RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00240

RNA: TMR_00240
Rfam family: tmRNA

			GGGGGUGUACAGGUUUCGACGGGGAUAGGAAACUAAAGGUUGCAUGCCGAGGUCCGGGCUGGCCUCGUUAAAAAGCCCGGGGCGAAUUACACGCCGAUAAUUACGACUACGCCGUAGCAGCUUAAUACCCUGCUACCGAUCCGCCGAGCCUCUCCCACGGGUGAAGAUGGAUCGUUAUUUCAGUGGGAUAGUCAAGGGGAGUGCCCGCGGCCCCAAGGCGAAACUUUAGCAGGAUCGCUUCCCGGAAAUCCCUGCCAGGGGAGAGUCGGGCGGCUAAAUCAAAUCCUGGCAUAAGCAUGUAGACGCCUUCUGUGUAUGAUCUUCGGACGCGGGUUCGACUCCCGCCACCUCCACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(...((...((((..(((((((((({{{{{{{...))))).......}}}}}}}..............................(.(((((((.........))))))).)..(((.(.............<<<<<<.).)))....>>>>>>........(..(...((...a..aa.aa..))....)..)........AA.AA..A..((.((.((..(((.[[[[.[[)))...)).)).))..........]]..]]]]...))))).....))))...))...).)))))))...(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((((.(((((.((((........((((((.(((((.((((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))).))..)))))))))......)))))).)))...))..)))))).((((((((((((..........))))))..))))))........(((((((((((((......(((((.........((((((.((..(((((...(((((....)))))...)))))..))........))))))((((....))))...)))))((((...........)))))))))))...))))))..)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....((..((((((((((((......(((((((.............)))))))((((.......))))..................(((((((.........))))))).............((.((((((.......((....)).........)))))).))......................................((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........))))))......)))))))...)))))..)).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.........((((((((((((...................................................................((((((.........))))))..(.(..............................).).....................................................................((......................))..........................)))))))...))))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.(...((..(((((..(((((...((((((((((.............)))))))((((.......))))..................(((((((.........)))))))......)))..(((..((((((((((...((....))...))))..)))))).......((((...........))))..))).........((((((..(((.(((((...(((((....)))))...))))).))).........))))).)....))))).....)))))..))...).)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(...(..(((((((.(...((..((((((((((((......(((((((.............)))))))((((.......))))..................(((((((.........))))))).......(...(.((.((((((.(((((.((....)).)))))...)))))).)).)..((((.(......)..))))..............)((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........))))))......)))))))...)))))..))...).)))))))).)(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((.(((....)))..(((.....))).....[[[[[[[..)))))))....]]]]]]]((((.......))))....((((..........[[[[[[[..))))...]]]]]]](((((((....((((.[[[[[[)))).....)))))))........]]]]]].......((((...[[[.....))))..]]].........(((((....[[[[[[.......)))))..]]]]]].....((((((((..........))))....[[[[.....))))....]]]].......(((((.[[[[[)))))..]]]]]...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....((..(((((((((((((((((((......))))))).......(((.((((.((.(((...((((........(((((..(((((((((.........)))))))(((((((....((((.......)))).....)))))))..........))..)))))..((((.((....))..)))).((((((..((.....))..))))))(((((...(((((....)))))...)))))))))))).))...)))))))....)))))))...)))))..)).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....((..((((((((((((......(((((((.............)))))))((((.......))))..................(((((((.........)))))))(((((((....(((...[[[[[.))).....)))))))........]]]]].................................................(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))....................)))))))...)))))..)).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.....((..((((((((((((......(((((((.............)))))))((((.......))))..................(((((((.........)))))))(((((((....((((.......)))).....)))))))......................((.....)).....((....))...........((((...(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))..........))))......)))))))...)))))..)).....)))))))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.........((((((((((((((((((([[[[[.))))))).........(((((((((......((((.........(((((....(((((((.........)))))))((((((((((...........))).......)))))))..............)))))..((((...]]]]]...))))..))))..............))))..))))).......((((((((...(((((..)))))........))))))))...))))))))...)))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((.(((((((.gggg...g(...cccccccccc.ccc.ccccccc([[)))))))....)CCCCCCCeee.((bbbbbb..bb(..hhh.hhhh(.{{{{{.{{)GGGGG))..ddddddd.ddddddd..)))))).((((((ii(kkkkk(DDDDDDDjjjjjjj.)))))))}}}}..(((((((aaaaaaa}}]].aaaaaa...CCCDDDDDDD)}H))))))).JJJJJ)JJfffffff(..<<<<<<<HHHHH))..(((..)FFFFFFFHBBCCCCCCCC.AAAAAA.BBBBBB))))KKKKKIIAAAAAAA>>>>>>>.EEE))))))).CC.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.......(((((...............))))).........