))))).....))))..))))))..)))))).....((((....)))).....(((((....))))).))).))).))..))))).))...))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....)))))))..((((.....(((((....((.((((((((......))))))))))....)))))..........(((((......))))).....(((.((((......)))).))).....((((((.((((......))))))))))........[[[.........((((((((.((((((..(((........)))..)))...)))......))))))))........)))).((((((.]]]))))))(((((((((((((.....................(((((((.(((((...)))).))))))))......))))))((((....)))).....(((((....))))).)))))))((((.......)))).))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((.......((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).))))))...(((((..((((.(((........))).))))..).))))...(.(((((((..(((.....)))..))))))).)........)))))))))))).))))))(((((....))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........((((((...((.((((.((..((((((.((((((..((((....(((((((((((((.((....((((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))).((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).)))))))).......)).)))))...))))).))).(((((((((.(((.((...)).((....))..))).)))).))))).....))))..))))))..)))))).....)))))).))..))))))(((((....)))))......)).((((.((......)).))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((((((.(((............))).))))))......(((((......)))))(((((..(((((((...(.((((.((((((..((((((.((((......))))))))))..).(((....))).)))))((((((((....(((..(((........)))..)))(((.....))).))))))))..........)))))...)))))))..))))).))(((((((......((.......))..(.(((((((..(((.....)))..))))))).)....))))))).)))))))).))))))(((((....)))))...))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((.......((.((((((.(..)((((((((((.((.(..(((((((........)))))))..))).)))))...((..)).((((((..)..)))))(((((((((.(((........((.(((((((((((((......))))))))))))).))..(..).((..))(........)..).))))))).))))..))))))))))).))((((((((((((((((.((.............)).(((.(((((...((((((((........))))))))....))))).)))...))))).))))).)).))))...((.(.......))))))(((....)))(.....(((((..)..))))..)...(((((((...)..))))).)))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((.((((..((.(....)))..)))).((((((.((((((........(((((........(((............(((((......))))).....(((.((((......)))).))).((..((((((.((((......))))))))))..))(((....))).)))..((((((((.........(((........))).................))))))))..........)))))....((((...((((.(((........))).))))....))))...(.(((((((..((((...))))..))))))).)........)))))))))))).))))))(((((....))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((.(((((.((((((.......((.(((((....((.(((((..(......)..)))))))....))))).)).......(((((......)))))..((((((....((..(((.(((.((((((..((((((.((((......))))))))))..).(((....))).))))).)))..)))..))..)))))).....))))))....(((((((.(((.((((((((............((((...(((((..((((.(((........))).))))..).)))).......)))).(((((.....))).))...)))))))).......((((....))))..)))(((((....)))))......)))))))))))).))...))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((....))))))).(((((....))))).(((....(((((((........)))))))......)))............(((((......)))))..(((((.(((((((.........)))))))..(((((.((((......))))))))).((((((.((.......)))).))))............)))))......((((..((((....))))..((((..((((........)))).((((....)))).((((((........)).)))).........)))).((((((.((.((.....))..))))))))............((((....)))).....(((((....))))).))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((((....))))))).(((((....))))).(((....(((((((........)))))))......)))............(((((......)))))..((((...((((...aaa))))...(((..{{{))).(((((.<<<<<)))))>>>.....>>}......}}AAA....((((....bbbb.....bbbbb.....))))...(((BBBB)))...BBBBB.((((........)))).((((....)))).((((((..[[[[[[)).)))).(((..........((((((.(((((.....))).))))))))......]]]]]]((((....)))).))).(((((....)))))..)))).(((((.......))))).)))))).... |