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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00246



RNA: TMR_00246
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.(((((..(((((.((((((((....(((((...(((((....)))))...)))))...........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))))..(((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))).............((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......))))))))))...).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((...(((((...(((((((....))))))).((((.......(((((((......(((((..((((......((((((..(((((......)))))..))))))......))))....))))).......))))))).......)))).(((((((....((....(((((..(((((.....(((((((..............)))))))...))))))))))...))..))))))).))))).....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......))))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....)))))).....(((((((((.((((...(((((...((((..............(((((....)))))........))))........((((............(((((((.(((((......))))).)))))))..............))))...((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((..(((..((.......))...)))...)))))...((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).))))).)))).)))))))))((((((((((((.......)))))..).)))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((....(((((((....(((((((......(((((...)))))...........(((((((((.....(((((((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).........(.((((..((..(((((((((............)))))))))....))...((((((((...............))))))))..................)))).)......................)))))))))))........)))))))))........)))))))....)))))))...............))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....)))))).....(((((((((.(((((..(((((.(((((((......((((...(((((....)))))...)))))))))))...(((((((............(((((((.(((((......))))).)))))))..............)))))..((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((((((((((((.....)))).))))).)))))))).((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))((((((((((((.......)))))..).)))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.......((((((((((((((((.....))).)))))))((((((......(((((((.........(((((..(((((((...(((((((.(((((......))))).))))))))))...))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))).(((((((...(((((((....((((.....))))......)))))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))).....)))))))).))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..((....)).((((((((((((.(((((..(((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).))))))))).((((.((.((((((.(.(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))..)))))))))))))......((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((({{{{......))).....(((((((((.((((..((((((.............................................................((...((...(((((((.(((((......))))).))))))).....................(((((((((............)))))))))...................[[[[..[[[..((.......)).))]]])).]]]].........................................(((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))..)))))))))).)))))))))((((((.(((((.......)))))}}}})))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.((((..((((((..(((((((....(((.....(((((....)))))..))).)))))))......(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))......(..(((((....(((((((((((((((.....)))).))))).))))))...((((.......))))....))))).)..........((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((((((.......((((((.((((((((............((((((..))))))......)))))))).(((((((..(((((((((((((((((((.(((((......))))).)))))))....((((((...........(((((((((............))))))))).......))))))........))))))))))))...................)))))))((((((((...................))))))))((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))).....))))))))).......(((((.......))))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))........((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....)))).))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))).))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.((((..((((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....(((((((((((......(((((((.(((((.(...)))))).)))))))......)))).)).)))))..((((((((((((.....))).))))))))).((((.(.(((((((.(.(((((((((((((((.....)))).))))).))))))...((((.......))))..)))))))))))))......((((((((.((((((((((((....)))))))))))....))))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((..............(((((((((..((((.((((((..(((((......)))))...(((((....)))))......(((((((.....(((((((((((.......(((((((.(((((......))))).)))))))......((((.(((((.....(((((((((............)))))))))..................(((((((....((((.....))))......)))))))..)))))..))))..................))))))))))).......(((((((((((....)))))))))))...)))))))....)))))).))))))))))))).......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))........((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((...))....(((((((((..((((.((((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....((((((((((..((((.(((((((.(((((......))))).)))))))......((((.(((((.....((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((((((((((((.....))).))))).)))))))..)))))..))))...........))))...)))))))))).(((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))....)))))).)))))))))))))..))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))....(((.((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....)))).))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))).))))...((((.......))))...))))))).)))))).)))((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...).)))))(((.....))).((((......))))..((((((((.((((.(((..((((..))))..)))))).).)))))))).....((((.((......))..(((((((.((((((...).))))).))))))).......(((..))))))).((((((((((((((...))))).)))))))).)...((((((((...((((((((.(((.((((((..............))))))))))))))).).)....))))))))((........))(((((...)))))((((((((((....))))))))))..((((((...))))))....(((........)))(((((((((((((.....))))))..)).))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...........((((((((((((.((((..((((((......................(((......))).....................................(((((((.(((((......))))).))))))).....................((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((.(((((.(((.....)))..)))))..)))))...((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......))))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((.((((((((....(((((...(((((....)))))...)))))...........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).))))))))))))))))).((((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))))............((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...............))))..(((((....)))))...(((((......)))))...(((((....)))))...(((..........))).((((.........(((....))).(((((......)))))....((((((.....)))))).))))...((((((((((((.....))).))))))))).....(((....((((.......)))).(((((((..............)))))))..((((.......))))....))).(((((......((((.....))))...((((.....)))).(((((((....))))))).....)))))...((((.....)))).(((.(((((.......)))))....)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....))))))........((((.....))))........(((((......)))))...(((((....))))).(((.....)))..((((.....))))......(((....))).(((((......)))))....((((((.....))))))...(((..((((((((((((.....))).)))))))))..((((.....(((((.......))))).((((.....))))....[[[[[..)))).((((]]]]]..)))).......((((..........))))...))).((((((((((....))))))))))..(((((.....))))).(((((.....)))))..((((((.(((((.......)))))....)))))).