|
|
|
GGGACUGCAAGGUUUCUACAUAUAGUAUACAAUAUACAUUGUCAUUAAUAUAACUUUAUUACUAUUAGUAAAUGCUAAAAAUAAUAUAUUAACUUUAUCUAGAAGAUUAAUUUAUGCUUAAACUUUUUGAAAUAAAAGAUUAAGCAGUUACAGAUUGUUACUAGAACUCAAAUAAUAUAAGCCAUAUAGUUAUUUGAUAUAUUGAAUUUGGUUGCUCUUAAAUUAGUCUUAAUCAAAGAAUUAAUUUUAAGAUAAGUAAGAAAUCAUUACAACAUCAAAUCGUAUUUUUUAGAUUACAUCUAUAAUAUAUUACUUAUAAUAUAUUAUUUCUAAUGUAAUUAGACGAUAUAUAGUAUAUUAUUAUGGACGUGGGUUCAAUUCCCACCAGUUCCAUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.........(.((((..(.......((((..((((((.(((..[[[.....))).).]]]..................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))..))))......)..)))).).(((((.......))))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.(((((..(((((.((((((((....(((((...(((((....)))))...)))))...........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))))..(((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))).............((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......))))))))))...).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((...(((((...(((((((....))))))).((((.......(((((((......(((((..((((......((((((..(((((......)))))..))))))......))))....))))).......))))))).......)))).(((((((....((....(((((..(((((.....(((((((..............)))))))...))))))))))...))..))))))).))))).....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....)))))).....(((((((((.((((...(((((...((((..............(((((....)))))........))))........((((............(((((((.(((((......))))).)))))))..............))))...((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((..(((..((.......))...)))...)))))...((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).))))).)))).)))))))))((((((((((((.......)))))..).)))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((....(((((((....(((((((......(((((...)))))...........(((((((((.....(((((((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).........(.((((..((..(((((((((............)))))))))....))...((((((((...............))))))))..................)))).)......................)))))))))))........)))))))))........)))))))....)))))))...............))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....)))))).....(((((((((.(((((..(((((.(((((((......((((...(((((....)))))...)))))))))))...(((((((............(((((((.(((((......))))).)))))))..............)))))..((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((((((((((((.....)))).))))).)))))))).((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))((((((((((((.......)))))..).)))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.......((((((((((((((((.....))).)))))))((((((......(((((((.........(((((..(((((((...(((((((.(((((......))))).))))))))))...))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))).(((((((...(((((((....((((.....))))......)))))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))).....)))))))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....)).((((((((((((.(((((..(((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).))))))))).((((.((.((((((.(.(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))..)))))))))))))......((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((({{{{......))).....(((((((((.((((..((((((.............................................................((...((...(((((((.(((((......))))).))))))).....................(((((((((............)))))))))...................[[[[..[[[..((.......)).))]]])).]]]].........................................(((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))..)))))))))).)))))))))((((((.(((((.......)))))}}}})))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.((((..((((((..(((((((....(((.....(((((....)))))..))).)))))))......(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))......(..(((((....(((((((((((((((.....)))).))))).))))))...((((.......))))....))))).)..........((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............(((((((((.......((((((.((((((((............((((((..))))))......)))))))).(((((((..(((((((((((((((((((.(((((......))))).)))))))....((((((...........(((((((((............))))))))).......))))))........))))))))))))...................)))))))((((((((...................))))))))((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))).....))))))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))........((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....)))).))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))).))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.((((..((((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....(((((((((((......(((((((.(((((.(...)))))).)))))))......)))).)).)))))..((((((((((((.....))).))))))))).((((.(.(((((((.(.(((((((((((((((.....)))).))))).))))))...((((.......))))..)))))))))))))......((((((((.((((((((((((....)))))))))))....))))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..............(((((((((..((((.((((((..(((((......)))))...(((((....)))))......(((((((.....(((((((((((.......(((((((.(((((......))))).)))))))......((((.(((((.....(((((((((............)))))))))..................(((((((....((((.....))))......)))))))..)))))..))))..................))))))))))).......(((((((((((....)))))))))))...)))))))....)))))).))))))))))))).......(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))........((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).)))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))))).))))))....((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))).))))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((...))....(((((((((..((((.((((((.((((((((...(((((....(((((....))))).))))))))))))).....((((((((((..((((.(((((((.(((((......))))).)))))))......((((.(((((.....((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((((((((((((.....))).))))).)))))))..)))))..))))...........))))...)))))))))).(((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))....)))))).)))))))))))))..))...(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((..(((((......)))))....(((.((((((......(((((((.........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....)))).))))))))))))))).(((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))).))))...((((.......))))...))))))).)))))).)))((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...).)))))(((.....))).((((......))))..((((((((.((((.(((..((((..))))..)))))).).)))))))).....((((.((......))..(((((((.((((((...).))))).))))))).......(((..))))))).((((((((((((((...))))).)))))))).)...((((((((...((((((((.(((.((((((..............))))))))))))))).).)....))))))))((........))(((((...)))))((((((((((....))))))))))..((((((...))))))....(((........)))(((((((((((((.....))))))..)).))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...........((((((((((((.((((..((((((......................(((......))).....................................(((((((.(((((......))))).))))))).....................((((((((((((.....))).)))))))))..................(((((.(((((.(((.....)))..)))))..)))))...((((.......)))).....................((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).))))))))).)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((...(((((((((.(((((..(((((.((((((((....(((((...(((((....)))))...)))))...........(((((..((((......(((((((.(((((......))))).)))))))......))))....)))))..((((((((((((.....))).))))))))))))))))).((((((...(((((((((((((((.....))).))))).)))))))...((((.......))))...))))))............((((((((..(((((((((((....))))))))))).....)))))))).)))))))))).)))))))))..)))).(((((.......)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((...............))))..(((((....)))))...(((((......)))))...(((((....)))))...(((..........))).((((.........(((....))).(((((......)))))....((((((.....)))))).))))...((((((((((((.....))).))))))))).....(((....((((.......)))).(((((((..............)))))))..((((.......))))....))).(((((......((((.....))))...((((.....)))).(((((((....))))))).....)))))...((((.....)))).(((.(((((.......)))))....))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....))))))........((((.....))))........(((((......)))))...(((((....))))).(((.....)))..((((.....))))......(((....))).(((((......)))))....((((((.....))))))...(((..((((((((((((.....))).)))))))))..((((.....(((((.......))))).((((.....))))....[[[[[..)))).((((]]]]]..)))).......((((..........))))...))).((((((((((....))))))))))..(((((.....))))).(((((.....)))))..((((((.(((((.......)))))....)))))). |