(...(....................((.((((.........)))).))((((((.(((.((((.......))))..))).))))))..................((((((((.........))))))))...................((((((((((..(((........)))..))))))))))................))..))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(...((..((((((((.....((((.(((.((((((.(.....(((((...............))))).........(...(....................((.((((.........)))).))((((((.(((.((((.......))))..))).))))))..................((((((((.........))))))))...................(((((((((...(((........)))...)))))))))................)).)))))))....))).)))).....)))))))))))((((((...)..))))))))).)).)..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((.(((((.(((....))).((((((((((.((.((((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))).)).))).)))))))....)))))....)))...)))....((.((((((.(((((.((....)).)))))...)))))).)).....(((((((((((((.....((((((.........((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........))))))((....)).......))))))..........((....)))))))))...))))))..)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((.aaaaaaa.........aaaaaaaaaaaa(((((([[[[[[[.))))))......]]]]]]]((((..{{{..))))..........aaaa....(((((((.........)))))))aaaaaaa.)))((((.<<<<<<)))).....AAAAAAA........>>>>>>AAAA.......(((...........................(((((..(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))}}}......)))))......AAAAAAA...AAAAA.........AAAAAAA...bbbbb....)))BBBBB)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............(((((((.........((((((((((((...(((((((((...((((.........((((.((((.......))))..................(((((((.........)))))))(((((((....((((.......)))).....))))))).........))))........))))...))))).))))...((((((.............))))))(((((...(((((....)))))...)))))..((((..........))))....))))))))...)))).........)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((.(((((.(((....))).((((((((((.((.((((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))).)).))).)))))))....)))))....)))...)))..(.((.((((((.(((((.((....)).)))))...)))))).)).)...(((((((((((((.....((((((.........((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........))))))((....)).......))))))..........((....)))))))))...))))))..)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((..(((((.(((....))).((((((((((.((.((((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))).)).))).))))))).....(((((((......((((....((.((((((.(((((.((....)).)))))...)))))).))....((((.((....))..))))..))))......)))))))...(((.(((((...(((((....)))))...))))).))).........)))))((((....)))).)).))).....))))).))))).(((.(((((.......)))))....)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((.(((.(((((.(((....))).((((((((((.((.((((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))).)).))).)))))))....)))))....)))...)))..((((.((((((.(((((.((....)).)))))...)))))).)).....((((((((((((((((..((((((.........((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........))))))((((....))))...))))))..).))....((....)))))))))...)))))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((....))).))))))(((((((.((((((((((((......)))))))..((...(.(((((((((.((((..).(..........)......(((((((((......).))))))).)(.((((((...(((((((((.(((...((((((.......))))))(((((...(.((((((((((((((((..)))))).....((..))....).))))))))))..))))).)))))))))))).))).))))))).)).)).)))))).))).))))...).)))))..)))))..((((..))))((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................(((....)))..................(((((((.............)))))))((((.......))))..........................................(((((..........................)))))........................................................((((((.(((.(((((...(((((....)))))...))))).)))........)))))).........................................................)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((..(..(((((.(((....))).((((((((((.((..(((((((((.............)))))).((((.......)))).........)))..)).))).)))))))....)))))....(((((((....((((.......)))).....)))))))..........)..)).......(((((((((((((.....((((((.........((((((.((..(((((...(((((....)))))...)))))..))........))))))((....)).......))))))..........((....)))))))))...))))))..)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((((...........))))))...((((......(((((((......)))))))......))))...((((.......)))).......(((.......))).((((.........))))..((((.((((...((((.......))))......(((.......))).))))..(((((..((((...........))))..(((((.............))))).(((((...(((((....)))))...))))).)))))..(((.......((((....))))..((((.....)))).)))...))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.....((((((..{{{{{{...))))))...(((........((((.<<<<<<<..)))).......>>>>>>>((((ccccc..))))..CCCCC..((((.....(((((((.........)))))))(((((((....((((.[[[...)))).....)))))))...........]]].))))..((((...bbbb....))))...((((........aaaaa))))(((((((...AAAAAB)).))))).((((BBB}))))...(((..}}}}}((((....))))..((((.....)))).))).........(((((.......))))).)))...))).

---