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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00239



RNA: TMR_00239
Rfam family: tmRNA

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..(((..(((((((((((((((....((((((((..........))))).))).........(((............((((((((((((.........))))).((((((((.((((((.......))))))...))))))))....))))))).(((.((((....(((((((((((..(((..((...........)).((((...........)))).)))..)))))))..)))).)))).)))........))).....))))))...))))))))))))...)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((.......(((((..........)))))............................((((((((((((.........))))))((((((((.((((((.(....)))))))...)))))))).....)))))).(((.((((....((((((...(......................((((((...........)))))).....)))))))......)))).)))................))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((...(..(((((((((.(((((...(((.(((((..........))))).)))........((((............((((((((((((.........)))))))(((((((.((((((.......))))))...))))))).......))))).......(((..((((.........))))..)))..........))))(((.(((((((....(((........)))....))).))))..)))................)))))....))))))))).)...))))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((())).((..(((((((..((((.(((((((((((((((..((((.(((((..........))))).)).........................((((((((((((.........))))))((((((((.((((((.(....)))))))...)))))))).....)))))).(((.((((....((((((...((..((....(...........)((((((..((....)).))))))))..))))))))......)))).)))............))..))))))...)))))))))..))))))))))))).(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((..(((.(((((((((((((((....((((((((..........))))).))).........(((............((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.........)))))...))))))))....))))))).(((.((((....(((((((((((..(((.................(((((...........))))))))..)))))))..)))).)))).)))........))).....))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.....)))))).......((((..((....))..))))...........((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...))))))))....))))))).(((.((((....(((((((((((..((.................((((((..((....)).))))))))..)))))))..)))).)))).)))................))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...((....)).(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.....)))))).......((((............))))...........((((((.(((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...)))))))).....)))))).(((.((((....((((((.((.........)).......((...((((((..((....)).)))))).))...))))))......)))).)))................))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((........))))))((((((((((((((((((((.....)))))).......((((............))))...........(((((.((((((.........))))))((((((((.((((((.{{{{{{))))))...))))))))........}}}}}}..((((....((((..(((((.....................)))))...(((((.........[[[[[[[)))))..)))).))))))))).....]]]]]]]...))))))...)))))))).(((...))))))))).(((((.......))))))))))))....
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ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.....)))))).......((((............))))...........((((((((((((.........))))))((((((((.(((((.((....)))))))...)))))))).....)))))).(((.((((....((((((.....................(((..((((((...........)))))))))...))))))......)))).)))................))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((((((((......(((((((((((((((...(((((...)))))........((((............))))...........((((((.((((................((((((((.((((((.......))))))...))))))))..........((((...))))...(((((((((((.....................)))))..((((.((((...)))).)))).)))))).....))))))))))...............))))))...))))))))).....))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((..(((..(((((..........))))).))).........(((............((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...))))))))....))))))).(((.((((....(((((((((((................(((..((((((..((....)).))))))))).)))))))..)))).)))).)))........))).....))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((...))..)).(((..(((..(((((((((((.(((((.((((...((((....)))).......((((.............((((...........((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...))))))))....))))))).))))..(((..((((.........))))..)))....)))).....)))).)))))..((((((.(((((.((((((......((((((.((((........)).)).))).)))...))))))..)))))..)))))).....))))))))))))))...))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.((((((((((((((((.(((..(((((..........))))).)))........................((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...))))))))....))))))))))).))))....(((((((((((.(..((..........))..))))))..((((.((((...)))).)))).))))))....((((((.((((........)).)).))).)))....))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(.......)((((((.(...(((((((((((((((.((((..(((((..)))))....(((((((.(((((((((((((........).))))).))))))(((.(........))))(...(((((((((((((((..)).)))))))..))))))((((..))).).((((...))))....(((((........).)))).)..)))))))).)))).)))))((...).)((.(((((((..(..).(((......))).......)))))))((((..)))).).))))))))).))..)))))))...((((((...)..))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.....)))))).......(((............................((((((.(((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...)))))))).....)))))).(((.((((....(((((((((((..((..................(((((..(......).))))).))..)))))))..)))).)))).)))..........)))...))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..((((.(((((((((((((((((((((.....)))))).......(((............((((............((((((((((((.........))))).((((((((.(((((.((....)))))))...))))))))....)))))))..((...(((..((((.........))))..)))...)).....))))(((.(((((((....(((((....)))))....))).))))..)))..........)))...))))))...)))))))))..)))))))))))...(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(((...........))).(((.....)))..(((((.(((.(((((.....)))))........((((............))))............)))...(((((.........))))).((((((((.((((((.......))))))...))))))))........(((((...........))))).(((((.....................)))))..)))))..(((((((((((....))))).....((((((.((((........)).)).))).)))...((((.....))))..))))))....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................