|
|
|
GGGGCUGAUUUGGAUUCGACAUAUAAAUUUGCGUGUUUCAUUAUGAAGCAAGUCAAGUUUAAUGAUCUUGUAAAAAACAUUAAAGUACAAAUAAAUGCAAGCAAUAUAGUUUCAUUUAGUUCAAAACGUUUAGUCUCUUUUGCAUAAGCAAAAUGUGUUAAUAACUUUCUUAGUAGAAAUUGGAGAAGUUUACUAAGAUUUAUAUUUACUCCAUAAUUAUUUUAAAGAUGGUAAAAAGGUGAUUCAUCAUUUGUAUGUUUCUAAACUUUGUGAAAGAAUAGUGGGCUCCAUUUAUAAUGAACGUGGGUUCAAAUCCCACCAGCUCCAUAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((............(((...((......(.(.(.(((.(.....((((((((.[[[[[[..)))).......]]]]]].....................................................................................................................................................................................))))......).))).).).)......))...)))...(((((.......))))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((..........))))(((((((((((...((((..((((..(((..(((((.............))))).((((((.((((......))))))))))..)))))))........(((((((((.(((..(((((((......(((.((((..(((((..(((((((((..............)))).)))))......))))))))).)))....((((((....)))))).))))))).....))))))))))))......))))...)))))))))))..)))))))))))).....)))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.................((((((((.((((((.....)))))).).)))))))...............................((((((...((......))..))))))...................((((((....)))))).......((.....((((((((((...........)))))))))).....)).................................................................................................(((((.......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((............(((..................................................................................................................................................................................................................................................................................)))...(((((.......)))))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((....((((((((((((((.(((((((...)))))))...((((.........))))..............(((........)))..))))......................(.((((.(.((((((((....))))...(.((.((((....((((((((...............))))))))....)))).)).).............)))).).))))..)..........))))))))))((((............))))........))))..).........(((((.......)))))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((................(((((((((.(((((((...))))))).).))))))))(((.............)))...........((((((.((((......)))))))))).........((((((....((((((....))))))...((.((((....((((((((((..(.......)))))))))))....)))).)).((((.............))))......(((((....))))).........))))))....................................(((((.......)))))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((....(((.((((((((..(((((((...)))))))...)))))))))))...(((((.............))))).((((((.((((......)))))))))))))))))..........(((((((((..((((.....)))).((((...((((((((((...[[[[[...)))))))))).)))).....]]]]]............(((..(((...((((((....)))))).)))...)))......)))))))))..(((((...)))))..........(((((.......)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((.(((((.(((((((((.(((((((...))))))).).))))))))))).)).((((.............)))).(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((........((((((....))))))...((.((((....((((((((((..((....)).))))))))))....)))).)).((((..(((...)))..)))).....((((((....))))))..))))))...))))..))))))..)))....))).)))))))..(((((....))))))))))...))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((......(((.......((((((((..(((((([[[[.))))))...))))))))..............................((((((...((.......((((((..((((...(((..........((((((....))))))..............((((((((((...........))))))))))..........................................................)))....))))..)))))).........))..))))))]]]]....{{{{{....)))}}}}}))))))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((..(((((.(((((((((.(((((((...))))))).).))))))))))).)).((((.............)))).(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((........((((((....))))))...((..(((....((((((((((..((....)).))))))))))....)))..)).((((..((.....))..))))......(((((....)))))...))))))...))))..))))))..)))....))).)))))))...((((....))))..))))...))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((.......((((((((..(((((((...)))))))...)))))))).....((((((.......................))))))................))))))))..((((((....((((((....))))))..............((((((((((...[[[[[...))))))))))............((((.............)))).....(((((((..)))))))........))))))..............(((((]]]]].......(((((....)))))...)))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..(((((((.............(((((((.((((((.....(((((...............))))).........(...(.......................................((.((((....)))).))...............((((((((...........))))))))..............(((((((.......))))))).............................))..))))))....))).)))).........)))).))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(...((..(((((((.............(((((((.((((((.(...(((((...............)))))........((...(.......................................((.((((....)))).))...............((((((((...........))))))))..............(((((((.......))))))).............................))))))))))....))).)))).........)))).))))))((((((...)..))))))))).)).).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..(((.((((((((..((((((.....))))))...)))))))))))....................((.((.(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((...((((.((((((....))))))...((.((((....((((((((((...........))))))))))....)))).))................)))).......((((((....))))))..))))))...))))..))))))..)))....))).)))))))..)).))..))))))))))).....)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((.(((((.(((((((((.(((((((...))))))).).))))))))))).))(((((.............)))))(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((.[[[....((((((....))))))......((((....((((((((((...........))))))))))....))))....((((..(((...)))..)))).....((((((....))))))..))))))]]]))))..))))))..)))....))).)))))))..(((((....)))))))))).).))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((......((((((((..(((((((...)))))))...))))))))..............................((((((.((((......)))))))))).......(((((((...(((((((((.........((((..((((....((((((((((...........))))))))))....)))).....))))...........(((((............)))))....................)))))))))..(((((...))))).....)))))))))))))))))).....)))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((..(((.(((((((((.((((((.....)))))).).)))))))))))....................((.((.(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((...((((.((((((....))))))...((.((((....((((((((((...........))))))))))....)))).))................)))).......((((((....))))))..))))))...))))..))))))..)))....))).)))))))..)).))..))))))))))).....)))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((.(((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))))).)).........................(((((.((((......)))))))))))))))))....)))))))).(((((....)))))............(((((..((((((((((((((((((.((........)).)))).))))).............(((((............)))))........))))))..)))....)))))....(((((((.((((...))))...(((((.......))))).))).)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((..((((((.(((((((((.((((((.....)))))).).))))))))))).))..........(((((.........((((((.((((......)))))))))).((((....((((((....((((((....))))))...((.((((....((((((((((...........))))))))))....)))).))..((((((((((.....))))))....((((((....)))))).))))...))))))....))))....))))))..))))............(((((.......)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..)))....((........)).((((((((...)))))))).((((((......).)))).((((((..))))))((((((((((((.((((......))))))))))...(((((.((....))..)))))...((((.......))))(((((..(((((((((.....((..))..))))))))))))))(((((((((.(((.....))).).).)))))))...((((..)))))))))).(((((((((((((...))))))))).))))..((((...)))).).(((((.((..)))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(..(((.(((((((((.(((((((...))))))).).)))))))))))..............................................(((((..(((....(((...........(((((....)))))...............((((((((((...........))))))))))..........................................................))).....)))..)))))..............................)..))))))).....))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..(..(((.(((((((((.((((((.....)))))).).)))))))))))....................((.((.(((((((..(((..(((..((((((..((((..((((((........((((((....))))))...((.((((....((((((((((...........))))))))))....)))).)).................(((((............)))))......))))))...))))..))))))..)))....))).)))))))..)).))..)..)))))))).....)))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((((...........))))).....((((((.....)))))).((((.......)))).(((((.............)))))....(((.((((......))))))).(((..........))).(((((.((((....))))..............(((((....)))))..)))))...(((((.((((....))))...((((.............))))......)))))....(((((......((((..........))))....((((.....))))...)))))..(((((.......))))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((...........)))))).(((((((((.....)))))..((((.......)))).(((((.............)))))....)))).(((......))).....(((......{{{{))).(((((.((((....)))).}}}}.........(((((....)))))..)))))[[[[[[...((((....)))).))))...((((((.....))))))....((((((....)))))).....((((]]]]]]....)))).....(((((((.(((.....)))...(((((.......))))).))).)))).. |