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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TMR_00259



RNA: TMR_00259
Rfam family: tmRNA

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.......................................(((((....)))))...........................................(((((((((((((.......)))))))))............)))).....((((((....(((.......)))((((((.(((((....((((...........(((((((((.........)))))))))........)))).))))).)))))).......((((((((...................))))))))...............)))))).((((....))))......(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((..............(((((..........................................................((((.((((((((.......)))))))).............))))...............................................................................................................................................................)))))...................)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(...((((((..((((((((((....))))).......(((................................((((((((((((((.......))))))))............)))))).................(((((((.........................)))))))..(((((((((.........))))))))).........))).....((((.....((((.........))))..)))).......................)))))......))))))....)...)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((........................(((((....)))))..........................................((((((((((((((.......)))))))))............)))))...((((((((..((((.......)))((((((.(((((...(((((((.........(((((((((.........))))))))))......))))))))))).)))))).......((((((((...................))))))))((.......))..)))))))))((((....)))))))...(((((.......))))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((...))))(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))..............((((((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((.......))))))))............)))))).(((((((((..(((((.......)))))))))..)))))))))..))))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..)))))).(((((((((((...................)))))))..)))))))))))....))))))...)))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))........(((...((((((...(((((.((((..........(((((((((((((.......))))))))............))))).((((((((((..(((((.......)))))))))..))))))..((((.....))))..(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..))))))..)))(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))))))....((((.......)))).)))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((.(((((((((((....)))))...........((.((((((...(((((.((((((((..((.((((((((((((((.......))))))))............)))))).(((((((((..(((((.......)))))))))..))))).))....)))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..))))))..)).(((((((...................)))))))......)))))).....))))))...)))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((.(((((....))))).........(....((((((...(((((.((((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((((((..(((((.......)))))))))..))))))...(((.....)))...(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..))))))...).(((((((...................))))))).......))))))....))))))...)))..)))))))....((((.......)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))........((((((...............(((((((((....((((((((((((((.......)))))))))............)))))((((((......(((((.......)))))......)))))).....))))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).))))))...........((((((((...................)))))))).....)))))))....))))))...)))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
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PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))........(((...((((((...(((((.(((((((((....((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((.(((..(((((.......)))))..))).)))))).....))))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..))))))..)))(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((...(((((.......((((.....((((((((((.....(((((....)))))...............................................(((((((((.......))))))))).....)))))...)))))..((((((((..((((.........(((((((.(((((....((((.....))))..(((((((((.........))))))))).............))))).)))))))......((((((((...................))))))))..........))))))))))))..))))))))).......(((((.......))))))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))........(((...((((((...(((((.(((((((((....((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((.(((..(((((.......)))))..))).)))))).....))))).......((((((((..(.....)..))))))))..........)))).)))))..))))))..)))(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))))))....((((.......)))).)))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....(((((.....)))))...(((.((((((((((((((((((....)))))...........(((((((((...(((((.(((((((((....((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((.(((..(((((.......)))))..))).)))))).....))))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..)))))).))).(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...))).))))).((((((((((........))).))).))))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))........(((...((((((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((.......))))))))............)))))).(((((.(((..(((((.......)))))..))).))))))))))..)))).......((((((((..(.....)..))))))))..........)))).)))))..))))))..)))(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..))...((..)).(((((((...(......)...((((((((((((((.....(((.(((((((((((((.((((((((((((.((((....(((((..(((((((.......)))))))..............)))))...(..((((...))))((((((((.(((...))).))((........))))))))((((((((((.(........))))))))).)).).)))))))))))))))))))))).)))))))))).(.((..(.(......)).....)))((((.......)))))..)))))).)))))))..)))))).)((((((.....)))))))))))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............(((((((...(((.((((((((((((((((((....)))))..............((((((...(((((.((((.........((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((......(((((.......)))))......)))))).................((((((((..(.....)..))))))))..........)))).)))))..)))))).....(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))))))....((((.......)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((............((..(((...(((.((((((((((((((((((....)))))........(((...((((((...(((((.(((((((((....((((((((((((((.......))))))))............))))))((((((.(((..(((((.......)))))..))).)))))).....))))).......(((((((((.........)))))))))..........)))).)))))..))))))..)))(((((((...................)))))))......)))))))....))))))...)))..)))..))....((((.......)))).)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((....((((.......))))..((((.((((...((......))...)))))))).............................................))))).((((.......)))).(((.......)))...((((((.......)).)))).....(((((...........)))))..((((.....))))..(((((((((.........))))))))).....(((((....))))).(((....))).(((((.(((...................)))...((((.......)))).......(((((......)))))....(((((.......)))))..)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)))))......(((((..((((.((((........)))).<<<<.<<))))....>>>>>>...............................))))).((((((((..[[[[[)))))))).............((((((]]]]]..)).)))).....(((((aaaaaa.....)))))..((((.....))))..(((((((((...bbbbbb)))))))))......BBBBBB(((((((((...........{{{{{{{{.....))))))........}}}}}}}}.........)))AAAAAA...(((((....))))).(((.(((((.......)))))....)))....